Moniliophthora perniciosa genome: assembly and annotation of mitochondrion and development of a semi-automatic system of genes annotation

Orientador: Gonçalo Amarante Guimarães PereiraTese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de BiologiaResumo: O genoma mitocondrial (mtDNA) do fungo Moniliophthora perniciosa foi completamente seqüenciado e contém 109103 pb, com 31% de bases GC, porcentagem menor que a encontrada nas seqüências do genoma nuclear (47%). É o maior genoma mitocondrial de fungos descrito até o momento, e seu tamanho é conseqüência de grande espaço intergênico, que contém diversas ORFs com possibilidade de serem confirmadas como novos genes. Análises computacionais indicam a presença de variação no número de mtDNAs/célula nas diferentes bibliotecas, com tendência significativa de menor número de mtDNAs/célula no grupo de bibliotecas proveniente de culturas submetidas a repetidas repicagens. A maioria dos genes típicos (atp6, atp9, nad1-6, nad4L, cox1-3, cob, sendo a exceção o atp8), todos os rRNAS, tRNAS (foi encontrado pelo menos um para cada aminoácido) e genes das ORFs intrônicas estão orientados no sentido horário. Foram identificados também um gene rps3 e um grupo de ORFs com características semelhantes às dos genes típicos. Surpreendentemente o mtDNA apresenta uma região ocupada por uma estrutura de invertron característica de plasmídeos kalilo-like, integrado de maneira estável ao genoma em todas as variedades do biótipo C, e presente nos demais biótipos testados. Esta seqüência está disponível no GenBank através do número de acesso: AY376688. A outra linha de trabalho foi desenvolvida juntamente com outros bioinformatas do Laboratório de Genômica e Expressão. Foram desenvolvidas ferramentas de mineração e anotação de genes para projetos genoma, sendo os maiores destaques o Gene Projects, que permite mineração e anotação de genes durante o processo de seqüenciamento, e a nova interface de anotação, desenvolvida para otimizar a qualidade e a eficiência da anotação de genesAbstract: The mitochondrial genome (mtDNA) of the fungus Moniliophthora perniciosa was completely sequenced and it contains 109103 bases pair, with 31% of bases GC, smaller percentage than found in the sequences of the nuclear genome (47%). It is the largest mitochondrial genome of fungus described to the moment, and its size is consequence of great intergenic space, with several ORFs who can be confirmed as new genes. Computational analyses show the presence of variation in the number of mtDNAs / cell in different libraries, with significant tendency of smaller mtDNAs / cell number in group of libraries originating from cultures undergoes to repeatedly reply. Most of the typical genes (atp6, atp9, nad1-6, nad4L, cox1-3, cob, being the exception the atp8), all of the rRNAS, tRNAS (it was found at least one for each amino acid) and genes of the intronic ORFs are guided in the hourly sense. Surprisingly the mtDNA presents one region occupied for a structure of invertron, characteristic of plasmids kalilo-like, integrated in stable way to the genome in all of the varieties of the biotype C, and present in other tested biotypes. This sequence is available in the GenBank through the accession number: AY376688. The other work line was developed together with other bioinformatics of the Genomic and Expression Laboratory. Data mining and annotation of genes tools were developed for projects genome, being the largest prominences the Gene Projects, that allows mining and annotation of genes during the sequencing process, and the new annotation interface, developed to optimize the quality and the efficiency of the annotation of genesDoutoradoBioquimicaDoutor em Biologia Funcional e Molecula

Microssatélites para estudos genéticos e programas de melhoramento em feijoeiro

Twenty microsatelitte loci were identified and characterized in common bean. Microsatellites were tested in 14 genotypes. The allele number ranged from 1 to 3, and the polymorphism information content (PIC) was between 0.14 and 0.65. These polymorphic markers are available to be used for breeding programs.Vinte locos de marcadores microssatélites foram identificados e caracterizados em feijoeiro. Os microssatélites foram testados em 14 genótipos. O número de alelos variou entre 1 e 3, e o conteúdo informativo de polimorfismo (PIC) entre 0,14 e 0,65. Esses marcadores polimórficos estão disponíveis para serem usados em programas de melhoramento.589592Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq

Microsatellites for genetic studies and breeding programs in common bean

Vinte locos de marcadores microssatélites foram identificados e caracterizados em feijoeiro. Os microssatélites foram testados em 14 genótipos. O número de alelos variou entre 1 e 3, e o conteúdo informativo de polimorfismo (PIC) entre 0,14 e 0,65. Esses marcadores polimórficos estão disponíveis para serem usados em programas de melhoramento.Twenty microsatelitte loci were identified and characterized in common bean. Microsatellites were tested in 14 genotypes. The allele number ranged from 1 to 3, and the polymorphism information content (PIC) was between 0.14 and 0.65. These polymorphic markers are available to be used for breeding programs

O impacto da obesidade abdominal sobre os níveis plasmáticos de lípides nos idosos

Model of the study: cross-sectional. Introduction : There are reports of an increase in the prevalence of dislipidemias with aging. It is necessary to determine the true impact of centripetal obesity on plasma levels lipids of older people. Objectives : To verify the possible association between the abdominal circumference, a marker of visceral fat, with the levels of blood lipids. Methods  : The study included 98 patients with 60 to 79 years of age, residents in the western district of the city of Ribeirão Preto, 58 women. The mean age of the volunteers was 66.3 years. The following data were analyzed: abdominal circumference, hip circumference, triglycerides, total cholesterol and HDL cholesterol. The abdominal circumference was measured as a surrogate for centripetal obesity. Results : There was no association between total cholesterol and abdominal circumference (p = 0.88). There was also no association with different types of obesity (p=0.73 and p=0.60 for men and women, respectively). The association between triglycerides and abdominal circumference was significant (p <0.0001), but when obesity was classified according to types, there was association between triglycerides and abdominal circumference in women (p=0.002) but not in men (p=0.07). There was negative association between HDL cholesterol and abdominal circumference (p=0.018), however when obesity types were analyzed separately the association between HDL and abdominal circumference was not significant (p=0.40 and p=0.07 for men and women, respectively). Conclusion : Probably, in the old population, the cardiovascular risk resulting from centripetal obesity has not, in its etiology, the increase of lipids of the blood only.  Modelo do Estudo: estudo de prevalência. Introdução : Há relatos do aumento da prevalência de dislipidemias com o envelhecimento. Há poucos estudos associando a obesidade centrípeta com a dislipidemia e há, ainda, que se determinar a real influência da obesidade abdominal sobre os níveis plasmáticos de lípides em idosos. Objetivo : Avaliar a possível associação entre a medida da circunferência abdominal, marcadora de gordura visceral, e os níveis de lípides no sangue. Métodos: O estudo foi realizado em 98 pacientes com 60 a 79 anos de idade, moradores do Distrito Oeste da cidade de Ribeirão Preto, sendo que 58 eram mulheres. A idade média dos voluntários foi de 66,3 anos. Foram colhidos os seguintes dados: circunferência abdominal, circunferência do quadril, triglicérides, colesterol total e HDL colesterol. A circunferência abdominal foi o parâmetro para a obesidade centrípeta.Resultados:  Não houve associação entre colesterol total e circunferência abdominal (p = 0,88). Quando separamos pelo gênero verificamos que também não houve associação (p=0,73 e p=0,60 para homens e mulheres, respectivamente). A associação entre triglicérides e circunferência abdominal foi significativa (p<0,0001), mas ao separar por gêneros, houve associação entre triglicérides e circunferência abdominal nas mulheres (p=0,002) enquanto que nos homens não houve associação (p=0,07). Houve associação negativa entre HDL e circunferência abdominal (p=0,018), porém quando os gêneros foram analisados separadamente a associação entre HDL e circunferência abdominal não foi significativa (p=0,40 e p=0,07 para homens e mulheres, respectivamente). Conclusão: Provavelmente, em idosos, o risco cardiovascular advindo da obesidade centrípeta não tem na sua etiologia, exclusivamente, o aumento de lípides do sangue

Novos marcadores microssatélites desenvolvidos a partir de uma biblioteca genômica enriquecida em feijão-comum

The objective of this work was to develop new microsatellite markers in common bean. Ninety nine new microsatelitte loci were developed from a microsatellite enriched library for (CT)8 and (GT)8 motifs, from CAL-143 line. The majority of microsatellite sequences (51%) was related to cellular metabolism. The remaining sequences were associated to transcription functions. Only 17.2% of the sequences presented some level of similarity with other plant species genes.O objetivo deste trabalho foi desenvolver novos marcadores microssatélites para feijão-comum. Noventa e nove novos locos de microssatélites foram desenvolvidos a partir de uma biblioteca enriquecida com motivos (CT)8 e (GT)8, proveniente da linhagem CAL-143. A maioria dos microssatélites (51%) esteve relacionada ao metabolismo celular. As demais seqüências estiveram associadas a funções de transcrição. Apenas 17,2% das seqüências apresentaram alguma semelhança com genes de outras espécies

American oil palm from Brazil: genetic diversity, population structure, and core collection.

The American oil palm [Elaeis oleifera (Knuth) Cortés] has pronounced importance in oil palm breeding programs. Here, a germplasm bank (GB) of E. oleifera plants collected in the Amazon rainforest in Brazil was submitted to single nucleotide polymorphism (SNP) marker identification, selection, and use, aiming to characterize genetic diversity and population structure and to design a core collection (CC). Five hundred and fifty-three plants from 206 subsamples, collected at 19 localities spread throughout six geographic regions, were submitted to genotyping-by-sequencing analysis. A set of 1,827 high-quality SNP markers was then selected and used to run the genetic diversity and population structure analysis. The genetic diversity found is of moderate degree, and probably only a small portion of the species diversity is represented in the collection. The possible reason for that is the collecting strategy used, which collected subsamples only around the most prominent watercourses in the region. The average degree of genetic differentiation among subsamples is very high, indicating the presence of high interpopulation differentiation. The collection showed a low level of endogamy. The low average gene flow found indicates that genetic isolation caused by drift is occurring, and there is a need to review the conservation strategy. A set of 245 SNPs distributed throughout all 16 chromosomes was used to design CC based on maximizing the strategy of diversity. The optimal adjustment of the validated parameters, maintained while taking fewest subsamples, led to the choice of a model containing 20% of the entire collection as the ideal to form the CC