Development of MOSGUITO: a user-friendly graphical interface for meta-omics data analyses

Dissertação de mestrado em BioinformaticsComplex microbial communities are essential to all ecosystems, and by linking microbial identity to function, meta-omics technologies facilitate the interpretation of the processes cat alyzed by microorganisms. MOSCA is a command-line pipeline that performs bioinformatics analyses of metagenomics, metatranscriptomics, and metaproteomics. MOSGUITO is a web based tool developed in React, which allows the configuration of MOSCA’s workflow and the visualization of MOSCA outputs. Although the metadata and the configuration options of MOSCA could be easily customized and downloaded through MOSGUITO, MOSGUITO was unable to interact with MOSCA automatically. In this thesis, a third-tier client-server architecture was developed containing the Client MOSGUITO, the Server MOSCA, and a Database. MOSGUITO as a client-side can retrieve, store and delete data from the Database and start running analysis on MOSCA as a server. MOSCA as a server can receive files from the client-side and start an analysis run. The database can store results from MOSCA, input files from users, and respective user information from their login session. A full guide to how to utilize this new version of MOSGUITO is provided. MOSGUITO client-side can interact with MOSCA as a server using Flask APIs, end users don’t need to have knowledge on command-line pipelines to use MOSCA, nor the computer resources to download it. There fore users using MOSGUITO can optimize the usage and configuration of MOSCA, being able to analyze the data from omics experiments with a simple interaction with MOSGUITO.Comunidades microbianas complexas são essenciais em todos os ecossistemas, as tecnologias metaómicas facilitam a interpretação dos processos catalisados pelos microrganismos, pois permitem ligar a identidade dos microrganismos a sua função. MOSCA é um pipeline que funciona a base de linha de comandos que realiza análises de bioinformática de meta- genómica, metatranscriptómica e metaproteómica. O MOSGUITO é uma ferramenta web desenvolvida em React, que permite a configuração do fluxo de trabalho do MOSCA e a visualização dos resultados. Embora os metadados e as opções de configuração do MOSCA possam ser facilmente personalizados e transferidas através do MOSGUITO, o MOSGUITO não conseguia interagir com o MOSCA automaticamente. Nesta tese, foi desenvolvida uma arquitetura cliente-servidor de terceiro nível contendo o Cliente MOSGUITO, o Servidor MOSCA e uma Base de Dados. O MOSGUITO como cliente pode recuperar, armazenar e excluir dados da base de dados e começar a executar análises no MOSCA como servidor. O MOSCA como servidor pode receber arquivos do lado do cliente e iniciar uma execução de análise. A base de dados pode armazenar resultados do MOSCA, ficheiros de input submetidos pelos utilizadores e respetivas informações da sessão de Login do utilizador. E apresentado um guia completo de como utilizar esta nova versão do MOSGUITO. O lado do cliente MOSGUITO pode interagir com o MOSCA como um servidor usando APIs construídas utilizando a framework Flask. Os Utilizadores finais não precisam ter conhecimento sobre linhas de comando para usar o MOSCA e sem a necessidade de recursos de computador para o transferir. Assim, os utilizadores do MOSGUITO otimizam o uso e a configuração do MOSCA, podendo analisar seus dados com uma simples interação com o MOSGUITO

Short communication: Impact of the intensity of milk production on ammonia and greenhouse gas emissions in Portuguese cattle farms

The aim of this study was evaluate the relationship between the intensity of milk production for a wide range of Portuguese commercial cattle farms and NH3 and greenhouse gas (GHG) emissions from manure management and enteric fermentation. A survey was carried out at 1471 commercial dairy cattle farms (Holstein-Friesian) and the NH3, N2O and CH4 emissions at each stage of manure management were estimated as well as CH4 losses from enteric fermentation. Gaseous emissions were estimated by a mass flow approach and following the recommendations of IPCC guidelines. The manure management and enteric fermentation in a typical Portuguese cattle farm contributes with 7.5±0.15 g N/L milk produced as NH3 and 1.2±0.22 kg CO2 equivalent per litre of milk as GHG. Increasing milk production will significantly reduce NH3 and GHG emissions per litre of milk produced. It can be concluded that a win-win strategy for reducing NH3 and GHG emissions from dairy cattle farms will be the increase of milk production on these farms. This goal can be achieved by implementing animal breeding programs and improving feed efficiency in order to increase productivity

Uma metodologia para a implementação de comércio e negócio electrónico em pequenas e médias empresas

Tese de doutoramento em Tecnologias e Sistemas de InformaçãoA tecnologia da World Wide Web, que se suporta na Internet, está a transformar todas as actividades de negócio em actividades baseadas em informação, assistindo-se a uma mudança radical dos modelos teóricos e de organização tradicionais. As pequenas e médias empresas constituem o tipo de empresa que mais vantagens podem retirar da utilização da Internet para o comércio electrónico e o negócio electrónico. No entanto, os resultados da adopção de comércio e negócio electrónico, a este nível, contrariam a expectativa. Na procura de razões para o facto, constatámos que as metodologias existentes possuem insuficiências para ajudar as pequenas e médias empresas a definir e implementar uma tal estratégia. Concluiu-se, assim, sobre a necessidade da definição de uma metodologia que recolha essas insuficiências e proponha alternativas que permitam colmatar as mesmas. Atendendo à relevância do assunto, tornou-se no objectivo deste trabalho de investigação, a procura de uma metodologia que permita endereçar todas as perspectivas relacionadas com a adopção e implementação de mecanismos de comércio electrónico e negócio electrónico na pequenas e médias empresas. Tendo por referência esta finalidade, foi desenvolvida uma metodologia específica para a implementação de mecanismos de comércio electrónico e negócio electrónico na pequena e média empresa, tendo uma base teórica sólida e uma validação prática real.The World Wide Web technology, which is supported on Internet, is transforming all business activities into information-based activities, where one can see a radical change of the traditional theoretical models and organization. Small and medium enterprises are the type of enterprises that can take more advantages with the use of Internet for electronic commerce and electronic business. Nevertheless, the results coming from the EC and EB adoption are opposite to expectations. Searching reasons for this fact, we found that existing methodologies are insufficient to help small and medium enterprises to define and implement such a strategy. Thus, we concluded about the need of a methodology definition able to overcome those gaps and propose alternatives. Taking into account the meaning of this topic the aim of this research work is to seek for a methodology able to lead all the perspectives related with adoption and implementation of electronic commerce and electronic business in the small and medium enterprises. Having this goal in mind, a specific methodology was developed to implement the electronic commerce and electronic business mechanisms in the small and medium enterprises having a solid theoretical ground and a practical real validation

Generic and homophobic bullying in school context

Objetivo: Tendo em conta a reduzida literatura sobre o bullying homofóbico em Portugal, os objetivos deste estudo foram descrever a sua prevalência, comparativamente ao bullying genérico, na perspetiva das vítimas; comparar as diferenças de género e compreender a relação entre o bullying homofóbico e os sentimentos de infelicidade e humilhação e a denúncia por parte das vítimas. Método: Participaram 171 (7º ano), 160 (8º) e 156 (9º) alunos (52.0% feminino e 48.0% masculino), entre os 11 e os 17 anos, aos quais foi aplicado um questionário de autorrelato em formato digital, avaliando-se: género, vitimação, sentimentos infelicidade/humilhação e denúncia. Resultados: Um total de 33.0% dos alunos foram vítimas de bullying genérico, maioritariamente no 8º ano. Rapazes e raparigas registaram índices de vitimação semelhantes. Quanto ao bullying homofóbico, a prevalência aumentou do 7º para o 9º ano e os rapazes apresentaram maior frequência de vitimação comparativamente às raparigas, havendo diferenças estatisticamente significativas no 9º ano. À medida que as situações de vitimação homofóbica aumentam, maior foi o sentimento de infelicidade e humilhação nas vítimas e maior a denúncia. Conclusão: Estes dados reforçam a necessidade de ações e programas de prevenção nas escolas, enquadrados numa perspetiva sistémica, privilegiando a intervenção dos observadores de situações de bullying.Aim: Given the little scientific information about homophobic bullying in Portugal, the purpose of this study was to assess its prevalence, in comparison to generic bullying, from the perspective of the victims; to compare differences related to gender and to understand the association between homophobic bullying and feelings of unhappiness and humiliation and victim’s reporting. Method: A total of 171 (7th grade), 160 (8th) and 156 (9th) students (52.0% female/48.0% male), between 11 and 17 years old, completed a self-report questionnaire in digital format, assessing: gender, victimization, feelings of unhappiness and humiliation and victim’s reporting. Results: Of these students 33.0% were victims of bullying, mostly in the 8th grade. Boys and girls were equally likely to be victims. On the other hand, homophobic bullying situations in school increased from the 7th to the 9th grade and male students were more frequently bullied than females, showing statistically significant differences in the 9th grade. The more frequent the homophobic bullying episodes became, the greater the feelings of unhappiness and humiliation and more frequent the reporting. Conclusion: These findings strengthen the need to promote actions and programs aiming at prevention in schools, from a systemic perspective, emphasizing the intervention of observers of bullying episodes.CIEC - Centro de Investigação em Estudos da Criança, IE, UMinho (UI 317 da FCT), Portugal. Projeto Estratégico UID/CED/00317/2013, financiado através dos Fundos Nacionais da FCT (Fundação para a Ciência e a Tecnologia), cofinanciado pelo Fundo Europeu de Desenvolvimento Regional (FEDER) através do COMPETE 2020 – Programa Operacional Competitividade e Internacionalização (POCI) com a referência POCI-01-0145-FEDER-007562info:eu-repo/semantics/publishedVersio

O estudo de caso na investigação em tecnologia educativa em Portugal

O estudo de caso tem vindo a ganhar popularidade crescente na investigação nacional em Tecnologia Educativa, como podemos verificar num levantamento alargado de publicações portuguesas neste domínio das Ciências da Educação. Muito embora constitua uma abordagem metodológica que se adapta bem a diversas situações de investigação em Tecnologia Educativa, podendo produzir conhecimento de grande valor e preciosos insights sobre os ambientes tecnológicos de aprendizagem, pode contudo, se deficientemente conduzida, levar a resultados irrelevantes e estéreis. Vamos neste artigo começar por caracterizar a metodologia do estudo de caso, discutir as suas potencialidades e limitações, e, analisados alguns casos concretos reportados na investigação portuguesa em TE, aferir de critérios de qualidade que permitam aumentar o seu valor e credibilidade.Case studies have gained popularity among Educational Technology researchers in Portugal, as we could verify in a broad survey of Portuguese scholarly publications in the educational field. Although it is recognised as a methodological framework with enormous possibilities for research in ET, producing precious insights in technological learning environments, it can led, if deficiently conducted, to irrelevant and sterile conclusions. In this article we will caracterize case study methodology, discuss its power as well as its limits, analyse some cases concerning ET research in Portugal, and point out for criteria of quality tin order to maximize its value and credibility.L’étude de cas gagne une popularité croissante dans l’investigation en Technologie Éducative, comme on pu observer dans une enquête élargie des publications portugaises dans ce domaine des Sciences de l’Éducation. Quoiqu’il s’agisse d’une approche méthodologique qui s’adapte parfaitement à des différentes situations d’investigation en TE, susceptible de produire des connaissances de grande valeur et précieux insights à propos des environnements téchnologiques de l’apprentissage, elle peut toutefois mener à des résultats sans interêt et stériles, si appliquée sans précaution. Dans cet article on prétend caractériser la méthodologie de l’étude de cas, problématiser ces potentialités et limitations, analyser quelques cas concrets décrits dans l’investigation portugaise en TE, et décrire les critéres de qualité qui permettent d’augmenter sa valeur et credibilité

Sand mining in Calhetona beach (Santiago Island, Cape Verde): causes, processes and consequences

A extracção clandestina de areia, nas faixas costeiras e nos leitos das ribeiras, tem sido prática de muitos agregados familiares cabo-verdianos. Nas últimas décadas, a praia de Calhetona (Ilha de Santiago) foi um dos muitos locais que sofreram degradação ambiental significativa, devido à realização desta actividade sem quaisquer planos de extracção e de posterior recuperação das áreas degradadas. Este trabalho, através da conjugação de recolha de dados por inquérito, observação directa e pesquisa documental e bibliográfica, teve como objectivos a caracterização da comunidade (que habita no bairro de Ponta Calhetona) que se dedica à extracção de areia na praia de Calhetona, a descrição da dinâmica da actividade extractiva, a avaliação da percepção que a comunidade tem relativamente às consequências da sua actividade e a descrição do impacte ambiental resultante da extracção de areia. Da análise dos inquéritos, efectuados em Fevereiro de 2012, a 25 chefes de agregados familiares que efectuam a extracção de areia na praia de Calhetona, constata-se que estes são maioritariamente mulheres, predominantemente com idade compreendida entre os 40 e os 59 anos, domésticas, com baixa escolaridade, com famílias numerosas e/ou alargadas a seu cargo e dedicando-se à extração de areia à mais de 10 anos. Os inquiridos, face à situação de vulnerabilidade económica, à falta de emprego e à grande procura de areia para a construção civil, vêem nesta actividade uma fonte de rendimento. Contudo, o proveito obtido desta actividade difícil e potencialmente perigosa é reduzido. Quem efectivamente beneficia são os camionistas que compram a areia a quem procede à extracção e a vendem ao consumidor final pelo dobro do preço. Os inquiridos demonstram uma consciência generalizada dos diversos impactes ambientais negativos resultantes da sua actividade, mas alegam que a extracção de areia é uma das poucas alternativas existentes para providenciar o sustento dos seus agregados familiares. Com base na comparação do estado actual da praia de Calhetona com relatos de habitantes locais, relativos às características da mesma no passado, verifica-se que nos últimos 40-50 anos, desde que se iniciou a intensa extracção de areia nesta praia, o seu aspecto físico se degradou claramente. Essa degradação caracteriza-se principalmente pelo recuo da linha de costa, pela quase ausência de areia e pela salinização dos solos localizados nas proximidades da praia, para além dos consequentes impactes negativos sobre a desova das tartarugas e o turismo balnear.Sand is a very important raw material for construction industry. Worldwide, it has been widely used in the urban and industrial expansion process, creating jobs, generating capital and thus contributing to the development of society. However, its over-exploitation is also cause of many environmental problems identified all over the world. In Cape Verde archipelago ilegal sand mining has been intensively carried out in coastal areas and in stream beds without extraction plans or rehabilitation of degraded areas. In the archipelago sand exploitation was insignificant until the early 1980s, because this material was used only in the lining of outer (stone) walls. Since then, there was a huge increase in construction of infrastructures and public and private buildings due to: the migration of rural populations to the cities; the remittances; the improvement of living conditions; the evolution of the building techniques; and the liberalization of construction materials. The use of sand, gravel and cement (concrete blocks) quickly replaced the use of stone. The use of sand in construction became so widespread that the consequences of its use/exploitation quickly became quite evident in the archipelago. The environmental impact of this mining activity has become so serious that in 1997, the Cape Verdean government was forced to introduce legislation prohibiting sand exploitation in the dunes, beaches and inland waters, with the exception of duly authorized cases. However, despite the existing legislation and inspection, the environmental problems resulting from this activity are still present, since there are many people dedicated to illegal sand mining. The economic vulnerability experienced by the Cape Verdean families has contributed to the ineffectiveness of environmental legislation. A large part of the population lives below the poverty line, so the exploitation of natural resources has been used in an abusive manner to ensure the survival of populations in need. In parallel, the high demand for sand and gravel has favoured illegal exploitation on the beaches and creeks of the archipelago. This illegal activity is traditionaly dominated by women heads of poor households without alternative employment or low ability to generate self-employment. Santiago Island, where resides more than half of the archipelago's population, is by far the largest sand consumer market. This, coupled with the shortage of this mineral resource in the archipelago and the difficult living conditions of the population, puts the mining areas of the islands under enormous pressure. In recent decades, Calhetona Beach (Santiago Island) was one of the many places that suffered significant degradation due to this activity. Thus, having gathered data through the combination of enquiry, direct observation and document analysis, this work intended to: characterize the community (living in Ponta Calhetona neighborhood) dedicated to sand mining in Calhetona Beach; describe the dynamics of the mining activity; assess the perception of the community regarding the consequences of its activity; and describe the environmental impacts resulting from sand mining. The analysis of the survey of 25 heads of households that extract sand from Calhetona Beach shows that these are mostly women, mostly between 40 and 59 years old, unemployed, with low education levels, with dependent numerous and/or extended families and mostly extracting sand for over 10 years. Sand extraction on Calhetona Beach is not dependent on the tide, because, contrary to what happens in other beaches on the island, it does not take place in the water, but is strongly conditioned by the authorithies surveillance. During the night is more difficult to be seen by the inspection agents and easier to escape them. The extraction is commonly made using buckets and padbles and the transportation to the storage location is commonly done in tubs and bags. Because it is a clandestine activity, storage is done in places away from the site of extraction in order to avoid problems with the authorities. On Calhetona Beach, as a result of the authorities pressure, the sand is predominantly sold to the bag. Even in the cases the sand is sold to the carload, the sand is still transported to the place of deliverance in bags to complete the carload. Considering that a Toyota Dyna 280 can carry 4500 to 5000 kg and a bag carries only about 50 kg, it takes 90 to 100 bags to complete a carload. The selling price of a sand bag is about 300$00 to 400$00 (circa 3 to 4€), whereas a carload (Toyota Dyna 280) is about 7,000$00 to 8,000$00 (circa 64 to 73€). The sand is sold mainly to truckers, construction contractors and nearby residents. The truckers (men) are the ones who actually benefit from this activity, buying the sand to the miners and sell it to the end consumer for about 15,000$00 (circa 135€). The delivery of sand to buyers is always carried out at night and early morning to avoid the fines and the seizure of the sand (and the vehicle) by the authorities. The preference for Toyota Dyna 280 is due to the ability of these vehicles to easily move through the alleys of the neighborhood and to escape the authorities because of the speeds that can reach with its turbo engine. The respondents demonstrate a widespread awareness of the various negative economic and environmental impacts resulting from their activity. But they claim that sand mining is one of the few existing alternatives to provide the sustenance of their households. The comparison of the past and the current conditions of Calhetona beach shows that in the last 40-50 years, since the beginning of intensive sand mining in this beach, there was a clear environmental degradation depicted by the retreat of the shoreline, the near absence of sand or the predominence of gravel, the presence of a permanent saltwater pond parallel to the seashore, the salinization of nearby soils, and the consequent negative impacts on turtle nesting, beach tourism and agriculture

Avaliação da estrutura genética de peixes migradores na área de influência da barragem da Itaipu Binacional

Anais do V Encontro de Iniciação Científica e I Encontro Anual de Iniciação ao Desenvolvimento Tecnológico e Inovação – EICTI 2016 - 05 e 07 de outubro de 2016 – Sessão BiológicasA maneira de se estudar a biodiversidade é muito ampla. Ela pode ser entendida e estudada em termos de moléculas como diversidade genética, a qual é de grande importância dado que é a matéria-prima sobre a qual a seleção natural e outras forças evolutivas agirão nas populações e espécies. Além disso, representa o valor adaptativo para as mudanças ambientais, reprodução e sobrevivência. Assim, o monitoramento desta diversidade em populações naturais e/ou de interesse econômico é essencial, pois os efeitos antrópicos nas áreas de ocorrência destas, produzem modificações na paisagem e trazem consigo alterações nas dinâmicas naturais de fluxo gênico e consequente perda de diversidade genética, reduzindo o potencial evolutivo e adaptativo das espécies. Em particular, os ambientes aquáticos de água doce estão entre os que mais sofrem os efeitos anteriores, devido ao ritmo acelerado da exploração dos recursos pesqueiros, poluição e principalmente construção de barragens. Esta última, leva a fragmentação e alteração tanto da dinâmica quanto do curso natural dos rios, criando uma barreira para o fluxo gênico e a migração da ictiofauna. Estes efeitos são, principalmente, sentidos pelas espécies de peixes reófilas (migratórias) que, na época da reprodução percorrem grandes distâncias tanto para se dirigem às cabeceiras dos rios para desovar como para adquirir maturação gonadal durante o percurso. Assim, o presente trabalho teve como objetivo avaliar geneticamente a espécie migratória Pseudoplatystoma corruscans (pintado) tanto a jusante como a montante da barragem da ITAIPU binacional para verificar os índices de fluxo gênico e estruturação populacional da espécie, analisando assim, em última instancia a eficiência do canal da piracema

Estrutura genética do pintado (Pseudoplatystoma Corruscans) na área de influência da barragem da Itaipu Binacional

Anais do VI Encontro de Iniciação Científica e II Encontro Anual de Iniciação ao Desenvolvimento Tecnológico e Inovação – EICTI 2017 - 04 a 06 de outubro de 2017 - temática Ciências BiológicasA fragmentação de habitas aquáticos, decorrente da construção de usinas hidroelétricas, é um dos fatores responsáveis pela queda na diversidade da ictiofauna, principalmente, no que refere a espécies migratórias de peixes, que tem suas rotas migratórias interrompidas, levando ao isolamento de populações previamente conectadas. Como consequências, surgem mudanças na diversidade e estruturação genética das populações, que comprometem o valor adaptativo das espécies envolvidas. Deste modo, a implementação dos sistemas de transposição para peixes (STP) surge como uma alternativa para mitigar estes efeitos, permitindo o deslocamento dos peixes através da barragem. Contudo, a efetividade dos STP é amplamente questionada na literatura, por ser seletivo para algumas espécies e/ou permitir a transposição, apenas, no sentido jusante-montanteUniversidade Federal da Integração Latino-Americana (Unila); Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq); Fundação Araucária; Parque Tecnológico Itaipu (PTI) e Companhia de Saneamento do Paraná (SANEPAR

Review of Measures to Control Airborne Pollutants in Broiler Housing

Broiler housing is a significant source of airborne pollutants from animal production, which lead to degradation of indoor air quality and outdoor emissions, particularly ammonia, nitrous oxide, carbon dioxide, methane, hydrogen sulphide, odours and particulate matter. In this chapter, we first analyse the current state of the art on the consequences of these pollutants on broiler farming, farm workers, and the environment. This includes the factors affecting pollutants generation, quantification, and mitigation measures suppressing airborne pollutants. Next, we describe different best available techniques for environmental protection and sustainability of broiler production, namely feeds and feeding management, feed supplements, bedding management and treatment of exhaust air. Thus, broiler farms should select mitigation strategies based on several considerations, such as location, climate conditions, environmental policies and financial resourcesinfo:eu-repo/semantics/publishedVersio

Nitric oxide and nitrous oxide emissions from cattle-slurry and mineral fertiliser treated with nitrification inhibitor to an agricultural soil: a laboratory approach

Research ArticleThe application of organic and mineral fertilisers to soil can result in increased gaseous emissions to the atmosphere such as nitric oxide (NO) and nitrous oxide (N2O) gases. The aim of this study was to evaluate under laboratory conditions the effects on mineral N dynamics and NO and N2O emissions of application to soil of cattle slurry derived liquid fraction (LF) obtained by screw press and mineral fertiliser (MF), both treated with or without the nitrification inhibitor 3,4-dimethylpyrazole phosphate (DMPP). An aerobic laboratory incubation was performed over 93 days with a Dystric Cambisol amended with mechanically separated LF or mineral fertiliser ammonium sulphate only or combined with DMPP. Two additional treatments were included: soil only and soil amended with DMPP. Nitrogen immobilisation was the dominant process with MF amendment, whereas N mineralisation has been observed with LF. The application of LF reduced significantly NO emissions by 80% relative to mineral but no differences were observed with N2O emissions. The addition of DMPP to MF induced a decrease of 18 and 29% in NO and N2O emissions whereas DMPP combined with LF reduced (numerically but not statistically) these emissions in 20 and 10%, respectively. Results obtained in our study suggest that N (NO + N2O) losses can be mitigated by adding DMPP to mineral fertilisers or replacing mineral fertiliser by LFinfo:eu-repo/semantics/publishedVersio