Deep analysis of wild Vitis flower transcriptome reveals unexplored genome regions associated with sex specification

RNA-seq of Vitis during early stages of bud development, in male, female and hermaphrodite flowers, identified new loci outside of annotated gene models, suggesting their involvement in sex establishment. The molecular mechanisms responsible for flower sex specification remain unclear for most plant species. In the case of V. vinifera ssp. vinifera, it is not fully understood what determines hermaphroditism in the domesticated subspecies and male or female flowers in wild dioecious relatives (Vitis vinifera ssp. sylvestris). Here, we describe a de novo assembly of the transcriptome of three flower developmental stages from the three Vitis vinifera flower types. The validation of de novo assembly showed a correlation of 0.825. The main goals of this work were the identification of V. v. sylvestris exclusive transcripts and the characterization of differential gene expression during flower development. RNA from several flower developmental stages was used previously to generate Illumina sequence reads. Through a sequential de novo assembly strategy one comprehensive transcriptome comprising 95,516 non-redundant transcripts was assembled. From this dataset 81,064 transcripts were annotated to V. v. vinifera reference transcriptome and 11,084 were annotated against V. v. vinifera reference genome. Moreover, we found 3368 transcripts that could not be mapped to Vitis reference genome. From all the non-redundant transcripts that were assembled, bioinformatics analysis identified 133 specific of V. v. sylvestris and 516 transcripts differentially expressed among the three flower types. The detection of transcription from areas of the genome not currently annotated suggests active transcription of previously unannotated genomic loci during early stages of bud development.funded project PTDC/AGR-GPL/119298/2010 from Fundação para a Ciência e Tecnologia (FCT, Portugal). MRocheta, JLCoito, JCunha, MCosta, MRamos and HGSilva are supported by FCT fellowships SFRH/BPD/64905/2009, SFRH/BD/85824/2012, SFRH/BPD/74895/2010, SFRH/BSAB/113781/2015, SFRH/BD/110274/2015 and SFRH/BD/111529/2015, respectively. We are also grateful to Eng. Eiras-Dias, curator from Portuguese Ampelographic Collection (property of Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária, Dois Portos) where sampling was performed, for the collaboration in this work allowing the access to the Vitis collectioninfo:eu-repo/semantics/publishedVersio

"Malattie dell’apparato respiratorio. Pneumologia e chirurgia toracica"

La tecnica tomografica permette di riconoscere con accuratezza la sede, le dimensioni, le porzioni anatomiche del polmone e le caratteristiche dei processi patologici. Esistono due tecniche di tomografia a emissione, quella a emissione di singolo fotone, la SPET, e quella a emissione di positroni, la PET (Tab. 7-11). Al fine di ottenere un'accurata diagnosi e una corretta interpretazione delle immagini scintigrafiche è diventato fondamentale disporre affianco alle immagini funzionali (SPET o PET) immagini di tipo morfologico (Rx, TC e RM). Inizialmente si è provveduto a effettuare fusioni di immagini provenienti da apparecchiature differenti e acquisite in tempi diversi mediante l'utilizzo di opportuni sistemi software. Attualmente si dispone però di sistemi hardware ibridi, ovvero un unico sistema con integrati SPET o PET e CT o più di recente SPET o PET e RM, in uno stesso gantry, con cui le immagini di due modalità vengono acquisite in un'unica sessione e co-registrate, senza che il paziente si muova dal lettino. Si ottengono così immagini multimodali, funzionali e morfologiche contemporaneamente. La utilizzazione di macchine SPECT/CT per ottenere contemporaneamente e durante un singolo esame sia le immagini di medicina nucleare (scintigrafie polmonari perfusive /ventilatorie) che la TC, rappresentano la migliore scelta tecnica per lo studio delle patologie polmonari. L'indagine che visualizza la distribuzione e la concentrazione del radiofarmaco nei due polmoni o nel torace viene definita scintigrafia statica. Le proiezioni possibili sono: anteriore, posteriore, laterali e oblique a 45° anteriore e posteriore. Se l'esame viene esteso all'intero corpo nelle due proiezioni, anteriore e posteriore, viene detto total body (IB) o whole body (WB). Le immagini WB sono utili nella stadiazione e ristadiazione di pazienti con patologie neoplastiche o infiammatorie con possibile disseminazione in varie sedi come anche nel ricercare patologie la cui sede di origine non è nota. Tale indagine WB rappresenta il primo step per guidare indagini su specifici distretti anatomici sede di patologie. Quando si acquisiscono immagini in sequenza sul torace è possibile ottenere la visualizzazione delle modificazioni spaziali della concentrazione del radiofarmaco nel tempo. Queste vengono definite scintigrafie dinamiche. Queste ultime sono caratterizzate dalla frequenza temporale, con cui vengono ottenute le immagini, e dal tempo di durata dell'esame (per esempio: 1 immagine ogni minuto per 60 minuti). Si può dire che nella maggioranza dei casi i radiofarmaci impiegati in pneumologia si distribuiscono nelle porzioni integre e normo-funzionanti del polmone, mentre nei processi patologici la loro concentrazione appare ridotta o assente. La lesione viene definita ipofissante, non fissante, fredda. Quando si utilizzano radiofarmaci con specifico tropismo per il tessuto patologico, la lesione accumula il radiofarmaco e si mette in evidenza come area Iperattiva o positiva. I radiofarmaci che permettono questo tipo di immagine sono detti indicatori positivi di lesione

"Malattie dell’apparato respiratorio. Pneumologia e chirurgia toracica"

La tecnica tomografica permette di riconoscere con accuratezza la sede, le dimensioni, le porzioni anatomiche del polmone e le caratteristiche dei processi patologici. Esistono due tecniche di tomografia a emissione, quella a emissione di singolo fotone, la SPET, e quella a emissione di positroni, la PET (Tab. 7-11). Al fine di ottenere un'accurata diagnosi e una corretta interpretazione delle immagini scintigrafiche è diventato fondamentale disporre affianco alle immagini funzionali (SPET o PET) immagini di tipo morfologico (Rx, TC e RM). Inizialmente si è provveduto a effettuare fusioni di immagini provenienti da apparecchiature differenti e acquisite in tempi diversi mediante l'utilizzo di opportuni sistemi software. Attualmente si dispone però di sistemi hardware ibridi, ovvero un unico sistema con integrati SPET o PET e CT o più di recente SPET o PET e RM, in uno stesso gantry, con cui le immagini di due modalità vengono acquisite in un'unica sessione e co-registrate, senza che il paziente si muova dal lettino. Si ottengono così immagini multimodali, funzionali e morfologiche contemporaneamente. La utilizzazione di macchine SPECT/CT per ottenere contemporaneamente e durante un singolo esame sia le immagini di medicina nucleare (scintigrafie polmonari perfusive /ventilatorie) che la TC, rappresentano la migliore scelta tecnica per lo studio delle patologie polmonari. L'indagine che visualizza la distribuzione e la concentrazione del radiofarmaco nei due polmoni o nel torace viene definita scintigrafia statica. Le proiezioni possibili sono: anteriore, posteriore, laterali e oblique a 45° anteriore e posteriore. Se l'esame viene esteso all'intero corpo nelle due proiezioni, anteriore e posteriore, viene detto total body (IB) o whole body (WB). Le immagini WB sono utili nella stadiazione e ristadiazione di pazienti con patologie neoplastiche o infiammatorie con possibile disseminazione in varie sedi come anche nel ricercare patologie la cui sede di origine non è nota. Tale indagine WB rappresenta il primo step per guidare indagini su specifici distretti anatomici sede di patologie. Quando si acquisiscono immagini in sequenza sul torace è possibile ottenere la visualizzazione delle modificazioni spaziali della concentrazione del radiofarmaco nel tempo. Queste vengono definite scintigrafie dinamiche. Queste ultime sono caratterizzate dalla frequenza temporale, con cui vengono ottenute le immagini, e dal tempo di durata dell'esame (per esempio: 1 immagine ogni minuto per 60 minuti). Si può dire che nella maggioranza dei casi i radiofarmaci impiegati in pneumologia si distribuiscono nelle porzioni integre e normo-funzionanti del polmone, mentre nei processi patologici la loro concentrazione appare ridotta o assente. La lesione viene definita ipofissante, non fissante, fredda. Quando si utilizzano radiofarmaci con specifico tropismo per il tessuto patologico, la lesione accumula il radiofarmaco e si mette in evidenza come area Iperattiva o positiva. I radiofarmaci che permettono questo tipo di immagine sono detti indicatori positivi di lesione