Husrom uten hjerterom. Kan bolig motvirke marginaliseringsprosesser?

Dette er en forskningsrapport som omhandler vanskeligstilte på boligmarke-det. Prosjektet er gjennomført på oppdrag fra Husbanken. Formålet med pro-sjektet er å identifisere hvilken betydning boligen har for vanskeligstilte på boligmarkedet, og hvordan en egnet bolig kan motvirke og være med på å bekjempe marginalisering for denne gruppen. Vanskeligstilte på boligmarkedet er en heterogen gruppe, men felles for mange er at de har vært og er i kontakt med ulike deler av det offentlige hjelpeapparatet. Størstedelen har en bakgrunn som er preget av sammensatt problematikk, og de er ofte marginalisert eller ekskludert fra flere sider ved samfunnslivet. Denne studien har tatt utgangspunkt i to undergrupper av vanskeligstilte på boligmarkedet: Unge voksne med barnevernsbakgrunn og voksne som har problemer med rus og/eller psykiske lidelser. Studien har et brukerperspek-tiv, og marginaliseringsprosessene er beskrevet ut i fra disse gruppenes egne perspektiver og vi har i analysen vektlagt de faktorer og mekanismer som de selv mener bidrar til ulike marginaliseringsprosesser. Studien har to hovedproblemstillinger: Hvordan opplever vanskeligstilte på boligmarkedet betydningen av bolig for sin livssituasjon? Hvordan kan bolig som virkemiddel motvirke marginaliseringsprosesser?publishedVersio

Barns levekår og hverdagsliv i Agder. Delrapport 1. En kartlegging av barns levekår og hverdagsliv i Kristiansand, Søgne, Songdalen, Vennesla, Lillesand, Birkenes og Iveland

I denne rapporten presenteres andre sett av de første analysene fra prosjektet «Barns levekår og hverdagsliv», som er finansiert av Sørlandets kompetansefond, Aust-Agder kompetansefond og Senter for likestilling ved Universitetet i Agder. Prosjektet springer ut fra forskning som viser at Agder har særlige utfordringer knyttet til levekår og likestilling, og at denne situasjonen har vart over tid. Formålet med prosjektet er å belyse barns situasjon i et levekårsperspektiv, både her og nå og med tanke på fremtiden. Levekår sees i denne sammenheng i et ressursperspektiv, og forstås ut fra Allardts velferdsbegrep, der dimensjonene å ha (materielle ressurser), å være (deltakelse og kulturelle ressurser) og å elske (sosiale ressurser) legges til grunn. Datainnsamlingen har blitt gjennomført i to runder, og det foreligger en egen rapport fra første runde (Nilsen et al. 2012). Datamaterialet fra undersøkelsens andre runde, som denne rapporten er basert på, består av 549 spørreskjema som er besvart av femteklassinger ved 25 skoler i kommunene Arendal, Froland, Grimstad, Mandal og Lindesnes. Datainnsamlingen ble gjennomført i løpet av skoletiden mens det var en forsker til stede. Kommunene i utvalget varierer i størrelse og beliggenhet/sentralitet, og er lokalisert i to ulike regioner i Agder, hhv Østre Agder (Arendal, Froland og Grimstad) og Lindesnes regionen (Mandal og Lindesnes). Det har i tillegg blitt samlet inn spørreskjema fra barnas foresatte. I denne rapporten er det imidlertid kun barneskjemaene fra datainnsamlingens andre runde, som ble gjennomført fra januar til mars 2012, som legges til grunn. Svarprosenten i dette datamaterialet er på 60%. Problemstillingene som belyses er hvordan hverdagslivet arter seg for barn i de fem Agder-kommunene, med fokus på dimensjonene å ha, å være og å elske, og hvorvidt det kan identifiseres noen systematiske sammenhenger mellom barnas bosted og kjønn, og hvordan hverdagslivet arter seg langs de samme dimensjonene. Rapporten består hovedsakelig av bivariate analyser mellom ulike forhold knyttet til levekårsdimensjonene og variablene bosted (kommune) og kjønn.publishedVersio

Deep learning-based image analysis reveals significant differences in the number and distribution of mucosal CD3 and γδ T cells between Crohn's disease and ulcerative colitis

Colon mucosae of ulcerative colitis (UC) and Crohn's disease (CD) display differences in the number and distribution of immune cells that are difficult to assess by eye. Deep learning-based analysis on whole slide images (WSIs) allows extraction of complex quantitative data that can be used to uncover different inflammatory patterns. We aimed to explore the distribution of CD3 and γδ T cells in colon mucosal compartments in histologically inactive and active inflammatory bowel disease. By deep learning-based segmentation and cell detection on WSIs from a well-defined cohort of CD (n = 37), UC (n = 58), and healthy controls (HCs, n = 33), we quantified CD3 and γδ T cells within and beneath the epithelium and in lamina propria in proximal and distal colon mucosa, defined by the Nancy histological index. We found that inactive CD had significantly fewer intraepithelial γδ T cells than inactive UC, but higher total number of CD3 cells in all compartments than UC and HCs. Disease activity was associated with a massive loss of intraepithelial γδ T cells in UC, but not in CD. The total intraepithelial number of CD3 cells remained constant regardless of disease activity in both CD and UC. There were more mucosal CD3 and γδ T cells in proximal versus distal colon. Oral corticosteroids had an impact on γδ T cell numbers, while age, gender, and disease duration did not. Relative abundance of γδ T cells in mucosa and blood did not correlate. This study reveals significant differences in the total number of CD3 and γδ T cells in particularly the epithelial area between CD, UC, and HCs, and demonstrates useful application of deep segmentation to quantify cells in mucosal compartments

Code-Free Development and Deployment of Deep Segmentation Models for Digital Pathology

Application of deep learning on histopathological whole slide images (WSIs) holds promise of improving diagnostic efficiency and reproducibility but is largely dependent on the ability to write computer code or purchase commercial solutions. We present a code-free pipeline utilizing free-to-use, open-source software (QuPath, DeepMIB, and FastPathology) for creating and deploying deep learning-based segmentation models for computational pathology. We demonstrate the pipeline on a use case of separating epithelium from stroma in colonic mucosa. A dataset of 251 annotated WSIs, comprising 140 hematoxylin-eosin (HE)-stained and 111 CD3 immunostained colon biopsy WSIs, were developed through active learning using the pipeline. On a hold-out test set of 36 HE and 21 CD3-stained WSIs a mean intersection over union score of 95.5 and 95.3% was achieved on epithelium segmentation. We demonstrate pathologist-level segmentation accuracy and clinical acceptable runtime performance and show that pathologists without programming experience can create near state-of-the-art segmentation solutions for histopathological WSIs using only free-to-use software. The study further demonstrates the strength of open-source solutions in its ability to create generalizable, open pipelines, of which trained models and predictions can seamlessly be exported in open formats and thereby used in external solutions. All scripts, trained models, a video tutorial, and the full dataset of 251 WSIs with ~31 k epithelium annotations are made openly available at to accelerate research in the field.Peer reviewe

Patient derived colonoids as drug testing platforms - Critical importance of oxygen concentration

Treatment of inflammatory bowel disease (IBD) is challenging, with a series of available drugs each helping only a fraction of patients. Patients may face time-consuming drug trials while the disease is active, thus there is an unmet need for biomarkers and assays to predict drug effect. It is well known that the intestinal epithelium is an important factor in disease pathogenesis, exhibiting physical, biochemical and immunologic driven barrier dysfunctions. One promising test system to study effects of existing or emerging IBD treatments targeting intestinal epithelial cells (IECs) is intestinal organoids (“mini-guts”). However, the fact that healthy intestinal epithelium is in a physiologically hypoxic state has largely been neglected, and studies with intestinal organoids are mainly performed at oxygen concentration of 20%. We hypothesized that lowering the incubator oxygen level from 20% to 2% would recapitulate better the in vivo physiological environment of colonic epithelial cells and enhance the translational value of intestinal organoids as a drug testing platform. In the present study we examine the effects of the key IBD cytokines and drug targets TNF/IL17 on human colonic organoids (colonoids) under atmospheric (20%) or reduced (2%) O2. We show that colonoids derived from both healthy controls and IBD-patients are viable and responsive to IBD-relevant cytokines at 2% oxygen. Because chemokine release is one of the important immunoregulatory traits of the epithelium that may be fine-tuned by IBD-drugs, we also examined chemokine expression and release at different oxygen concentrations. We show that chemokine responses to TNF/IL17 in organoids display similarities to inflamed epithelium in IBD-patients. However, inflammation-associated genes induced by TNF/IL17 were attenuated at low oxygen concentration. We detected substantial oxygen-dependent differences in gene expression in untreated as well as TNF/IL17 treated colonoids in all donors. Further, for some of the IBD-relevant cytokines differences between colonoids from healthy controls and IBD patients were more pronounced in 2% O2 than 20% O2. Our results strongly indicate that an oxygen concentration similar to the in vivo epithelial cell environment is of essence in experimental pharmacology

Re-existensia

Våren 2015 inngikk Ingunn Bakke og Annabeth Kolstø i et samarbeid om å utvikle kjoler til en klesvisning under Festspela i Heidal, som er en litteratur-, musikk- og kunstfestival. Annabeth Kolstø har designet og sydd 4 kjoler med utgangspunkt i 3 av Ingunn Bakkes printede silketekstiler og 5 herreskjorter fra Fretex. Under Festspela i Heidal 27-28. juni ble antrekkene vist på modeller på en "plankegange". Høsten 2015 ble kjolene stilt ut i Seilduksgalleriet på Kunsthøgskolen i Oslo i utstillingen Opencall

Re-existensia

Våren 2015 inngikk Ingunn Bakke og Annabeth Kolstø i et samarbeid om å utvikle kjoler til en klesvisning under Festspela i Heidal, som er en litteratur-, musikk- og kunstfestival. Annabeth Kolstø har designet og sydd 4 kjoler med utgangspunkt i 3 av Ingunn Bakkes printede silketekstiler og 5 herreskjorter fra Fretex. Under Festspela i Heidal 27-28. juni ble antrekkene vist på modeller på en "plankegange". Høsten 2015 ble kjolene stilt ut i Seilduksgalleriet på Kunsthøgskolen i Oslo i utstillingen Opencall

Mapping anaerobic sludge bed community adaptations to manure supernatant in biogas reactors

In upflow anaerobic sludge bed (UASB) reactors, biomass present as granules allows for long solids retention time. Here, granules from a process treating pulp and paper industrial wastewater were successfully applied as inoculum in UASB reactors treating pig manure supernatant, despite high particle content and high ammonium concentrations in the influent. We did a detailed characterization of archaeal and bacterial communities associated with the inoculum and with the aggregated and dispersed fractions of the influent and the reactors after one year of operation. The granular communities underwent major changes and adapted to the highly distinct conditions without disintegration of the granules. Although the granules persisted in the reactors, non-granular aggregates accumulated, and partly replaced the granules. Particles introduced to the reactors by the pig manure influent apparently contributed both as food and biofilm growth support. Archaeal communities in the dispersed reactor phase were similar to those dispersed in the influents, implying successful retention and little loss of archaeal biomass due to detachment or disintegration of granules and other aggregates. Unique bacterial communities developed in the dispersed fraction of the reactors despite of low hydraulic retention times. They probably consisted of fast growing organisms consuming readily degradable organic matter.publishedVersion© The Author(s) 2018 Open Access This article is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License, which permits use, sharing, adaptation, distribution and reproduction in any medium or format, as long as you give appropriate credit to the original author(s) and the source, provide a link to the Creative Commons license, and indicate if changes were made. The images or other third party material in this article are included in the article’s Creative Commons license, unless indicated otherwise in a credit line to the material. If material is not included in the article’s Creative Commons license and your intended use is not permitted by statutory regulation or exceeds the permitted use, you will need to obtain permission directly from the copyright holder. To view a copy of this license, visit http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/