Finishing the euchromatic sequence of the human genome

The sequence of the human genome encodes the genetic instructions for human physiology, as well as rich information about human evolution. In 2001, the International Human Genome Sequencing Consortium reported a draft sequence of the euchromatic portion of the human genome. Since then, the international collaboration has worked to convert this draft into a genome sequence with high accuracy and nearly complete coverage. Here, we report the result of this finishing process. The current genome sequence (Build 35) contains 2.85 billion nucleotides interrupted by only 341 gaps. It covers ∼99% of the euchromatic genome and is accurate to an error rate of ∼1 event per 100,000 bases. Many of the remaining euchromatic gaps are associated with segmental duplications and will require focused work with new methods. The near-complete sequence, the first for a vertebrate, greatly improves the precision of biological analyses of the human genome including studies of gene number, birth and death. Notably, the human enome seems to encode only 20,000-25,000 protein-coding genes. The genome sequence reported here should serve as a firm foundation for biomedical research in the decades ahead

Reducing the environmental impact of surgery on a global scale: systematic review and co-prioritization with healthcare workers in 132 countries

Abstract Background Healthcare cannot achieve net-zero carbon without addressing operating theatres. The aim of this study was to prioritize feasible interventions to reduce the environmental impact of operating theatres. Methods This study adopted a four-phase Delphi consensus co-prioritization methodology. In phase 1, a systematic review of published interventions and global consultation of perioperative healthcare professionals were used to longlist interventions. In phase 2, iterative thematic analysis consolidated comparable interventions into a shortlist. In phase 3, the shortlist was co-prioritized based on patient and clinician views on acceptability, feasibility, and safety. In phase 4, ranked lists of interventions were presented by their relevance to high-income countries and low–middle-income countries. Results In phase 1, 43 interventions were identified, which had low uptake in practice according to 3042 professionals globally. In phase 2, a shortlist of 15 intervention domains was generated. In phase 3, interventions were deemed acceptable for more than 90 per cent of patients except for reducing general anaesthesia (84 per cent) and re-sterilization of ‘single-use’ consumables (86 per cent). In phase 4, the top three shortlisted interventions for high-income countries were: introducing recycling; reducing use of anaesthetic gases; and appropriate clinical waste processing. In phase 4, the top three shortlisted interventions for low–middle-income countries were: introducing reusable surgical devices; reducing use of consumables; and reducing the use of general anaesthesia. Conclusion This is a step toward environmentally sustainable operating environments with actionable interventions applicable to both high– and low–middle–income countries

Trajectoires individuelles d'évolution des élevages de porcs en France : mécanismes, déterminants et perspectives de la concentration structurelle

International audienceCarried out in 2021 and supported by Inaporc, this study described how the structural concentration of farms operates at the individual scale and explains determinants of changes and their effects. It was based on analysis of trajectories of pig farms in BDPORC from 2014-2020 and interviews with 8 technicians of cooperatives and 31 farmers in three contrasting territories of France. From 2014-2020, the number of farms that produced more than 300 pigs decreased linearly from 10,794 to 9,492, and their mean annual production increased from 3,116 to 3,618 pigs. This result is due to the disappearance of smaller farms and the increase in production of farms that remained active throughout the period (71% of P farms “≥ 300 pigs produced in at least one year from 2014-2020, +1.255 M pigs produced). In all regions, the balance of pig production between cessation (14% of P farms, -1.645 M pigs) and entry into activity (3% of P farms, +0.344 M pigs) was negative. The impact on production was limited, or even more than offset, by the increase in production from farms that remained farrow-to-finishing, in particular due to the large gain in prolificity, and to a lesser extent to that of farms that became finishers after ceasing farrowing (8.2% of P farms, +0.179 M pigs). The changes were determined by the breeders preferences’ for pig production, projects or collective work, or by the search for farm self-sufficiency, greater value for their products and streamlining of the work. The lack of project leaders and the cessation of farrowing could lead some cooperatives to invest more in farms to guarantee a supply of piglets to their members and maintain their production volumes.Trajectoires individuelles d'évolution des élevages de porcs en France : mécanismes, déterminants et perspectives de la concentration structurelle Réalisée en 2021 et financée par Inaporc, cette étude décrit comment s'opère la concentration structurelle des élevages à une échelle individuelle et explicite les déterminants d'évolution et leurs effets. Elle s'appuie sur l'analyse dans BDPORC des trajectoires d'évolution des élevages de 2014 à 2020 et des entretiens avec huit techniciens de coopératives et 31 éleveurs dans trois territoires contrastés de France. Entre 2014 et 2020, le nombre de sites sortant plus de 300 porcs est passé linéairement de 10 794 à 9 492 et leur production moyenne de 3 116 à 3 618 porcs. C'est le résultat de la disparition des sites les plus petits et de l'augmentation de la production des sites actifs sur toute la période (71% des sites P « ayant sorti plus de 300 porcs au moins une année sur 2014-2020 », +1,255 M de porcs produits). Dans toutes les régions, le solde en porcs produits entre la cessation (14% des sites P,-1,645 M porcs) et l'entrée en activité (3% des sites P, +0,344 M porcs) est négatif. L'impact sur la production est limité, voire plus que compensé, par l'augmentation de la production des sites restés naisseurs-engraisseurs, liée notamment au fort gain de prolificité, et dans une moindre mesure de celle des sites devenus engraisseurs à la suite de l'arrêt du naissage (8,2% des sites P, +0,179 M porcs). Les évolutions sont déterminées par les goûts des éleveurs, pour le porc, les projets ou le travail à plusieurs, par la recherche d'autonomie de leur exploitation, de valorisation de leurs produits, et de rationalisation du travail. Le manque de porteurs de projets et l'arrêt du naissage pourraient conduire certaines coopératives à investir davantage dans les élevages pour garantir l'approvisionnement en porcelets de leurs adhérents et maintenir leurs volumes de production

Travailler en élevage porcin en France : facteurs d’attractivité et contraintes

International audienceEn France, 6 720 exploitants et conjoints actifs, et 5 990 salariés travaillent dans les élevages de porcs. Toutefois, le vieillissement de ces exploitants et la difficulté à trouver des salariés rendent primordiale la question de l’attractivité de ces métiers, afin d’assurer le renouvellement des générations. Cet article vise à présenter les conditions de travail des personnes travaillant en élevage de porc et à dégager des pistes d’améliorations. La plupart des éleveurs et salariés travaillent en équipe, avec un niveau de spécialisation croissant avec la taille de l’élevage. La productivité du travail est en hausse avec des charges de travail relativement raisonnables par rapport à d’autres productions animales. Travailler en production porcine relève de plusieurs motivations : entreprendre, travailler avec des animaux, réaliser des tâches techniques. Les conditions de travail offrent un certain nombre d’avantages : régularité dans l’organisation, horaires classiques, travail en équipe, rémunération attractive et localisation des emplois en milieu rural. Toutefois, la répétitivité de certaines tâches ou les contraintes physiques génèrent un risque de troubles musculo-squelettiques. Les remises en question des projets des éleveurs agrandissement, modernisation) ou de l’élevage en général peuvent également être source de stress. Afin de préserver les personnes qui travaillent dans les élevages et d’attirer de nouveaux entrants, il est essentiel d’intervenir sur le plan matériel et relationnel : bâtiments et équipements facilitant le travail, réduction des tensions liées à des projets par un développement des actions favorisant les liens entre agriculteurs, riverains et citoyens

Travailler en élevage porcin : facteurs d'attractivité et contraintes

International audienceWorking in pig farming: attractiveness factors and constraints In France, 6,720 family farmers and partners, and 5,990 employees work on pig farms. The question of the attractiveness of these professions is important: like in other agricultural sectors, the pig sector is experiencing an ageing of its farmers and difficulties in recruiting enough employees. Most farmers and employees work in teams, with the degree of specialisation increasing as farm size increases. Labour productivity is increasing, with relatively reasonable workloads compared to other types of animal production. Working in pig production has several driving forces: entrepreneurship, working with animals, performing technical tasks. Working conditions provide several advantages: regular work organisation, standard working hours, teamwork and an attractive income. In addition, the location of jobs in rural areas is also motivating for some workers. However, the repetitiveness of some tasks or physical constraints generate a risk of musculoskeletal disorders. The questioning of livestock farmers' projects or livestock farming in general can also be a source of stress. To retain those who currently work on livestock farms and attract new entrants, it is essential to intervene on the material and relational levels. At the material level, this will require buildings and equipment that ease the work. These material changes will be fully effective only if a culture of preventing and preserving human health is developed on the farms. At the relational level, reducing tensions related to projects will undoubtedly require developing actions that encourage relationships among farmers, local residents and citizens.Travailler en élevage porcin : facteurs d'attractivité et contraintes En France, 6 720 exploitants et conjoints actifs, et 5 990 salariés travaillent dans les élevages de porcs. La question de l'attractivité de ces métiers est importante car comme d'autres filières agricoles, la filière porcine connait un vieillissement de ses exploitants, et des difficultés à recruter suffisamment de salariés. La plupart des éleveurs et salariés travaillent en équipe, avec un niveau de spécialisation croissant avec la taille de l'élevage. La productivité du travail est en hausse avec des charges de travail relativement raisonnables par rapport à d'autres productions animales. Travailler en production porcine relève de plusieurs motivations : entreprendre, travailler avec des animaux, réaliser des tâches techniques. Les conditions de travail offrent un certain nombre d'avantages : organisation du travail régulière, horaires classiques, travail en équipe et rémunération attractive. En outre, la localisation des emplois en milieu rural est également motivante pour certains. Toutefois, la répétitivité de certaines tâches ou les contraintes physiques génèrent un risque de troubles musculo-squelettiques. Les remises en question des projets des éleveurs ou de l'élevage en général peuvent également être source de stress. Afin de préserver les personnes qui travaillent aujourd'hui dans les élevages, et d'attirer de nouveaux entrants, il est essentiel d'intervenir sur le plan matériel et relationnel. Au niveau matériel, cela passe par des bâtiments et équipements facilitant le travail. Ces évolutions matérielles ne seront pleinement efficaces que si se développe une culture de prévention et préservation de la santé humaine dans les élevages. Au niveau relationnel, la réduction des tensions liées à des projets passera entre autres par un développement des actions favorisant les liens entre agriculteurs, riverains et citoyens

Rôles des organisations de producteurs dans les filières animales : négociation, conseil, commercialisation et création de valeur

Les auteurs de cet articles dressent un panorama des OP dans les filières porc, volaille de chair et lait de vache, afin de mieux appréhender leurs caractéristiques, fonctions et trajectoires.Alors que les filières porc, volaille de chair et lait de vache sont en restructuration, les organisations de producteurs (OP) les concernant sont aujourd’hui mises en avant par les politiques agricoles. Créées par les producteurs pour mutualiser leurs moyens et (ré)-équilibrer les relations commerciales avec leurs partenaires, ces OP ont des fonctions diverses et des caractéristiques variables selon les filières, en lien avec les modalités de production, l’histoire et le rôle des politiques agricoles. Dans un contexte où peu de travaux existent sur ces OP, il est apparu utile de dresser un panorama des OP dans les filières porcines, laitières et avicoles afin de mieux appréhender leurs caractéristiques, fonctions et trajectoires. Ce panorama s’est appuyé sur un recueil d’informations issues de diverses sources (publications, sites Internet...), d’une enquête en ligne ainsi que d’entretiens individuels. L’offre de services des OP apparaît différenciée selon leurs statuts. Les coopératives commercialisent la production de leurs adhérents, proposent conseil technique et aides diverses en investissant ou non dans l’amont ou l’aval, contrairement aux OP associatives, principalement laitières et reconnues plus récemment. Les stratégies de différenciation des OP sur la qualité des produits varient selon les filières animales, mais toutes se soucient de proposer une réponse aux attentes sociétales. Les échanges et la négociation avec leurs partenaires en aval semblent aussi être des rôles déterminants, et ils apparaissent comme les principales missions des OP laitières. Certaines OP s’intéressent également à la contractualisation, pour assurer un débouché et un certain niveau de prix à leurs éleveurs. Enfin, les contrats multipartites, qui se développent peu à peu et incluent la grande distribution, peuvent représenter un moyen de renforcer le pouvoir des producteurs

A meta-analysis identifies new loci associated with body mass index in individuals of African ancestry

<p>Genome-wide association studies (GWAS) have identified 36 loci associated with body mass index (BMI), predominantly in populations of European ancestry. We conducted a meta-analysis to examine the association of >3.2 million SNPs with BMI in 39,144 men and women of African ancestry and followed up the most significant associations in an additional 32,268 individuals of African ancestry. We identified one new locus at 5q33 (GALNT10, rs7708584, P = 3.4 x 10(-11)) and another at 7p15 when we included data from the GIANT consortium (MIR148A-NFE2L3, rs10261878, P = 1.2 x 10(-10)). We also found suggestive evidence of an association at a third locus at 6q16 in the African-ancestry sample (KLHL32, rs974417, P = 6.9 x 10(-8)). Thirty-two of the 36 previously established BMI variants showed directionally consistent effect estimates in our GWAS (binomial P = 9.7 x 10(-7)), five of which reached genome-wide significance. These findings provide strong support for shared BMI loci across populations, as well as for the utility of studying ancestrally diverse populations.</p>

Rare predicted loss-of-function variants of type I IFN immunity genes are associated with life-threatening COVID-19

BackgroundWe previously reported that impaired type I IFN activity, due to inborn errors of TLR3- and TLR7-dependent type I interferon (IFN) immunity or to autoantibodies against type I IFN, account for 15-20% of cases of life-threatening COVID-19 in unvaccinated patients. Therefore, the determinants of life-threatening COVID-19 remain to be identified in similar to 80% of cases.MethodsWe report here a genome-wide rare variant burden association analysis in 3269 unvaccinated patients with life-threatening COVID-19, and 1373 unvaccinated SARS-CoV-2-infected individuals without pneumonia. Among the 928 patients tested for autoantibodies against type I IFN, a quarter (234) were positive and were excluded.ResultsNo gene reached genome-wide significance. Under a recessive model, the most significant gene with at-risk variants was TLR7, with an OR of 27.68 (95%CI 1.5-528.7, P=1.1x10(-4)) for biochemically loss-of-function (bLOF) variants. We replicated the enrichment in rare predicted LOF (pLOF) variants at 13 influenza susceptibility loci involved in TLR3-dependent type I IFN immunity (OR=3.70[95%CI 1.3-8.2], P=2.1x10(-4)). This enrichment was further strengthened by (1) adding the recently reported TYK2 and TLR7 COVID-19 loci, particularly under a recessive model (OR=19.65[95%CI 2.1-2635.4], P=3.4x10(-3)), and (2) considering as pLOF branchpoint variants with potentially strong impacts on splicing among the 15 loci (OR=4.40[9%CI 2.3-8.4], P=7.7x10(-8)). Finally, the patients with pLOF/bLOF variants at these 15 loci were significantly younger (mean age [SD]=43.3 [20.3] years) than the other patients (56.0 [17.3] years; P=1.68x10(-5)).ConclusionsRare variants of TLR3- and TLR7-dependent type I IFN immunity genes can underlie life-threatening COVID-19, particularly with recessive inheritance, in patients under 60 years old

Erratum to: Guidelines for the use and interpretation of assays for monitoring autophagy (3rd edition) (Autophagy, 12, 1, 1-222, 10.1080/15548627.2015.1100356

non present