Experience in Utilization of Phylogenetic Analysis for Epidemiological Investigation of HIV Infection Case

Objective of the study was to investigate a criminal case of infection with HIV, applying molecular-genetic analysis of blood plasma samples from an estimated source of an infection and the recipient for evaluation of probability of epidemiological connection between them. Materials and methods. The study involved genotyping and phylogenetic analysis of nucleotide sequences of HIV-1 variants, isolated from patients in the investigated group and the control one (19 nucleotide sequences of the HIV-1 from the patients living in the Saratov region, and 15 nucleotide sequences from GenBank). Genotyping was performed using the commercial ViroSeq HIV-1 Genotyping System. The sub-typing of HIV-1 strains was carried out on-line, through the COMET HIV-1/2 and HCV and REGA HIV-1 Sybtyping Tool programs. Phylogenetic analysis of nucleotide sequences was carried out by Mega software, version 5.2. Phylogenetic trees were constructed; nucleotide distances were calculated by Kimura method (bootstrap level 1000). Results and conclusions. Virus variants, isolated from the studied samples, were defined as HIV-1 A subtype. Performed phylogenetic analysis showed that nucleotide sequences of the studied samples authentically grouped on the phylogenetic tree, forming a common cluster, which mismatched that of control group. Calculation of the genetic distance testifies that the genetic relation between the samples within the investigated group is higher, than between the same samples and those of the control group. Thus, by means of phylogenetic analysis it is shown that the strains received from an estimated source of infection and the recipient are genetically closer to each other, than to the strains from the group of comparison. In this regard, it is possible to claim with a big share of confidence that probability of epidemiological connection between them exists

Реальные опционы в управлении современной корпорацией: перспективы использования и проблема оценки

In the given article the approaches to the core of strategic management of company are showed, the role and meaning of various indexes for estimation of corporate strategies effectiveness are analyzed. On the basis of characteristic of modern conceptions about management effectiveness of corporation the interconnection of corporations’ strategies with method of real option valuation is revealed, the objective necessity to use this method is disclosed with the aim of increasing the company’s valuation and effectiveness of individual project. The nature of adequate estimation of option value is shown. Though the scientific activity in the given area is very active, there is no method of valuation, which can give precisely the quantitative formula of management decisions, built on the base of real options. For valuation of real options the three main methods are in usage, they are: the Binominal Option Pricing Model, the Black-Scholes Model and the Monte Carlo Method. In the given article the following is presented: the core of the approaches, their benefits and drawbacks and the picture of calculation of Real Option price. In the Conclusion part the resume and recommendations are submitted those of choosing this or that method of valuation.Раскрыты подходы к сущности стратегического управления в компании, проанализированы роль и значение различных показателей для оценки эффективности корпоративных стратегий. На основе характеристики современных представлений об эффективности управления раскрыта взаимосвязь стратегий корпорации с методом реальных опционов, выявляется объективная необходимость использования этого метода для повышения стоимости компании и эффективности отдельного проекта. Показано значение адекватной оценки стоимости реальных опционов. Хотя научная деятельность в данной области весьма активна, еще не существует метода оценки, который бы абсолютно точно мог дать количественное выражение управленческим решениям, построенным на основе реальных опционов. Для оценки стоимости реальных опционов используется три основных метода: биноминальная модель, модель Блэка-Шоулза и метод Монте-Карло. В статье представлены суть каждого подхода, их достоинства и недостатки, а также пример расчетов стоимости реального опциона. В заключение сделан вывод и даны рекомендации по выбору метода оценки стоимости реального опциона

Problems of nonlinear fracture mechanics: construction of eigenfunctions in a nonlinear eigenvalue problem using the small parameter method

Целью данной работы является получение асимптотического решения нелинейной задачи на собственные значения, которая следует из проблемы определения напряженно – деформированного состояния у вершины трещины антиплоского сдвига. Для вычисления собственных значений и соответствующих им собственных функций применялся метод искусственного малого параметра, который оказался очень эффективным, даже для больших значений показателя n. Чем больше значения n, тем больше слагаемых следует удерживать в асимптотическом разложении искомых функций. Это приведет к усложнению процедуры построения собственных функций в случае более сложных задач о трещинах нормального отрыва и поперечного сдвига. Получена сумма асимптотического ряда. Она представляет собой разложение собственной функции в ряд. В настоящей работе получено точное выражение для собственной функции нелинейной задачи на собственные значения. Asymptotic solutions of the nonlinear eigenvalue problems resulting from the problem of determining the stress-strain state near the crack tip of antiplane shear in power law materials are obtained. It is shown that the method of article small parameter is an effective way to obtain eigenvalues even for large values of n

Prevalence and Structure of HIV-1 Drug Resistance to Antiretrovirals in the Volga Federal District in 2008–2019

The increasing number of HIV-infected people who are receiving ART, including those with low adherence, is causing the spread of HIV drug resistance (DR). A total of 1396 plasma samples obtained from treatment-experienced patients from the Volga federal district (VFD), Russia, were examined to investigate HIV DR occurrence. The time periods 2008–2015 and 2016–2019 were compared. Fragmentary Sanger sequencing was employed to identify HIV resistance to reverse transcriptase inhibitors (RTIs) and protease inhibitors (PIs) using an ABI 3500XL genetic analyzer, a ViroSeq™ HIV-1 genotyping system (Alameda, CA, USA) and AmpliSense HIV-Resist-Seq reagent kits (Moscow, Russia). In 2016–2019, HIV DR was detected significantly more often than in 2008–2015 (p < 0.01). Mutations to RTIs retained leading positions in the structure of DR. Frequencies of resistance mutations to nucleoside and non-nucleoside RTIs (NRTIs and NNRTIs) in the spectra of detected mutations show no significant differences. Resistance to NRTIs after 2016 began to be registered more often as a part of multidrug resistance (MDR), as opposed to resistance to a single class of antiretrovirals. The frequency of DR mutations to PIs was low, both before and after 2016 (7.9% and 6.1% in the spectrum, respectively, p > 0.05). MDR registration rate became significantly higher from 2008 to 2019 (17.1% to 72.7% of patients, respectively, p < 0.01). M184V was the dominant replacement in all the years of study. A significant increase in the frequency of K65R replacement was revealed. The prevalence of integrase strand transfer inhibitor (INSTI) resistance mutations remains to be investigated

Реальные опционы в управлении современной корпорацией: перспективы использования и проблема оценки

In the given article the approaches to the core of strategic management of company are showed, the role and meaning of various indexes for estimation of corporate strategies effectiveness are analyzed. On the basis of characteristic of modern conceptions about management effectiveness of corporation the interconnection of corporations’ strategies with method of real option valuation is revealed, the objective necessity to use this method is disclosed with the aim of increasing the company’s valuation and effectiveness of individual project. The nature of adequate estimation of option value is shown. Though the scientific activity in the given area is very active, there is no method of valuation, which can give precisely the quantitative formula of management decisions, built on the base of real options. For valuation of real options the three main methods are in usage, they are: the Binominal Option Pricing Model, the Black-Scholes Model and the Monte Carlo Method. In the given article the following is presented: the core of the approaches, their benefits and drawbacks and the picture of calculation of Real Option price. In the Conclusion part the resume and recommendations are submitted those of choosing this or that method of valuation.Раскрыты подходы к сущности стратегического управления в компании, проанализированы роль и значение различных показателей для оценки эффективности корпоративных стратегий. На основе характеристики современных представлений об эффективности управления раскрыта взаимосвязь стратегий корпорации с методом реальных опционов, выявляется объективная необходимость использования этого метода для повышения стоимости компании и эффективности отдельного проекта. Показано значение адекватной оценки стоимости реальных опционов. Хотя научная деятельность в данной области весьма активна, еще не существует метода оценки, который бы абсолютно точно мог дать количественное выражение управленческим решениям, построенным на основе реальных опционов. Для оценки стоимости реальных опционов используется три основных метода: биноминальная модель, модель Блэка-Шоулза и метод Монте-Карло. В статье представлены суть каждого подхода, их достоинства и недостатки, а также пример расчетов стоимости реального опциона. В заключение сделан вывод и даны рекомендации по выбору метода оценки стоимости реального опциона