Identification of SNPs for fatty acid content in soybean by the HRM technique

O objetivo deste trabalho foi identificar SNPs em genes associados ao conteúdo de ácidos graxos em soja e implementar a metodologia “high resolution melting” (HRM) para genotipagem desses SNPs. Os iniciadores HRM foram desenhados para discriminar os alelos SNPs em duas populações de mapeamento (RILs e F2) e seguiram o padrão esperado de segregação. Os SNPs do gene ABI associaram-se significativamente ao conteúdo de ácido esteárico (R2 = 12,14), e os do gene FAD3B, aos conteúdos de ácido oleico (R2 = 14,69) e linolênico (R2 = 10,62). A técnica de genotipagem dos SNPs por HRM é eficiente na discriminação das classes genotípicas.The objective of this work was to identify SNPs in genes associated with fatty acid content in soybean and to implement the high resolution melting (HRM) technique for SNP genotyping. HRM primers were designed to discriminate SNP alleles in two mapping populations (RILs and F2) and followed the expected pattern of segregation. The ABI gene SNPs were significantly associated with stearic acid content (R2 = 12.14), and the ones from the FAD3B gene, with oleic (R2 = 14.69) and linolenic acid (R2 = 10.62) contents. The technique of genotyping SNPs by HRM is efficient to discriminate genotype classes

Rationale, study design, and analysis plan of the Alveolar Recruitment for ARDS Trial (ART): Study protocol for a randomized controlled trial

Background: Acute respiratory distress syndrome (ARDS) is associated with high in-hospital mortality. Alveolar recruitment followed by ventilation at optimal titrated PEEP may reduce ventilator-induced lung injury and improve oxygenation in patients with ARDS, but the effects on mortality and other clinical outcomes remain unknown. This article reports the rationale, study design, and analysis plan of the Alveolar Recruitment for ARDS Trial (ART). Methods/Design: ART is a pragmatic, multicenter, randomized (concealed), controlled trial, which aims to determine if maximum stepwise alveolar recruitment associated with PEEP titration is able to increase 28-day survival in patients with ARDS compared to conventional treatment (ARDSNet strategy). We will enroll adult patients with ARDS of less than 72 h duration. The intervention group will receive an alveolar recruitment maneuver, with stepwise increases of PEEP achieving 45 cmH(2)O and peak pressure of 60 cmH2O, followed by ventilation with optimal PEEP titrated according to the static compliance of the respiratory system. In the control group, mechanical ventilation will follow a conventional protocol (ARDSNet). In both groups, we will use controlled volume mode with low tidal volumes (4 to 6 mL/kg of predicted body weight) and targeting plateau pressure <= 30 cmH2O. The primary outcome is 28-day survival, and the secondary outcomes are: length of ICU stay; length of hospital stay; pneumothorax requiring chest tube during first 7 days; barotrauma during first 7 days; mechanical ventilation-free days from days 1 to 28; ICU, in-hospital, and 6-month survival. ART is an event-guided trial planned to last until 520 events (deaths within 28 days) are observed. These events allow detection of a hazard ratio of 0.75, with 90% power and two-tailed type I error of 5%. All analysis will follow the intention-to-treat principle. Discussion: If the ART strategy with maximum recruitment and PEEP titration improves 28-day survival, this will represent a notable advance to the care of ARDS patients. Conversely, if the ART strategy is similar or inferior to the current evidence-based strategy (ARDSNet), this should also change current practice as many institutions routinely employ recruitment maneuvers and set PEEP levels according to some titration method.Hospital do Coracao (HCor) as part of the Program 'Hospitais de Excelencia a Servico do SUS (PROADI-SUS)'Brazilian Ministry of Healt

Candidate genes selection, identification and validation of SNPs markers for oil content in soybean

A soja é uma cultura agrícola amplamente distribuída por quase todas as regiões do mundo. É uma das principais oleaginosas produzidas e tornou-se uma espécie de grande interesse, devido aos teores elevados de proteína e óleo, à produtividade dos grãos e à possibilidade de sua adaptação a ambientes diversos. Tem sido muito visada como matéria prima renovável, principalmente na produção de biodiesel, sendo uma alternativa para diminuição da dependência dos derivados de petróleo. Diferentes marcadores moleculares são utilizados como ferramentas para a compreensão de herança, relações entre indivíduos e populações e para auxiliar no processo de seleção de caracteres quantitativos. Os marcadores SNPs (Single Nucleotide Polymorphism) têm sido usados em estudos de associação baseados em genes candidatos. Para isto, tecnologias de genotipagem para identificação de SNPs, têm apresentado grandes avanços, como a análise de dissociação em alta resolução (High Resolution Melting analysis Analysis - HRMA), que é um método pós-PCR, para identificar alterações no DNA através da observação da distorção que ocorre na curva de dissociação das amostras. Baseado nestas descrições objetivou-se neste trabalho, selecionar genes candidatos para conteúdo de óleo em soja, identificar SNPs e validá-los em uma população de RILs (linhagens recombinantes endogâmicas), oriundas do cruzamento entre genótipos parentais Suprema e CD01RR8384. Foi possível selecionar 25 genes relacionados à biossíntese de lipídeos no soybase e, através do Northen eletrônico, pode-se observar que 14 destes genes foram expressos. Na análise de polimorfismos dos 14 genes, foram encontrados 52 SNPs, e com a genotipagem HRM na população de RILs, verificou-se o perfil de homozigoze e heterozigoze, havendo eficiência na identificação dos SNPs. Realizando-se a validação dos SNPs na população, observou-se que não foi possível associar os polimorfismos com as variações fenotípicas. Os SNPs distribuíram-se aleatoriamente, independente do conteúdo de óleo. Esta não correlação pode ser devido ao uso de uma população de RILs cultivada em um único ambiente e a possibilidade de ter sido selecionado QTLs de pequeno efeito.Soybean is a crop widely distributed in almost all regions of the world. It is a major oilseed produced and become a species of great interest, due to the high content of protein and oil, productivity and the possibility of adaptation to different environments. It has been widely targeted as a renewable raw material, mainly for the production of biodiesel. Different molecular markers are used as tools for understanding the inheritance of quantitative traits and to assist in the selection process. SNPs (Single Nucleotide Polymorphism) markers have been used in association studies based on candidate genes. For that, genotyping technologies for SNP identifying, have shown great advances, as the HRMA (High Resolution Melting analysis), which is a post-PCR method, to identify changes in DNA by observing the distortion that occurs in the samples melting curves. Based on these descriptions the aim of this study was to select candidate genes for soybean oil content, identify SNPs and validate them in one population of RILs (Recombinant Inbred Lines), originated from crosses between parental genotypes Supreme and CD01RR8384. It was selected 25 genes related to lipid biosynthesis in the soybase and, through electronic Northen, it can be seen that these, 14 genes were expressed. In the polymorphisms analysis of the 14 genes, 52 SNPs were found, and with HRMA genotyping on the RIL population, it was observed the homozygous and heterozygous profile, with efficient SNPs identification. Performing the validation of SNPs in the population, we observed that it was not possible to associate them with phenotypic variation. SNPs were distributed randomly, independent of oil content. This lack of correlation may be due to the use of RIL population cultivated in a single environment and the possibility of being selected QTLs small effect.Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológic

Identificação de SNPs para conteúdo de ácidos graxos em soja pela técnica HRM

O objetivo deste trabalho foi identificar SNPs em genes associados ao conteúdo de ácidos graxos em soja e implementar a metodologia "high resolution melting" (HRM) para genotipagem desses SNPs. Os iniciadores HRM foram desenhados para discriminar os alelos SNPs em duas populações de mapeamento (RILs e F2) e seguiram o padrão esperado de segregação. Os SNPs do gene ABI associaram-se significativamente ao conteúdo de ácido esteárico (R² = 12,14), e os do gene FAD3B, aos conteúdos de ácido oleico (R² = 14,69) e linolênico (R² = 10,62). A técnica de genotipagem dos SNPs por HRM é eficiente na discriminação das classes genotípicas

Identificação de SNPs para conteúdo de ácidos graxos em soja pela técnica HRM

O objetivo deste trabalho foi identificar SNPs em genes associados ao conteúdo de ácidos graxos em soja e implementar a metodologia "high resolution melting" (HRM) para genotipagem desses SNPs. Os iniciadores HRM foram desenhados para discriminar os alelos SNPs em duas populações de mapeamento (RILs e F2) e seguiram o padrão esperado de segregação. Os SNPs do gene ABI associaram-se significativamente ao conteúdo de ácido esteárico (R² = 12,14), e os do gene FAD3B, aos conteúdos de ácido oleico (R² = 14,69) e linolênico (R² = 10,62). A técnica de genotipagem dos SNPs por HRM é eficiente na discriminação das classes genotípicas

Avaliação do padrão de sono em insones usuários de benzodiazepínicos e análise da trazodona como medicação substitutiva

RESUMO Objetivo Conhecer as modificações do padrão do sono em insones usuários crônicos de benzodiazepínicos (BZDs) após introdução da trazodona. Métodos Em um grupo de 11 pacientes, foi estabelecido esquema para retirada gradual do BZD com introdução progressiva da trazodona. Foram realizadas duas polissonografias, sendo a primeira com dose de BZD habitual do paciente e a segunda após supensão do BZD e com 150 mg de trazodona de liberação prolongada. Questionários de qualidade do sono (Pittsburgh), sonolência diurna (Epworth) e sintomas depressivos (Hamilton) e ansiosos (Beck) foram aplicados. Resultados Cinco indivíduos concluíram o estudo, tendo sido acompanhados por pelo menos seis semanas. Nesses pacientes, a trazodona aumentou significativamente a eficiência do sono e sono REM e diminuiu o tempo desperto após início do sono. Houve melhora da qualidade do sono, porém não houve alteração dos sintomas depressivos e ansiosos. Conclusão Trazodona de liberação prolongada demonstrou ser uma opção terapêutica para insones usuários crônicos de BZDs com retirada eficaz do ansiolítico. Houve melhora na qualidade do sono por questionário e polissonografia. Maior número de pacientes será necessário para determinar os benefícios da trazodona nesse tipo de intervenção

The decrease on Na+, K+-ATPase activity in the cortex, but not in hippocampus, is reverted by antioxidants in an animal model of sepsis

In the present study, we investigated whether sepsis induced by cecal ligation and puncture (CLP) modifies Na+, K+-ATPase activity, mRNA expression, and cerebral edema in hippocampus and cerebral cortex of rats and if antioxidant (ATX) treatment prevented the alterations induced by sepsis. Rats were subjected to CLP and were divided into three groups: sham; CLP—rats were subjected to CLP without any further treatment; and ATX–CLP plus administration of N-acetylcysteine plus deferoxamine. Several times (6, 12, and 24) after CLP or sham operation, the rats were killed and hippocampus and cerebral cortex were isolated. Na+, K+-ATPase activity was inhibited in the hippocampus 24 h after sepsis, and ATX treatment was not able to prevent this inhibition. The Na+, K+-ATPase activity also was inhibited in cerebral cortex 6, 12, and 24 h after sepsis. No differences on Na+, K+-ATPase catalytic subunit mRNA levels were found in the hippocampus and cerebral cortex after sepsis. ATX treatment prevents Na+, K+-ATPase inhibition only in the cerebral cortex. Na+, K+-ATPase inhibition was not associated to increase brain water content. In conclusion, the present study demonstrated that sepsis induced by CLP inhibits Na+, K+-ATPase activity in a mechanism dependent on oxidative stress, but this is not associated to increase brain water content