Survival analysis as a tool to model Little Bustard mortality rates in the Iberian Peninsula

Tese de mestrado, Bioinformática e Biologia Computacional (Biologia computacional), Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2014O modelo de Cox proportional hazards é um modelo de sobrevivência semi-paramétrico utilizado em análise de regressão para dados censurados. O modelo original tem sofrido alterações, com a inclusão de novas extensões que permitem maior flexibilidade e a análise de um conjunto mais alargado de dados. Entre as recentes extensões, incluem-se: a análise de variáveis dependentes do tempo, múltiplas observações de eventos, tied events e estratificação de variáveis dependentes do tempo. A sobrevivência é um fator determinante na ecologia de populações e na biologia da conservação. Este tipo de estudos só é possível com recurso a técnicas de telemetria, que tornam possível a aquisição de informação contínua. Existem vários problemas associados a este tipo de análise quando aplicada a animais em estado selvagem, muitas vezes ignorados pelos investigadores. Os mais típicos consistem na influência que o equipamento de seguimento tem no animal e no stress induzido pela marcação. Estes e outros problemas tornam a análise de sobrevivência de animais selvagens um desafio. O sisão (Tetrax tetrax) é uma ave ameaçada na Península Ibérica classificada como Vulnerável (Cabral et al., 2005; Madroño et al., 2004) em Portugal e catalogada como Near Threatened pela International Union for Conservation of Nature (IUCN) a nível global (Collar et al., 1994). Tem estado em declínio acentuado na Europa, especialmente em Itália, França e Espanha, apresentando uma tendência desconhecida em Portugal. Trata-se de uma ave estepária adaptada a meios agrícolas abertos extensivos e a pastagens. Entre os principais fatores de ameaça à espécie, destacam-se: a perda e fragmentação do habitat devido à intensificação agrícola nos solos mais produtivos, o abandono agrícola nos solos menos produtivos, a construção de infraestruturas (linhas elétricas, vedações, estradas) e as alterações climáticas. Neste contexto, a identificação e análise da forma como diferentes fatores influenciam a mortalidade do sisão e a distinção entre as diferentes causas de mortalidade constitui um contributo relevante para o desenvolvimento e aplicação de medidas que promovam a conservação desta espécie. Com este trabalho pretendeu-se aplicar a análise de sobrevivência – normalmente utilizada em estudos de medicina, engenharia, economia e sociologia – a um estudo ecológico, usando software estatístico comum, geralmente utilizado por investigadores desta área. Neste trabalho foi utilizada uma amostra de 143 indivíduos capturados e seguidos na Península Ibérica, com o objectivo de: (1) identificar as principais causas de mortalidade natural e antropogénica e quantificar a sua importância relativa; (2) modelar o efeito de quatro variáveis: sexo, uso do solo, época e região bioclimática na sobrevivência do sisão, usando o estimador de Kaplan-Meier e o Modelo Extended Cox Proportional Hazards Model for Time-Dependent Variables. A mortalidade antropogénica teve uma prevalência maior do que seria expectável para uma espécie protegida. Cerca de 17% da população ibérica morre anualmente devido a causas humanas, uma maior percentagem que a morte anual por causas naturais (15%). Estes valores de mortalidade antropogénica, associados a uma fraca produtividade do sisão, mais nítida em áreas com pior estado de conservação de habitat, levam à falta de sustentabilidade da espécie, pondo em risco a sobrevivência de uma ave com estatuto de Quase Ameaçada. A colisão com linhas elétricas foi, até hoje, a causa de mortalidade antropogénica com maior destaque. Com este estudo, concluímos que cerca de 4% da população da Península Ibérica morre anualmente por colisão com linhas elétricas e cerca de 1% por atropelamento. Para a população de Portugal, tinha sido estimada anteriormente uma mortalidade anual de 1,5% por linhas elétricas (Silva et al., 2010b). No entanto, a causa de morte antropogénica com maior prevalência foi a caça, com cerca de 12% da população a morrer anualmente por esta causa. Não foram evidenciadas diferenças entre a proporção de mortes dentro e fora da época de caça, sugerindo que esta variável não influencia a proporção de mortalidade por cada uma das causas. Não foi encontrada uma relação entre o sexo e a morte dentro ou fora da época venatória. Dentro da morte por causas naturais, foi apenas identificada a morte por predação. Mamíferos e rapinas tendem a predar o sisão aproximadamente na mesma proporção, ainda que tenham sido identificados 5% de casos em que o predador não foi identificado. Aplicámos com sucesso o modelo de Cox a um objeto de estudo ecológico, conseguindo eliminar o máximo de bias associado e identificar os principais fatores que influenciam a sobrevivência do sisão. A região bioclimática revelou-se o fator com maior influência na mortalidade da espécie. Regiões mais secas e quentes tendem a ter um maior risco de mortalidade, provavelmente devido à escassez de vegetação e insetos em épocas de seca, desencadeando uma menor disponibilidade de alimento. Concluímos que fêmeas de sisão têm um maior risco de mortalidade que os machos. Estas são as únicas responsáveis pelos cuidados parentais, despendendo energia tanto na postura como na alimentação das crias. Este é, portanto, um período de grande vulnerabilidade para as fêmeas, que se pode estender após a época de reprodução, e que pode afetar o seu fitness de inverno. Uma vez que a intensificação agrícola é o fator mais associado à ameaça da espécie, seria expectável observar um impacto negativo deste uso do solo na mortalidade do sisão. Contudo, tal não se verificou, tendo este factor apresentado pouca influência em comparação com a região bioclimática e o sexo. Sobretudo durante os anos de seca, o sisão está mais dependente de culturas intensivas (com maior disponibilidade de alimento) durante a época de pós-reprodução e inverno, havendo registos de movimento dos mesmos de áreas extensivas para áreas intensivas durante estas épocas do ano. Assim, admite-se a existência de uma relação entre o uso do solo e a época, que influencie o comportamento destas variáveis. A época foi a variável com menor impacto na mortalidade do sisão. O nosso trabalho demonstra quão mal compreendidas e desconhecidas eram algumas ameaças à população do sisão na Península Ibérica. Uma redução da mortalidade antropogénica terá um grande impacto na viabilidade desta espécie, particularmente em zonas com menor produtividade da mesma. Alterações na legislação das épocas venatórias e medidas de sensibilização poderiam reduzir o problema de caça associado, sendo um fator que afeta anualmente quase 12% da população. A adaptação da rede elétrica em termos de localização e design de linhas também deve ser considerada prioritária. A análise de sobrevivência usando o modelo de Cox foi aplicada com sucesso a um caso de estudo ecológico, e revelou ser capaz de acomodar os problemas associados ao seguimento de animais selvagens. Foi igualmente aplicada com sucesso a análise de causas específicas de mortalidade para esta espécie, utilizando o estimador de Heisey e Fuller, o que possibilitou o cálculo das taxas de mortalidade anuais para causas de morte de origem natural e antropogénica. Devem ser tomadas medidas para orientar o trabalho de campo especificamente para este tipo de análise, principalmente no que diz respeito à obtenção de uma data de mortalidade mais precisa. Um maior esforço de identificação de carcaças, juntamente com o uso de emissores que permitam medir parâmetros fisiológicos para determinar o estado do indivíduo, seriam soluções que contribuiriam para atenuar este problema. Neste trabalho conseguimos testar a influência do peso dos emissores e do tipo de tecnologia de seguimento na sobrevivência do sisão e verificámos que emissores com peso abaixo de 6,76% do peso corporal não tiveram influência significativa na sobrevivência. O uso de diferentes tecnologias de seguimento também não teve influência ao nível da mortalidade.The Cox proportional hazards model has become the most widely used method for regression analysis for censored data and is frequently used to model survival data. The introduction of new extensions to the original model like time-dependent covariates, multiple observations, multiple time-scales, tied events and time-dependent strata improved it and made it more widely applicable. Survival estimation is an important aspect of population ecology and conservation biology, with telemetry making possible the acquisition of continuous survival information. There are often problems associated with this type of analysis in ecological studies of free-ranging animals, that are frequently disregarded by researchers, such as the influences of the transmitter's weight, induced stress in handling the species, or interval-censored death dates, which make survival studies on free ranging animals a challenge. In this study, we aim to apply survival analysis - frequently used in medicine, engineering, economics and sociology - to an ecological study, using a standard statistical software, widely used by researchers of this area. We have successfully applied this approach to a case study and managed to address potential bias sources and identify the main factors that influence Little Bustard's (Tetrax tetrax) survival. Furthermore, we have also computed cause-specific mortality rates for this species, using the Heisey and Fuller estimator

Formulação de betumes da refinaria de Matosinhos

Mestrado em Engenharia QuímicaNo presente trabalho foi avaliada a introdução de resíduos de visbreaker da Refinaria de Matosinhos no fabrico de betumes, recorrendo à preparação laboratorial de diversas formulações e sua caraterização, a fim de verificar se cumpriam as especificações de mercado em termos de parâmetros como a penetração, temperatura de amolecimento, índice de penetração, temperatura de Fraass, resistência ao envelhecimento, viscosidade cinemática e ductilidade. Adicionalmente, averiguou-se o efeito da adição de ácido polifosfórico (APF) em algumas das formulações de betume preparadas. Parte das formulações foram ainda observadas ao microscópio ótico e caraterizadas por ressonância magnética nuclear de protão e de fósforo. Os resultados obtidos indicam que o resíduo de visbreaker do crude Roncador (RVB Roncador) pode ser utilizado no fabrico de betumes de diferentes grades. As formulações que cumpriram as especificações apresentam, em termos de composição, resíduo asfáltico (RA) + 0,8% APF (betume 10/20), 70% RA + 30% RVB Roncador (betume 35/50), e 60% RA + 40% RVB Roncador + 0,8% APF (betume 50/70). A produção de betumes 160/220 aparenta também ser possível utilizando este resíduo de visbreaker. A atuação do APF, em termos de alteração da penetração, mostrou ser mais notória no resíduo de vácuo (RV) e no RVB Roncador, enquanto que, no tocante à variação da temperatura de amolecimento, mostrou ser mais evidente no RA. A observação de algumas amostras de betume ao microscópio ótico permitiu detetar a existência de material insolúvel nas formulações contendo RVB Roncador. Os resultados mostram também que o APF promove a formação desse material nas formulações contendo resíduo de visbreaker. Adicionalmente, foi verificado que o APF torna os betumes menos suscetíveis ao envelhecimento, sobretudo os que contêm resíduo de visbreaker. Relativamente ao método utilizado para separar o betume nas suas frações SARA (ASTM D 2007-11), constatou-se que fornece resultados pouco fiáveis. Os resultados obtidos por 1H RMN não revelaram diferenças significativas na composição química das amostras de betume analisadas, mas indiciaram que o APF provoca no material a clivagem das ligações entre carbonos α e β, ocorrendo a ligação de hidrogénios e/ou de anéis aromáticos aos carbonos α. O ácido parece ainda provocar alguma condensação aromática no betume. Por fim, as análises de 31P RMN evidenciaram que ocorre reação entre o APF e o betume, e que a adição de RVB ao RA, bem como a utilização de 2% de APF introduzem pequenas alterações nos espetros, corroborando as diferenças observadas nas propriedades macroscópicas das formulações de betume.In this work it was tested the applicability of some visbreaker residues of the Refinery of Matosinhos in the manufacturing of bitumens. Accordingly, various formulations were prepared and characterized, in order to confirm if they met market specifications in terms of penetration, softening point, penetration index, Fraass breaking point, aging resistance, kinematic viscosity and ductility. Additionally, it was analyzed the effect of the polyphosphoric acid (PPA) upon some prepared bitumen formulations. Some of them were also observed in an optical microscope and were characterized by proton and phosphorous nuclear magnetic resonance. The results obtained show that the visbreaker residue from the crude oil Roncador (Roncador VBR) can be used in the production of different penetration grade bitumens. It was verified that the formulations containing asphaltic residue (AR) + 0.8% PPA (10/20 bitumen), 70% AR + 30% Roncador VBR (35/50 bitumen) and 60% AR + 40% Roncador VBR + 0.8% PPA (50/70 bitumen) satisfy the market specifications. The production of 160/220 penetration grade bitumens seems also possible with this visbreaker residue. The effect of PPA, in terms of penetration modification, showed to be more notorious in the vacuum residue (VR) and in the Roncador VBR, whereas, regarding the softening point variation, showed to be more notorious in the AR. The existence of insoluble material in the formulations containing Roncador VBR was observed in an optical microscope. The addition of PPA to bitumens containing visbreaker residue seems also to promote the formation of this material. Besides, it was verified that PPA reduces bitumens aging susceptibility, especially of those containing visbreaker residue. The method adopted to separate the bitumen into four SARA fractions (ASTM D 2007-11) showed to produce poor reliability results. The results obtained by 1H NMR did not evidence significant differences in the chemical composition of the bitumen samples analyzed, but suggested that PPA favors the cleaving of the bonds between α and β carbons, leading to the linkage of hydrogens and/or aromatic rings to the α carbons. PPA seems also to promote some aromatic condensation in bitumen. Finally, the 31P NMR analysis indicated that PPA reacts with bitumen, and that the addition of visbreaker residue to asphaltic residue, as well as the use of 2% PPA, introduces small changes in the spectrums, corroborating the differences observed in the macroscopic properties of the bitumen formulations

Public communication by climate scientists: what, with whom and why?

Public communication of science has increasingly been recognised as a responsibility of scientists (Leshner, Science p. 977, 2003). Climate scientists are often reminded of their responsibility to participate in the public climate debate and to engage the public in meaningful conversations that contribute to policy-making (Fischhoff 2013). However, our understanding about climate scientists’ interactions with the public and the factors that drive or inhibit them is at best limited. In a new study, we show that it is the most published and not necessarily the most senior, which often talk in public, and it is primarily intrinsic motivation (as opposed to extrinsic reward), which drive them to engage in public communication. Political orientations, academic productivity and awareness of controversy, the topic raises in the public domain, were also important determinants of a climate’s scientist public activity. Future research should explore what is required to protect the intrinsic motivation of scientists

Rutura do ligamento cruzado anterior: estudo descritivo de 46 casos clínicos entre 2011 e 2014

Orientação : João Requicha ; co-orientação : Rui OnçaA rutura do ligamento cruzado anterior (RLCA) é uma das lesões mais frequentes no cão e é uma das principais causas de doença articular degenerativa nesta espécie. O seu diagnóstico é feito, normalmente através do exame físico e ortopédico onde se realizam os testes de gaveta, compressão tibial entre outros. No entanto existem outros exames complementares que são utilizados para a confirmação do diagnóstico e para diagnosticar outras alterações concomitantes. Foi um estudo descritivo com 46 cães, todos com RLCA – rotura do ligamento cruzado anterior, que realizaram TPLO - Osteotomia de nivelamento da meseta tibial e dados recolhidos entre 2011 e 2014. Relatórios cedidos pelo Hospital Veterinário do Restelo e pelo Dr. Rui Onça. Neste estudo pretendeu-se encontrar potenciais associações entre a existência de RLCA e as seguintes variáveis: peso, idade, sexo, lado afetado, porte, presença de lesão do menisco e comparação entre ângulo pré e pós cirúrgico da meseta tibial.The rupture of the cruciate ligament (CCLR), is one of the most common lesions in dogs, and also, one of the most contributing factors for the degenerative joint disease in dogs. The diagnosis is normally based on a physical exam and by the realization of the drawer test, tibial compression and others. However, there has been an increase on complementary exams, that are used for diagnose. It was a descriptive study with 46 dogs, all whom, possessed CCLR, data collected between 2011 and 2014. Reports provided by the Veterinary Hospital of Restelo and Dr. Rui Onça. This study was intended to find potential associations between the existence of CCLR, and the following aspects: weight, age, sex, laterality, breed, meniscus injury, pre- and after plateau angle

Saúde mental em crianças e jovens em acolhimento residencial

A "Saúde Mental em Crianças e Jovens em Acolhimento Residencial" constitui o tema desenvolvido neste trabalho de Dissertação de Serviço Social. O objetivo do estudo consistiu em compreender a intervenção da Casa de Acolhimento com crianças e jovens com problemas de saúde mental em acolhimento residencial. A alteração do perfil das crianças e jovens que entram no sistema de acolhimento tem sido evidente, para quem vivencia a experiência no "terreno", sendo confirmado pelos relatórios anuais do Instituto de Segurança Social, os CASA. Este estudo/investigação é o resultado da participação de 58 Casas de Acolhimento distribuídas por Portugal Continental e Arquipélago dos Açores, das quais 52 vivenciam diariamente a problemática da saúde mental junto das suas crianças e jovens. De acordo com o testemunho das Casas de Acolhimento as maiores dificuldades, na intervenção com esta problemática, são a falta de qualificação/habilitação/formação dos seus recursos humanos, assim como a insuficiência em número dos mesmos, para uma intervenção mais individualizada junto destas crianças e jovens. Para as Casas participantes no estudo a melhoria do sistema de acolhimento, no que diz respeito ao acolhimento de crianças e jovens com esta problemática, passa não só pela satisfação das necessidades enumeradas, mas também por uma integração da Área da Saúde Mental no sistema de acolhimento, possibilitando uma resposta mais célere, próxima e regular a nível nacional.The Mental Health in Children and Youngsters living in a Foster Care is the theme of this academic exercise by Master's Degree in Social Work The purpose of the study is to understand the intervention of the foster care with children and youngsters with mental problems during their stay. The change of the children and youngsters profile that live in the foster care system is remarkable for the professionals who work with them and also confirmed in the annual reports from Portuguese Institute of Social Security, the CASA. This study/investigation was made with the participation of 58 foster care in Portugal including the Açores, of which 52 have experienced daily challenges handling with children and youngsters with mental problems. According to the study participants, the main difficulties in the intervention with this problem is the lack of skills/qualification/training of professionals as well as the reduced number of them, not allowing the individual care that these children and youngsters need. For the study participants the improvement intervention in the foster care with children and youngsters with this problematic, pass by not only from the satisfaction of the described difficulties but as well from an integration of de Mental Health Area in the foster care system will allow a better, faster and more regular national response to the problem

A natureza mutável do capital psicológico : relação entre fatores do trabalho e o capital psicológico

Mestrado em Gestão de Recursos HumanosO presente estudo visa analisar a influência exercida por fatores do trabalho - nomeadamente a justiça, relação com a chefia e a satisfação - sobre os quatro componentes do Capital Psicológico (PsyCap). Partindo de bibliografia existente acerca do tema, foram formuladas as hipóteses de estudo, apresentadas na primeira parte do trabalho. Posteriormente, são expostos os resultados e conclusões da investigação, sendo que os dados analisados foram recolhidos junto da redação do Jornal Público e de Redes Sociais. Assim, pretende-se contribuir para o aumento do conhecimento acerca do tema enunciado, bem como para a compreensão do impacto de alguns fatores do trabalho na capacidade dos indivíduos para ultrapassar os obstáculos. Estes são cada vez mais frequentes, num mundo empresarial em crescente competitividade. Os resultados obtidos com esta investigação mostram que, no geral, os 3 fatores do trabalho analisados (justiça no trabalho, proximidade com a chefia e satisfação no trabalho) estão relacionados com o PsyCap dos colaboradores. É de notar que, no caso da satisfação, dois dos quatro componentes do PsyCap (auto-eficácia e resiliência) não revelaram relação significativa com a mesma, fazendo com que não seja possível comprovar a existência de relação entre a satisfação no trabalho e o PsyCap, como um todo.The present paper aims to analyze the impact of some work aspects - namely justice, relationship with the supervisor and satisfaction - over the four components of Psychological Capital (PsyCap). The hypotheses of the study were formulated based on existing literature on the topic. Subsequently the results and conclusions of the investigation are presented, wherein the data was gathered through two different sources: Público newspaper and Social Networks. Thus, the purpose of this work is to contribute to the PsyCap's knowledge development, as well as to the understanding of some work aspects consequences on the employee's ability to overcome possible setbacks. These are more and more frequent in a business world with an increasing competitiveness. The results achieved with this investigation show that, overall, the 3 work aspects (justice at work, relationship with the supervisor and work satisfaction) analyzed are correlated with one's PsyCap. Since two out of four PsyCap components did not reveal any significant correlation with the satisfaction, it is not possible to conclude that the PsyCap, as a whole, is related with work satisfaction

IL-10 modulates depressive-like behavior

The role of pro-inflammatory cytokines in psychiatric disorders has been the focus of great research attention in recent years. Para- doxically, the same is not true for anti-inflammatory cytokines. In the present study, we assessed the behavioral profile of animals with altered expression of the anti-inflammatory cytokine IL-10. We performed a battery of tests to assess anxiety, depressive-like and cognitive behaviors in mice overexpressing IL-10 (PMT10) and IL-10-/- animals; in the later mice we also tested the behavioral effect of IL-10 administration. In the forced-swimming test, IL-10 / females displayed increased depressive-like behavior; importantly, this phenotype was reverted by the injection of IL-10. Moreover, mice overexpressing IL-10 presented a decreased depressive-like behavior. Despite the presence of a similar trend, male animals did not reach significant differences in depressive-like behavior. Assessment in the open-field showed that the absence of IL-10 decreased the percentage of time spent in the center of the arena in both male and female mice, while male animals overexpressing IL-10 revealed an opposite behavior. For both sexes, imbalance in IL-10 levels did not affect spatial reference memory. In conclusion, variations in IL-10 expression are associated with an altered depressive-like behavior, but do not influence cognitive performance. Interestingly, IL-10 imbalance produced more profound behavioral changes in females than in male animals. This is in accordance with clinical data demonstrating an increased susceptibility of women to mood disorders, suggesting an interplay between anti-inflammatory cytokines and sexual steroids.Fundação para a Ciência e Tecnologia (FCT) - AR (SFRH/BD/11838/2003)

Potency of HIV-2-specific antibodies increase in direct association with loss of memory B cells

Potent HIV-neutralizing antibodies are critical for vaccination and viral reservoir control. High levels of neutralizing antibodies characterize HIV-2 infection, a naturally occurring model of attenuated HIV disease with low-to-undectable viremia. We found that HIV-2-specific antibody potency increased in direct association with the loss of both switched and unswitched memory B cells in untreated HIV-2 infection. Thus, HIV antibody affinity maturation is linked to memory B-cell exhaustion even in reduced viremia settings.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

A prime-boost immunization strategy with vaccinia virus expressing novel gp120 envelope glycoprotein from a CRF02_AG isolate elicits cross-clade Tier 2 HIV-1 neutralizing antibodies

Research Areas: Immunology ; Research & Experimental MedicineDevelopment of new immunogens eliciting broadly neutralizing antibodies (bNAbs) is a main priority for the HIV-1 vaccine field. Envelope glycoproteins from non-B-non-C HIV-1clades have not been fully explored as components of a vaccine. We produced Vaccinia viruses expressing a truncated version of gp120 (gp120t) from HIV-1 clades CRF02_AG, H, J, B, and C and examined their immunogenicity in mice and rabbits. Mice primed with the recombinant Vaccinia viruses and boosted with the homologous gp120t or C2V3C3 polypeptides developed antibodies that bind potently to homologous and heterologous envelope glycoproteins. Notably, a subset of mice immunized with the CRF02_AG-based envelope immunogens developed a cross-reactive neutralizing response against tier 2 HIV-1 Env-pseudoviruses and primary isolates. Rabbits vaccinated with the CRF02_AG-based envelope immunogens also generated potent binding antibodies, and one animal elicited antibodies that neutralized almost all (13 of 16, 81.3%) tier 2 HIV-1 isolates tested. Overall, the results suggest that the novel CRF02_AG-based envelope immunogens and prime-boost immunization strategy elicit the type of immune responses required for a preventive HIV-1 vaccine.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Dunes Open Archive

Criação da Base de Dados com acesso aberto do Projeto DUNESinfo:eu-repo/semantics/publishedVersio