Apport des nouvelles générations de séquençage pour accéder à la diversité des communautés microbiennes du sol : nécessité d’un ‘pipeline’ bio-informatique pour les biologistes

Communication orale, résuméLa diversité microbienne d’un sol est difficile à caractériser. Ceci s’explique par une accessibilité plus ou moins importante des populations au sein d’une matrice hétérogène et structurée, mais aussi par l’incapacité à résoudre une information constituée de 100 000 à 1 000 000 d’espèces différentes par gramme de sol. Toutefois, récemment, d’importantes avancées en biologie moléculaire ont permis de mieux caractériser la diversité des communautés microbiennes du sol in situ et ce sans a priori. Ainsi, la puissance des nouvelles générations de séquençage comme le pyroséquençage permettent de travailler en haut-débit afin d’obtenir plusieurs dizaines, voire plusieurs centaines de milliers de séquences à partir d’un ADN méta-génomique. De premières études ont déjà été réalisées avec cette technique afin d’aborder la diversité bactérienne des sols. Ces études ont, pour la première fois, permis de quantifier de façon exhaustive la diversité microbienne de sols en termes de richesse spécifique et de démontrer la pertinence, la faisabilité et la robustesse de cette approche. Cette approche est maintenant unanimement reconnue pour sa pertinence et ses potentialités très importantes, et ce afin de déterminer la diversité des microorganismes telluriques. Notre approche consiste en la caractérisation de la diversité taxonomique (bactérienne et fongique) de sols sur des échantillonnages de grande ampleur dans le temps et dans l’espace, avec comme objectifs : (i) de faire un inventaire exhaustif de la diversité microbienne tellurique, (ii) d’évaluer sa distribution spatiale, (iii) de mieux comprendre sa régulation et, (iv) in fine, de pouvoir relier cette diversité en fonctionnement biologique du sol et en services écosystémiques [1-3]. Cependant, l’étude d’un aussi grand nombre d’échantillons va entraîner la production massive de séquences. Ce caractère massif, ainsi que les caractéristiques inhérentes aux séquences obtenues par cette technique requièrent le développement d’outils bioinformatiques adaptés, optimisés et évalués, afin d’analyser rapidement et efficacement ce type de données. Ce nouveau pipeline d’analyse doit tout d’abord être facile d’utilisation et répondre aux attentes des différents utilisateurs, qu’ils soient compétents en bio-informatique, ou novices dans l’analyse de tels jeux de données. Il doit également permettre de gérer un grand nombre de séquences et d’automatiser les grandes étapes d’analyse (prétraitement, filtration, clustérisation, assignation taxonomique, calculs d’indices d’abondance et de diversité, taux de couverture,…). L’ensemble du système devra enfin être transféré sur un serveur de calcul et accessible au travers d’un serveur Web pour être accessible à la collectivité des écologistes microbiens. L’objectif étant de coupler, sur un grand nombre d’échantillons, cette approche avec des mesures d’activités et de faire le lien entre la diversité microbienne et l’aptitude des sols à rendre des services

Validation and Application of a PCR Primer Set to Quantify Fungal Communities in the Soil Environment by Real-Time Quantitative PCR

Fungi constitute an important group in soil biological diversity and functioning. However, characterization and knowledge of fungal communities is hampered because few primer sets are available to quantify fungal abundance by real-time quantitative PCR (real-time Q-PCR). The aim in this study was to quantify fungal abundance in soils by incorporating, into a real-time Q-PCR using the SYBRGreen® method, a primer set already used to study the genetic structure of soil fungal communities. To satisfy the real-time Q-PCR requirements to enhance the accuracy and reproducibility of the detection technique, this study focused on the 18S rRNA gene conserved regions. These regions are little affected by length polymorphism and may provide sufficiently small targets, a crucial criterion for enhancing accuracy and reproducibility of the detection technique. An in silico analysis of 33 primer sets targeting the 18S rRNA gene was performed to select the primer set with the best potential for real-time Q-PCR: short amplicon length; good fungal specificity and coverage. The best consensus between specificity, coverage and amplicon length among the 33 sets tested was the primer set FR1 / FF390. This in silico analysis of the specificity of FR1 / FF390 also provided additional information to the previously published analysis on this primer set. The specificity of the primer set FR1 / FF390 for Fungi was validated in vitro by cloning - sequencing the amplicons obtained from a real time Q-PCR assay performed on five independent soil samples. This assay was also used to evaluate the sensitivity and reproducibility of the method. Finally, fungal abundance in samples from 24 soils with contrasting physico-chemical and environmental characteristics was examined and ranked to determine the importance of soil texture, organic carbon content, C∶N ratio and land use in determining fungal abundance in soils

Soil parameters, land use, and geographical distance drive soil bacterial communities along a European transect

To better understand the relationship between soil bacterial communities, soil physicochemical properties, land use and geographical distance, we considered for the first time ever a European transect running from Sweden down to Portugal and from France to Slovenia. We investigated 71 sites based on their range of variation in soil properties (pH, texture and organic matter), climatic conditions (Atlantic, alpine, boreal, continental, Mediterranean) and land uses (arable, forest and grassland). 16S rRNA gene amplicon pyrosequencing revealed that bacterial communities highly varied in diversity, richness, and structure according to environmental factors. At the European scale, taxa area relationship (TAR) was significant, supporting spatial structuration of bacterial communities. Spatial variations in community diversity and structure were mainly driven by soil physicochemical parameters. Within soil clusters (k-means approach) corresponding to similar edaphic and climatic properties, but to multiple land uses, land use was a major driver of the bacterial communities. Our analyses identified specific indicators of land use (arable, forest, grasslands) or soil conditions (pH, organic C, texture). These findings provide unprecedented information on soil bacterial communities at the European scale and on the drivers involved; possible applications for sustainable soil management are discussed

Le projet Biodiversité ANR 2006 : ECOMIC-RMQS

National audienc

La diversité microbienne des sols subit-elle la 6e extinction ?

National audienc

Quand fertilité rime avec biodiversité

National audienceUn nouveau mode de réflexion sur la fertilité des sols est en marche, initié par des chercheurs de l'Inra. À partir d'un vaste travail de cartographie de la diversité microbienne des sols réalisé sur l'ensemble du territoire, les chercheurs ont relié la fertilité des sols à la biodiversité qui s'exprime depuis la parcelle jusqu'au paysage. La meilleure compréhension de ces interactions pourra déboucher sur le maintien d'une productivité durable des sols

Le projet ECOMIC-RMQS ou comment faire de la MetaTaxogénomique à grande échelle

National audienc