Isolation of SSR Markers from Zoysiagrass

The genus Zoysia consists of 16 species that are naturally distributed on sea coasts and grasslands around the Pacific. In Japan, five species of natural zoysiagrasses have been identified from southern Hokkaido to the southwest islands. Of these, Z. japonica Steud. and Z. matrella Merr. have been utilized extensively as turf in Japan and other countries in East Asia. Linkage maps based on RFLP and AFLP markers have been reported in Zoysia (Yaneshita et al., 1999, Cai et al., 2004). Simple sequence repeat (SSR) markers have the advantages of being PCR-based and multiallelic. They are highly polymorphic compared to other types of markers such as RFLPs and AFLPs, and are widely used in linkage map construction, gene tagging and QTL mapping. However, only few SSR markers from zoysiagrass have been reported. The objectives of this study were to develop zoysiagrass SSRs in larger numbers and to map them on to an AFLP-based linkage map

Development of SSR Markers for Variety Identification in Italian Ryegrass (\u3cem\u3eLolium Multiflorum\u3c/em\u3e Lam.)

Italian ryegrass (IRG, Lolium multiflorum Lam.) is one of the most important cool-season forage grasses in the world, and is the most widely cultivated annual forage grass in Japan. Simple sequence repeat (SSR) markers have the advantages of being PCR-based, multiallelic and possessing high levels of polymorphism. They are very suitable for variety identification, especially for out-crossing species including IRG. The objective of this study was the development of SSR markers for variety identification in IRG

Control over phase separation and nucleation using a laser-tweezing potential

Control over the nucleation of new phases is highly desirable but elusive. Even though there is a long history of crystallization engineering by varying physicochemical parameters, controlling which polymorph crystallizes or whether a molecule crystallizes or forms an amorphous precipitate is still a poorly understood practice. Although there are now numerous examples of control using laser-induced nucleation, the absence of physical understanding is preventing progress. Here we show that the proximity of a liquid–liquid critical point or the corresponding binodal line can be used by a laser-tweezing potential to induce concentration gradients. A simple theoretical model shows that the stored electromagnetic energy of the laser beam produces a free-energy potential that forces phase separation or triggers the nucleation of a new phase. Experiments in a liquid mixture using a low-power laser diode confirm the effect. Phase separation and nucleation using a laser-tweezing potential explains the physics behind non-photochemical laser-induced nucleation and suggests new ways of manipulating matter

Nutritional profile of diffeent consumption ways of Banana (Musa paradisiaca, "pacovã" variety) of the Brazilian Amazonia

Composition centesimal and minerals elements were determined in banana pacovã (Musa paradisiaca): ripe (in natura, boiled and fried), fresh (in natura and fried). Samples were processed in the Laboratório de Nutrição e Físico-Química de Alimentos da Coordenação de Pesquisas em Ciência da Saúde - INPA. These results showed banana pacovã good source of energy and essential mineral elements, can be included in the Manaus population diet because of its good acceptance, its fairly low cost and high nutritional value.Determinou-se a composição centesimal e teores de elementos minerais na banana pacovã (Musa paradisiaca) madura (in natura, cozida e frita) e verde (in natura e frita). As amostras foram coletadas nas feiras da cidade de Manaus, processadas e analisadas no Laboratório de Nutrição e Físico-Química de Alimentos da Coordenação de Pesquisa em Ciências da Saúde - INPA. Os resultados demonstraram ser a banana pacovã boa fonte de energia e elementos minerais essenciais, sugerindo-se a implementação da mesma, na alimentação da população Amazonense pela boa aceitabilidade, custo relativamente baixo e valor nutricional

Macro and micro nutrients quantification of some cubiu ethnovarieties (Solanum sessiliflorum Dunal)

Considering the wide genetic variability of cubiu (Solanum sessiliflorum Dunal), its chemical composition was quantified in order to contribute to the chemical composition table of typical Amazonian foods. The cubiu fruit was collected at Alejo von der Pahlen (EEH) experimental station from National Research Institute of Amazonia (INPA). Eight ethno varieties of cubiu identified as 2 I, 3 I, 6, 7, 12, 14, 17, 29 I and III were analyzed. All samples used were ripe. The mineral content was determined by Neutron Activation Analysis technique and alimentary fiber by the enzymatic-gravimetric method. The results showed that cubiu is a hypo caloric food source (mean of 33 kcal and total fiber of about 1.6%). Regarding macronutrients, ethnovariety 6 showed high potassium (513.5 ± 3.1 mg) and calcium (18.8 ± 0.6 mg) concentration. Ethnovariety 21, had high Fe (564 ± 58 µg) and Cr (99 ± 8 µg) concentrations. Low concentrations of K (229.0 ± 4.5 mg), Na (53.7 ± 5.5 µg) and Zn (89.3 ± 4.7 µg) were found for ethnovariety 12. Although the cubiu fruit presents great variation of its mineral contents due to different ethnovarieties, it could still contribute as a diet supplement to reach the minimum nutrient requirements for the Amazonian population.Considerando a ampla variabilidade genética de cubiu (Solanum sessiliflorum Dunal), quantificaram-se os macro e micro-nutrientes, objetivando a ampliação da tabela de composição química de alimentos típicos da região amazônica. Os frutos provenientes da Estação Experimental de Hortaliças Alejo von der Pahlen (EEH) do Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia (INPA), localizados no km 14 da Rodovia AM 010 em Manaus, AM, foram processados no Laboratório de Alimentos e Nutrição do INPA. Avaliaram-se oito etnovariedades de cubiu identificados como2 I, 3 I, 6, 7, 12, 14, 17, 29 I e III em estádio de maturação comercial. Os teores de elementos minerais foram quantificados pela técnica de Ativação por Nêutrons Instrumental e a fibra alimentar pelo método enzímico-gravimétrico. Os resultados demonstram ser o cubiu um fruto com baixo conteúdo energético (média de 33 kcal), com conteúdo de fibra alimentar total na ordem de 1,6%. Em relação aos macros elementos minerais, a etnovariedade 6, apresentou a maior concentração em potássio (513,5±3,1mg), cálcio (18,9±0,6mg) e a etnovariedade 2 I em Fe (564,4±58,1µg) e Cr (99,3±8,3µg). A menor concentração foi constatada na etnovariedade 12 para os elementos K (229,0±4,5mg), Na (53,7±5,5µg) e Zn (89,3±4,7µg). Apesar das variações em relação as diferentes etno variedades e conseqüentemente concentrações em elementos minerais, o cubiu, pode estar contribuindo para atingir as recomendações desses nutrientes

Identificação de polimorfismos em genótipos de Coffea arabica de uma coleção da Etiópia.

Os marcadores moleculares são ferramentas importantes para acelerar os programas de melhoramento. Para o cafeeiro, uma espécie perene, o uso de marcadores é particularmente desejável devido ao tempo e recursos gastos para o lançamento de uma nova cultivar. Duas espécies do gênero Coffea são responsáveis por quase toda a produção de café: Coffea arabica e C. canephora. Contudo, para C. arabica, o número de marcadores polimórficos é relativamente baixo comparado a C. canephora e outras culturas, uma vez que a espécie apresenta baixa diversidade genética. Muitos estudos com marcadores genéticos foram feitos para analisar a diversidade da C. arabica, mas os resultados não foram eficientes para a discriminação genotípica detalhada e mapeamento genético. O Instituto Agronômico do Paraná (IAPAR) possui uma coleção de 132 acessos de C. arabica originários da Etiópia, que apresentam variabilidade fenotípica com potencial para serem utilizados para exploração da diversidade. Neste sentido, este estudo buscou analisar a diversidade nucleotídica pela identificação de polimorfismos, SNPs e INDELs, de uma população do centro de origem de C. arabica, associado com o sequenciamento de nova geração. O RNA-seq de dois tecidos, frutos e folhas, de quatro genótipos de C. arabica de uma população da Etiópia, C. arabica cv. Mundo Novo e de um dos seus ancestrais de C. arabica ? C. eugenioides, foram sequenciados pela metodologia Illumina HiSeq2000. Os reads obtidos foram processados e posteriormente as sequências foram mapeadas em uma referência de C. canephora para identificação dos polimorfismos. Foram feitas duas estratégias: i) na primeira estratégia, foi utilizado uma ferramenta chamada SNiPloid com critérios de cobertura para o polimorfismo identificado e ii) uma segunda estratégia que considera os polimorfismos encontrados diretamente dos arquivos de detecção dos polimorfismos. Os resultados identificaram um número grande de polimorfismos. Na primeira estratégia, foram encontrados pelo menos 5.500 SNPs potenciais para a genotipagem e na segunda, 103.791 SNPs potenciais. Para essa última, ainda é necessário estabelecer critérios e filtros para escolher os polimorfismos que serão inicialmente genotipados. Os dados também mostraram a importância de utilizar um grupo mais diverso de genótipos associado com o sequenciamento de nova geração para detecção de SNPs. Este trabalho será importante para direcionar futuros trabalhos na caracterização da diversidade genética em C. arabica, além de estudos de mapeamento genético por associação

Determination of Concentration of the Mineral Elements in Conventional and Non Conventional Foodstuffs from Amazon Region by Instrumental Neutron Activation Analysis.

In the present work the concentration values of the mineral elements Ca, Fe, K, Mn, Na, Se and Zn in conventional and non-conventional foodstuffs from Amazon Region by instrumental neutron activation analysis are presented. The concentrations to minerals varied according to the foodstuffs analysed. The highest concentrations of potassium were detected in jaca fruit (kernel and pulp) and graviola fruit. Although selenium was among the least abundant minerals, it was found in higher concentrations in graviola fruit, pupunha fruit and palm. Based on the concentration data of mineral elements it can be recommended the consumption of these foodstuffs in the daily meals of Amazonian people and we hope to contribute towards elaboration of regional and national food composition tables.No presente trabalho são apresentados valores de concentração para os elementos minerais Ca, Fe, K, Mn, Na, Se e Zn em alimentos convencionais e não convencionais da região Amazônica, obtidos por análise por ativação neutrônica instrumental. As concentrações dos elementos minerais nos alimentos analisados, variaram, sendo que o potássio se sobressaiu com teores expressivos na jaca (caroço e polpa) e graviola. Dentre os minerais, o selênio foi o que apresentou menor concentração nos alimentos analisados. Entretanto, notadamente importantes foram as concentrações verificadas na graviola, pupunha fruto e palmito. De acordo com os resultados obtidos sugere-se a indicação dos mesmos na alimentação diária dos amazonenses e espera-se contribuir na elaboração de tabelas de composição de alimentos regional e nacional