Wykorzystanie metod cytogenetycznych i molekularnych w ocenie statusu genetycznego oraz przebieg leczenia u pacjenta z rzadką dziecięcą postacią ALL spowodowaną translokacją t(9;10)(q34;q22)

Badania cytogenetyczne są niezbędne w ocenie czynników rokowniczych w ostrej białaczce limfoblastycznej (ALL) u dzieci. Głównymi niekorzystnymi czynnikami rokowniczymi są: translokacja t(9;22) prowadząca do fuzji genów oraz translokacje chromosomu 11 w prążku 11q23, warunkujące rearanżację genu . Gen może tworzyć fuzję z kilkoma innymi genami, prowadząc do profilu ekspresji zbliżonego do obserwowanego w Ph(+) ALL. Przypadki ALL z takimi fuzjami genetycznymi zostały zakwalifikowane do nowego podtypu określanego jako . W pracy przedstawiamy rolę badań cytogenetycznych i molekularnych w terapii 14-miesięcznego chłopca z rozpoznaniem common ALL. Podczas diagnostyki ALL za pomocą badania FISH wykluczono fuzję genów i rearanżację genu . Stwierdzono natomiast obecność trzech i czterech sygnałów genu . Analiza kariotypu i dodatkowo wykonane badania FISH pozwoliły ustalić kariotyp pacjenta jako nieprawidłowy, złożony z ewolucją klonalną. Zaobserwowane punkty pęknięć wskazywały na możliwość zaangażowania w fuzję genu Obecność genu fuzyjnego została stwierdzona metodą multiplex PCR i potwierdzona sekwencjonowaniem metodą Sangera. Gen fuzyjny może kodować aktywowaną konstytutywnie formę kinazy tyrozynowej, dlatego stanowi on potencjalny cel działania leków będących inhibitorami tych enzymów. Z uwagi na nieliczne odnotowane przypadki fuzji genów istnieje konieczność przyglądania się z uwagą efektom leczenia u pacjentów obciążonych tą translokacją. Nasz manuskrypt przedstawia przypadek pozytywnego ALL, zarówno opracowanie diagnostyczne, jak i dane kliniczne pacjenta

Prognostic Impact of Copy Number Alterations’ Profile and AID/RAG Signatures in Acute Lymphoblastic Leukemia (ALL) with BCR::ABL and without Recurrent Genetic Aberrations (NEG ALL) Treated with Intensive Chemotherapy

Adult acute lymphoblastic leukemia (ALL) is associated with poor outcomes. ALL is initiated by primary aberrations, but secondary genetic lesions are necessary for overt ALL. In this study, we reassessed the value of primary and secondary aberrations in intensively treated ALL patients in relation to mutator enzyme expression. RT-PCR, genomic PCR, and sequencing were applied to evaluate primary aberrations, while qPCR was used to measure the expression of RAG and AID mutator enzymes in 166 adult ALL patients. Secondary copy number alterations (CNA) were studied in 94 cases by MLPA assay. Primary aberrations alone stratified 30% of the patients (27% high-risk, 3% low-risk cases). The remaining 70% intermediate-risk patients included BCR::ABL1pos subgroup and ALL lacking identified genetic markers (NEG ALL). We identified three CNA profiles: high-risk bad-CNA (CNAhigh/IKZF1pos), low-risk good-CNA (all other CNAs), and intermediate-risk CNAneg. Furthermore, based on RAG/AID expression, we report possible mechanisms underlying the CNA profiles associated with poor outcome: AID stratified outcome in CNAneg, which accompanied most likely a particular profile of single nucleotide variations, while RAG in CNApos increased the odds for CNAhigh/IKZF1pos development. Finally, we integrated primary genetic aberrations with CNA to propose a revised risk stratification code, which allowed us to stratify 75% of BCR::ABL1pos and NEG patients