Statistical analysis in practice

The main statistical methods used in animal experimentation are presented. These include exploratory data analysis, comparison of two or k means, regression and correlation. Selected cases are analyzed by using the R Commander software followed of an explanation of the outputs. Furthermore, some statistical theory is presented to better understand the analyses carried out.Se presentan los principales análisis estadísticos que se llevan a cabo en la práctica de la experimentación animal (descripción cuantitativa y gráfica de los datos, comparación de dos medias, comparación de k medias y análisis de regresión y correlación). Se analizan datos concretos mediante el paquete estadístico R Commander y se explica cómo interpretar los resultados. Asimismo se presentan nociones de estadística que permiten comprender mejor los análisis realizados

Cent anys de millora genètica del bestiar a Catalunya

En aquest article es recullen les activitats de millora genètica animal a Catalunya des del temps de la Mancomunitat fins als nostres dies. El veterinari Pere Màrtir Rossell i Vilà es presenta com a figura destacada de la zootècnia i la genètica del bestiar, a l'inici del segle xx. En temps més recents, en particular durant els últims vint-i-cinc anys, la millora genètica a Catalunya ha experimentat un importantíssim impuls gràcies a les activitats sinèrgiques d'empreses de millora ramadera, associacions de ramaders i institucions acadèmiques i de recerca, entre les quals podem destacar l'Escola Tècnica Superior d'Enginyers Agrònoms de Lleida, la Facultat de Veterinària de Barcelona i l'Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries.En este artículo se recogen las actividades de mejora genética animal en Cataluña desde los tiempos de la Mancomunidad hasta nuestros días. El veterinario Pere Màrtir Rossell i Vilà se presenta como figura destacada de la zootecnia y de la genética del ganado, en los inicios del siglo xx. En tiempos más recientes, en particular durante los últimos veinticinco años, la mejora genética ha experimentado un importantísimo impulso en Cataluña gracias a las actividades sinérgicas de empresas de mejora ganadera, asociaciones de ganaderos e instituciones académicas y de investigación; entre ellas, podemos destacar la Escuela Técnica Superior de Ingenieros Agrónomos de Lleida, la Facultad de Veterinaria de Barcelona y el Instituto de Investigación y Tecnología Agroalimentarias

Experimental design and statistical methods

This is a course addressed to future researchers in the field of Animal and Food Sciences, but it is also applicable to other experimental sciences (mainly biological). The objective is that the students be able to design properly experiments from a statistical point of view, and also to develop by themselves statistical analyses related to the most common statistical designs

Bayes factors for testing between different structures of random genetic groups : a case study using weanin weight in Bruna dels Pirineus beef cattle

The implementation of genetic groups in BLUP evaluations accounts for different expectations of breeding values in base animals. Notwithstanding, many feasible structures of genetic groups exist and there are no analytical tools described to compare them easily. In this sense, the recent development of a simple and stable procedure to calculate the Bayes factor between nested competing models allowed us to develop a new approach of that method focused on compared models with different structures of random genetic groups. The procedure is based on a reparameterization of the model in terms of intraclass correlation of genetic groups. The Bayes factor can be easily calculated from the output of a Markov chain Monte Carlo sampling by averaging conditional densities at the null intraclass correlation. It compares two nested models, a model with a given structure of genetic groups against a model without genetic groups. The calculation of the Bayes factor between different structures of genetic groups can be quickly and easily obtained from the Bayes factor between the nested models. We applied this approach to a weaning weight data set of the Bruna dels Pirineus beef cattle, comparing several structures of genetic groups, and the final results showed that the preferable structure was an only group for unknown dams and different groups for unknown sires for each year of calving

Probabilidad de detección de pedigrees erróneos mediante polimorfismos bioquímicos en razas caninas españolas

Mediante técnicas convencionales de electroforesis, se realiza un estudio poblacional de once marcadores genéticos sanguíneos -polimorfismos bioquímicos- para un total de 484 individuos, pertenecientes a diez razas caninas españolas. La información aportada a partir de los valores de las frecuencias génicas de los once sistemas polimórficos, nos permite estimar, en cada una de las razas, las probabilidades de detección de errores en el pedigree. Considerando los once polimorfismos conjuntamente, y en el caso de un único individuo analizado por camada, se obtienen unos valores que oscilan entre el 72,02% para la raza Ca de Bestiar y el 83,02% para la raza Mastín Español, con un valor promedio del 78,29% para el conjunto de las razas. La probabilidad de exclusión de falsas filiaciones se incrementa hasta un valor promedio, para las diez razas, del 92,07%, con unos valores extremos del 88,55% para Ca de Bestiar y del 94,68% para Mastín Español, si se analizan cinco descendientes por camada. Se discute asimismo, la relación eficacia/coste de cada uno de los sistemas de detección (electroforesis en gel de almidón, en gel de poliacrilamida y bidimensional) en el protocolo de control de parentesco.A total of 11 genetic loci encoding enzymes and other blood proteins has been assayed by conventional techniques al electrophoresis in 484 indiuiduals, belonging to 10 spanish breeds of dogs. In each breed the information provided by the values of the allelic frequencies in the 11 polymorphic systems can be used to assess the probabilities to detect erroneous pedigrees. Using the whole set of the 11 polymorpbisms, and in the case 011 individual analyzed per litter, the values ranged between 72,02% for the "Ca de Bestiar" breed and 83,02% in the "Mastín Español" breed, with an average al 78,29%. The probabilities to exclude false filiations increase to an average 0192, O7%lar the 10 breeds, from 88,55% in "Ca de Bestiar" to 94,68% in "Mastín Español", if 5 offsprings are used per litter in the analysis. The relationship between the efficiency and the cost of each system ofdetection (electrophoresis in starch gel) in polyacrilamyde gel and bidimensional) in the protocol of control of relationship is also discussed

Effect of fibrous diet and vitamin C inclusion on uniformity, carcass traits, skeletal strength, and behavior of broiler breeder pullets

This experiment studied the effect of broiler breeder nutritional strategies on uniformity, carcass traits, tibia parameters, and behavior during rearing and prebreeder periods (up to 22 wk of age). One-day-old pullets (n = 384) were randomly assigned to 4 treatments arranged as a 2 × 2 factorial, with 2 fiber levels (control vs. fibrous diet, 15% diluted in AMEn and nutrient content) and 2 vitamin C feed inclusions (0 vs. 200 mg/kg). At 6, 15, and 22 wk, blood sampling was carried out (4 birds/replicate) to determine serum alkaline phosphatase (ALP) levels, and behavior was observed by visual scan sampling. At 22 wk, carcass traits, tibia parameters, and intestinal morphology were assessed (2 birds/replicate), and tail- and wing-feather integrity of all birds were scored. Fibrous diet did not modify BW uniformity, mortality, or tibia growth when compared with control diet. Pullets fed the fibrous diet had lower tibia breaking strength, elastic modulus, and ash content values (P < 0.05). They also had lower ALP serum level at 6 and 22 wk (P < 0.05), their breast muscle was less developed (18.5 vs. 19.8%, P < 0.05), and their abdominal fat deposition was higher (1.14 vs. 0.87%, P < 0.05). At 15 and 22 wk, they performed, on average, 97% less grasping feather pecking and 45% less non-food object pecking behaviors, and their wing-feather score was lower (P < 0.05) at 22 wk. Tail- and wing-feather scores of the control treatments were reduced by vitamin C inclusion (tail: 0.30 vs. 1.15, P < 0.05; wing: 0.98 vs. 1.26, P < 0.05) at 22 wk. In conclusion, fibrous diet improves carcass traits (reduces breast muscle and increases abdominal fat deposition), deteriorates bone mineral deposition and thus skeletal strength, and reduces stereotypic behaviors, improving wing-feather integrity. Vitamin C inclusion improves tail- and wing-feather integrity of lower in feed allowance

Diez años de selección de toros jóvenes en el centro de testaje de la raza Bruna dels Pirineus

publishedTomo I . Sección: Sistemas Ganaderos-Economía y Gestión. Sesión: Vacuno carne II. Ponencia nº

La vaca de l’Albera: necessitat d’un programa de conservació i expansió

La raça de l’Albera és una població bovina autòctona localitzada en el massís de l’Albera (Alt Empordà, Girona, Catalunya), ben adaptada i capaç d’aprofitar els recursos alimentaris de la zona. Són animals rústics, de petit format i que viuen en llibertat tot l’any. S’enquadra en el tronc cantàbric, encara que tradicionalment s’hagin descrit dues varietats: la Negra i la Fagina. Les femelles s’usen com a reposició del ramat i els vedells mascles són engreixats tot i el seu limitat potencial carnisser. L’edat al primer part de les vaques és entre els 3 i 4 anys. L’últim cens d’animals adults amb morfotip Albera ha classificant la població de raça en perill d’extinció d’acord amb la FAO. Per aquest motiu s’està realitzant un programa formal de conservació que inclou la conservació in situ, ex situ i in vitro.The Alberes cattle breed is an autochthonous bovine population located in the Alberes Massif (Alt Empordà,Girona, Catalunya), well adapted to the zone in which it mainly makes use of forest resources. Cows are small sized and rustic, living under a semi-feral management system with minimal human contact. This breed clusters within the Cantabrian trunk, although traditionally two coat colour varieties have been described, Black and Fawn varieties. All of the females are used for replacement and the males are destined for fattening despite their low meat potential. The age at first calving ranges between three and four years. The last census of adult animals considered as an Endangered Breed according to the FAO classification. This dramatic situation allows to start a formal conservation programme with the combination of in situ, ex situ and in vitro practices

Structure and genetic relationships between Serrana de Teruel breed and other cattle breeds reared in Spain

En este trabajo se analiza la variabilidad genética de la raza autóctona en peligro de extinción Serrana de Teruel, así como su relación con las razas bovinas explotadas en España: Albera, Pajuna, Avileña-Negra Ibérica, Serrana Negra, Pirenaica y Parda de Montaña. La caracterización genética se ha realizado mediante marcadores microsatélites, todos han resultado polimórficos detectándose un total de 198 alelos con una media de 6,79 alelos por locus. Las heterocigosidades observadas y esperadas fueron altas y similares en el equilibrio, con valores de 0,67 y 0,68 respectivamente. A partir del estudio de las relaciones filogenéticas se ha podido observar la cercanía de la raza Serrana de Teruel con las razas de montaña Pirenaica y Parda de Montaña. Mediante el estudio de la estructura genética se observó que el porcentaje de animales correctamente asignados a la Serrana de Teruel para q>0,8 fue del 47,5%, apreciándose una clara influencia de la raza Parda de Montaña en los individuos mezclados.In this work we analyze by microsatellite markers the genetic diversity, structure and relationships of the indigenous endangered Serrana de Teruel cattle breed with different breeds reared in Spain. All loci were polymorphic and a total of 198 alleles were observed across loci, with a mean of 6.79. Observed and expected heterozygosities values shown the high variability of Serrana de Teruel breed with values of 0.67 and 0.68 respectively. The neighbour net based on Reynolds distances shown the close genetic relationship among Serrana de Teruel and the mountain Parda de Montaña and Pirenaica breeds. STRUCTURE results showed a 47.5% of correctly assigned individuals to Serrana de Teruel breed using a q>0.8 threshold. The admixed animals shown a clear influence of Parda de Montaña breed.Financiado con el proyecto PET2007-05-C03-01 (Caracterización zootécnica, genética y calidad de la canal y de la carne de la población bovina Serrana de Teruel) y RZ2006-00003-C02-02 Caracterización morfogenética y criopreservación del germoplasma de la Serrana de Teruel, población bovina en peligro de extinción)

Calidad de carne de 7 razas españolas de ganado bovino vinculadas a su sistema de producción

En España, de modo general, el consumidor de carne de vacuno le da poca importancia a la raza en comparación con otros países Europeos, a pesar de que la misma influye en otras características que sí considera relevantes como el aspecto (color, grasa intramuscular) o la terneza. Las razas bovinas rústicas y locales españolas están ligadas a una región geográfica particular y a un sistema de erra tradicional, donde varios factores como la edad y peso al sacrificio, el sexo, el grado de engrasamiento, el manejo, la alimentación y el tratamiento post-sacrificio intervienen conjuntamente en la definición de cada producto. Estos productos suelen promocionarse a través de denominaciones de origen o marcas de calidad que, por otro lado, permiten al consumidor reducir la incertidumbre cuando compran alimentos, ya que están asociadas a ciertas características sensoriales y/o procesos productivos distintivos. Algunos autores han descrito la calidad de canal (Piedraflta et al., 2003) y las características bioquímicas (Gil et al., 2001) y sensoriales (Serra et al., 2008) de varias razas españolas vinculadas al sistema de producción, de modo que este trabajo se centra en la textura de la carne evaluada instrumentalmente y en algunas de sus características químicas. En: https://calidadcarnecita.wordpress.com/2016/02/12/calidad-de-la-carne-de-7-razas-espanolas-vinculadas-a-sus-sistema-de-produccion