Detection of Pneumocystis jirovecii by Two Staining Methods and Two Quantitative PCR Assays

Abstract : Background: : Pneumocystis jirovecii is an opportunistic pathogen that causes pneumonia, particularly in immunodeficient hosts. Materials and Methods: : We retrospectively compared the results obtained by two staining methods (toluidine blue and calcofluor white) and two quantitative (q) real time PCR assays for the detection of P. jirovecii in bronchoalveolar lavage (BAL) specimens. For the qPCR assays, we used newly selected probes and primers targeting the Kex-1 gene, which codes for a serine endoprotease, and compared the results to those from the published assay targeting the β-tubulin gene. Results: : A total of 1,843 BAL specimens were analyzed microscopically in parallel, and 74 (4.0%) were found to be positive with both stains, 23 (1.2%) were positive only with the toluidine blue stain, and six (0.3%) only with the calcofluor stain (p = 0.003). Of these, a selection of 186 consecutive BAL fluid samples were tested by qPCR using the respective different primer pairs. 21 of the 186 samples (11.3%) were microscopically positive with both stains as well as qPCR positive after 18-31 cycles (corresponding to 5.24 × 106 copies/ml to 640 copies/ml of native BAL) using the Kex-1 primer pair and between 21-33 cycles using the β-tubulin assay. A good correlation between semi-quantitative microscopy and the number of PCR cycles needed for a positive signal was noted. Of the remaining 165 samples, 153 (82%) were both microscopically and PCR negative (PCR with the two sets of primers); the remaining 12 samples (7%) were Kex-1-based PCR positive (from cycles 33 to 41, corresponding to 160 copies/ml of BAL or less) but microscopically negative. Of these latter samples, ten (6%) were also positive (from cycles 34 to 38) with the primers targeting the β-tubulin gene. Taking microscopy as a reference, the sensitivity of qPCR targeting the Kex-1 gene was 100%, and the specificity was 92.4%. Conclusion: : The sensitive qPCR analysis proved to be a rapid and reliable method to detect P. jirovecii in BA

Severe Mycoplasma hominis Infections in Two Renal Transplant Patients

Systemic infections due to Mycoplasma hominis are rare and occur mainly in immunocompromised patients. Reported here are the cases of two renal transplant patients with peritonitis who did not respond to empirical antimicrobial treatment. Effective treatment with doxycycline was administered only after definitive identification of Mycoplasma hominis was achieved. For this identification, the new genetic amplification-sequencing method was invaluabl

Tickborne Pathogen Detection, Western Siberia, Russia

Ixodes and Dermacentor ticks harbor Borrelia, Anaplasma/Ehrlichia, Bartonella, and Babesia species

Avaliação de potencial controle químico de Anastrepha curvicauda em cultivo de mamão nacional por modelagem.

A mosca-das-frutas do mamão Anastrepha curvicauda Gertaecker, 1860 (syn. Toxotrypana curvicauda) (Diptera: Tephritidae) é praga quarentenária ausente (PQA) no Brasil, com relatos de danos severos ao cultivo de mamão no exterior. O objetivo deste trabalho foi identificar alternativas para o controle químico de Anastrepha curvicauda em áreas de cultivo de mamão nacional, apoiando estratégias preventivas de defesa fitossanitária. Informações sobre a PQA e agrotóxicos (princípios ativos (p.a.)) utilizados em seu controle químico no cultivo de mamão do exterior foram obtidas em literatura técnica. As propriedades físico-químicas dos p.a. foram também recuperadas em literatura e utilizadas em modelos matemáticos screening (índice de Gus, método de Goss e método de Cohen (EPA)) para avaliar o potencial de transporte (lixiviação e/ou escoamento superficial (run-off) associado a sedimento do solo). Parte da avaliação demandou a realização de zoneamentos territoriais de áreas frágeis nacionais em ArcGIS, representadas pela presença de aquíferos livres, solos porosos e pluviosidades anuais acima de 250mm, e de áreas favoráveis à ocorrência da PQA em fruteira de mamão no Brasil. As áreas favoráveis à praga em mamão foram determinadas por estimativa de nicho ecológico em algoritmo de modelagem GARP/Openmodeller e por áreas nacionais com presença da cultura (IBGE). Oito p.a. foram avaliados: abamectina, deltametrina, espinosade, malation, piretrina, permetrina, tiociclan e tiometon. Os resultados indicaram que, nas áreas frágeis assinaladas pelo zoneamento obtido, é necessária cautela no uso de espinosade, tiociclan e tiometon, pelo médio potencial dissolvido em água apresentados, e de deltametrina, piretrina e permetrina, pelo alto potencial do primeiro e médios potenciais dos demais associados à sedimento. Espinosade apresenta baixa toxicidade às abelhas, conforme literatura; não encontrada informação disponível sobre toxicidade a polinizadores para tiometon

Prospecção de alternativas de controle químico para a praga quarentenária ausente Bactrocera Dorsalis.

RESUMO: Este trabalho apresenta a prospecção de alternativas para o controle químico da praga quarentenária ausente (PQA) Bactrocera dorsalis Hendel, 1912 (Diptera: Tephritidae) para apoiar planos de manejo integrado, em caso de sua entrada no Brasil. Vinte e quatro princípios ativos (p.a.) de agrotóxicos utilizados no controle da praga no exterior foram identificados em literatura internacional. O potencial de transporte (lixiviação e escoamento superficial (runoff)) de cada p.a. foi avaliado utilizando modelos matemáticos screening do Índice de GUS e dos métodos de GOSS e de Cohen. Propriedades físicoquímicas de cada p.a. foram recuperadas de literatura e bases de dados. Informações de áreas nacionais com a presença de aquíferos livres, solos porosos e pluviosidades maiores que 250 mm.ano-1 foram obtidas de zoneamento territorial brasileiro já disponibilizado pela Embrapa. O impacto de cada p.a. em abelhas também foi apresentado, assim como p.a. banidos do Brasil, considerando literatura e bases de dados. Os resultados indicaram cautela com 15 p.a., devido ao potencial de lixiviação, e com 12 p.a. devido ao potencial de runoff (adsorvidos ao sedimento de solo). Os resultados subsidiam futuras políticas públicas de defesa fitossanitária com foco na PQA Bactrocera dorsalis e na sustentabilidade ambiental das áreas agrícolas brasileiras

Zoneamento territoriais mensais de áreas brasileiras mais favoráveis ao desenvolvimento de Bactrocera carambolae.

RESUMO: Bactrocera carambolae Drew & Hancock, 1994 (Diptera: Tephritidae: Dacinae) ou mosca-da-carambola é um inseto-praga originário do Sul da Ásia. Seu primeiro registro na América do Sul foi em 1975 (Paramaribo, Suriname) e a primeira detecção no Brasil em 1996 (Oiapoque, estado do Amapá (AP)). Ainda hoje a mosca-da-carambola é praga quarentenária presente (PQP) no Brasil, com ocorrências em algumas áreas dos estados do AP, Pará (PA) e Roraima RR), sob ações de controle oficial realizadas pelo Ministério da Agricultura Pecuária e Abastecimento (MAPA). Este trabalho apresenta os zoneamentos territoriais mensais de áreas brasileiras favoráveis ao maior desenvolvimento de Bactrocera carambolae, com base em médias de fatores abióticos (temperaturas e umidades relativas), tanto aqueles registrados no país para o período de 2009 a 2018 como também os que conferem ao inseto-praga seu melhor desenvolvimento de fases de seu ciclo de vida e geração de número de descendentes. Os cultivos hospedeiros da praga aqui considerados foram acerola, caju, carambola, goiaba, manga, pitanga, laranja, tangerina e tomate. Com base na análise dos resultados dos zoneamentos mensais obtidos foram identificadas as microrregiões estaduais potencialmente favoráveis ao maior desenvolvimento de B. carambolae e, portanto, à ocorrência de picos populacionais, bem como suas respectivas quantidades de municípios passíveis de serem acometidos. Os municípios favoráveis mensalmente, por respectiva microrregião estadual, foram nominados para os estados com áreas sob controle oficial, disponibilizando a informação de períodos do ano sujeitos às maiores populações de B. carambolae. Do mesmo modo, análises por regiões geográficas do país foram disponibilizadas