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Mini-implant-anchored Mesialslider for simultaneous mesialisation and intrusion of upper molars in an anterior open bite case: a three-year follow-up
Expressed protein profile of a Tectomicrobium and other microbial symbionts in the marine sponge Aplysina aerophoba as evidenced by metaproteomics.
Aplysina aerophoba is an emerging model marine sponge, with a well-characterized microbial community in terms of diversity and structure. However, little is known about the expressed functional capabilities of its associated microbes. Here, we present the first metaproteomics-based study of the microbiome of A. aerophoba. We found that transport and degradation of halogenated and chloroaromatic compounds are common active processes in the sponge microbiomes. Our data further reveal that the highest number of proteins were affiliated to a sponge-associated Tectomicrobium, presumably from the family Entotheonellaceae, as well as to the well-known symbiont "Candidatus Synechococcus spongiarium", suggesting a high metabolic activity of these two microorganisms in situ. Evidence for nitric oxide (NO) conversion to nitrous oxide was consistently observed for Tectomicrobia across replicates, by production of the NorQ protein. Moreover, we found a potential energy-yielding pathway through CO oxidation by putative Chloroflexi bacteria. Finally, we observed expression of enzymes that may be involved in the transformation of chitin, glycoproteins, glycolipids and glucans into smaller molecules, consistent with glycosyl hydrolases predicted from analyses of the genomes of Poribacteria sponge symbionts. Thus, this study provides crucial links between expressed proteins and specific members of the A. aerophoba microbiome
clusterMaker: a multi-algorithm clustering plugin for Cytoscape
<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>In the post-genomic era, the rapid increase in high-throughput data calls for computational tools capable of integrating data of diverse types and facilitating recognition of biologically meaningful patterns within them. For example, protein-protein interaction data sets have been clustered to identify stable complexes, but scientists lack easily accessible tools to facilitate combined analyses of multiple data sets from different types of experiments. Here we present <it>clusterMaker</it>, a Cytoscape plugin that implements several clustering algorithms and provides network, dendrogram, and heat map views of the results. The Cytoscape network is linked to all of the other views, so that a selection in one is immediately reflected in the others. <it>clusterMaker </it>is the first Cytoscape plugin to implement such a wide variety of clustering algorithms and visualizations, including the only implementations of hierarchical clustering, dendrogram plus heat map visualization (tree view), k-means, k-medoid, SCPS, AutoSOME, and native (Java) MCL.</p> <p>Results</p> <p>Results are presented in the form of three scenarios of use: analysis of protein expression data using a recently published mouse interactome and a mouse microarray data set of nearly one hundred diverse cell/tissue types; the identification of protein complexes in the yeast <it>Saccharomyces cerevisiae</it>; and the cluster analysis of the vicinal oxygen chelate (VOC) enzyme superfamily. For scenario one, we explore functionally enriched mouse interactomes specific to particular cellular phenotypes and apply fuzzy clustering. For scenario two, we explore the prefoldin complex in detail using both physical and genetic interaction clusters. For scenario three, we explore the possible annotation of a protein as a methylmalonyl-CoA epimerase within the VOC superfamily. Cytoscape session files for all three scenarios are provided in the Additional Files section.</p> <p>Conclusions</p> <p>The Cytoscape plugin <it>clusterMaker </it>provides a number of clustering algorithms and visualizations that can be used independently or in combination for analysis and visualization of biological data sets, and for confirming or generating hypotheses about biological function. Several of these visualizations and algorithms are only available to Cytoscape users through the <it>clusterMaker </it>plugin. <it>clusterMaker </it>is available via the Cytoscape plugin manager.</p
Untersuchung der Regulation der AktivitĂ€t des AminosĂ€uretransportes ĂŒber SN1 durch die GSK3beta sowie die Regulation der AktivitĂ€t des Na+-gekoppelten Glukosetransportes ĂŒber SGLT1 und der AktivitĂ€t der Na+/K+-ATPase durch beta-Catenin
Das Protein Ă-Catenin ist an der Bildung von Zell-Zell-Kontakten, den sogenannten Adherens-Junctions, beteiligt und fungiert als wichtiges SchlĂŒsselprotein im Wnt-Signalweg. Durch den Wnt-Signalweg werden viele grundlegende zellulĂ€re Prozesse, wie z.B. die Balance zwischen Proliferation und Differenzierung oder Ăberleben versus Apoptose, gesteuert. In der Pathogenese der polyzystischen Nierenerkrankung spielt ein Defekt im Wnt-Signalweg mit einer exzessiven Anreicherung von Ă-Catenin eine Rolle.
In dieser Arbeit wurde der Einfluss von Ă-Catenin auf den transmembranösen Transport durch die Na+/K+-ATPase und den Na+-gekoppelten Glukosetransporter SGLT1 untersucht. Es wurde hierfĂŒr das bereits seit langem etablierte Expressionssystem der Xenopus laevis-Oozyten in Kombination mit der TEVC-Methode und der Chemilumineszenz-basierten Bestimmung der Membranexpression angewendet.
Zur Messung des transmembranösen Stromes ĂŒber die Na+/K+-ATPase wurde die endogene Na+/K+-ATPase der Xenopus laevis-Oozyten verwendet. Hierbei wurden die K+-induzierten Ströme gemessen. Zu diesem Zweck wurden die Xenopus laevis-Oozyten 4 Stunden lang in K+-freier Lösung (ND96 â K+) prĂ€inkubiert und der induzierte K+-Strom nach K+-Zugabe zum Oozytenbad gemessen. Endogene KaliumkanĂ€le wurden zuvor mit dem K+-Kanalblocker BaCl2 (5 mM) inhibiert.
Als Ergebnis dieser Arbeit zeigte sich, dass nach Injektion von cRNA von Ă-Catenin in die Oozyten der K+-Pumpenstrom der endogenen Na+/K+-ATPase und der durch den Na+/K+-ATPase-Hemmer Ouabain-induzierte Strom signifikant höher waren als ĂŒber die Zellmembran von Oozyten, welche anstelle cRNA von Ă-Catenin DEPC-Wasser in gleicher Menge injiziert bekamen.
Eine transkriptionelle Wirkung von Ă-Catenin auf die AktivitĂ€t der Na+/K+-ATPase konnte durch weitere Versuche mit dem transkriptionshemmenden Peptidantibiotikums Actinomycin ausgeschlossen werden.
Es kann somit die Aussage getroffen werden, dass der Effekt der Regulation der AktivitĂ€t der Na+/K+-ATPase durch Ă-Catenin ĂŒber posttranskriptionelle Mechanismen und nicht ĂŒber transkriptionelle Hochregulation beispielsweise der SGK1 erfolgt.
Auch in Oozyten, die mit cRNA des Na+-Glukose-Cotransporters SGLT1 injiziert wurden, zeigte die zusĂ€tzliche Injektion von cRNA des Proteins Ă-Catenin einen stimulierenden Effekt. Weitere Untersuchungen ergaben, dass Ă-Catenin die Membranexpression von SGLT1 verstĂ€rkt.
Möglicherweise könnte Ă-Catenin jedoch auch ĂŒber eine Hochregulation bestimmter Kinasen wie der SGK1 oder ĂŒber die Hochregulation der Na+/K+-ATPase Einfluss auf den Na+-gekoppelten Glukosetransport haben.
Da Ă-Catenin jedoch auch nach Inkubation der Oozyten mit dem Transkriptionshemmer Actinomycin eine Hochregulation der AktivitĂ€t der SGLT1 verursachte, kann auch hier festgestellt werden, dass posttranskriptionelle VorgĂ€nge beteiligt sein mĂŒssen und nicht ausschlieĂlich eine transkriptionelle Wirkung. Allerdings könnte die stimulierende Wirkung von Ă-Catenin auf die SGLT1-AktivitĂ€t zumindest teilweise auf der Erhöhung der Triebkraft durch AktivitĂ€tssteigerung der Na+/K+-ATPase beruhen.
Die Ergebnisse vorliegender Arbeit zeigen nun eine komplett neue Funktion von Ă-Catenin fĂŒr die Regulation des transmembranösen Transports.
Somit kann zusammengefasst werden, dass Ă-Catenin die Na+/K+-ATPase und den elektrogenen Glukosetransport ĂŒber den Na+-abhĂ€ngigen Glukosetransporter SGLT1 stimuliert. Dieser Effekt entsteht vermutlich ĂŒber eine direkte Interaktion mit den Zellmembranproteinen und ist unabhĂ€ngig von der genomischen Hochregulation anderer Gene wie der SGK1.
FĂŒr die Untersuchung der Regulation des AminosĂ€uretransportes ĂŒber SN1 durch die GSK3Ă konnte mit Hilfe der TEVC-Methode ermittelt werden, dass bei Koexpression von SN1 und der GSK3Ă eine signifikante Erhöhung des transmembranösen, glutamininduzierten Stromes ĂŒber die Oozytenmembran, im Vergleich zu Oozyten, welche nur SN1 exprimierten, besteht. Eine Expression der GSK3Ă ohne SN1 zeigte keine Erhöhung des transmembranösen Stromes. Dadurch konnte bestĂ€tigt werden, dass die Erhöhung des transmembranösen Stromes ĂŒber SN1 und nicht ĂŒber andere Mechanismen erfolgt.
Zudem wurden jejunale Gewebe von genverĂ€nderten GSK3KI-MĂ€usen, deren GSK3-AktivitĂ€t eine Resistenz gegenĂŒber der PKB/SGK-vermittelten Hemmung aufwiesen, in Ussingkammerexperimenten mit jejunalem Gewebe von Wildtyp-Tieren verglichen. Dabei wurde ein gesteigerter intestinaler AminosĂ€ure-transport in GSK3KI-MĂ€usen entdeckt. Die Ergebnisse vom Xenopus-Expressionssystem und die Resultate der Messungen mit der Ussingkammer legen nahe, dass die Glykogensynthasekinase 3 (GSK3) Einfluss auf den natriumabhĂ€ngigen AminosĂ€uretransport nimmt. Der genaue Mechanismus muss in weiteren Untersuchungen ermittelt werden.
Zusammengefasst wurden mit dieser Doktorarbeit neue Funktionen der Proteine Ă-Catenin und GSK3 identifiziert. Beide Proteine regulieren den elektrogenen Membrantransport
Erroneous monocyte and neutrophil counts with the Sysmex NE-1500 in patients recovering from bone marrow aplasia.
Rapid Maxillary Expansion and Upper-Molar Distalization with a Miniscrew-Supported Hybrid Appliance
Early Class III treatment with Hybrid-Hyrax -Facemask in comparison to Hybrid-Hyrax-Mentoplate â skeletal and dental outcomes
Abstract Background Protraction of maxilla is usually the preferred and more commonly used treatment approach for skeletal Class III with a retrognathic maxilla. The aim of this study was the comparison of the skeletal and dental effects of two skeletally borne appliances for maxillary protraction: a) Hybrid-Hyrax in combination with facemask (FM), b) Hybrid-Hyrax in combination with Mentoplate (ME). Methods Thirty four Patients (17 facemask, 17 Mentoplate) were investigated by means of pre- and posttreatment cephalograms. The two groups matched with regard to treatment time, age gender and type of dentoskeletal deformity before treatment. Results Both groups showed a significant forward movement of A-point (FM GROUP: SNA +â2.23°â±â1.30°â p 0.000*; ME: 2.23°â±â1.43°â p 0.000*). B-Point showed a larger sagittal change in the FM Group (SNB 1.51°â±â1.1°â p 0.000*) compared to the ME group (SNB: ââ0.30°â±â0.9°â p 0.070). The FM group showed a significant increase of the ML-NL +â1.86°â±â1.65° (p 0.000*) and NSL-ML +â1.17°â±â1.48 (p 0.006*). Upper Incisor inclination did not change significantly during treatment in both groups as well as the distance of the first upper Molar in relation to A-point. Conclusion Both treatments achieve comparable rates of maxillary protraction, without dentoalveolar side effects. Skeletal anchorage with symphysial plates in the mandible provides greater vertical control and might be the treatment of choice in high angle patients
Closure of an open bite using the 'Mousetrap' appliance: a 3-year follow-up
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