In vivo evidence for quasispecies distributions in the bovine respiratory syncytial virus genome

We analyzed the genetic evolution of bovine respiratory syncytial virus (BRSV) isolate W2-00131, from its isolation in bovine turbinate (BT) cells to its inoculation in calves. Results showed that the BRSV genomic region encoding the highly variable glycoprotein G remains genetically stable after virus isolation and over 10 serial infections in BT cells, as well as following experimental inoculation in calves. This remarkable genetic stability led us to examine the mutant spectrum of several populations derived from this field isolate. Sequence analysis of molecular clones revealed an important genetic heterogeneity in G coding region of each population, with mutation frequencies ranging from 6.8 to 10.1 10-4 substitutions/nucleotide. The non-synonymous mutations of the mutant spectrum mapped preferentially within the two variable antigenic regions of the ectodomain or close to the highly conserved domain. These results suggest that RSV populations may evolve as complex and dynamic mutant swarms, despite apparent genetic stability

Thermodynamic modeling of the condensable fraction of a gaseous effluent from lignocellulosic biomass torrefaction

The condensable fraction of the gaseous effluent from the torrefaction process of wood is a complex mixture of more than one hundred oxygenated species (alcohols, acids, aldehydes, ketones, furans, phenolic, gaïacols and sugars) diluted in water where some of them are likely to react. This effluent is currently burnt to provide energy but it could be valorized as bio-sourced chemicals. To recover target products like acetic acid, glycolaldehyde, furfural and eugenol a first step of thermodynamic modeling of this complex mixture is required to be able to propose different strategies of separation-purification. This was done here by coupling the UNIQUAC model with chemical equilibria involved in the reactive mixture. Binary interaction parameters were identified using vapor–liquid equilibria data from the literature. The predicted results are in good agreement with the experimental data of systems containing water, methanol, formaldehyde, acetic acid, formic acid, propionic acid, furfural and furfuryl alcohol, main components of the considered mixture and their associated reaction products

ABCC11 in breast cancer : Expression regulation by steroids and Structure / Function relationship study (Homology modeling and Genetic Polymorphism Influence)

Première cause de décès par cancer chez la femme, le cancer du sein développe souvent une résistance à la chimiothérapie pouvant impliquer des transporteurs ABC (ATP Binding Cassette). Ils transportent les médicaments hors de la cellule et diminuent leur efficacité thérapeutique. Nous nous sommes intéressés à la protéine ABCC11 ou MRP8 (Multidrug Resistance Protein 8), exprimée dans le sein et responsable de l’efflux de certains anticancéreux (5FdUMP et méthotrexate). Nous avons démontré que l’expression d’ABCC11 était dépendante des voies de signalisation impliquant ER (Récepteur aux œstrogènes) ou PR (Récepteurs à la Progestérone). De plus, le tamoxifène (antagoniste d’ER) et la dexaméthasone (activateur de PR), utilisés en association avec la chimiothérapie, induisent l’expression d’ABCC11 et influenceraient négativement la réponse aux traitements anticancéreux à base de substrats d’ABCC11. L’expression d’ABCC11 a été positivement corrélée à celles d’ER et PR dans des cancers du sein. En parallèle, nous avons généré 2 modèles in silico en conformation ouverte vers l’intracellulaire ou vers l’extracellulaire et identifier des acides aminés potentiellement critiques dans l’architecture de la protéine ainsi que dans la liaison avec certains substrats (5FdUMP et GMPc). Nous avons également généré les outils moléculaires permettant l’étude de l’impact de 13 SNP (Single Nucleotide Polymorphism) non synonymes d’ABCC11. En raison d’une instabilité des lignées cellulaires, l’étude n’a pu être menée à son terme. Notre travail a ainsi contribué à une meilleure caractérisation d’ABCC11 et souligne sa potentielle valeur pronostic et prédictive dans le traitement du cancer du sein.Leading cause of woman death by cancer, breast cancer can unfortunately develops chemotherapy resistance involving ABC (ATP Binding Cassette) transporters. They transport drugs out of cells and decrease their therapeutic efficiency. We studied one ABCC sub-family member: ABCC11 or MRP8 (Multidrug Resistance Protein 8), expressed in breast and responsible for anticancer agent efflux (5FdUMP and methotrexate). We have demonstrated that ABCC11 expression was associated with ER (Estrogen Receptor) and PR (Progesterone Receptor) signaling pathways. Furthermore, tamoxifen (ER antagonist) and dexamethasone (PR activator), used in association with chemotherapy, increased ABCC11 expression and would negatively influence the response of ABCC11 substrate based anticancer treatments. Moreover, ABCC11 expression was positively correlated to ER and PR expression in breast cancer. In parallel, we have generated two in silico models obtained by homology. They represent two different spatial conformations: intracellular-facing (ready to bind substrate) or extracellular-facing (ready to release substrate). This has allowed us to identify amino acid residues potentially essential for the protein architecture and for substrate binding (5FdUMP and cGMP). In order to analyze SNP (Single Nucleotide Polymorphism) impact on ABCC11 expression and function, we generated vectors coding a wild-type or a mutated ABCC11 with 13 nonsynonymous SNPs. But, we did not succeed to create stable expressing cell lines to make a complete study of those SNPs. In conclusion, our work led to ABCC11 better characterization and underlined its putative prognostic and predictive value in breast cancer treatment

ABCC11 dans le cancer du sein : régulation de l’expression par les stéroïdes et étude de la relation structure / activité (modélisation in Silico et rôle du polymorphisme génétique)

Leading cause of woman death by cancer, breast cancer can unfortunately develops chemotherapy resistance involving ABC (ATP Binding Cassette) transporters. They transport drugs out of cells and decrease their therapeutic efficiency. We studied one ABCC sub-family member: ABCC11 or MRP8 (Multidrug Resistance Protein 8), expressed in breast and responsible for anticancer agent efflux (5FdUMP and methotrexate). We have demonstrated that ABCC11 expression was associated with ER (Estrogen Receptor) and PR (Progesterone Receptor) signaling pathways. Furthermore, tamoxifen (ER antagonist) and dexamethasone (PR activator), used in association with chemotherapy, increased ABCC11 expression and would negatively influence the response of ABCC11 substrate based anticancer treatments. Moreover, ABCC11 expression was positively correlated to ER and PR expression in breast cancer. In parallel, we have generated two in silico models obtained by homology. They represent two different spatial conformations: intracellular-facing (ready to bind substrate) or extracellular-facing (ready to release substrate). This has allowed us to identify amino acid residues potentially essential for the protein architecture and for substrate binding (5FdUMP and cGMP). In order to analyze SNP (Single Nucleotide Polymorphism) impact on ABCC11 expression and function, we generated vectors coding a wild-type or a mutated ABCC11 with 13 nonsynonymous SNPs. But, we did not succeed to create stable expressing cell lines to make a complete study of those SNPs. In conclusion, our work led to ABCC11 better characterization and underlined its putative prognostic and predictive value in breast cancer treatment.Première cause de décès par cancer chez la femme, le cancer du sein développe souvent une résistance à la chimiothérapie pouvant impliquer des transporteurs ABC (ATP Binding Cassette). Ils transportent les médicaments hors de la cellule et diminuent leur efficacité thérapeutique. Nous nous sommes intéressés à la protéine ABCC11 ou MRP8 (Multidrug Resistance Protein 8), exprimée dans le sein et responsable de l’efflux de certains anticancéreux (5FdUMP et méthotrexate). Nous avons démontré que l’expression d’ABCC11 était dépendante des voies de signalisation impliquant ER (Récepteur aux œstrogènes) ou PR (Récepteurs à la Progestérone). De plus, le tamoxifène (antagoniste d’ER) et la dexaméthasone (activateur de PR), utilisés en association avec la chimiothérapie, induisent l’expression d’ABCC11 et influenceraient négativement la réponse aux traitements anticancéreux à base de substrats d’ABCC11. L’expression d’ABCC11 a été positivement corrélée à celles d’ER et PR dans des cancers du sein. En parallèle, nous avons généré 2 modèles in silico en conformation ouverte vers l’intracellulaire ou vers l’extracellulaire et identifier des acides aminés potentiellement critiques dans l’architecture de la protéine ainsi que dans la liaison avec certains substrats (5FdUMP et GMPc). Nous avons également généré les outils moléculaires permettant l’étude de l’impact de 13 SNP (Single Nucleotide Polymorphism) non synonymes d’ABCC11. En raison d’une instabilité des lignées cellulaires, l’étude n’a pu être menée à son terme. Notre travail a ainsi contribué à une meilleure caractérisation d’ABCC11 et souligne sa potentielle valeur pronostic et prédictive dans le traitement du cancer du sein

What relation exists between neuropsychological functioning, coping strategies and preoperative expectations in parkinsonian patients candidate to deep brain stimulation, and which impact do these factors have during postoperative period?

L’objectif de cette thèse était de déterminer si différentes psychothérapies préopératoires, et notamment une prise en charge de restructuration cognitive, avaient un impact sur le profil psychiatrique et psychologique de patients parkinsoniens subissant une stimulation cérébrale profonde des noyaux sous thalamiques. On cherchait d’une part à montrer l’impact de cette prise en charge restructurative sur les variables psychiatriques (dépression, anxiété, apathie), la perception de la maladie et les attentes concernant le résultat de la chirurgie, le déploiement de stratégies de coping, la qualité de vie et l’adaptation sociale. On cherchait, d’autre part, à déterminer l’interaction entre les capacités neuropsychologiques et le bénéfice que les patients pouvaient retirer de la prise en charge restructurative. Il apparaît que la prise en charge psychothérapique préopératoire, surtout restructurative, permette aux patients de moduler leur perception de la maladie et leurs attentes du résultat de la chirurgie. Certaines variables de la qualité de vie, notamment des variables mentales, apparaissent également plus améliorées chez les patients ayant bénéficié de la restructuration cognitive. L’ensemble des patients présente une utilisation forte de stratégies d’adaptation basée sur le soutien instrumental en préopératoire, alors qu’ils utilisent davantage la stratégie d’adaptation basée sur l’accommodation à leurs troubles en postopératoire. Par ailleurs, il existe un lien entre les performances neuropsychologiques et le bénéfice de la prise en charge psychothérapique préopératoire, à savoir la préservation des capacités exécutives de déduction, d’adaptation à un feedback, de conceptualisation et de mémoire de travail ainsi qu’une préservation des capacités mnésiques épisodiques verbales, sont liées à un meilleur bénéfice de la prise en charge psychothérapique sur la perception de la maladie et les attentes du résultat de la chirurgie. On n’observe pas d’impact de la prise en charge préopératoire sur le profil psychiatrique ou l’adaptation sociale.The purpose of this thesis was to determine the impact of different preoperative psychotherapies, particularly one based on cognitive restructuration, on the psychiatric and psychological profile of parkinson’s disease patients candidate to deep brain stimulation. On the one hand, we wanted to determine the impact of the restructurative therapy on psychiatric variables (depression, anxiety, apathy), disease perception, expectations for surgery, coping strategies, quality of life and social adjustment. On the other hand, we wanted to determine the possible interaction between neuropsychological variables and the impact of cognitiverestructuration. Parkinsonian patients can modulate their disease perception and their expectations toward the result of surgery, thanks to preoperative preparation, notably the restructurative one. Some quality of life variables, in particular the mental one, seem to be more improved after cognitive restructuration. The whole sample uses higher instrumental support preoperatively, whereas they use more accomodation strategy based on acceptation postoperatively. What is more, neuropsychological performances and impact of preoperative psychotherapy seem to be linked, as preservation of deducation, conceptualisation, feedback adaptation, working memory, are linked to a better impact of psychotherapy on disease perception and surgical expectations. No impact of preoperative preparation on psychiatric profile or social adjustment was observed

Quelles relations existe-t-il entre le fonctionnement neurocognitif, le type de stratégie mise en place et les attentes préopératoires chez des patients parkinsoniens candidats à la stimulation cérébrale profonde, et quel est l'impact de ces facteurs en postopératoire ?

The purpose of this thesis was to determine the impact of different preoperative psychotherapies, particularly one based on cognitive restructuration, on the psychiatric and psychological profile of parkinson’s disease patients candidate to deep brain stimulation. On the one hand, we wanted to determine the impact of the restructurative therapy on psychiatric variables (depression, anxiety, apathy), disease perception, expectations for surgery, coping strategies, quality of life and social adjustment. On the other hand, we wanted to determine the possible interaction between neuropsychological variables and the impact of cognitiverestructuration. Parkinsonian patients can modulate their disease perception and their expectations toward the result of surgery, thanks to preoperative preparation, notably the restructurative one. Some quality of life variables, in particular the mental one, seem to be more improved after cognitive restructuration. The whole sample uses higher instrumental support preoperatively, whereas they use more accomodation strategy based on acceptation postoperatively. What is more, neuropsychological performances and impact of preoperative psychotherapy seem to be linked, as preservation of deducation, conceptualisation, feedback adaptation, working memory, are linked to a better impact of psychotherapy on disease perception and surgical expectations. No impact of preoperative preparation on psychiatric profile or social adjustment was observed.L’objectif de cette thèse était de déterminer si différentes psychothérapies préopératoires, et notamment une prise en charge de restructuration cognitive, avaient un impact sur le profil psychiatrique et psychologique de patients parkinsoniens subissant une stimulation cérébrale profonde des noyaux sous thalamiques. On cherchait d’une part à montrer l’impact de cette prise en charge restructurative sur les variables psychiatriques (dépression, anxiété, apathie), la perception de la maladie et les attentes concernant le résultat de la chirurgie, le déploiement de stratégies de coping, la qualité de vie et l’adaptation sociale. On cherchait, d’autre part, à déterminer l’interaction entre les capacités neuropsychologiques et le bénéfice que les patients pouvaient retirer de la prise en charge restructurative. Il apparaît que la prise en charge psychothérapique préopératoire, surtout restructurative, permette aux patients de moduler leur perception de la maladie et leurs attentes du résultat de la chirurgie. Certaines variables de la qualité de vie, notamment des variables mentales, apparaissent également plus améliorées chez les patients ayant bénéficié de la restructuration cognitive. L’ensemble des patients présente une utilisation forte de stratégies d’adaptation basée sur le soutien instrumental en préopératoire, alors qu’ils utilisent davantage la stratégie d’adaptation basée sur l’accommodation à leurs troubles en postopératoire. Par ailleurs, il existe un lien entre les performances neuropsychologiques et le bénéfice de la prise en charge psychothérapique préopératoire, à savoir la préservation des capacités exécutives de déduction, d’adaptation à un feedback, de conceptualisation et de mémoire de travail ainsi qu’une préservation des capacités mnésiques épisodiques verbales, sont liées à un meilleur bénéfice de la prise en charge psychothérapique sur la perception de la maladie et les attentes du résultat de la chirurgie. On n’observe pas d’impact de la prise en charge préopératoire sur le profil psychiatrique ou l’adaptation sociale

Specific Passive Immunity Reduces the Excretion of Glycoprotein E-Negative Bovine Herpesvirus Type 1 Vaccine Strain in Calves

We investigated the excretion of either a glycoprotein E (gE)-negative bovine herpesvirus type 1 (BHV1) vaccine strain or a conventional modified-live vaccine strain in both naive and passively immunised calves. The replication of gE-negative strain was considerably reduced in the maternally immunised calves, in comparison with the non-immune calves. On the other hand, the excretion of the gE-positive conventional vaccine strain was not reduced and even seemed to be prolonged in the presence of maternal antibodies. These results suggest that BHV1 gE may play a role in virus survival in the presence of antibodies

Establishment of a Rabbit Model for Bovine Herpesvirus Type 5 Neurological Acute Infection

This study was conducted to evaluate the suitability of the rabbit as a model for bovine, herpesvirus 5 (BHV-5) acute infection. In a preliminary experiment, a total of 24 one-month old New Zealand white rabbits were inoculated with BHV-5 or bovine herpesvirus 1 (BHV-1) by the intraconjunctival, intracerebral or intranasal routes. BHV-5 or BHV-1 inoculated in the conjunctiva induced virus proliferation in the eye mucosae and the nasal cavity of rabbits without meningo-encephalitis. On the other hand, only BHV-5 infection by intranasal or intracerebral routes produced a fatal meningo-encephalitis. The intranasal route was used in a further experiment for the establishment of a rabbit model for BHV-5 infection. A total of 45 rabbits were inoculated intranasally with BHV-5 or BHV-1. The results showed that intranasal inoculation of BHV-5 strain N569 in rabbits was followed by the development of a lethal meningo-encephalitis for 66% of rabbits while all BHV-1 infected rabbits remained healthy throughout this experiment (28 days). Analysis between the mortalities of rabbits infected with BHV-5 and BHV-1 were highly significant (p < 0.001). The presence of BHV-5 in the central nervous system (CNS) was confirmed by virus isolation (essentially the cerebrum, midbrain and pons) and by immunohistochemical staining of BHV-5 antigen (essentially in the neurons of the cerebrum) only in BHV-5 infected rabbits showing clinical signs of meningo-encephalitis. The findings obtained confirmed the suitability of a rabbit model for the establishment of BHV-5 neurological acute infection and also as a valuable tool for the comparative study of BHV-5 and BHV-1 neuropathogenicity