Најчести бактериски изолати од примероци од рани – тригодишна студија

Aim: The aim of our study was to determine the most common bacteria isolated from wound samples and tо compare the frequency of the resistant bacteria isolated over a 3-year period. Material and methods: During a three years period (2017-2019) a total of 11 863 wound samples (wound swabs, punctuates, exudates, tissue, etc.) were obtained from the hospitalized patients in the University Clinics of the ,,Mother Theresa” campus, the City hospital ,,8th September” and the University Clinic for surgical diseases ,,St. Naum Ohridski” in Skopje. All samples were processed at the Institute of Microbiology and Parasitology, Faculty of Medicine, Skopje. They were examined by standard microbiology techniques. Identification and susceptibility of microorganisms were done by both standard methods and automatized Vitek 2 system. Results: Out of a total number of samples, which was 3 463 in 2017, 4 127 in 2018 and 4 273 in 2019, positive were 2 068 (60%), 2 302 (55.8%) and 2 387 (55.9%), respectively. From the total of aerobes/facultative anaerobes (2 758, 2 949 and 3 279 in three consecutive years, 2017, 2018 and 2019, respectively), Staphylococcus aureus was the most predominant isolate (19.5%, 16.6%, 16.9%) followed by Enterococcus spp (16%, 16%, 16.7%), Pseudomonas aeruginosa (12%, 13%, 12.7%) and E. coli (10%, 10.4%, 10.7%). Considering anaerobic bacteria, the percentage of Gram positive anaerobes (Peptostreptococcus) has decreased from 33% to 18% out of a total number of anaerobes, unlike Gram negative anaerobes in which the increasing percentage was mostly observed in bacteria of the genus Bacteroides (from 39% to 45%). The percentage of the resistant strains of MRSA, CNS-MR and VRE was almost the same in that period. In Gram-negatives the percentage of ESBL-positive isolates of E. coli and Enterobacter spp. increased consecutively from 2017 to 2019. The increase in the percentage of resistant strains was more noticeable in ESBL-positive isolates of Klebsiella pneumonia between 2017 and 2018, but in 2019 a percentage decrease can be observed. Considering carbapenem-resistant (CR) Enterobacterales, an increase in the resistance was noticeable in K. pneumonia. The increase in the percentage of resistant strains in Enterobacter spp. between 2017 and 2018, as well as the decrease between 2018 and 2019 was statistically significant. The percentage of CR-isolates of Pseudomonas aeruginosa was from 30% to 38% and for Acinetobacter spp. this percentage was from 81% to 85%. Conclusion: The knowledge of the most commonly isolated bacterial pathogens, especially the presence of resistant bacteria, is crucial and should be continuously monitored in order to understand, construct and update effective treatment algorithms and guidelines.Цел: Цел на студијата е да се детектираат најчестите бактерии изолирани од примероци од рани и да се спореди процентот на резистентни бактерии во тригодишниот период. Материјал и методи: Во период од три години (2017-2019) беа земени вкупно  11 863 примероци од рани (брисеви, пунктати, ексудати, ткиво и др.) од пациенти хоспитализирани во Универзитетските клиники во кампусот ,,Мајка Тереза”, Градската болница ,,8. Септември” Универзитетската клиника за хируршки болести ,,Св. Наум Охридски” во Скопје. Сите примероци беа обработени на Институтот за микробиологија и паразитологија, Медицински факултет, Скопје. За обработка беа користени стандардни микробиолошки техники. Идентификацијата на бактериите, како и одредување на нивната осетливост кон антимикробни средства беше направена со стандардни и автоматизирани методи (Vitek 2- систем).  Резултати: Од вкупниот број на примероци кој изнесуваше  3 463 во  2017, 4 127 во 2018 и 4 273 во 2019 год., позитивни беа 2 068 (60%), 2 302 (55,8%) и 2 387 (55,9%), последователно. Од вкупниот број аероби/факултативно анаероби (2 758, 2 949 и 3 279 во три последователни години, 2017, 2018 и 2019 год.), најчесто изолирана беше бактеријата Staphylococcus aureus (19,5%, 16,6% и 16,9%), потоа Enterococcus spp (16%, 16% и 16,7%), Pseudomonas aeruginosa (12%, 13% и  12,7%) и E. coli (10%, 10,4% и 10,7%). Од анаеробните бактерии, беше детектирано намалување на процентот на Грам-позитивните анаероби (Peptostreptococcus) од 33% на 18%, од вкупиот број на анаероби, за разлика од Грам-негативните анаероби каде беше детектирано зголемување на тој процент, особено кај бактериите од родот Bacteroides (од 39% на 45%). Процентот на резистентни соеви (MRSA, CNS-MR и VRE) беше речиси идентичен во испитуваниот период. Кај Грам-негативните бактерии, беше детектирано зголемување на процентот на ESBL-позитивни изолати на E. coli и Enterobacter spp. во периодот од 2017 до 2019, а кај  Klebsiella pneumoniaе во периодот од 2017 и 2018 имаше зголемување, а во 2019 намалување на тој процент. Во однос на карбапенем-резистентните (CR) ентеробактерии, кај К. pneumoniae беше детектирано зголемување на процентот на резистентни изолати во сите три години, додека, пак, кај Enterobacter spp. тој процентот беше повисок меѓу 2017 и 2018, а во 2019 год. статистички значајно понизок. Процентот на CR- изолати на Pseudomonas aeruginosa беше помеѓу 30% и 38%, а за Acinetobacter spp. овој процент беше меѓу 81% и 85%. Заклучок: Потребно е континуирано мониторирање на најчесто изолираните бактерии од примероците од рани, особено присуството на резистентни бактерии, со цел примена на соодветни алгоритми и водичи за ефективен третман на инфекциите на рани. &nbsp

In Vitro Susceptibility Testing of Aspergillus and Non-Aspergillus Filamentous Moulds to Antifungal Agents: Evaluation of Three Different Methods

Abstract Aim: The aim of this study was to evaluate the suitability of Sensititre YeastOne (SYO) method for susceptibility profiles' determination of non-Aspergillus moulds and of E-test for Aspergillus spp. and non-Aspergillus moulds, in comparison with the M38-A reference broth microdilution (BMD) method. Material and Methods: A total of 33 clinical isolates of filamentous fungi were tested. Results: The agreement between E-test and BMD at ± 2 dilutions was 82.4%, 83.3% and 82.4% for amphotericin B, itraconazole and voriconazole, respectively. The agreement between SYO and BMD at ± 2 dilutions was 76.5%, 66.7% and 88.2% for amphotericin B, itraconazole and voriconazole, respectively. The majority of differing results are due to higher MICs with the reference method. In particular, SYO was unable to detect some of the potentially amphotericin B resistant strains. We found that both E-test and SYO method were reproducible and served as suitable methods for antifungal susceptibility testing of moulds. Conclusion: In conclusion, both E-test and SYO method are promising, but require further investigation to identify the optimum conditions for their use in testing of susceptibility profiles of filamentous fungi to antifungal agents

Евалуација на (1,3)--d-гликан есеј во дијагноза на инвазивни инфекции со Аspergillus

Invasive fungal infections caused by Aspergillus are a significant problem in immunocompromised and critically ill patients and associated with increased morbidity and mortality. Early diagnosis of invasive aspergillosis is still a big clinical and diagnostic challenge. Conventional methods are not sensitive enough, and therefore, there is a need for rapid, more sensitive methods for early diagnosis of invasive fungal infections with Aspergillus. The aim of this study was to evaluate the diagnostic performance, sensitivity and specificity of serological panfungal (1,3)-b-D-glucan marker compared to conventional method for diagnosis of invasive fungal infections with Aspergillus. Material and methods: Specimens of 125 patients divided into 4 groups (group I - immune deficiency, group II - prolonged ICU stay, group III - chronic aspergillosis, group IV - cystic fibrosis), classified according to clinical diagnosis and EORTC/MSG criteria, were analyzed at the Institute of Microbiology and Parasitology, with conventional and serological methods, during a period of two years. Results: A total of 71 isolates of Aspergillus were confirmed in this study. Four isolates were recovered from bloodculture of patients with primary immune deficiency. With BAL culture, Aspergillus was detected in the group of chronic aspergillosis (63.33%), followed by the groups of cystic fibrosis (56.67%), primary immune deficiency (51.43%), and the group with prolonged ICU stay (43.33%). Sensitivity and specificity of BAL culture were: 64.29% and 100%, 59.09% and 100%, 54.55% and 12.5%, 100% and 54.17%, in I, II, III and IV group, respectively. In 79.1% (53/67) from positive BAL cultures in all groups, A. fumigatus was confirmed, of which, 32.1% (17/53) in group III, followed by group I – 26.42% (14/53) and group IV – 26.42% (14/53), and 15.1% (8/53) in group II. Other species confirmed in BAL were A. flavus 16.42% (11/67) and A.terreus 4.48% (3/67). Sensitivity and specificity of the serological panfungal (1,3)-b-D-glucan (BDG) marker were: 64.71% and 85.71%, 50% and 87.5%, 36.36% and 50%, in groups I, II and III, respectively. No positive findings of the panfungal (1,3)-b-D-glucan (BDG) marker were found in the group with cystic fibrosis. Conclusion: The results obtained in this study have demonstrated that a positive (1,3)-b-D-glucan assay highlights the value of this test as a diagnostic adjunct in the serodiagnosis of invasive fungal infections with Aspergillus, and along with the results from conventional mycological investigation, helped in reaching a timely antifungal treatment with a favorable clinical outcome.  Инвазивните фунгални инфекции со Aspergillus претставуваат сериозен проблем кај имунокомпромитираните лица и критично болните лица, и се асоцирани со зголемен морбидитет и морталитет. Рана дијагноза на инвазивната аспергилоза е сѐ уште голем клинички и дијагностички предизвик. Конвенционалните методи не се доволно сензитивни, и заради тоа, се наметнува потреба за брзи и посензитивни методи за рана дијагноза на инвазивни фунгални инфекции со Aspergillus. Целта на оваа студија беше да се евалуира дијагностичкиот перформанс, сензитивноста и специфичноста на серолошкиот панфунгален маркер (1,3)-b-D-гликан споредено со конвенционалниот метод за дијагноза на инвазивните фунгални инфекции со Aspergillus. Материјал и методи: Примероци од 125 пациенти, поделени во 4 групи (група I - имун дефицит, група II - пролонгиран престој во ЕИЛ, група III - хронична аспергилоза, група IV - цистична фиброза), и класифицирани според клиничката дијагноза и EORTC/MSG критериумите, беа анализирани на Институтот за микробиологија и паразитологија, со конвенционални и серолошки методи, во тек на две-годишен период. Резултати: Вкупно 71 изолат на Aspergillus беа потврдени во оваа студија. Четири изолати беа докажани во хемокултура, кај пациенти со примарен имун дефицит. Со култура на БАЛ, Aspergillus најчесто беше детектиран во групата на хронична аспергилоза (63,33%), по што следуваа групите со цистична фиброза (56,67%), примарен имун дефицит (51,43%), и групата лица со пролонгиран престој во единиците за интензивно лекување (43,33%). Сензитивноста и специфичноста на културите на БАЛ беа: 64,29% и 100%, 59,09% и 100%, 54,55% и 12,5%, 100% и 54,17%, во I, II, III и IV група, соодветно. Во 79,1% (53/67) од позитивните култури на БАЛ во сите групи, беше докажан A.fumigatus, од кои, 32,1% (17/53) од група III, потоа 26,42 % (14/53) од група I и 26,42% (14/53) од група IV, како и 15,1% (8/53) од група II. Други специеси потврдени во БАЛ беа A.flavus 16,42% (11/67) и A.terreus 4,48% (3/67). Сензитивноста и специфичноста на серолошкиот панфунгален (1,3)-b-D-гликан (BDG) маркер беа: 64,71% и 85,71%, 50% и 87,5%, 36,36% и 50%, во групите I, II и III, соодветно. Не беа детектирани позитивни наоди од панфунгалниот (1,3)-b-D-гликан (BDG) маркер во групата со цистична фиброза. Заклучок: Резултатите од оваа студија покажаа дека позитивен наод на (1,3)-b-D-гликан ја истакнува вредноста на овој тест како дијагностичко надополнување во серодијагнозата на инвазивните фунгални инфекции со Aspergillus, и заедно со резултатите од конвенционалните миколошки испитувања, помагаат во навремена примена на антифунгална терапија, и постигнување поволен клинички исход.

Идентификација на микрофлората од усната празнина на егзотични змии чувани како домашни миленици

In recent years, snakes have become suitable pets for people with little spare time. By buying these animals people ignore the fact that they carry many microorganisms that are pathogenic for humans. The idea of ​​this study was to identify the microorganisms from the oral cavity of exotic snakes kept as pets in the Republic of North Macedonia, which can help in the treatment of bite infections if they occur. The study comprised 30 snakes of 9 species, from 3 families of non-venomous snakes: Pythonidae, Boidae and Colubridae. Snakes are part of the 5 largest collections of exotic snakes in the Republic of North Macedonia. Only one swab from the oral cavity was taken from each snake. The brushes were cultured and microscopically analyzed at the Institute of Microbiology and Parasitology at the Faculty of Medicine in Skopje. From 59 isolated microorganisms from the oral cavity of 30 exotic snakes, 37.3% were Gram-positive bacteria, 61.01% were Gram-negative bacteria and 1.69% were fungi. Of the total number of microorganisms, Pseudomonas aeruginosa was predominant with 27.11%, Providencia rettgeri / Proteus vulgaris with 18.64% and KONS / Micrococcus luteus with 16.94%. Pseudomonas aeruginosa was present in all three snake families, with 62.5% of the snake in the fam. Pythonidae; 50% in the fam. Boidae and 50% in the fam. Colubridae. The isolate Providencia rettgeri / Proteus vulgaris was most frequently found in the fam. Colubridae with 71.43%, followed by fam. Pythonidae with 12.5%, but was not isolated in any specimen of the fam. Boidae. The microbiome of the non-venomous snakes is composed of Gram-positive bacteria in healthy snakes, but also in snakes kept in inadequate hygienic conditions. Gram-negative bacteria were predominant, of which the most significant was the presence of multiple drug resistance Pseudomonas aeruginosa. Snakes as pets require proper knowledge of terms and conditions.Последниве години змиите станаа актуелни домашни миленици за луѓето кои имаат малку слободно време. Но, при купување на овие животни се занемарува фактот дека се носители на голем број микроорганизми кои се патогени за човекот. Идејата на овој труд беше да се идентификуваат микроорганизмите во усната празнина кај егзотични змии кои се чуваат како домашни миленици во Република Северна Македонија, со што би помогнале во третманот  на инфекции при каснување.  Во студијата се опфатени 30 змии од 9 видови, од 3 фамилии на неотровни змии: Pythonidae, Boidae и Colubridae. Змиите се дел од 5 најголеми колекции на егзотични змии во Република Северна Македонија. Од секоја змија беше земен само по еден брис од усната шуплина. Брисевите беа културелно и микроскопски обработувани на Институтот за микробиологија и паразитологија на Медицинскиот факултет при УКИМ во Скопје. Од вкупно 59 изолирани микроорганизми од усната празнина на 30 егзотични змии, 37,3% беа Грам-позитивни бактерии, 61,01% беа Грам-негативни бактерии и 1,69% беа габи. Доминантни беа бактериите Pseudomonas aeruginosa со 27,11%, Providencia rettgeri / Proteus vulgaris со 18,64% и KONS / Micrococcus luteus со 16,94%. Pseudomonas aeruginosa беше застапен кај сите три фамилии на змии, и тоа со 62,5% кај фам. Pythonidae, 50% кај фам. Boidae и 50% кај фам. Colubridae. Изолатот Providencia rettgeri /Proteus vulgaris беше најмногу присутен кај фам. Colubridea со 71,43, потоа кај фам. Pythonidae 12,5%, но воопшто не беше изолиран кај ниту еден примерок од фам. Boidae. Микробиомот на неотровните змии беше составен од Грам-позитивни бактерии кај здрави змии. Кај змиите чувани во несоодветни хигиенски услови  предоминираа Грам-негативните бактерии, од кои најзначајно беше присуството на Pseudomonas aeruginosa, кој често е отпорен на повеќе групи антимикробни средства. Змиите како домашни миленици бараат соодветно познавање на условите за чување и нега

Variation in HRM profile of ITS regions.

<p>The negative first derivative (-dF/dt) of the normalized melt curve of rDNA ITS1, ITS2 and full-length ITS region of <i>C</i>. <i>albicans</i> and <i>P</i>. <i>kudriavzevii</i> are shown.</p

Euclidean distance is a poor metric for comparing melt curves.

<p>(A) Melt profiles of eight samples of <i>C</i>. <i>albicans</i> strain SC5314 illustrating the variation inherent in melt curve acquisition. (B) Dendrogram of nearest neighbor clustering results using Euclidean distances. The four melt curves obtained for each strain in <a href="http://www.plosone.org/article/info:doi/10.1371/journal.pone.0173320#pone.0173320.t001" target="_blank">Table 1</a> were averaged and the Euclidean distances between the averaged curves was clustered.</p

The effect of DTW step patterns and window sizes on melt curve clustering.

<p>(A) DTW distances between all 204 melt curves obtained for the 51 strains in <a href="http://www.plosone.org/article/info:doi/10.1371/journal.pone.0173320#pone.0173320.t001" target="_blank">Table 1</a> were calculated using each of the possible Rabiner and Juang step patterns and slope combinations (21). Distances were calculated with no window constraint or with the window size varied from 1 to 20. Dots indicate successful nearest-neighbor clustering of all 204 melt curves into 18 species-specific groups. Green dots indicate step pattern and slope combinations successful even in the absence of window constraints. Red dots represent those distances for which clustering was successful only with the indicated window size. (B) The minimum silhouette width (34) as a function of window size for step pattern Type 6b.</p

Melt profiles differ between <i>C</i>. <i>dubliniensis</i> subtypes.

<p>The melt profile of a <i>C</i>. <i>dubliniensis</i> Genotype 1 strain, clinical isolate CI_39o, and the two database standards, both of Genotype 2, is shown.</p