Simulace formování obrazu v elektronovém mikroskopu pomocí sledování elektronů

Kryoelektronová mikroskopie (cryo-EM) je rozvíjející se obor umožňující zobrazování molekul s rozlišením v řádech pikometrů. Snímky se získávají vystřelováním elektronů skrz vzorky molekul a detekcí rozptýlených elektronů. Z těchto dat lze následně zrekon- struovat 3D tvar molekul. V současné době je simulování tvorby snímku z cryo-EM založeno buď na naivních absorpčních modelech nebo na aplikaci komplikované vlnové funkce. V této práci zkoumáme možnost simulace snímku z cryo-EM pomocí trasování elek- tronů s využitím Monte Carlo přístupu. Kombinací algoritmu delta-tracking s funkcí elektronového pružného diferenciálního průřezu a s Rutherfordovými vzorci odvozujeme dva Monte Carlo estimátory. Tyto modely jsou dále implementovány ve vysoce výkon- ném prostředí C ++ / CUDA a porovnány s jinými běžně používanými modely. Naše simulované snímky vykazují značnou podobnost se známým vlnovým multislice mod- elem. Kvalitu naší simulace dále analyzujeme porovnáním s daty z reálných měření. Oba naše navrhované modely dosahují významně vyšších hodnot normalizované ko- relace s těmito daty než nejběžněji používaný absorpční model. Tato práce jednoznačně prokazuje použitelnost částicové simulace snímků z elektronového mikroskopu s využitím Monte Carlo přístupu a poskytuje intuitivní náhled do složitých procesů v...Cryogenic electron microscopy (cryo-EM) is an evolving field allowing molecular visu- alizations with picometer resolutions. Images are acquired by shooting electrons through molecular samples and detecting the scattered electrons. From such data, 3D shapes of the molecules can be inversely reconstructed. Currently, describing and simulating the cryo-EM image formation is based either on naive transmittance models or complicated wave-function formalisms. In this thesis, we explore the possibility of simulating cryo-EM image formation via Monte Carlo electron tracing. We combine a delta-tracking algorithm with an elec- tron elastic differential cross-section function and Rutherford formulae to derive two Monte Carlo estimators. The derived models are implemented in a high-performance C++/CUDA environment and compared with other common models. Our particle-based simulated images show considerable similarity to the wave-based state-of-the-art multi- slice model. We also evaluate our models on class averages of real measurements. Both of our proposed models have significantly higher normalized cross-correlation scores with the measured class averages when compared to the most commonly used transmittance model. The thesis proves the viability of a particle-based Monte Carlo simulation of elec- tron microscope...Department of Software and Computer Science EducationKatedra softwaru a výuky informatikyMatematicko-fyzikální fakultaFaculty of Mathematics and Physic

Państwo, gospodarka, społeczeństwo w integrującej się Europie TOM 2

Ze wstępu: "Sekcja Zarządzania i Marketingu w ramach III Międzynarodowej Konferencji organizowanej przez Krakowską Szkołę Wyższą im. A. F. Modrzewskiego obradowała pod hasłem „Zarządzanie i marketing w procesie globalizacji”. Zarówno procesy globalizacji, jak i integracji obejmują szerokie spektrum przemian we wszystkich dziedzinach życia, do czego nawiązuje tytuł konferencji. Globalizacja jest procesem niekontrolowanym lub kontrolowanym tylko w niewielkim stopniu, integracja zaś podlega kontroli integrujących się państw, zależy od ich woli. Integracja jest łączeniem się mniejszych struktur w większe, dostosowaniem norm, otwarciem na współpracę. Globalizacja wynika przede wszystkim z postępu technicznego, który ułatwił wymianę informacji w skali całego globu. Globalizacja prowadzi w swej konsekwencji do umiędzynarodowienia działalności gospodarczej. Wynalazki z dziedziny multimediów i przetwarzania danych pozwalają przekraczać wiele barier w dziedzinie ekonomii, socjologii, kultury, techniki. W wielu przypadkach może to osłabiać działanie administracji państwowych i programów rządowych kreujących politykę gospodarczą państwa. Szczególnego tempa globalizacja nabiera na rynku finansowym, gdzie wiele produktów czy usług ma niematerialny charakter."(...

Państwo i społeczeństwo w XXI wieku : harmonizacja europejskiej przestrzeni współpracy w dziedzinie prawa, kultury i turystyki

Słowo wstępne "Poszerzenie Unii Europejskiej w maju 2004 roku różniło się zasadniczo od wcześniejszych. Wymagało bowiem od państw kandydujących nie tylko ogromnego wysiłku dostosowawczego. Daje się ono porównać raczej z początkowym okresem integracji. Wtedy także trzeba było wkroczyć na zupełnie nieznane ścieżki, które stopniowo doprowadziły do jednolitego systemu instytucjonalnego i prawnego, na którym dziś opiera się Wspólnota. Kraje środkowej części naszego kontynentu wchodziły do Unii również z oczekiwaniem, że członkostwo podniesie rangę tych państw na arenie międzynarodowej oraz jednoznacznie określi ich nową pozycję w Europie. Jednoczenie się Europy jest wyrazem głębokiej wspólnoty kulturowej, czerpiącej ze śródziemnomorskich korzeni naszej cywilizacji."(...

Współczesne zagadnienia zarządzania: przedsiębiorstwo - biznes - region

Praca recenzowana / peer-reviewed pape

Zarządzanie procesami rynkowymi

Ze wstępu: "Opracowanie niniejsze przekazywane do rąk czytelników to plon działalności naukowej pracowników Wydziału Zarządzania i Marketingu Krakowskiej Szkoły Wyższej im. Andrzeja Frycza Modrzewskiego oraz pracowników innych uczelni z Polski i Europy. Duże zróżnicowanie tematyczne wynika m. in. z rozwoju Uczelni, Wydziału i poszerzenia współpracy krajowej i międzynarodowej z innymi jednostkami naukowymi. Pomimo tego, iż wiele artykułów ze względu na podejmowane w nich problemy trudno jednoznacznie zakwalifikować do jednej wąskiej dziedziny, zdecydowano o podziale materiału na trzy części: zarządzanie, finanse i marketing. O zakwalifikowaniu opracowania do poszczególnych części zadecydowała nie tylko istota rozważanego tematu, ale także często bardzo interesujące i odkrywcze powiązania z innymi dziedzinami szeroko pojętego zarządzania i ekonomii. Stąd też publikacja jest recenzowana przez trzech niezależnych recenzentów."(...

Administracja, zarządzanie i handel zagraniczny w warunkach integracji. Materiały konferencyjne - Zarządzanie bezpieczeństwem

Ze wstępu: "Bezpieczeństwo jest w coraz wyższej cenie. Zajmują się nim naukowcy oraz praktycy z różnych dziedzin. W najszerszym wymiarze pojęcie „bezpieczeństwo” sprowadzić można do słów: stan niezagrożenia, spokoju, pewności. Takie ogólne ujęcie problematyki bezpieczeństwa sprawia, że różne podmioty podchodzą wybiórczo do tych bardzo ważnych zarówno dla pojedynczych ludzi, jak i społeczeństwa zagadnień. Inaczej postrzegają i interpretują bezpieczeństwo politycy, prawnicy, ekonomiści, wojskowi, policjanci, lekarze, pedagodzy, a inaczej zwyczajni ludzie. W ich ujęciu bezpieczeństwo to: 1) stan świadomości człowieka, w którym czuje się on wolny od jakichkolwiek zagrożeń, pociągający za sobą poczucie spokoju i komfortu; 2) niczym niezakłócone współistnienie człowieka z innymi ludźmi i środowiskiem przyrodniczym; 3) stan bez lęku i niepokoju o siebie i innych, pewność jutra; 4) brak zagrożenia utraty zdrowia, mienia i życia, komfort psychiczny umożliwiający realizację życiowych marzeń i celów; 5) sytuacja, w której człowiekowi nic nie zagraża, a w nagłych i nieprzewidzianych sytuacjach może liczyć na pomoc i wsparcie innych."(...

Simulace formování obrazu v elektronovém mikroskopu pomocí sledování elektronů

Cryogenic electron microscopy (cryo-EM) is an evolving field allowing molecular visu- alizations with picometer resolutions. Images are acquired by shooting electrons through molecular samples and detecting the scattered electrons. From such data, 3D shapes of the molecules can be inversely reconstructed. Currently, describing and simulating the cryo-EM image formation is based either on naive transmittance models or complicated wave-function formalisms. In this thesis, we explore the possibility of simulating cryo-EM image formation via Monte Carlo electron tracing. We combine a delta-tracking algorithm with an elec- tron elastic differential cross-section function and Rutherford formulae to derive two Monte Carlo estimators. The derived models are implemented in a high-performance C++/CUDA environment and compared with other common models. Our particle-based simulated images show considerable similarity to the wave-based state-of-the-art multi- slice model. We also evaluate our models on class averages of real measurements. Both of our proposed models have significantly higher normalized cross-correlation scores with the measured class averages when compared to the most commonly used transmittance model. The thesis proves the viability of a particle-based Monte Carlo simulation of elec- tron microscope..

Pattern recognition for in-game spell systems

Magic is a popular element in current computer games. Although most games spoil the sensation of magic as of something extraordinarily subtle by allowing the player to cast spells by simply hitting key combinations, several games require the player to finish a more complicated action before casting a spell: Drawing a complicated glyph that represents the spell is one of such actions. This thesis aims to provide a repurposable library that would allow simple implementation of structured glyph-drawing-based in-game spell systems. The thesis studies several relevant approaches to pattern recognition, describes a neural-network based method for recognition of various shapes and shape combinations, develops a system for describing the parameters and results of the used algorithm in terms of predefined spell shapes and their recognized combinations, and implements this approach in a library and an accompanying simple demonstrational game. The library and its parameters are benchmarked and systematically optimized

Rozpoznávání tvarů pro herní systémy kouzel

Magic is a popular element in current computer games. Although most games spoil the sensation of magic as of something extraordinarily subtle by allowing the player to cast spells by simply hitting key combinations, several games require the player to finish a more complicated action before casting a spell: Drawing a complicated glyph that represents the spell is one of such actions. This thesis aims to provide a repurposable library that would allow simple implementation of structured glyph-drawing-based in-game spell systems. The thesis studies several relevant approaches to pattern recognition, describes a neural-network based method for recognition of various shapes and shape combinations, develops a system for describing the parameters and results of the used algorithm in terms of predefined spell shapes and their recognized combinations, and implements this approach in a library and an accompanying simple demonstrational game. The library and its parameters are benchmarked and systematically optimized.Magie tvoří v současných hrách populární element. Nicméně většina her kazí pocit z magie jakožto něčeho jedinečného, tím, že hráči umožní kouzlit pouhým stiskem několika kláves. Jsou však i hry vyžadují složitější mechanismus kouzlení, a právě kreslení komplexních symbolů je jedním z nich. Cílem této práce je nabídnout opakovatelně použitelnou knihovnu umožňující jednoduchou implementaci strukturovaného herního systému kouzel, založeného na kreslení symbolů. Práce zkoumá několik relevantních přístupů k rozpoznávání vzorů, popisuje metodu využívající neurální sítě k rozpoznání různých tvarů a jejich kombinací, vytváří systém pro popis parametrů a výsledků použitých algoritmů v rámci předdefinovaných tvarů kouzel a jejich rozpoznaných kombinací a implementuje tento přístup do knihovny a jednoduché doprovodné demonstrační hry. Knihovna a její parametry jsou porovnávány a systematicky optimalizovány.Department of Software EngineeringKatedra softwarového inženýrstvíMatematicko-fyzikální fakultaFaculty of Mathematics and Physic

Left Ventricle Outflow Obstruction by Reverse-Oriented Tricuspid Semilunar Valve-Like Endocardial Duplicatures

A 57-year-old female had a history of hypertension disease, and one year before her death, her ECG showed signs of left ventricle hypertrophy. She died with signs of heart failure with pulmonary edema development. At autopsy, there was left ventricle hypertrophy (wall thickness: 21 mm). In the left ventricle outflow channel, 15 mm below the aortic valve on the muscular wall, there were three white 1–1.5 mm thick membranous semilunar valve-like structures with the sizes of 9, 7, and 5 mm, with concavities opened into the left ventricle, reducing the outflow area by 21.5%. These structures were hanging on the regular muscular ventricular wall, without any visible fibrous anchoring structure and without formation of commissures, and were composed of fine collagen and elastic fibers. Gross anatomy as well as histological structure was different from the subaortic membrane. The reported accessory reverse-oriented tricuspid semilunar valve-like structure is an unusual finding of a structure in the left ventricular outflow tract, to which we could not find an analogy in the available literature