ЧАСТОТА ГЕНОТИПІВ ТА АЛЕЛІВ ЗА -204А>C ПОЛІМОРФІЗМОМ ГЕНА СYP7A1 У ОСІБ ІЗ АРТЕРІАЛЬНОЮ ГІПЕРТЕНЗІЄЮ ТА ЦУКРОВИМ ДІАБЕТОМ 2-ГО ТИПУ

SUMMARY. The aim of our study was the definition of alleles and genotypes frequency of -204A>C polymorphism of CYP7A1 gene for patients with arterial hypertension and type 2 diabetes mellitus.Materials and Methods. The I group consisted of 198 obtained patients with type 2 diabetes mellitus and III stage of arterial hypertension, the II includes 152 persons with III stage of arterial hypertension, the III includes 49 practically healthy people. Molecular and genetics methods such as DNA separation from peripheral blood leukocytes, polymerase chain reaction, horizontal electrophoresis were used for determination of -204A>C polymorphism of СУР7А1 promoter region. The results were statistically analyzed by Microsoft Exel 2013 programs with the help of the chi-square test (χ2), the Student's test (t), the reliability of the differences between indicators (p).Results. Among patients from the I group genotype AA was present in 119 persons (60.1 %), AC – 31 (15.7 %), CC – 48 (24.2%); the II group – 112 patients (73.7 %), АС – 10 (6.5 %), СС – 30 (19.7 %); the ІІІ group – 43 persons (87.76 %), АС – 4 (8.16 %), СС – 2 (4.08 %). The frequency of allele A was 91.84 %, C – 8.16 % for the I group; 76.97 % and 23.03 % for the II group (р<0.05), 67.93 % and 32.07 % for the III group (р<0.05). There are the statistically significant differences among genotypes between patients from the I and III groups (χ 2=14,023; р=0.001); II and III groups (χ 2=6.789; р=0.034).Conclusions. After definition of -204A>C polymorphism of CYP7A1 promoter region for patients with type 2 diabetes mellitus and arterial hypertension, CC genotype was ascertained more often by 4.5 % than in patients with arterial hypertension, by 22.7 % than in the control group.РЕЗЮМЕ. Цель – исследовать частоту аллелей и генотипов по -204А>C полиморфизму гена СYP7A1 у лиц с артериальной гипертензией и сахарным диабетом 2 типа.Материалы и методы. В І группу обследованных вошли 198 пациентов с сахарным диабетом 2 типа и артериальной гипертензией ІІІ стадии, во ІІ – 152 больных с артериальной гипертензией III стадии, в ІІІ – 49 условно здоровых лиц. Для исследования полиморфизма -204А>C промоторной области гена СYP7A1 были использованы молекулярно- генетические методы (выделение ДНК из лейкоцитов периферической крови, полимеразную цепную реакцию, горизонтальный электрофорез). Данные были обработаны статистически с помощью программ Microsoft Exel 2013 с использованием теста хи-квадрат (χ2), критерия Стьюдента (t), достоверности различий между показателями (р).Результаты. После исследования полиморфизма -204А>C промоторной области гена СYP7A1 среди пациентов І группы генотип АА был констатирован у 119 лиц (60,1 %), АС – у 31 (15,7 %), СС – у 48 (24,2 %); ІІ – у 112 (73,7 %), 10 (6,6 %), 30 (19,7 %); ІІІ – у 43 (87,76 %), 4 (8,16 %), 2 (4,08 %) соответственно. У лиц ІІІ группы частота аллеля А составила 91,84 %, С – 8,16 %; ІІ – 76,97 % и 23,03 % (р<0,05), ІІІ – 67,93 % и 32,07 % (р<0,05). Найдено статистически значимые различия в распределении генотипов в І и ІІІ группах (χ2=14,023; р=0,001), ІІ и ІІІ группах (χ2=6,789; р=0,034).Выводы. После исследования полиморфизма -204А>C промоторной области гена СYP7A1 у пациентов с сахарным диабетом 2 типа и артериальной гипертензией генотип СС констатировано чаще на 4,5 %, чем у больных артериальной гипертензией, на 22,7 % – чем в группе контроля.Мета - дослідити частоту алелів та генотипів за -204А>C поліморфізмом гена СYP7A1 у осіб із артеріальною гіпертензією та цукровим діабетом 2-го типу Матеріали і методи. У І групу обстежених ввійшли 198 пацієнтів із цукровим діабетом 2-го типу та артеріальною гіпертензією ІІІ стадії, у ІІ – 152 хворих на артеріальну гіпертензію ІІІ стадії, у ІІІ – 49 умовно здорових осіб. Для дослідження поліморфізму -204А>C промоторної ділянки гена СYP7A1 було використано молекулярно-генетичні методи (виділення ДНК із лейкоцитів периферичної крові, полімеразну ланцюгову реакцію, горизонтальний електрофорез). Дані було оброблено статистично за допомогою програм Microsoft Exel 2013 із використанням тесту хі-квадрат (χ2), критерію Стьюдента (t), достовірності розходжень між показниками (р).Результати. Після дослідження поліморфізму -204А>C промоторної ділянки гена СYP7A1 серед пацієнтів І групи генотип АА було констатовано у 119 осіб (60,1%), АС – 31 (15,7%), СС – 48 (24,2%); ІІ – у 112 (73,7%), 10 (6,6%), 30 (19,7%); ІІІ – у 43 (87,76%), 4 (8,16%), 2 (4,08%) відповідно. В осіб ІІІ групи частота алелі А склала 91,84%,  С – 8,16%; ІІ - 76,97% та 23,03% (р < 0,05), ІІІ – 67,93% та 32,07% (р < 0,05). Знайдено статистично значущі відмінності у розподілі генотипів у І та ІІІ групі (χ2 = 14,023; р = 0,001), ІІ і ІІІ групі (χ2 = 6,789; р = 0,034).Висновки. Після дослідження поліморфізму -204А>C промоторної ділянки гена СYP7A1 у пацієнтів із цукровим діабетом 2-го типу та артеріальною гіпертензією генотип СС зустрічався частіше на 4,5%, ніж у хворих із артеріальною гіпертензією, на 22,7%, ніж у групи контролю

Prediction of Thrombectomy Functional Outcomes using Multimodal Data

Recent randomised clinical trials have shown that patients with ischaemic stroke {due to occlusion of a large intracranial blood vessel} benefit from endovascular thrombectomy. However, predicting outcome of treatment in an individual patient remains a challenge. We propose a novel deep learning approach to directly exploit multimodal data (clinical metadata information, imaging data, and imaging biomarkers extracted from images) to estimate the success of endovascular treatment. We incorporate an attention mechanism in our architecture to model global feature inter-dependencies, both channel-wise and spatially. We perform comparative experiments using unimodal and multimodal data, to predict functional outcome (modified Rankin Scale score, mRS) and achieve 0.75 AUC for dichotomised mRS scores and 0.35 classification accuracy for individual mRS scores.Comment: Accepted at Medical Image Understanding and Analysis (MIUA) 202

Identification and functional characterisation of CRK12:CYC9, a novel cyclin-dependent kinase (CDK)-cyclin complex in Trypanosoma brucei

The protozoan parasite, Trypanosoma brucei, is spread by the tsetse fly and causes trypanosomiasis in humans and animals. Both the life cycle and cell cycle of the parasite are complex. Trypanosomes have eleven cdc2-related kinases (CRKs) and ten cyclins, an unusually large number for a single celled organism. To date, relatively little is known about the function of many of the CRKs and cyclins, and only CRK3 has previously been shown to be cyclin-dependent in vivo. Here we report the identification of a previously uncharacterised CRK:cyclin complex between CRK12 and the putative transcriptional cyclin, CYC9. CRK12:CYC9 interact to form an active protein kinase complex in procyclic and bloodstream T. brucei. Both CRK12 and CYC9 are essential for the proliferation of bloodstream trypanosomes in vitro, and we show that CRK12 is also essential for survival of T. brucei in a mouse model, providing genetic validation of CRK12:CYC9 as a novel drug target for trypanosomiasis. Further, functional characterisation of CRK12 and CYC9 using RNA interference reveals roles for these proteins in endocytosis and cytokinesis, respectively

The role of bioreductive activation of doxorubicin in cytotoxic activity against leukaemia HL60-sensitive cell line and its multidrug-resistant sublines

Clinical usefulness of doxorubicin (DOX) is limited by the occurrence of multidrug resistance (MDR) associated with the presence of membrane transporters (e.g. P-glycoprotein, MRP1) responsible for the active efflux of drugs out of resistant cells. Doxorubicin is a well-known bioreductive antitumour drug. Its ability to undergo a one-electron reduction by cellular oxidoreductases is related to the formation of an unstable semiquionone radical and followed by the production of reactive oxygen species. There is an increasing body of evidence that the activation of bioreductive drugs could result in the alkylation or crosslinking binding of DNA and lead to the significant increase in the cytotoxic activity against tumour cells. The aim of this study was to examine the role of reductive activation of DOX by the human liver NADPH cytochrome P450 reductase (CPR) in increasing its cytotoxic activity especially in regard to MDR tumour cells. It has been evidenced that, upon CPR catalysis, DOX underwent only the redox cycling (at low NADPH concentration) or a multistage chemical transformation (at high NADPH concentration). It was also found, using superoxide dismutase (SOD), that the first stage undergoing reductive activation according to the mechanism of the redox cycling had the key importance for the metabolic conversion of DOX. In the second part of this work, the ability of DOX to inhibit the growth of human promyelocytic-sensitive leukaemia HL60 cell line as well as its MDR sublines exhibiting two different phenotypes of MDR related to the overexpression of P-glycoprotein (HL60/VINC) or MRP1 (HL60/DOX) was studied in the presence of exogenously added CPR. Our assays showed that the presence of CPR catalysing only the redox cycling of DOX had no effect in increasing its cytotoxicity against sensitive and MDR tumour cells. In contrast, an important increase in cytotoxic activity of DOX after its reductive conversion by CPR was observed against HL60 as well as HL60/VINC and HL60/DOX cells

ЧАСТОТА ГЕНОТИПІВ ТА АЛЕЛІВ ЗА -204А>C ПОЛІМОРФІЗМОМ ГЕНА СYP7A1 У ОСІБ ІЗ АРТЕРІАЛЬНОЮ ГІПЕРТЕНЗІЄЮ ТА ЦУКРОВИМ ДІАБЕТОМ 2-ГО ТИПУ

SUMMARY. The aim of our study was the definition of alleles and genotypes frequency of -204A>C polymorphism of CYP7A1 gene for patients with arterial hypertension and type 2 diabetes mellitus.Materials and Methods. The I group consisted of 198 obtained patients with type 2 diabetes mellitus and III stage of arterial hypertension, the II includes 152 persons with III stage of arterial hypertension, the III includes 49 practically healthy people. Molecular and genetics methods such as DNA separation from peripheral blood leukocytes, polymerase chain reaction, horizontal electrophoresis were used for determination of -204A>C polymorphism of СУР7А1 promoter region. The results were statistically analyzed by Microsoft Exel 2013 programs with the help of the chi-square test (χ2), the Student's test (t), the reliability of the differences between indicators (p).Results. Among patients from the I group genotype AA was present in 119 persons (60.1 %), AC – 31 (15.7 %), CC – 48 (24.2%); the II group – 112 patients (73.7 %), АС – 10 (6.5 %), СС – 30 (19.7 %); the ІІІ group – 43 persons (87.76 %), АС – 4 (8.16 %), СС – 2 (4.08 %). The frequency of allele A was 91.84 %, C – 8.16 % for the I group; 76.97 % and 23.03 % for the II group (р<0.05), 67.93 % and 32.07 % for the III group (р<0.05). There are the statistically significant differences among genotypes between patients from the I and III groups (χ 2=14,023; р=0.001); II and III groups (χ 2=6.789; р=0.034).Conclusions. After definition of -204A>C polymorphism of CYP7A1 promoter region for patients with type 2 diabetes mellitus and arterial hypertension, CC genotype was ascertained more often by 4.5 % than in patients with arterial hypertension, by 22.7 % than in the control group.РЕЗЮМЕ. Цель – исследовать частоту аллелей и генотипов по -204А>C полиморфизму гена СYP7A1 у лиц с артериальной гипертензией и сахарным диабетом 2 типа.Материалы и методы. В І группу обследованных вошли 198 пациентов с сахарным диабетом 2 типа и артериальной гипертензией ІІІ стадии, во ІІ – 152 больных с артериальной гипертензией III стадии, в ІІІ – 49 условно здоровых лиц. Для исследования полиморфизма -204А>C промоторной области гена СYP7A1 были использованы молекулярно- генетические методы (выделение ДНК из лейкоцитов периферической крови, полимеразную цепную реакцию, горизонтальный электрофорез). Данные были обработаны статистически с помощью программ Microsoft Exel 2013 с использованием теста хи-квадрат (χ2), критерия Стьюдента (t), достоверности различий между показателями (р).Результаты. После исследования полиморфизма -204А>C промоторной области гена СYP7A1 среди пациентов І группы генотип АА был констатирован у 119 лиц (60,1 %), АС – у 31 (15,7 %), СС – у 48 (24,2 %); ІІ – у 112 (73,7 %), 10 (6,6 %), 30 (19,7 %); ІІІ – у 43 (87,76 %), 4 (8,16 %), 2 (4,08 %) соответственно. У лиц ІІІ группы частота аллеля А составила 91,84 %, С – 8,16 %; ІІ – 76,97 % и 23,03 % (р<0,05), ІІІ – 67,93 % и 32,07 % (р<0,05). Найдено статистически значимые различия в распределении генотипов в І и ІІІ группах (χ2=14,023; р=0,001), ІІ и ІІІ группах (χ2=6,789; р=0,034).Выводы. После исследования полиморфизма -204А>C промоторной области гена СYP7A1 у пациентов с сахарным диабетом 2 типа и артериальной гипертензией генотип СС констатировано чаще на 4,5 %, чем у больных артериальной гипертензией, на 22,7 % – чем в группе контроля.Мета - дослідити частоту алелів та генотипів за -204А>C поліморфізмом гена СYP7A1 у осіб із артеріальною гіпертензією та цукровим діабетом 2-го типу Матеріали і методи. У І групу обстежених ввійшли 198 пацієнтів із цукровим діабетом 2-го типу та артеріальною гіпертензією ІІІ стадії, у ІІ – 152 хворих на артеріальну гіпертензію ІІІ стадії, у ІІІ – 49 умовно здорових осіб. Для дослідження поліморфізму -204А>C промоторної ділянки гена СYP7A1 було використано молекулярно-генетичні методи (виділення ДНК із лейкоцитів периферичної крові, полімеразну ланцюгову реакцію, горизонтальний електрофорез). Дані було оброблено статистично за допомогою програм Microsoft Exel 2013 із використанням тесту хі-квадрат (χ2), критерію Стьюдента (t), достовірності розходжень між показниками (р).Результати. Після дослідження поліморфізму -204А>C промоторної ділянки гена СYP7A1 серед пацієнтів І групи генотип АА було констатовано у 119 осіб (60,1%), АС – 31 (15,7%), СС – 48 (24,2%); ІІ – у 112 (73,7%), 10 (6,6%), 30 (19,7%); ІІІ – у 43 (87,76%), 4 (8,16%), 2 (4,08%) відповідно. В осіб ІІІ групи частота алелі А склала 91,84%,  С – 8,16%; ІІ - 76,97% та 23,03% (р < 0,05), ІІІ – 67,93% та 32,07% (р < 0,05). Знайдено статистично значущі відмінності у розподілі генотипів у І та ІІІ групі (χ2 = 14,023; р = 0,001), ІІ і ІІІ групі (χ2 = 6,789; р = 0,034).Висновки. Після дослідження поліморфізму -204А>C промоторної ділянки гена СYP7A1 у пацієнтів із цукровим діабетом 2-го типу та артеріальною гіпертензією генотип СС зустрічався частіше на 4,5%, ніж у хворих із артеріальною гіпертензією, на 22,7%, ніж у групи контролю