Genetic diversity and population structure in Physalis peruviana and related taxa based on InDels and SNPs derived from COSII and IRG markers

AbstractThe genus Physalis is common in the Americas and includes several economically important species, among them is Physalis peruviana that produces appetizing edible fruits. We studied the genetic diversity and population structure of P. peruviana and characterized 47 accessions of this species along with 13 accessions of related taxa consisting of 222 individuals from the Colombian Corporation of Agricultural Research (CORPOICA) germplasm collection, using Conserved Orthologous Sequences (COSII) and Immunity Related Genes (IRGs). In addition, 642 Single Nucleotide Polymorphism (SNP) markers were identified and used for the genetic diversity analysis. A total of 121 alleles were detected in 24 InDels loci ranging from 2 to 9 alleles per locus, with an average of 5.04 alleles per locus. The average number of alleles in the SNP markers was two. The observed heterozygosity for P. peruviana with InDel and SNP markers was higher (0.48 and 0.59) than the expected heterozygosity (0.30 and 0.41). Interestingly, the observed heterozygosity in related taxa (0.4 and 0.12) was lower than the expected heterozygosity (0.59 and 0.25). The coefficient of population differentiation FST was 0.143 (InDels) and 0.038 (SNPs), showing a relatively low level of genetic differentiation among P. peruviana and related taxa. Higher levels of genetic variation were instead observed within populations based on the AMOVA analysis. Population structure analysis supported the presence of two main groups and PCA analysis based on SNP markers revealed two distinct clusters in the P. peruviana accessions corresponding to their state of cultivation. In this study, we identified molecular markers useful to detect genetic variation in Physalis germplasm for assisting conservation and crossbreeding strategies

Memorias : XX Congreso Institucional de Investigaciones

Este documento, recoge 10 resúmenes de los trabajos presentados como resultado del proyecto en investigación sobre salud oral e investigación en ingeniería, salud y medio ambiente y biología, para el XX congreso institucional de investigaciones de la Universidad del Bosque. Los productos obtenidos como parte de la investigación son: (1) Condición periodontal en pacientes colombianos con artritis idiopática juvenil (AIJ); (2) Efecto del ácido hipocloroso sobre el sistema amortiguador del pH de la saliva. Estudio in vitro e in vivo; (3) Efecto oxidativo del ácido hipocloroso sobre las proteínas salivales: estudio in vitro; (4) Evaluación del ácido hipocloroso como agente antiplaca para uso en la cavidad oral. Parte I: sustantividad, efecto antiplaca y efectos adversos; (5) Identificación de los factores de virulencia de Klebsiella pneumoniae aislada de cavidad oral asociada a fuentes de contaminación exógena; (6) Modulación de la expresión de factores de crecimiento por ácido hipocloroso sobre fibroblastos gingivales humanos; (7) Potencial de diferenciación y expansión neuronal in vitro a partir de Células Troncales de pulpa dental humana; (8) Resolvina D1 inhibe la expresión de moléculas de adhesión en células endoteliales de arteria coronaria humana estimuladas con lipopolisacárido de P. gingivalis. Estudio in vitro; (9) Viabilidad de microorganismos periodontopáticos y bacilos entéricos después del tratamiento con ácido hipocloroso en comparación con clorhexidina; (10) Modelo in vivo de regeneración ósea mandibular a partir de células troncales dentales humanas.Departamento Administrativo de Ciencia, Tecnología e Innovación [CO] Colciencias1308-519-28960Inducción de disfunción endotelial in vitro por lipopolisacarido de bacterias periodontopaticas e inhibición de la inflamación por resolvina (rvd1) y estatina (rosuvastatina)n