A genetic analysis of variable number of tandem repeats (VNTR) polymorphism in the horse

Restriction fragment length polymorphism detected with the 33.6 minisatellite probe (Jeffreys et al, 1985) was analysed in 3 horse families of paternal half-sibs and in a sample of stallions from 4 breeds. Among the bands detected on Hae III genomic DNA digests, it was found that strongly hybridizing fragments behaved as alleles at 2 different loci. These 2 loci, showing 7 and 3 detectable alleles, were not closely linked to each other nor to informative blood groups and protein markers. No neo-mutation in allele length was observed at these 2 loci ip the 3 families. In the stallion sample, 8 alleles were detected at the first locus and no differences were found between their frequencies in the 4 breeds. Heterozygosity and polymorphism information content (PIC) values estimated in the 4 breeds show that the Thoroughbred is the least variable breed and the Arab the most. In the whole population the PIC values were 0.73 and 0.70 respectively.Le polymorphisme de longueur de fragment de restriction détecté par la sonde minisatellite 33.6 (Jeffreys et al, 1985) a été analysé chez le cheval dans trois familles de demi-germains paternels et dans un échantillon d’étalons de quatre races. Parmi toutes les bandes révélées à partir d’ADN génomique digéré par Hae III, les fragments donnant un signal intense se comportent comme des allèles ségrégeant à deux locus différents. Ceux-ci, qui possèdent respectivement sept et trois allèles détectables, ne sont pas étroitement liés entre eux ni avec les locus informatifs des groupes sanguins et des protéines du sang. Aucune néo-mutation de longueur des allèles n’a été détectée dans les trois familles. Dans l’échantillon des étalons, huit allèles ont été observés au premier locus et aucune différence de fréquence n’apparaît entre les quatre races. Les valeurs d’hétérozygotie et les valeurs informatives des polymorphismes (PIC) estimées sur cet échantillon montrent que la race de Pur-sang est la moins variable à l’opposé de la race Arabe. Les valeurs estimées sur la population totale sont respectivement de 0,73 et de 0, 70

Essai d'analyse des relations génétiques entre les races bovines françaises à l'aide du polymorphisme biochimique

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Genetic variability within French race and riding horse breeds from genealogical data and blood marker polymorphisms

The genetic variability of five horse breeds raised in France was analysed: Thoroughbred, Trotteur Français, Arab, Anglo-Arab and Selle Français. Genealogical data and genotypes at seven blood group and nine protein loci were used. Paternal family sizes were found to be unbalanced, especially in Trotteur français, Selle Franqais and Thoroughbred. Average coefficients of inbreeding for offspring born from 1989 to 1992 were 1.02 (Thoroughbred), 1.86 (Trotteur Français), 3.08 (Arab), 1.17 (Anglo-Arab) and 0.70% (Selle Français). High individual coefficients (> 6.25%) were found in substantial proportions only in Arab, where such high values represent one fifth of the total individual coefficients. Inbreeding was analysed according to the number of generations of ancestors considered. The results revealed the importance of close inbreeding in Arab and remote inbreeding in Thoroughbred. Arab was the only breed that showed evidence for a substantial amount of mating between close relatives. From 1974 to 1992, the rates of inbreeding, in percentage points per year, were + 0.026 (Thoroughbred), + 0.052 (Trotteur Français), + 0.071 (Arab), + 0.029 (Anglo-Arab) and + 0.024 (Selle Franqais). The distribution of genetic contributions of founder animals was found to be unbalanced, especially in Trotteur Français where 25 founder animals only accounted for half the actual gene pool. No significant time-trend was found for blood markers allelic frequencies. The mean heterozygosity was highest in Trotteur Franqais and Selle Français and lowest in Thoroughbred and Anglo-Arab. The meaning of recent trends for genetic variability is discussed. The need for equalizing paternal family sizes in the future is outlined.On a dressé un bilan de la variabilité génétique au sein des cinq principales races françaises de chevaux de course et de sport, le Pur-Sang, le Trotteur Français, l’Arabe, l’Anglo-Arabe et le Selle Français. On a utilisé les données généalogiques ainsi que les résultats de typage pour sept groupes sanguins et neuf protéines sanguines. La distribution du nombre de descendants, mâles ou femelles, par étalon est déséquilibrée, particulièrement pour le Trotteur Français, le Selle Français et le Pur-Sang. Le coefficient de consanguinité moyen des animaux nés entre 1989 et 1992 est de 1, 02 % (Pur-Sang), 1,86 %, (Trotteur Français), 3,08 % (Arabe), 1,17 % (Anglo-Arabe) et 0,70 % (Selle Français). Des coefficients individuels élevés (> 6,25 %) n’ont été trouvés en proportion substantielle que chez l’Arabe, où ils représentent un cinquième des valeurs calculées. Une analyse des coefficients moyens en fonction du nombre de générations d’ancêtres considéré montre l’importance de la consanguinité éloignée chez le Pur-Sang et de la consanguinité proche chez l’Arabe, seule race où la pratique des accouplements entre proches apparentés semble être courante. De 1974 à 1992, le taux d’accroissement du coefficient de consanguinité moyen (en points de pourcentage) par année de naissance a été de + 0, 026 (Pur-Sang), + 0, 052 (Trotteur Français), + 0, 071 (Arabe), + 0, 029 (Anglo-Arabe) and + 0, 024 (Selle Français). La distribution des contributions des ancêtres fondateurs au patrimoine génétique actuel est déséquilibrée. La situation est particulièrement critique chez le Trotteur Français, où seulement 25 animaux fondateurs contribuent pour la moitié des gènes présents actuellement. Aucune tendance significative d’évolution des fréquences géniques des marqueurs sanguins n’a pu être mise en évidence. L’hétérozygotie moyenne est la plus élevée pour le Trotteur Français et le Selle Français et la plus faible pour le Pur-Sang et l’Anglo-Arabe. La signification et les causes de l’évolution récente de la variabilité génétique au sein de chaque race sont discutées. On insiste sur la nécessité de mieux équilibrer les tailles de familles paternelles afin de préserver la variabilité actuelle