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    The evolving SARS-CoV-2 epidemic in Africa: Insights from rapidly expanding genomic surveillance

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    INTRODUCTION Investment in Africa over the past year with regard to severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) sequencing has led to a massive increase in the number of sequences, which, to date, exceeds 100,000 sequences generated to track the pandemic on the continent. These sequences have profoundly affected how public health officials in Africa have navigated the COVID-19 pandemic. RATIONALE We demonstrate how the first 100,000 SARS-CoV-2 sequences from Africa have helped monitor the epidemic on the continent, how genomic surveillance expanded over the course of the pandemic, and how we adapted our sequencing methods to deal with an evolving virus. Finally, we also examine how viral lineages have spread across the continent in a phylogeographic framework to gain insights into the underlying temporal and spatial transmission dynamics for several variants of concern (VOCs). RESULTS Our results indicate that the number of countries in Africa that can sequence the virus within their own borders is growing and that this is coupled with a shorter turnaround time from the time of sampling to sequence submission. Ongoing evolution necessitated the continual updating of primer sets, and, as a result, eight primer sets were designed in tandem with viral evolution and used to ensure effective sequencing of the virus. The pandemic unfolded through multiple waves of infection that were each driven by distinct genetic lineages, with B.1-like ancestral strains associated with the first pandemic wave of infections in 2020. Successive waves on the continent were fueled by different VOCs, with Alpha and Beta cocirculating in distinct spatial patterns during the second wave and Delta and Omicron affecting the whole continent during the third and fourth waves, respectively. Phylogeographic reconstruction points toward distinct differences in viral importation and exportation patterns associated with the Alpha, Beta, Delta, and Omicron variants and subvariants, when considering both Africa versus the rest of the world and viral dissemination within the continent. Our epidemiological and phylogenetic inferences therefore underscore the heterogeneous nature of the pandemic on the continent and highlight key insights and challenges, for instance, recognizing the limitations of low testing proportions. We also highlight the early warning capacity that genomic surveillance in Africa has had for the rest of the world with the detection of new lineages and variants, the most recent being the characterization of various Omicron subvariants. CONCLUSION Sustained investment for diagnostics and genomic surveillance in Africa is needed as the virus continues to evolve. This is important not only to help combat SARS-CoV-2 on the continent but also because it can be used as a platform to help address the many emerging and reemerging infectious disease threats in Africa. In particular, capacity building for local sequencing within countries or within the continent should be prioritized because this is generally associated with shorter turnaround times, providing the most benefit to local public health authorities tasked with pandemic response and mitigation and allowing for the fastest reaction to localized outbreaks. These investments are crucial for pandemic preparedness and response and will serve the health of the continent well into the 21st century

    Duodeno-pancreatectomie cephalique dans le cadre d'une polyadenomatose familiale (analyse d'une série unicentrique de 14 patients)

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    L atteinte duodénale est quasi-constante chez les patients atteints de polyadénomatose familiale (PAF). Si les modalités de dépistage et de surveillance de la polypose duodénale sont en partie codifiées, il n existe pas à l heure actuelle de consensus pour le traitement de cette affection. La duodénopancréatectomie céphalique (DPC) est une option thérapeutique que nous avons choisi d évaluer. Les dossiers des patients ayant eu une DPC pour PAF de 1991 à 2005 ont été analysés de façon rétrospective. Les patients ont été recontactés afin d évaluer les modifications du résultat fonctionnel obtenu aprÚs la résection colo-rectale antérieure et de réaliser une endoscopie à vision latérale post-opératoire pour dépister une récidive sur le jéjunum proximal. Quatorze patients ont été opérés d une DPC pour PAF. Tous avaient déjà été opérés pour une atteinte colo-rectale. Parmi eux, 8 étaient porteurs d une anastomose iléo-anale, 3 d une anastomose iléo-rectale et 3 d une iléostomie définitive. Quatre patients ont été opérés en raison du caractÚre symptomatique de la polypose duodénale et les autres pour une atteinte classée Spigelman IV (n=9) ou une lésion déjà carcinomateuse (n=1).Le nombre moyen d endoscopies réalisées avant la DPC était de 6,6. Six patients avaient été traités avant la DPC par endoscopie (n=3) ou par duodénotomie (n=3). Tous les patients ont bénéficié lors de la DPC d une reconstruction digestive permettant une exploration endoscopique ultérieure, avec pour 13 d entre eux une conservation pylorique. La comparaison des histologies pré et post-opératoires montre une estimation correcte de la sévérité des lésions pour seulement 50% des patients et une sous-estimation dans 43% des cas. Un seul des 5 cancers trouvés à l examen définitif était connu en préopératoire. Aucune corrélation n est apparue entre l ùge des patients et le degré de dysplasie des lésions. La morbidité post opératoire était de 43% (21% de fistule pancréatique et 7% de gastroparésie). Une réintervention a été nécessaire chez une patiente (totalisation de pancréatectomie). La mortalité opératoire était nulle. La durée moyenne de séjour hospitalier était de 26,8 jours. La survie aprÚs DPC à un, deux et trois ans était de 100%, 93%, et 86%. La DPC n a pas modifié de façon notable le résultat fonctionnel obtenu aprÚs la résection colo-rectale antérieure. AprÚs un suivi moyen de 63 mois, 13 patients ont eu une endoscopie à vision latérale post-opératoire qui a révélé une récidive adénomateuse jéjunale chez 30,7% d entre eux, toujours traitée complÚtement au cours de cette endoscopie. Cette étude précise les résultats de la DPC réalisée pour polypose duodénale et le caractÚre indispensable d une surveillance endoscopique post-opératoire. Cette option thérapeutique reste donc à considérer en cas de polypose duodénale sévÚre.ST QUENTIN EN YVELINES-BU (782972101) / SudocPARIS-BIUM (751062103) / SudocSudocFranceF

    Les tumeurs stromales du rectum

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    PARIS6-Bibl.PitiĂ©-SalpĂȘtrie (751132101) / SudocPARIS-BIUM (751062103) / SudocSudocFranceF

    IntĂ©rĂȘts respectifs des chimiothĂ©rapies prĂ© et postopĂ©ratoires chez les patients prĂ©sentant des mĂ©tastases hĂ©patiques d'origine colorectale rĂ©secables d'emblĂ©e

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    La prĂ©sence de mĂ©tastases hĂ©patiques au cours de la prise en charge d un cancer colorectal est une situation frĂ©quente. Les progrĂšs des thĂ©rapies multimodales, associant chirurgie et chimiothĂ©rapie, permettent d obtenir des survies prolongĂ©es mais l enchainement optimal de celles-ci fait encore dĂ©bat. Le but de cette Ă©tude Ă©tait l estimation des bĂ©nĂ©fices apportĂ©s respectivement par les chimiothĂ©rapies prĂ© (CTPRE) et postopĂ©ratoires (CTPOST). Nous avons identifiĂ© de façon rĂ©trospective tous les patients ayant Ă©tĂ© opĂ©rĂ©s de mĂ©tastases hĂ©patiques d origine colorectale. Ceux prĂ©sentant une maladie extra-hĂ©patique, ou non rĂ©sĂ©cables d emblĂ©e, ou ayant Ă©tĂ© traitĂ©s par d autres molĂ©cules que le FOLFOX ont Ă©tĂ© exclus. L efficacitĂ© sur les survies globale (SG) et sans rĂ©cidive (SSR) a Ă©tĂ© Ă©valuĂ©e par un modĂšle de Cox ajustĂ© sur les variables de confusion.Cent soixante-dix-neuf patients ont Ă©tĂ© inclus. Parmi eux, 24 (13%) n avaient reçu aucune chimiothĂ©rapie, 84 (47%) avaient eu de la CTPRE, 128 (72%) de la CTPOST, dont 57 (32%) avaient eu les deux Ă  la fois. La CTPOST Ă©tait un facteur indĂ©pendant de meilleure SG (HR=0,55[0,35-0,87], p=0,01) et SSR (HR=0,54[0,36-0,82], p=0,004). La CTPRE n Ă©tait associĂ©e de façon indĂ©pendante ni Ă  la SG (HR=0,96 [0,57-1,60], p=0,87), ni Ă  la SSR (1,05 [0,66-1,66], p=0,83).Dans cette Ă©tude, la CTPOST a confirmĂ© son bĂ©nĂ©fice en termes de SG et SSR. A l inverse, la CTPRE n Ă©tait pas associĂ©e Ă  des gains de survie statistiquement significatifs. Un essai randomisĂ© est souhaitable pour Ă©valuer prĂ©cisĂ©ment l intĂ©rĂȘt de cette derniĂšre.PARIS6-Bibl.PitiĂ©-SalpĂȘtrie (751132101) / SudocSudocFranceF

    Résection des métastases hépatiques de cancer colorectal par chimiothérapie avec ou sans bevacizumab (Une étude comparative)

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    La rĂ©section hĂ©patique (RH) des mĂ©tastases hĂ©patiques de cancer colorectal (MHCCR) est aujourd'hui souvent rĂ©alisĂ©e aprĂšs rĂ©ponse Ă  Ia chimiothĂ©rapie (CT) par FOLFOX ou FOLFIRI. Cette CT peut ĂȘtre renforcĂ©e par I'adjonction de bevacizumab (AvastinÂź). Cette Ă©tude Ă©value Ie pronostic des patients dont la progression des MHCCR a Ă©tĂ© contrĂŽlĂ©e par l'association de bevacizumab et de CT avant RH dans une sĂ©rie consĂ©cutive monocentrique. Entre 2000 et 2010, 347 patients ont Ă©tĂ© traitĂ©s de MHCCR Ă  l'HĂŽpital Saint-Antoine par RH. Parmi eux, 26 patients avec MHCCR initialement non rĂ©sĂ©cables traitĂ©s par CT et bevacizumab avant RH (groupe A) ont Ă©tĂ© comparĂ©s Ă  un groupe (groupe C) de 95 avec MHCCR d'emblĂ©e rĂ©sĂ©cable traitĂ©s par FOLFOX nĂ©oadjuvant. A 1, 3 et 5 ans les survies globales Ă©taient de 88%, 41% et 41% dans le groupe A et de 95%, 60% et 38% dans Ie groupe C (p=0.29). Les survies sans rĂ©cidive Ă©taient de 41%, 24%, 16% dans le groupe A et de 48%, 25%, 20% dans Ie groupe C (p=O.11). Pour les patients traitĂ©s par AvastinÂź, l'absence de maladie extra-hĂ©patique lors de l'hĂ©patectomie (p=0.015) et une rĂ©ponse pathologique complĂšte d'au moins un nodule sur Ia piĂšce opĂ©ratoire (p=0.004) Ă©taient des facteurs pronostics favorables de survie globale en analyses univariĂ©es. En analyse multivariĂ©e, seule la rĂ©ponse pathologique complĂšte d'un nodule tumoral restait un facteur significatif. Aucun facteur n'apparaissait significativement prĂ©dictif de Ia survie sans rĂ©cidive. Le pronostic des patients rendus rĂ©sĂ©cables par C+ AvastinÂź, diffĂ©re peu de celui des patients d'emblĂ©e rĂ©sĂ©cables traitĂ©s par.FOLFOX nĂ©oadjuvant. Cela justifie la rĂ©Ă©valuation pĂ©riodique des patients non rĂ©sĂ©cables traitĂ©s par CT+ AvastinÂź.par les chirurgiens hĂ©pato-biliaires.BREST-BU MĂ©decine-Odontologie (290192102) / SudocSudocFranceF

    Métastases hépatiques synchrones des cancers colorectaux (résultats chirurgicaux et oncologiques de la résection combinée)

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    La prise en charge chirurgicale des mĂ©tastases hĂ©patiques synchrones reste controversĂ©e. Le but de ce travail est de rapporter une sĂ©rie de patients ayant eu un traitement combinĂ© des mĂ©tastases hĂ©patiques et du primitif. Quarante sept patients consĂ©cutifs prĂ©sentant des mĂ©tastases hĂ©patiques synchrones d un cancer colorectal ont bĂ©nĂ©ficiĂ© une fois l exĂ©rĂšse colo-rectale rĂ©alisĂ©e du traitement combinĂ© de leurs lĂ©sions hĂ©patiques. Trois de ces patients prĂ©sentaient des mĂ©tastases bilobaires. Huit hĂ©patectomies majeures (> 2 segments), sept bi-segmentectomies, une segmentectomie, trente et une mĂ©tastasectomies et deux radiofrĂ©quences Ă©taient rĂ©alisĂ©es. La mortalitĂ© post-opĂ©ratoire Ă©tait nulle. Quatre patients ont dĂ©veloppĂ© des complications mineures (8,5%), un patient a dĂ©veloppĂ© une complication majeure (2,1%). La morbiditĂ© post-opĂ©ratoire n Ă©tait pas supĂ©rieure pour les rĂ©sections rectales associĂ©es Ă  l hĂ©patectomie. L examen histologique classait la tumeur primitive T1 dans 0 cas, T2 dans 4 cas, T3 dans 26 cas, T4 dans 16 cas, N0 chez 9 patients (19%). Chez un patient la tumeur primitive avait Ă©tĂ© stĂ©rilisĂ©e par la chimiothĂ©rapie nĂ©o- adjuvante. La rĂ©section hĂ©patique Ă©tait jugĂ©e R0 chez tous les patients. Huit patients sont dĂ©cĂ©dĂ©s au cours du suivi. Les survies globales Ă  1, 3 et 5 ans sont respectivement de 90, 60 et 60% pour les patients opĂ©rĂ©s d un cancer du rectum et de 100, 90 et 90% pour les patients opĂ©rĂ©s d un cancer du colon. Les survies sans rĂ©cidive Ă  1, 3 et 5 ans sont respectivement de 40, 30 et 20% chez les patients opĂ©rĂ©s d un cancer du rectum et de 85, 75 et 55% chez les patients opĂ©rĂ©s d un cancer du colon. Vingt- sept patients ont rĂ©cidivĂ© dans un dĂ©lai moyen de 25,6 mois (1-50 mois). Parmi les neuf patients ayant prĂ©sentĂ© une rĂ©cidive hĂ©patique isolĂ©e, six ont bĂ©nĂ©ficiĂ© d une exĂ©rĂšse itĂ©rative sans complications. Un patient a prĂ©sentĂ© une mĂ©tastase surrĂ©nalienne isolĂ©e traitĂ©e par exĂ©rĂšse chirurgicale. La rĂ©section combinĂ©e des mĂ©tastases hĂ©patiques synchrones des cancers colorectaux parait faisable avec une mortalitĂ© nulle, une morbiditĂ© faible, et des taux de survie comparables Ă  ceux des rĂ©sections diffĂ©rĂ©es.PARIS6-Bibl.PitiĂ©-SalpĂȘtrie (751132101) / SudocPARIS-BIUM (751062103) / SudocSudocFranceF

    Hepatocellular adenoma displaying a HNF1alpha inactivation in a patient with familial adenomatous polyposis coli.

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    Patients with familial adenomatous polyposis coli (FAP) may rarely develop hepatocellular adenoma. Here we report the case of a 37-year-old FAP woman presenting a hepatocellular adenoma after oestroprogestative oral contraception use. In this steatotic adenoma, we identified an inactivating biallelic mutation of HNF1alpha. In addition to the known germline APC mutation Q1062fs, we did not find an inactivation of the second APC allele nor an activation of the beta-catenin target genes GLUL and GPR49. Our findings contrast with two hepatocellular adenoma cases related to FAP, for which a biallelic inactivation of the APC gene was previously described. Altogether, these results suggest that benign hepatocellular carcinogenesis may be dependent on or independent of the Wnt/beta-catenin pathway in patients with FAP
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