A Dynamic Noise Level Algorithm for Spectral Screening of Peptide MS/MS Spectra

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>High-throughput shotgun proteomics data contain a significant number of spectra from non-peptide ions or spectra of too poor quality to obtain highly confident peptide identifications. These spectra cannot be identified with any positive peptide matches in some database search programs or are identified with false positives in others. Removing these spectra can improve the database search results and lower computational expense.</p> <p>Results</p> <p>A new algorithm has been developed to filter tandem mass spectra of poor quality from shotgun proteomic experiments. The algorithm determines the noise level dynamically and independently for each spectrum in a tandem mass spectrometric data set. Spectra are filtered based on a minimum number of required signal peaks with a signal-to-noise ratio of 2. The algorithm was tested with 23 sample data sets containing 62,117 total spectra.</p> <p>Conclusions</p> <p>The spectral screening removed 89.0% of the tandem mass spectra that did not yield a peptide match when searched with the MassMatrix database search software. Only 6.0% of tandem mass spectra that yielded peptide matches considered to be true positive matches were lost after spectral screening. The algorithm was found to be very effective at removal of unidentified spectra in other database search programs including Mascot, OMSSA, and X!Tandem (75.93%-91.00%) with a small loss (3.59%-9.40%) of true positive matches.</p

Situação epidemiológica e a relação com variáveis meteorológicas da HFMD em Guangzhou, sul da China, 2008-2012

A doença de mão-pé-e-boca (HFMD) está se tornando doença extremamente comum transmitida pelo ar e contato em Guangzhou, sul da China, levando preocupação às autoridades de saúde pública acerca da sua incidência aumentada. Neste estudo foi usada parte ecológica e regressão binomial negativa para identificar o status epidêmico da HFMD e sua relação com variáveis meteorológicas. Durante 2008-2012 um total de 173.524 casos confirmados de HFMD foram apresentados, 12 com morte, elevando o índice de fatalidade a 0,69 por 10.000. As incidências anuais de 2008 a 2010 foram 60,56, 132,44, 311,40, 402,76 e 468,59 por 100.000, respectivamente, mostrando tendência de rápido aumento. Cada 1 °C de aumento da temperatura correspondeu a aumento de 9,47% (95% CI 9,36% a 9,58%) no número semanal de casos de HFMD, enquanto a 1 hPa de aumento da pressão atmosférica correspondeu a decréscimo no número de casos de 7,53% (95% CI - 7,60% a - 7,45%). De maneira semelhante cada aumento de 1% na humidade relativa correspondeu a aumento de 1,48% ou 3,3% e a um aumento de 1 metro por hora na velocidade do vento correspondeu a um aumento de 2,18% ou 4,57%, no número de casos semanais de HFMD, dependendo das variáveis consideradas no modelo. Estes achados revelaram que o status epidêmico do HFMD em Guangzhou é caracterizado por alta morbidade, mas baixa fatalidade. Fatores referentes ao tempo tiveram influência significante na incidência do HFMD.Hand-foot-and-mouth disease (HFMD) is becoming one of the extremely common airborne and contact transmission diseases in Guangzhou, southern China, leading public health authorities to be concerned about its increased incidence. In this study, it was used an ecological study plus the negative binomial regression to identify the epidemic status of HFMD and its relationship with meteorological variables. During 2008-2012, a total of 173,524 HFMD confirmed cases were reported, 12 cases of death, yielding a fatality rate of 0.69 per 10,000. The annual incidence rates from 2008 to 2012 were 60.56, 132.44, 311.40, 402.76, and 468.59 (per 100,000), respectively, showing a rapid increasing trend. Each 1 °C rise in temperature corresponded to an increase of 9.47% (95% CI 9.36% to 9.58%) in the weekly number of HFMD cases, while a one hPa rise in atmospheric pressure corresponded to a decrease in the number of cases by 7.53% (95% CI -7.60% to -7.45%). Similarly, each one percent rise in relative humidity corresponded to an increase of 1.48% or 3.3%, and a one meter per hour rise in wind speed corresponded to an increase of 2.18% or 4.57%, in the weekly number of HFMD cases, depending on the variables considered in the model. These findings revealed that epidemic status of HFMD in Guangzhou is characterized by high morbidity but low fatality. Weather factors had a significant influence on the incidence of HFMD

Sotaque e telejornalismo: representações de comunicadores de mídia nordestinos

RESUMO: Objetivo: descrever o conteúdo das representações sociais do comunicador de mídia nordestino acerca do seu sotaque. Métodos: a coleta de dados foi realizada em duas etapas. Na primeira, foi empregada a técnica de associação livre, na qual 50 universitários apresentaram o que pensavam diante da palavra "sotaque". Na segunda, por meio do Procedimento de Classificações Múltiplas (PCM), 25 comunicadores atuantes na Região Metropolitana do Recife classificaram as 15 palavras mais associadas pelos estudantes de duas maneiras, classificação livre e dirigida. Na classificação livre, os comunicadores agruparam as palavras segundo critérios por eles estabelecidos, enquanto que na classificação dirigida, as palavras foram classificadas de acordo com o grau de associação com o termo MEU SOTAQUE. A análise foi realizada utilizando-se métodos estatísticos multidimensionais, que permitiram construir a estruturação do campo das Representações Sociais. Resultados: três regiões delimitadas expressam a representação dos sujeitos sobre sotaque: Conceito, Identidade e Espaço. Na primeira, há seis categorias (engraçado, diferente, arrastado, matuto, preconceito, oxente), na segunda, as palavras são identidade, característica, língua, fala e cultura, próximas ao termo meu sotaque e, na terceira, região, regionalismo, nordeste e localidade. Identidade foi o termo mais relacionado ao termo MEU SOTAQUE, enquanto que os itens menos relacionados são os presentes na região conceito, exceto pelo termo oxente. Conclusão: o sotaque nordestino é tido como uma marca da identidade e cultura da região Nordeste. Os comunicadores suavizam características do falar nordestino durante o exercício profissional para se adequar ao padrão preconizado pelo mercado de trabalho sem perder a sua identidade

Unexpected differential metabolic responses of Campylobacter jejuni to the abundant presence of glutamate and fucose

Introduction: Campylobacter jejuni is the leading cause of foodborne bacterial enteritis in humans, and yet little is known in regard to how genetic diversity and metabolic capabilities among isolates affect their metabolic phenotype and pathogenicity. Objectives: For instance, the C. jejuni 11168 strain can utilize both l-fucose and l-glutamate as a carbon source, which provides the strain with a competitive advantage in some environments and in this study we set out to assess the metabolic response of C. jejuni 11168 to the presence of l-fucose and l-glutamate in the growth medium. Methods: To achieve this, untargeted hydrophilic liquid chromatography coupled to mass spectrometry was used to obtain metabolite profiles of supernatant extracts obtained at three different time points up to 24 h. Results: This study identified both the depletion and the production and subsequent release of a multitude of expected and unexpected metabolites during the growth of C. jejuni 11168 under three different conditions. A large set of standards allowed identification of a number of metabolites. Further mass spectrometry fragmentation analysis allowed the additional annotation of substrate-specific metabolites. The results show that C. jejuni 11168 upon l-fucose addition indeed produces degradation products of the fucose pathway. Furthermore, methionine was faster depleted from the medium, consistent with previously-observed methionine auxotrophy. Conclusions: Moreover, a multitude of not previously annotated metabolites in C. jejuni were found to be increased specifically upon l-fucose addition. These metabolites may well play a role in the pathogenicity of this C. jejuni strain.</p