Identifying research priorities for the competitiveness of arable crops

EU agriculture and arable crops in particular are suffering from competitiveness deficits compared to other producers in the world economy. One potential strategy to cope with competitiveness challenges is to focus on research and technological innovation. The objective of this paper is to present the results of the project EUROCROP (Agricultural research for improving arable crop competitiveness – EUROCROP - http://www.eurocrop.cetiom.fr/), aimed at the identification of research priorities for arable crop competitiveness. The project adopts a definition of competitiveness based on a combination of economic competitiveness and social/environmental sustainability. Furthermore, the project utilises both a crop chain and a horizontal issue perspective, and develops research priorities through the interaction of the scientific level (expert group approach) and the stakeholder level (scenario analysis). The main result of the project is the elaboration of approximately eighty research topics. Among these, the main areas for research identified are A: Risk management and adaptation of arable farming; B: Innovation in cropping systems for high environmental and economic performances; C: Limiting the impact of arable crop cropping systems on green-house gas emissions; D: Better understanding of public concern about arable crop production and products and communication with global and local societies. The project confirms that a number of well established research topics retain their importance (e.g. yield improvement, plant protection). However, they require cautious coordination with an increasingly complex system of short term priorities.Arable crops, crop chain, competitiveness, research priorities, foresight, Agricultural and Food Policy,

Impact of friction dampers and ductility factor on the seismic response of concrete moment resisting frame buildings

Infrastructures around the world are impacted by seismic events and therefore can suffer different types of losses that include: life, structure, economy and much more. It is important to control the vibration in structures using appropriate design methods, materials, and energy dissipation devices. There are many different types of energy dissipating devices providing supplemental damping to structures and control their vibration response. This research focuses on friction devices, particularly, the inline friction dampers used in diagonal bracings to control the vibration in buildings. There is no standard design process available in the National Building Code of Canada to design buildings with friction dampers. The procedure suggested in FEMA guidelines is quite complicated to use. The focus here is to use a rational method for building design with friction dampers and demonstrate the impact of friction dampers in the design process, and seismic response. Currently, dampers are used as a device which are supplementary to the structure post- design, to increase its strength and stiffness that benefit structures. However, that produces a highly conservative design which may not be economically justified. By letting the dampers take about a tart of the lateral forces, structure can be optimized. The effect of fiction dampers was observed by the reduction of moment and shear on columns, the reduction of cost. Six structures were designed for this study: elastic with and without dampers, moderately-ductile with and without dampers and ductile with and without dampers. This study demonstrates that by designing and applying friction dampers into the design stage, the beams and columns attract less moment and shear impacting their sizes. While designing the structure, adding dampers helped reduce the cost in material for all three structures by around 7.5% in contrasts to the same model without dampers. An optimization of the structure section was made after adding the dampers into the structure. The impact of moment and shear into the columns and beams was shown to also be reduced of nearly 25-40% (the average is 29.5%). The seismic response of the different building models was determined using nonlinear pushover and time-history analyses. The results show that despite having smaller sections for beams and columns, the structures with dampers have reduced drift as compared to those without dampers. It was clearly demonstrated that friction dampers have an impact into the design of structures making them stronger with a higher response and lower cost. After calculating the cost of material and the overall results of analysis, the ductile structure is found to be the most economical choice. However, considering the post-earthquake damage and repair cost, the moderately-ductile structure with dampers will be a better option

Caractérisation des CNV dans les troubles du spectre autistique : identification de nouveaux gèneset analyses fonctionnelles

Autism spectrum disorders (ASD) are characterized by impairments in social interaction and communication, and restrictive and repetitive patterns of interests and behavior. The genetic etiology is highly heterogeneous, implicating numerous rare and very-rare genetic variants, with a major contribution of de novo mutations. Autosomal dominant, autosomal recessive, or X-linked forms of ASD, associated with high penetrance or variable expressivity have been reported. Although hundreds of genes and loci are implicated, our knowledge of the overall genetic architecture and the underlying pathophysiological mechanisms of ASD remain incomplete. Our project aimed at gaining further insight into the aetiology of autism by studying the contribution of rare copy number variants (CNV) and identifying novel genes.As part of the Autism Genome Project consortium, we participated in a genome-wide CNV study using high-resolution microarray in ∼3000 parent-offspring trios. Global analysis of rare CNV revealed a significant enrichment of rare genic CNV in cases compared with controls, thus indicating their strong association with ASD. Numerous pathogenic CNV were identified and novel genes were implicated for the first time in ASD, such as SHANK2, SYNGAP1 and PTCHD1. The results also highlight the profound etiological overlap with intellectual deficiency. Analysis of functional enrichment of genes affected by deletions revealed cellular pathways and biological functions, such as dendrite and spine plasticity regulation or microtubule cytoskeleton reorganization.Among CNV detected in this study, we identified a microdeletion on chromosome Xp22.2 in a boy with autism from our cohort, inherited from his mother. The deletion affects the GLRA2 gene, encoding the glycine receptor (GlyR) α2 subunit, highly expressed in the embryonic and neonatal brain. GlyRs mediate inhibitory neurotransmission in the adult nervous system but exert an excitatory action in immature neurons. Sequencing of 400 unrelated males with ASD revealed one de novo missense mutation. In vitro functional studies in transfected cells and in vivo in zebrafish demonstrated loss-of-function effects of both the deletion and the mutation identified in patients with ASD. Finally, behavioural and electrophysiological studies of Glra2 knockout mice revealed cognitive deficits in object recognition memory and impaired synaptic plasticity in the prefrontal cortex.In conclusion, the microarray analysis in patients with ASD demonstrated the considerable role of rare CNV as etiological factors. Our genetic and functional analyses implicate the GLRA2 gene for the first time in autism and link altered glycinergic signaling to social and cognitive impairments. These results are concordant with the emerging evidence of imbalanced excitation/inhibition as a mechanism underlying ASD.Les troubles du spectre autistique (TSA) sont caractérisés par des déficits des interactions sociales et de la communication, ainsi que par des intérêts et comportements restreints et répétitifs. L’étiologie est extrêmement hétérogène et implique de nombreux variants génétiques, rares ou uniques, parmi lesquels les mutations de novo jouent un rôle considérable. On observe des formes autosomiques dominantes ou récessives, liées au chromosome X, à forte pénétrance ou associées à une expressivité variable. Bien que des centaines de gènes et loci aient déjà été identifiés, ils permettent d’expliquer l’apparition des troubles chez ∼25 % des patients seulement et notre connaissance de l’architecture génétique et des mécanismes physiopathologiques sous-jacents reste incomplète. L’objectif de ce travail de thèse a été de poursuivre la dissection de l’étiologie des TSA en caractérisant le rôle des variations du nombre de copies rares (copy number variant, CNV) et en identifiant de nouveaux gènes impliqués dans la pathologie.Grâce à la participation de notre équipe au consortium international Autism Genome Project, nous avons pris part à une étude pangénomique par micropuce à ADN à très haute résolution, réalisée sur près de 3 000 familles. L’analyse des données de micropuces a démontré un enrichissement significatif de CNV rares géniques chez les cas par rapport aux témoins, indiquant ainsi leur importante contribution dans l’étiologie des TSA. De nombreux CNV pathogéniques ainsi que des nouveaux gènes ont été impliqués pour la première fois dans les TSA, comme SHANK2, SYNGAP1 et PTCHD1. De plus, l’ensemble des résultats témoigne du profond chevauchement étiologique avec la déficience intellectuelle. Une analyse in silico des réseaux fonctionnels de gènes touchés par des délétions a permis d’impliquer des voies cellulaires et des fonctions biologiques, telles que le remodelage des épines dendritiques ou encore la réorganisation du cytosquelette de microtubules.Parmi les CNV détectés dans cette étude, nous avons identifié chez un de nos patients une délétion localisée en Xp22.2, héritée de la mère. Elle touche le gène GLRA2, qui code une sous-unité α des récepteurs de glycine (GlyR) fortement exprimée dans le cerveau au cours du développement. Les GlyR sont impliqués dans la neurotransmission inhibitrice du système nerveux central adulte mais ont une action excitatrice au cours du développement. Une recherche ciblée de mutations dans GLRA2 par séquençage chez 400 patients de sexe masculin de notre cohorte nous a permis d’identifier une substitution non synonyme de novo chez un patient avec TSA. Des expériences in vitro sur cellules transfectées et in vivo chez le poisson zèbre ont démontré les effets perte de fonction de la délétion et de la mutation identifiées chez nos patients. Enfin, des études comportementales et électrophysiologiques des souris déficientes pour Glra2 ont révélé des déficits cognitifs et des défauts de plasticité synaptique dans le cortex préfrontal.En conclusion, l’utilisation des micropuces chez des patients atteints de TSA a démontré le rôle considérable des CNV rares en tant que facteurs étiologiques dans la pathologie. Des analyses génétiques et fonctionnelles nous ont permis d’impliquer le gène GLRA2 pour la première fois dans l’autisme, faisant ainsi émerger la neurotransmission glycinergique comme un nouveau mécanisme physiopathologique. Ces résultats sont concordants avec l’hypothèse émergente selon laquelle un déséquilibre de la balance excitation/inhibition serait à la base de certaines formes de TSA

Coût de l’ordonnance des médecins généralistes : une analyse sur les données de l’EPPM

Cet article examine de manière critique la possibilité de cibler les médecins dont le coût de prescription est sensiblement plus élevé que la moyenne, à partir d’un indicateur financier fondé sur le coût des ordonnances. Il analyse à partir des données de l’Enquête permanente de la prescription médicale (EPPM) la sensibilité de cet indicateur à la méthode retenue d’ajustement au risque. Les résultats indiquent que dans l’état actuel des systèmes d’information, pour évaluer les pratiques de prescription des médecins, il faut privilégier les indicateurs ciblés sur une classe de médicament ou sur une pathologie donnée.This study aims to evaluate the possibility of profiling French general practitioners with high prescription costs from an indicator based on prescribing costs. It analyzes the sensibility of this indicator when taking into account differences in case-mix. The study shows that with the current information systems, specific indicators concerning a given therapeutic class or a given pathology are recommended in the evaluation of GP’s prescribing practice

Quand le professeur de mathématiques est sur You Tube… Quelques réflexions sur les moments d'exposition des connaissances et les capsules pour des classes inversées.

International audienceOn peut trouver sur le net des vidéos dites "de cours" de mathématiques, très courtes (entre 1 et 7 minutes, sauf exceptions), qu'on appelle souvent capsules, en référence à la classe inversée, ou à la pédagogie inversée. Ce vocable s'applique (a priori) à des dispositifs d'enseignement où les élèves prennent connaissance des cours (moments d'exposition des connaissances) grâce à ces vidéos à regarder à la maison, souvent complétées par un questionnaire à remplir en ligne à la fin, le travail en classe étant principalement réservé à la recherche d'exercices. Même si les conditions effectives ne sont pas toujours celles-là, l'institution semble favorable à des dispositifs de ce type : souvent sont évoqués une motivation plus grande, un plus grand respect des rythmes individuels, plus de temps en classe pour faire des exercices, pour travailler avec les plus faibles (repérés par le questionnaire de fin de visualisation).Les auteurs ont donc voulu analyser cela de plus près, en utilisant des outils didactiques mis au point pour étudier les moments de cours, très particuliers en termes d'activités des élèves. Mais pour comprendre ce que les élèves peuvent retirer du visionnement de capsules, il faudrait connaître et analyser le dispositif complet dans lequel elles s'insèrent. Entre une capsule remplaçant un cours et la même, utilisée comme complément pour revoir ce cours par exemple, il peut y avoir un monde. Nos analyses seront donc incomplètes, limitées aux seules ressources, sans leur utilisation.Ils donnent d'abord des témoignages d'utilisation effective, dans des classes, de vidéos de cours – au collège, chez un enseignant, en REP, qui a conçu ses propres capsules pour ses classes (mises sur YouTube) et qui a mené l'expérience dans des classes de cycle 4 depuis 3 ans, ce qui lui permet d'avoir une réflexion a posteriori qu'il expose ; puis chez une enseignante de 6ème, qui a travaillé ainsi en géométrie.Ils font ensuite un détour par des éléments didactiques sur les moments d'exposition des connaissances, qui leur permettent de proposer des outils pour les analyser.Ils indiquent ensuite des résultats de ces analyses sur plusieurs corpus : sur les inéquations "produit" en seconde, étudiées avec un tableau de signes (avec deux "vrais" cours et une capsule sur le même contenu), on dégage des différences. En première année d'université, une étude au cours d'une expérience très limitée renforce l'idée de la nécessité d'un "mode d'emploi". Dans une sixième particulière, une expérience de ce type (en géométrie, intégrant des enfants diagnostiqués précoces),) est étudiée, avec mise en regard de la classe expérimentale et d'une autre classe témoin. Enfin ils donnent quelques régularités sur quelques capsules de constructions géométriques instrumentées (sixième).Ils concluent par un questionnement sur ces ressources. Les premiers résultats, très partiels, amènent en effet à penser que c'est en termes de "cahier des charges", à élaborer pour diverses utilisations possibles, qu'il peut être intéressant de continuer à travailler

A large-scale survey of the novel 15q24 microdeletion syndrome in autism spectrum disorders identifies an atypical deletion that narrows the critical region

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>The 15q24 microdeletion syndrome has been recently described as a recurrent, submicroscopic genomic imbalance found in individuals with intellectual disability, typical facial appearance, hypotonia, and digital and genital abnormalities. Gene dosage abnormalities, including copy number variations (CNVs), have been identified in a significant fraction of individuals with autism spectrum disorders (ASDs). In this study we surveyed two ASD cohorts for 15q24 abnormalities to assess the frequency of genomic imbalances in this interval.</p> <p>Methods</p> <p>We screened 173 unrelated subjects with ASD from the Central Valley of Costa Rica and 1336 subjects with ASD from 785 independent families registered with the Autism Genetic Resource Exchange (AGRE) for CNVs across 15q24 using oligonucleotide arrays. Rearrangements were confirmed by array comparative genomic hybridization and quantitative PCR.</p> <p>Results</p> <p>Among the patients from Costa Rica, an atypical <it>de novo </it>deletion of 3.06 Mb in 15q23-q24.1 was detected in a boy with autism sharing many features with the other 13 subjects with the 15q24 microdeletion syndrome described to date. He exhibited intellectual disability, constant smiling, characteristic facial features (high anterior hairline, broad medial eyebrows, epicanthal folds, hypertelorism, full lower lip and protuberant, posteriorly rotated ears), single palmar crease, toe syndactyly and congenital nystagmus. The deletion breakpoints are atypical and lie outside previously characterized low copy repeats (69,838-72,897 Mb). Genotyping data revealed that the deletion had occurred in the paternal chromosome. Among the AGRE families, no large 15q24 deletions were observed.</p> <p>Conclusions</p> <p>From the current and previous studies, deletions in the 15q24 region represent rare causes of ASDs with an estimated frequency of 0.1 to 0.2% in individuals ascertained for ASDs, although the proportion might be higher in sporadic cases. These rates compare with a frequency of about 0.3% in patients ascertained for unexplained intellectual disability and congenital anomalies. This atypical deletion reduces the minimal interval for the syndrome from 1.75 Mb to 766 kb, implicating a reduced number of genes (15 versus 38). Sequencing of genes in the 15q24 interval in large ASD and intellectual disability samples may identify mutations of etiologic importance in the development of these disorders.</p

Complex nature of apparently balanced chromosomal rearrangements in patients with autism spectrum disorder

Background: Apparently balanced chromosomal rearrangements can be associated with an abnormal phenotype, including intellectual disability and autism spectrum disorder (ASD). Genome-wide microarrays reveal cryptic genomic imbalances, related or not to the breakpoints, in 25% to 50% of patients with an abnormal phenotype carrying a microscopically balanced chromosomal rearrangement. Here we performed microarray analysis of 18 patients with ASD carrying balanced chromosomal abnormalities to identify submicroscopic imbalances implicated in abnormal neurodevelopment. Methods: Eighteen patients with ASD carrying apparently balanced chromosomal abnormalities were screened using single nucleotide polymorphism (SNP) arrays. Nine rearrangements were de novo, seven inherited, and two of unknown inheritance. Genomic imbalances were confirmed by fluorescence in situ hybridization and quantitative PCR. Results: We detected clinically significant de novo copy number variants in four patients (22%), including three with de novo rearrangements and one with an inherited abnormality. The sizes ranged from 3.3 to 4.9 Mb; three were related to the breakpoint regions and one occurred elsewhere. We report a patient with a duplication of the Wolf-Hirschhorn syndrome critical region, contributing to the delineation of this rare genomic disorder. The patient has a chromosome 4p inverted duplication deletion, with a 0.5 Mb deletion of terminal 4p and a 4.2 Mb duplication of 4p16.2p16.3. The other cases included an apparently balanced de novo translocation t(5;18)(q12;p11.2) with a 4.2 Mb deletion at the 18p breakpoint, a subject with de novo pericentric inversion inv(11)(p14q23.2) in whom the array revealed a de novo 4.9 Mb deletion in 7q21.3q22.1, and a patient with a maternal inv(2)(q14.2q37.3) with a de novo 3.3 Mb terminal 2q deletion and a 4.2 Mb duplication at the proximal breakpoint. In addition, we identified a rare de novo deletion of unknown significance on a chromosome unrelated to the initial rearrangement, disrupting a single gene, RFX3. Conclusions: These findings underscore the utility of SNP arrays for investigating apparently balanced chromosomal abnormalities in subjects with ASD or related neurodevelopmental disorders in both clinical and research settings

Convergence of Genes and Cellular Pathways Dysregulated in Autism Spectrum Disorders.

International audienceRare copy-number variation (CNV) is an important source of risk for autism spectrum disorders (ASDs). We analyzed 2,446 ASD-affected families and confirmed an excess of genic deletions and duplications in affected versus control groups (1.41-fold, p = 1.0 × 10(-5)) and an increase in affected subjects carrying exonic pathogenic CNVs overlapping known loci associated with dominant or X-linked ASD and intellectual disability (odds ratio = 12.62, p = 2.7 × 10(-15), ∼3% of ASD subjects). Pathogenic CNVs, often showing variable expressivity, included rare de novo and inherited events at 36 loci, implicating ASD-associated genes (CHD2, HDAC4, and GDI1) previously linked to other neurodevelopmental disorders, as well as other genes such as SETD5, MIR137, and HDAC9. Consistent with hypothesized gender-specific modulators, females with ASD were more likely to have highly penetrant CNVs (p = 0.017) and were also overrepresented among subjects with fragile X syndrome protein targets (p = 0.02). Genes affected by de novo CNVs and/or loss-of-function single-nucleotide variants converged on networks related to neuronal signaling and development, synapse function, and chromatin regulation

Regulation of the drug market : 3 essays in applied microeconomics

Cette thèse s’intéresse, d'une part à la question de la maîtrise des dépenses de médicaments, et d'autre part à l’analyse de la concurrence en prix sur le marché des médicaments non remboursables, à la lumière des politiques de déremboursement.Ces dernières années, des actions visant à modifier les pratiques des prescripteurs se développent avec des actions de ciblage des médecins. Le premier chapitre de cette thèse pose ainsi la question de l’identification de ces médecins dans les systèmes d’informations actuels. Les résultats montrent que si les médecins généralistes outliers peuvent être identifiés correctement, il est néanmoins nécessaire, pour élargir le ciblage, de privilégier des indicateurs relevant de pathologies précises ou d’enrichir les systèmes d’informations avec les codes diagnostic pour définir des indicateurs plus généraux.Outre l'état de santé des patients, différents déterminants, sociologiques et économiques, peuvent influencer les pratiques des médecins, dont l'environnement concurrentiel. Le deuxième chapitre s’intéresse à l’effet de l’inégale répartition spatiale des médecins, dans le cas de la prescription de médicaments. Les résultats sont sensibles à la spécification retenue de la variable de densité médicale et invitent à conclure à une absence d’effet de l’évolution de la densité sur la variation des dépenses de prescription. Néanmoins, ce résultat reflète la somme de deux effets contraires qui se compensent.Le troisième chapitre s’inscrit dans un contexte où la question d’ouvrir la vente des médicaments non remboursables en dehors des officines se pose de plus en plus. Les résultats soulignent un manque de concurrence en prix entre officines sur ce segment de marché.This thesis addresses several issues: on the one hand, we focus on policies for controlling drug expenditures: on the other hand, we analyze the price competition on the OTC drugs market, in a context of drugs delisting policies.In recent years, some plans to affect change and improve prescribing practices are developed, with the emergence of physician profiling methods. The first chapter wonders about such a profiling in the current information system. Results show that outliers can be correctly identified; but to broaden profiling, we have to use some disease-specific indicators, or to improve information systems with diagnostic codes to define more general indicators.In addition to patient health, various sociological and economic factors may influence physician practices, including the competitive environment. The second chapter focuses on the unequal spatial distribution of general practitioners on drugs prescribing variability. Results are sensitive to the specification used for the medical density variable and suggest there is no effect of the density variation on the average prescribing cost per patient and per physician. However, this result reflects the sum of two opposite effects that cancel.In a context where the sale of OTC drugs outside pharmacies is controversial, the third chapter show there is no price competition between pharmacies on this market segment