Impact of CRISPR/Cas9 on the expressions of selected immune genes in salmonid cells

The discovery of CRISPR/Cas9 as a gene editing tool has revolutionized the field of molecular biology due to its huge potential for innovative applications. However, the biosafety concerns on CRISPR/Cas9-mediated gene editing like off-target mutations, triggering of cell death, and induction of cellular stress need to be elucidated. This thesis aims to investigate the impacts of electroporation and the individual components of CRISPR/Cas9, i.e. sgRNA, Cas9 and RNP complex on ASK-1 cells, using the gene expression of hsp90, hsp70, mhc I, igt and igm as indicators of the impacts. Electroporation was used as a transfection method to edit the cr2 gene and deliver the individual components of CRISPR/Cas9 into the ASK-1 cells. The relative gene expression of the target genes was measured using RT-qPCR and ef-1α was used as the reference gene. The results of this study showed that electroporation as a cell transfection method do not affect the expression of hsp90 and mhc I in ASK-1 cells. On the other hand, the hsp70 was significantly upregulated in Day 2 and Day 7 samples of sham treatment (shocked cells only), however, this might not be due to electroporation since the effect was not seen in other treatments where electroporation was also employed as a mode of transfection. The CRISPR/Cas9 components, sgRNA, Cas9, and RNP complex did not show any effect on the expression of hsp70 and mhc I. Moreover, the expression of hsp90 was not affected by sgRNA and Cas9 components, however it was significantly upregulated in the RNP complex treatment group, both in Day 2 and Day 7 samples. This effect might be the consequence of cr2 gene mutation, as many studies have shown that hsp90 was upregulated during mutations to buffer its lethal effect. The gene expression of igm and igt genes were too low to detect, thus, their gene expression cannot be calculated. To conclude, this study has shown that the electroporation and the CRISPR/Cas9 components did not cause cellular stress nor affected the expression of the immune genes. The impacts that were seen seem to be not attributed to the CRISPR/Cas9-mediated gene editing procedure and components. However, these findings were limited only for the protocols and conditions used in this study using ASK-1 cell line as a model

Den hybride hverdagen

Denne masteroppgaven ser nærmere på hvordan hybride løsninger, det vil si bruken av hjemmekontor og fysisk kontor, har påvirket lederrollen. Med utgangspunkt i primærdata hentet inn gjennom syv semistrukturerte intervjuer, med henholdsvis ledere og medarbeidere tar studien for seg hovedtemaene styring og ledelse, samt roller og forventninger. Hovedvekten av oppgavens teori omhandler Henry Mintzbergs (1973) tre rollekategorier. Videre legger vi frem teori om blant annet temaene ledelse, fjernarbeid og kommunikasjon. Ledelse er et godt utforsket tema, men det finnes begrenset forskning på hvordan digitale løsninger påvirker lederrollen. Vi har utforsket problemstillingen ved hjelp av to forskningsspørsmål: 1. Hvordan har hybride løsninger påvirket forventningene til både leder og medarbeider? 2. Hvordan har hybride løsninger påvirket kommunikasjonen mellom leder og medarbeider? Studiens funn tyder på at som leder i en verden preget av hybride løsninger stilles det nå høyere forventninger til tilgjengelighet og lederens overordnede mellommenneskelige rolle. Gjennom studiet fremkommer det derimot ikke å være 100 % konsensus for hva ledere og medarbeidere tenker om lederens rolle. Videre tyder også studiens funn på at det er oppstått et økt behov for informasjonsdeling og informasjonsflyt. Samtlige av studiens informanter trekker frem at all informasjon som deles digitalt nå gjentas flere ganger. Vi har forstått det slik at ønsket om fleksibilitet i hverdagen vedvarer selv etter korona-pandemien er over, og ser også at flere bedrifter opplever det som fornuftig å benytte seg av hybride løsninger for å skape en balanse mellom arbeid og fritid

The fear of drowning in your own body

Bakgrunn: Hjertesvikt har en stadig økende forekomst, og er et av de største helseproblemene vi har i dag, noe som hovedsakelig skyldes lengre levealder og antall eldre øker. Forekomsten av hjertesvikt er knyttet til redusert livskvalitet, høy sykelighet og dødelighet. Hjertesvikt fører til et klinisk endret sykdomsbilde, som følge av sykdommens konsekvenser. Formål: Formålet med litteraturstudiet er økt kunnskap og forståelse om menneskets opplevelse av å leve med kronisk hjertesvikt. Samtidig fremme sykepleierens engasjement, og se hva sykepleie kan bidra med for at eldre med kronisk hjertesvikt skal oppnå økt trygghet og sosial deltakelse. Problemstilling: Hvilke faktorer har betydning for at eldre hjemmeboende pasienter med kronisk hjertesvikt skal mestre å bo hjemme? Metode: Litteraturstudiet består av 9 kvalitative forskningsartikler, hvor 5 er reviewartikler. Artiklene baseres på eldre personers egne erfaringer og opplevelser av å leve med kronisk hjertesvikt i eget hjem, samt mangler og utfordringer knyttet til dette. Resultat: Funn i litteraturstudiet viser til at eldre med kronisk hjertesvikt preges av en opplevelse av frykt, usikkerhet, redsel og mangel på kontroll over egen sykdom, noe som fører til problemer med å oppfylle egen rolle, redsel knyttet til døden og en følelse av å være fengslet i egen sykdom. Dette viser til mangel på trygghet og sosiale deltagelse, noe som sykepleiere kan påvirke igjennom kommunikasjon og samhandling, veiledning og kunnskap om egen sykdom og kontinuitet og tilstedeværelse som ulike tiltak i praksis. Dette er utslagsgivende tiltak. Nøkkelord: Eldre, kronisk hjertesvikt, mestring, opplevelser, følelser, hjemmeboende og sykepleie

Effects of acute exposure to dispersed oil and burned oil residue on long-term survival, growth, and reproductive development in polar cod (Boreogadus saida)

Accepted manuscript version, licensed CC BY-NC-ND 4.0. Published version available at https://doi.org/10.1016/j.marenvres.2018.09.005.The present study investigates the potential long-term physiological effects on maturing polar cod (Boreogadus saida), an Arctic key species, after an acute exposure (48 h) to environmentally realistic concentrations of either mechanically dispersed oil (MDO), chemically dispersed oil (CDO) or burned oil residues (BO) (N = 58–60 per treatment). Following exposure, fish were monitored in a common tank supplied with clean water for a seven-month period coinciding with the period of reproductive development. Females exposed to BO residues were more frequently found in an earlier phase of gonadal maturation compared to unexposed females while no effects of different oil spill response (OSR) actions were seen in the reproductive development of males. Mechanically and chemically dispersed oil induced a transient short-term reduction in growth in the first week post-exposure. Overall, no significant long-term effects of exposure were seen in growth or mortality. Ultimately, this study provides information for the assessment of population consequences of different OSR actions as part of a net environmental benefit analysis

Environmental and production survey methodology to estimate severity and extent of aquaculture impact in three areas of the Philippines

The project “Environmental Monitoring and Modelling of Aquaculture in the Philippines” known as EMMA, was undertaken by the National Integrated Fisheries Technology Development Centre (NIFTDC) of the Bureau of Fisheries and Aquatic Resources (BFAR) and Akvaplan-niva AS of Tromsø, Norway. The project was funded by the Norwegian Agency for Development Cooperation (NORAD). This project tested survey equipment for the monitoring of aquaculture impact to the water column and sediment. Baseline surveys were undertaken as the goal of the study was to develop suitable aquaculture monitoring techniques and adapt predictive models to assist in identifying risk areas for aquaculture and allow planned development of sustainable aquaculture. Three different locations were chosen as case studies - Bolinao, Pangasinan (marine site), Dagupan (brackish water site), and Taal Lake (freshwater site). Production surveys were also undertaken to estimate production and nutrient outputs to the water bodies in order to be able to link aquaculture production with severity and extent of impacts. Different methodologies for the estimation of production were tested to find a cost effective and accurate methodology

Learning biophysically-motivated parameters for alpha helix prediction

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Our goal is to develop a state-of-the-art protein secondary structure predictor, with an intuitive and biophysically-motivated energy model. We treat structure prediction as an optimization problem, using parameterizable cost functions representing biological "pseudo-energies". Machine learning methods are applied to estimate the values of the parameters to correctly predict known protein structures.</p> <p>Results</p> <p>Focusing on the prediction of alpha helices in proteins, we show that a model with 302 parameters can achieve a Q_{<it>α </it>}value of 77.6% and an SOV_{<it>α </it>}value of 73.4%. Such performance numbers are among the best for techniques that do not rely on external databases (such as multiple sequence alignments). Further, it is easier to extract biological significance from a model with so few parameters.</p> <p>Conclusion</p> <p>The method presented shows promise for the prediction of protein secondary structure. Biophysically-motivated elementary free-energies can be learned using SVM techniques to construct an energy cost function whose predictive performance rivals state-of-the-art. This method is general and can be extended beyond the all-alpha case described here.</p

Diversity of hard-bottom fauna relative to environmental gradients in Kongsfjorden, Svalbard

A baseline study of hard-bottom zoobenthos in relation to environmental gradients in Kongsfjorden, a glacial fjord in Svalbard, is presented, based on collections from 1996 to 1998. The total species richness in 62 samples from 0 to 30 m depth along five transects was 403 species. Because 32 taxa could not be identified to species level and because 11 species are probably new to science, the total number of identified species was 360. Of these, 47 species are new for Svalbard waters. Bryozoa was the most diverse group. Biogeographic composition revealed features of both Arctic and sub-Arctic properties of the fauna. Species richness, frequency of species occurrence, mean abundance and biomass generally decreased towards the tidal glaciers in inner Kongsfjorden. Among eight environmental factors, depth was most important for explaining variance in the composition of the zoobenthos. The diversity was consistently low at shallow depths, whereas the non-linear patterns of species composition of deeper samples indicated a transitional zone between surface and deeper water masses at 15&#x2013;20 m depth. Groups of &#x201C;colonial&#x201D; and &#x201C;non-colonial&#x201D; species differed in diversity, biogeographic composition and distribution by location and depth as well as in relation to other environmental factors. &#x201C;Non-colonial&#x201D; species made a greater contribution than &#x201C;colonial&#x201D; species to total species richness, total occurrence and biomass in samples, and were more influenced by the depth gradient. Biogeographic composition was sensitive to variation of zoobenthic characteristics over the studied depth range. A list of recorded species and a description of sampling sites are presented

Lidar based object detection for an autonomous race car

Med utviklingen innen autonom teknologi de siste årene har autonomi nå entret racingscenen. Som en del av konkurransen Formula Student, konkurrerer lag mot hverandre med førerløse racerbiler. Racerbilene kjører helt autonomt på baner definert av kjegler, der målet er at bilen skal manøvrere seg så raskt som mulig gjennom racerbanen. Dette stiller høye krav til deteksjonssystemet, som må lokalisere og klassifisere kjegler nøyaktig, i sanntid. Lidarer for autonome formål antas å være egnet for denne type oppgaver, da de gir nøyaktig posisjonsdata, sammen med intensitetsdata som potensielt kan brukes til klassifisering. I denne masteroppgaven implementeres og testes et rammeverk for kjegledeteksjon, basert på lidardata. Det består av et lokaliseringssystem som bruker Euklidisk klynging i tillegg til filtrering, for å finne kjeglekandidater. Ettersom metoden er utsatt for falske positiver, blir kjeglekandidatene 2D-projisert til 28 × 28 bilder, som klassifiseres av et CNN. Dette fanger formen til en kjegle, som antas å filtrere ut falske positiver. Ved å introdusere intensitet til de 2D-projiserte bildene, blir det repeterbare mønsteret på tvers av høyden til en kjegle inkludert. Dette lar CNN klassifisere farge i tillegg til form. Videre introduseres et rammeverk for lidar-lidar-fusjon. Dette består av kalibrering og synkronisering, hvor ego-bevegelse-kompensasjon er en forutsetning. Resultatene viser at CNN kan forbedre presisjon og gjøre fargegjenkjenning med en overordnet nøyaktighet pa 98.9% og 97.3% på testdata, for hendholdsvis formklassifisering og farge- og formklassifisering. Basert på stasjonære scenarier, klarer lokaliseringssytemet å finne kjegler opp til minst 28 meter. Klassifikatorene klarer å bestemme kandidater på 15m og 10m, basert på henholdvis formklassifisering, og form- og fargeklassifisering. Det ble funnet at kombinert form- og fargeklassifikator ikke er så bra som formklassifikatoren for å filtrere ut falske positiver. Selv om resultatene er lovende, er det nødvendig med mer treningsdata og testing på realistiske baner. Lidar-lidar-fusjonen hadde en kalibreringsfeil, som gjorde at resultatene relatert til fusjonslokalisering ble korrupte. Følgelig er rekalibrering nødvendig. Synkronisering og ego-bevegelse-kompensasjon bør videre testes og verifiseres i høyhastighetsscenarier