Modeling Leigh syndrome using patient-specific induced pluripotent stem cells

Leigh syndrome (LS) is a severe early-onset neurodegenerative childhood disorder characterized by bilaterally symmetrical necrotic lesions in the basal ganglia region of the brain. It is a rare disease affecting 1/36,000 newborns, and affected ones display psychomotor regression and also lactic acidosis with peak mortality mostly before the age of three. It is a genetically and biochemically heterogeneous disorder caused by mutations of nuclear DNA (nDNA) or mitochondrial DNA (mtDNA) in more than 75 genes leading to disturbances in the mitochondrial respiratory chain. Mutations in the mitochondrial complex IV assembly factor, Surfeit locus protein 1 (SURF1), represent the most common cause and a severe form of LS. So far, SURF1-deficient animals have failed to recapitulate the neuronal pathology of human LS, hindering the understanding of the disease mechanisms. Thus, there is no effective therapy available. To investigate the molecular mechanisms underlying the disease-specific neuronal cell death, I generated the first mechanistic human induced pluripotent stem cell (iPSC)-derived neuronal model of LS harboring SURF1 mutations. SURF1 iPSC-derived cultures showed aberrant bioenergetics already at the level of neural progenitors, disrupting their neurogenic potency. A biallelic correction of SURF1 via CRISPR/Cas9 restored the bioenergetics and enhanced neuronal sprouting as well as synaptogenesis in SURF1 iPSC-derived cultures. To study the manifestation of the spatial defects, cerebral organoids were generated. In contrast to corrected iPSC-derived organoids, SURF1 iPSC-derived organoids appeared smaller in size and displayed neurodevelopmental defects. Ultimately, analyzing the transcriptomics data of iPSC-derived 2D and 3D cultures, some novel hints for possible therapeutic strategies were revealed. Different treatment strategies were tested on iPSC-derived neural progenitor cells (NPCs) function to find a potential strategy and two candidates were shown to have beneficial effects on the phenotypes: Coactivator of PGC1-α receptor, Bezafibrate, was shown to rescue bioenergetic defects via PPAR signaling pathway and inhibition of TGF-β1 receptor via SB-431542 was shown to rescue neurite outgrowth defects in SURF1 iPSC-derived NPC cultures. Altogether, this study is the first human iPSC-neuronal model for LS and gives insight into the role of SURF1 mutations in neuronal cells in the context of LS pathogenesis. SURF1 mutation caused aberrant energy metabolism and prevented neuronal maturation. With this study, NPCs were shown to be the first affected cell type in the neurodevelopmental cascade. Moreover, two candidate therapeutic targets have been suggested to improve the bioenergetics, and neuronal differentiation defects seen in patients derived neuronal cell model, which could be helpful for clinical disease research.Leigh-Syndrom (LS) ist eine schwere neurodegenerative Erkrankung bei Kindern, die sich durch bilateral symmetrische nekrotische Läsionen in der Basalganglienregion des Gehirns auszeichnet. Es ist eine seltene Krankheit, die 1 von 36.000 Neugeborenen betrifft. Betroffene Personen zeigen eine psychomotorische Regression und auch eine Laktatazidose und haben die höchsten Sterblichkeitsrate meist vor dem dritten Lebensjahr. Es handelt sich um eine genetisch und biochemisch heterogene Störung, die durch Mutationen von Zellkern-DNA (nDNA) oder Mitochondrien-DNA (mtDNA) in mehr als 75 Genen verursacht wird und zu Defekten der Atmungskette in den Mitochondrien führt. Mutationen im mitochondrialen Komplex IV Assemblierungsfaktor SURF1 stellen die häufigste Ursache und eine schwere Form von LS dar. Bisher ist es nicht gelungen die neuronale Pathologie des menschlichen LS in SURF1-defizienten Tieren zu rekapitulieren, was das Verständnis der Krankheitsmechanismen erschwert. Daher ist bisher keine wirksame Therapie verfügbar. Um die molekularen Mechanismen zu untersuchen, die dem Krankheitsspezifischen neuronalen Zelltod und (auch der Gliazellenfunktionsstörung) zugrunde liegen, erstellte ich mittels humaner induzierter pluripotenter Stammzellen (iPSCs), das erste mechanistische Modell von LS welches SURF1-Mutationen enthält. Von SURF1-iPSCs abgeleitete Kulturen zeigten bereits auf der Ebene der neuronalen Vorläufer eine abweichende Bioenergetik, die ihre neurogene Potenz störte. Eine biallelische Korrektur von SURF1 über CRISPR / Cas9 stellte die Bioenergetik und das verstärkte Sprießen von Neuronen sowie die Synaptogenese in von SURF1-iPSCs abgeleiteten Kulturen wieder her. Um die Manifestation der räumlichen Defekte zu untersuchen, wurden zerebrale Organoide erzeugt. Im Gegensatz zu den von iPSC-abgeleiteten Organoiden der korrigierten Linie, schienen die von SURF1-iPSC abgeleiteten Organoide kleiner zu sein und zeigten neurologische Entwicklungsstörungen. Letztendlich wurden bei der Analyse der Omics-Daten von iPSC abgeleiteten neuronalen Kulturen einige neuartige Hinweise für mögliche Therapiestrategien aufgedeckt. An iPSC-abgeleiteten neuronalen Vorläuferzellen (NPCs) wurden verschiedene Behandlungsstrategien getestet und es wurde gezeigt, dass zwei Kandidaten vorteilhafte Auswirkungen auf die Phänotypen haben: Mit dem Coactivator von PGC1-α-Rezeptor Bezafibrate konnten bioenergetische Defekte durch Modifikation des PPAR Signalweg behoben werden. Es wurde gezeigt, dass die Hemmung des TGF-β1-Rezeptors durch SB-431542, Neuritenwachstumsdefekte in SURF1-iPSC-abgeleiteten NPC-Kulturen retten. Zusammengenommen ist diese Studie das erste humane iPSC-neuronale Modell für LS und gibt einen Einblick in die Rolle von SURF1-Mutationen in neuronalen Zellen im Kontext der LS Pathogenese. Die SURF1-Mutation verursachte einen abnormen Energiestoffwechsel und verhinderte die neuronale Reifung. In dieser Studie wurde gezeigt, dass NPCs der erste betroffene Zelltyp in der neurologischen Entwicklungskaskade sind. Darüber hinaus wurden zwei mögliche therapeutische Ziele vorgeschlagen, um die Bioenergetik und neuronale Differenzierungsdefekte zu verbessern, die in einem vom Patienten abgeleiteten neuronalen Zellmodell auftreten und für die klinische Krankheitsforschung hilfreich sein könnten

Defective metabolic programming impairs early neuronal morphogenesis in neural cultures and an organoid model of Leigh syndrome

Leigh syndrome (LS) is a severe manifestation of mitochondrial disease in children and is currently incurable. The lack of effective models hampers our understanding of the mechanisms underlying the neuronal pathology of LS. Using patient-derived induced pluripotent stem cells and CRISPR/Cas9 engineering, we developed a human model of LS caused by mutations in the complex IV assembly gene SURF1. Single-cell RNA-sequencing and multi-omics analysis revealed compromised neuronal morphogenesis in mutant neural cultures and brain organoids. The defects emerged at the level of neural progenitor cells (NPCs), which retained a glycolytic proliferative state that failed to instruct neuronal morphogenesis. LS NPCs carrying mutations in the complex I gene NDUFS4 recapitulated morphogenesis defects. SURF1 gene augmentation and PGC1A induction via bezafibrate treatment supported the metabolic programming of LSNPCs, leading to restored neuronal morphogenesis. Our findings provide mechanistic insights and suggest potential interventional strategies for a rare mitochondrial disease