Perfiles de supervivencia ajustados mediante modelos lineales y de weibull: estimando estructuras estables y estacionarias para poblaciones de ungulados del pleistoceno

Los perfiles de supervivencia y de mortalidad de mamíferos pueden proporcionar información sobre el contexto ambiental de localidades arqueopaleontológicas del Pleistoceno, así como, sobre los agentes implicados en los procesos de formación del yacimiento. El contexto ambiental y la disponibilidad de carne eran factores relevantes para determinar los asentamientos humanos en Europa durante el Pleistoceno. Por esta razón, profundizar en la paleoecología de comunidades de grandes mamíferos puede proporcionar información clave sobre la evolución humana y patrones de dispersión. En este estudio comparamos dos aproximaciones matemáticas que permiten reconstruir perfiles de supervivencia y de mortalidad de grandes mamíferos y sus estructura de edad: el modelo lineal y el modelod e Weibull. Ambos aproximaciones proporcionan resultados similares para todas las especies de grandes mamíferos analizadas. El coeficiente de correlación más bajo fue para Bison bison (0.789), pero la diferencia en biomasa estimada entre los modelos se reduce a menos del 2%. Cuando ambas metodologías fueron comparadas a nivel de comunidad en los yacimientos de Orce, los índices ecológicos usados para comparar las metodologías también mostraron diferencias de menos del 2%. Dadas la similitudes en las salidas de los modelos, proponemos un uso preferencial del modelo de Weibull por su potencia y mayor facilidad de computación en comparación con el modelo lineal. Además, los parámetros λ y k del modelo de Weibull aportan información sobre la fertilidad y la madurez de las estructuras de población, siendo útiles para diferenciar entre estrategias reproductivas de las especies comparadas. Por tanto, nuestros resultados apoyan que el modelo de Weibull es una herramienta valiosa para investigar la disponibilidad de recursos cárnicos y el nivel de competencia entre los carnívoros en las comunidades de grandes mamíferos europeas del Pleistoceno en las que vivieron los humanos.Universidad de Málaga. Campus de Excelencia Internacional Andalucía Tech

Modeling mammals food webs in the Orce sites: Quantitative reconstruction of prey-predator relationships for the first humans of Western Europe

The meat was a relevant trophic resource for the first hominin dispersal in Europe during Early Pleistocene times. Moreover, meat availability could have conditioned human presence due to the intensity of competition with other carnivores for the access to these resources. From this point of view, it is very interesting to test past ecosystems which have fossil records before and after human presence. The Early Pleistocene sites of Orce (Baza Basin, Spain) offer a unique opportunity to analyze the food webs of the mammalian paleocommunities. With an age of 1.6-1.5 Ma and absence of evidence on human presence, the Venta Micena (VM) site provides the scenery before the initial peopling. In contrast, Barranco León (BL) and Fuente Nueva-3 (FN3), dated at around 1.4 Ma, preserve evidence of human presence. The latter sites have provided huge large mammals assemblages with an excellent state of preservation, which has allowed carrying out a number of taphonomic, geochemical isotopic and paleoecological analyses, contextualizing the environmental condition of the first human settlements in Western Europe. For this reason, it is very interesting to reconstruct the Orce food webs for estimating how meat availability could have influenced their structure. In this study, we have applied a mathematical approach based on Leslie matrices to quantify the biomass of large mammals available to the guild of secondary consumers, including humans in BL and FN3, in order to analyze the pattern of meat distribution and intraguild competition. The results for the Orce food webs showed that meat was not the main limiting factor to hominin presence in Western Europe before 1.4 Ma.Universidad de Málaga. Campus de Excelencia Internacional Andalucía Tech

Lymph node tissue kallikrein-related peptidase 6 mRNA: a progression marker for colorectal cancer

BACKGROUND: A most important characteristic feature for poor prognosis in colorectal cancer (CRC) is the presence of lymph node metastasis. Determination of carcinoembryonic antigen (CEA) mRNA levels in lymph nodes has proven powerful for quantification of disseminated tumour cells. Here, we investigate the utility of human tissue kallikrein-related peptidase 6 (KLK6) mRNA as a progression biomarker to complement CEA mRNA, for improved selection of patients in need of adjuvant therapy and intensified follow-up after surgery. METHODS: Lymph nodes of pTNM stage I-IV CRC-(166 patients/503 lymph nodes) and control (23/108) patients were collected at surgery and analysed by quantitative RT-PCR. RESULTS: Lymph node KLK6 positivity was an indicator of poor outcome (hazard ratio 3.7). Risk of recurrence and cancer death increased with KLK6 lymph node levels. Patients with KLK6 lymph node levels above the 90th percentile had a hazard ratio of 6.5 and 76 months shorter average survival time compared to patients with KLK6 negative nodes. The KLK6 positivity in lymph nodes with few tumour cells, that is, low CEA mRNA levels, also indicated poor prognosis (hazard ratio 2.8). CONCLUSION: In CRC patients, lymph node KLK6 positivity indicated presence of aggressive tumour cells associated with poor prognosis and high risk of tumour recurrence. British Journal of Cancer (2012) 107, 150-157. doi: 10.1038/bjc.2012.220 www.bjcancer.com Published online 14 June 2012 (C) 2012 Cancer Research U

Genetic effects on longitudinal cognitive decline during the early stages of Alzheimer's disease

Cognitive decline in early-stage Alzheimer’s disease (AD) may depend on genetic variability. In the Swedish BioFINDER study, we used polygenic scores (PGS) (for AD, intelligence, and educational attainment) to predict longitudinal cognitive change (measured by mini-mental state examination (MMSE) [primary outcome] and other cognitive tests) over a mean of 4.2 years. We included 260 β-amyloid (Aβ) negative cognitively unimpaired (CU) individuals, 121 Aβ-positive CU (preclinical AD), 50 Aβ-negative mild cognitive impairment (MCI) patients, and 127 Aβ-positive MCI patients (prodromal AD). Statistical significance was determined at Bonferroni corrected p value < 0.05. The PGS for intelligence (beta = 0.1, p = 2.9e−02) was protective against decline in MMSE in CU and MCI participants regardless of Aβ status. The polygenic risk score for AD (beta = − 0.12, p = 9.4e−03) was correlated with the rate of change in MMSE and was partially mediated by Aβ-pathology (mediation effect 20%). There was no effect of education PGS on cognitive measures. Genetic variants associated with intelligence mitigate cognitive decline independent of Aβ-pathology, while effects of genetic variants associated with AD are partly mediated by Aβ-pathology

Omfang og effekter af mikroplast forurening i jord - med særligt fokus på recirkulering af affaldsprodukter

• Mikroplast forekommer i restprodukter fra menneskers husholdning, som kan bruges som gødning på marker. Der er mange gode grunde til at genanvende restprodukterne, men tvivl om mikroplasts effekter på jordens fertilitet begrænser genanvendelsen. • Der er mikroplast i organisk husholdningsaffald og spildevandsslam, men et klart og nuanceret billede af indholdet findes ikke. Spildevandsslam indeholder mange små partikler (primært fibre og fragmenter), hvorimod organisk husholdningsaffald indeholder flere større fragmenter (flager fra emballage og poser). Der er indikation på at kompost indeholder flest partikler pr. fosforenhed. • Mikroplast findes i jorden, men der er få studier der har målt koncentrationen på masseenhed. Der findes ikke sammenlignelige data mellem felt- og laboratorieforsøg, ligesom der ikke findes studier der evaluerer massebalancen af mikroplast (og derved nedbrydning), og det er endnu ikke klart i hvilket omfang restprodukter anvendt som gødning bidrager til forurening af jorden sammenlignet med andre kilder (landbrugsplast, henkastning af affald, bearbejdning af jorden mv.). • Forskning inden for mikroplast-effekter i jordmiljøet er et relativt nyt område, hvor de fleste resultater indtil videre er fra laboratorieforsøg. Laboratorieforsøg bruger ofte reducerede systemer, ligesom de ofte bruger højere koncentrationer end man vil forvente at finde i feltforsøg. Det kan give udfordringer i forhold til tolkningen, hvis man forsøger at overføre disse resultater til feltskala. • Det er vist i nogle laboratorieforsøg at mikroplast kan have en effekt på jordlevende organismer. Mange organismer indtager småt mikroplast, hvilket potentielt kan have forskellige negative virkninger på organismen, og kan fungere som første led i bioakkumulering af mikroplast. Der er dog på nuværende tidspunkt ikke konsensus i litteraturen (nogle studier viser negative effekter, mens andre ikke finder effekter af mikroplast), og antallet af effekt-studier foretaget ved miljørealistiske plastkoncentrationer og under miljørealistiske eksponeringsscenarier er stadig begrænset. • Det er observeret at mikroplast tilsat jord i meget høje koncentrationer kan have en negativ effekt på plantevækst, men det antages at det i særlig grad er indirekte effekter, såsom ændret næringsstoftilgængelighed, forandringer i jordstrukturen og dermed jordens evne til at dræne eller tilbageholde vand, samt planters mulighed for at indgå symbioser med organismer som mykorrhiza-svampe og Rhizobium-bakterier. Egentlige strukturelle ændringer af jorden som følge af mikroplastforurening, må antages først at ske ved meget høje mikroplast-koncentrationer. • I laboratoriestudier er det vist at både struktur og funktion af mikrobielle samfund kan påvirkes af eksponering til mikroplast, men generelt undersøges og observeres effekterne ved mikroplast-koncentrationer, som er højere end de koncentrationer der er målt i almindelig landbrugsjord. • Andre fremmedstoffer som organisk forurening og tungmetaller kan adsorberes til mikroplast. Det gør at mikroplast kan fungere som bærer af fremmedstoffer, hvis organismer indtager det, men samtidig kan det også gøre fremmedstoffer mindre tilgængelige for eksempelvis planter og dyr. • CRUCIAL-forsøget er gødet med komposteret husholdningsaffald og spildevandsslam i 20 år, i niveauer som er højere end tilladt (svarende til over 100 års tilførsel). Derfor forventes det at eventuelle skadelige stoffer (mikroplast, tungmetaller, organisk forurening) i produkterne er akkumuleret til et niveau der svarer til, eller er højere end den akkumulering man kunne forvente ved mere end 100 års almindelig gødningspraksis. Det skal bemærkes, at vi endnu ikke har kvantificeret plastindholdet i CRUCIAL jord eller de tilførte gødningsprodukter, men foreløbige pilotanalyser af jord fra CRUCIAL indikerer at der er store forskelle i både plastindhold og plasttype i jord fra de forskellige gødningsbehandlinger. Vi har ikke fundet skadelige virkninger af tilførte affaldsprodukter på regnormesamfund, potentialet for kvælstoffiksering eller jordens fødenet. • Tilførslen af spildevandsslam og komposteret husholdningsaffald i CRUCIAL-forsøget har fremmet jordens sundhed, hvad angår mikroorganismer, dyr og planters trivsel sammenlignet med ugødet jord. Produkterne har bidraget til et højere indhold af organisk stof i jorderne, og fungeret som næring, samtidigt med at der ikke er fundet indikationer på utilsigtede virkninger af en cocktail af uønskede stoffer, herunder mikroplast, tungmetaller og organiske fremmedstoffer, vi antager er tilført med særligt de organiske gødningsprodukter over årene. • I fremtidige studier bør der især fokuseres på at inkludere felt- og storskala model-økosystem-forsøg. For at kunne sammenligne forskellige studier er det nødvendigt at standardisere metoder til prøvetagning og måling af koncentrationen af mikroplast i gødning og jord. Desuden er det vigtigt at undersøge effekten af mikroplast på jordlevende organismer i felten eller i terrestriske model-økosystemer

Thermal stability and thermoelectric properties of p-type Ba_8Ga_(16)Ge_(30) clathrates

The thermal stability of p-type Ba_8Ga_(16)Ge_(30) clathrates grown from gallium flux has been tested by heat treatment in low pressure Ar atmosphere at 400, 600, and 800 °C. Significant gallium loss was observed for all samples during heat treatment. The treatment at 400 °C does not significantly change the sample properties, and the samples remain p-type and comparable to the untreated, as-prepared, sample. At 600 °C the sample switches from extrinsic p-type to extrinsic n-type, presumably due to significant loss of Ga, and shows a high thermopower but a reduced electrical conductivity compared to as-made n-type samples. Surprisingly, after a thermal treatment at 800 °C, the crystal structure seemingly loses less Ga, only reducing the hole concentration to near intrinsic levels and thus has a negative impact on ZT. Regardless of the heat treatment temperature of the p-type samples the thermal conductivity remained exceptionally low, for some samples 0.9 W/m K. Heat treatment can thus greatly affect the thermoelectric properties of p-type Ba_8Ga_(16)Ge_(30), but the crystal structure remains intact

Genetic changes that increase 5-hydroxymethyl furfural resistance in ethanol-producing Escherichia coli LY180

The ability of a biocatalyst to tolerate furan inhibitors present in hemicellulose hydrolysates is important for the production of renewable chemicals. This study shows EMFR9, a furfural-tolerant mutant of ethanologenic E. coli LY180, has also acquired tolerance to 5-hydroxymethyl furfural (5-HMF). The mechanism of action of 5-HMF and furfural appear similar. Furan tolerance results primarily from lower expression of yqhD and dkgA, two furan reductases with a low Km for NADPH. Furan tolerance was also increased by adding plasmids encoding a NADPH/NADH transhydrogenase (pntAB). Together, these results support the hypothesis that the NADPH-dependent reduction of furans by YqhD and DkgA inhibits growth by competing with biosynthesis for this limiting cofactor