Classification and Scoring of Protein Complexes

Proteins interactions mediate all biological systems in a cell; understanding their interactions means understanding the processes responsible for human life. Their structure can be obtained experimentally, but such processes frequently fail at determining structures of protein complexes. To address the issue, computational methods have been developed that attempt to predict the structure of a protein complex, using information of its constituents. These methods, known as docking, generate thousands of possible poses for each complex, and require effective and reliable ways to quickly discriminate the correct pose among the set of incorrect ones. In this thesis, a new scoring function was developed that uses machine learning techniques and features extracted from the structure of the interacting proteins, to correctly classify and rank the putative poses. The developed function has shown to be competitive with current state-of-the-art solutions

Equity research - Dimpomar, Lda.: case study

The purpose of this thesis is to assess the value of Dimpomar, a privately owned company. In order to reach reasonable results and perform the valuation, the theoretical background was first presented regarding the several valuation methods, followed by a company presentation, industry analysis and the analysis of the financial indicators and situation of the company. The valuation methods used in order to reach the enterprise value, firm value, equity value and price per share value were the Discounted Cash Flow and the Relative Valuation (Multiples). The fact that these two methods were applied, allowed the comparison of Dimpomar with the peer group, having more arguments to justify the obtained value of Dimpomar, which was an enterprise value of 13,784,962€ and a price target of 177.4€. To conclude, this work provides a solid base of analysis for a possible exit through an IPO (initial public offer).Esta tese tem como objetivo avaliar a Dimpomar, Lda., empresa não cotada. De modo a obter um resultado sensato e efetuar a avaliação, numa primeira fase foram apresentados os conceitos e fórmulas teóricos relativamente aos diferentes métodos de avaliação, seguidos por uma apresentação da empresa, análise do setor e análise dos indicadores e situação financeira da empresa. Os métodos de avaliação usados de modo a chegar ao valor da empresa, valor da firma, valor do capital próprio e valor das ações foram os do discounted cash flow e o método de avaliação por múltiplos (relative valuation). O facto de ambos os métodos terem sido aplicados, permitiu comparar a Dimpomar com o grupo de pares, e desta forma ter mais argumentos que justifiquem o valor da avaliação obtido da mesma. O valor da empresa final obtido foi de 13,784,962€ e o preço por ação de 177.04€. Para concluir, este trabalho providencia uma base sólida de análise para o lançamento de uma possível OPA

Vegetation Detection and Classification for Power Line Monitoring

Electrical network maintenance inspections must be regularly executed, to provide a continuous distribution of electricity. In forested countries, the electrical network is mostly located within the forest. For this reason, during these inspections, it is also necessary to assure that vegetation growing close to the power line does not potentially endanger it, provoking forest fires or power outages. Several remote sensing techniques have been studied in the last years to replace the labor-intensive and costly traditional approaches, be it field based or airborne surveillance. Besides the previously mentioned disadvantages, these approaches are also prone to error, since they are dependent of a human operator’s interpretation. In recent years, Unmanned Aerial Vehicle (UAV) platform applicability for this purpose has been under debate, due to its flexibility and potential for customisation, as well as the fact it can fly close to the power lines. The present study proposes a vegetation management and power line monitoring method, using a UAV platform. This method starts with the collection of point cloud data in a forest environment composed of power line structures and vegetation growing close to it. Following this process, multiple steps are taken, including: detection of objects in the working environment; classification of said objects into their respective class labels using a feature-based classifier, either vegetation or power line structures; optimisation of the classification results using point cloud filtering or segmentation algorithms. The method is tested using both synthetic and real data of forested areas containing power line structures. The Overall Accuracy of the classification process is about 87% and 97-99% for synthetic and real data, respectively. After the optimisation process, these values were refined to 92% for synthetic data and nearly 100% for real data. A detailed comparison and discussion of results is presented, providing the most important evaluation metrics and a visual representations of the attained results.Manutenções regulares da rede elétrica devem ser realizadas de forma a assegurar uma distribuição contínua de eletricidade. Em países com elevada densidade florestal, a rede elétrica encontra-se localizada maioritariamente no interior das florestas. Por isso, durante estas inspeções, é necessário assegurar também que a vegetação próxima da rede elétrica não a coloca em risco, provocando incêndios ou falhas elétricas. Diversas técnicas de deteção remota foram estudadas nos últimos anos para substituir as tradicionais abordagens dispendiosas com mão-de-obra intensiva, sejam elas através de vigilância terrestre ou aérea. Além das desvantagens mencionadas anteriormente, estas abordagens estão também sujeitas a erros, pois estão dependentes da interpretação de um operador humano. Recentemente, a aplicabilidade de plataformas com Unmanned Aerial Vehicles (UAV) tem sido debatida, devido à sua flexibilidade e potencial personalização, assim como o facto de conseguirem voar mais próximas das linhas elétricas. O presente estudo propõe um método para a gestão da vegetação e monitorização da rede elétrica, utilizando uma plataforma UAV. Este método começa pela recolha de dados point cloud num ambiente florestal composto por estruturas da rede elétrica e vegetação em crescimento próximo da mesma. Em seguida,múltiplos passos são seguidos, incluindo: deteção de objetos no ambiente; classificação destes objetos com as respetivas etiquetas de classe através de um classificador baseado em features, vegetação ou estruturas da rede elétrica; otimização dos resultados da classificação utilizando algoritmos de filtragem ou segmentação de point cloud. Este método é testado usando dados sintéticos e reais de áreas florestais com estruturas elétricas. A exatidão do processo de classificação é cerca de 87% e 97-99% para os dados sintéticos e reais, respetivamente. Após o processo de otimização, estes valores aumentam para 92% para os dados sintéticos e cerca de 100% para os dados reais. Uma comparação e discussão de resultados é apresentada, fornecendo as métricas de avaliação mais importantes e uma representação visual dos resultados obtidos

Resultados preliminares de um estudo sobre os efeitos da aplicação foliar de 2,4-D e potássio sobre o calibre do fruto da clementina ‘Mioro’

As clementinas apresentam boas características organoléticas e ausência de sementes, o que é apreciado pelos consumidores e faz com que estejam entre os grupos de citrinos mais cultivados na Península Ibérica. Entre as clementinas, a cultivar ‘Mioro’ tem suscitado interesse pela sua precocidade, mas o vingamento é em alguns casos excessivo e os frutos apresentam um baixo calibre. A monda de frutos é usada para diminuir a competição e aumentar o calibre do fruto, mas é bastante dispendiosa e o seu efeito sobre o calibre das clementinas que ficam na árvore é pouco significativo, sobretudo quando é executado demasiado tarde. Em diversos países, incluindo Espanha, as auxinas são usadas vulgarmente para aumentar o calibre de clementinas e outras tangerinas. Porém, a sua aplicação não é eficaz em todas as cultivares de tangerineira. Mesmo nas cultivares em que as auxinas aumentam o calibre do fruto, a sua eficácia depende da auxina aplicada e para cada cultivar é necessário determinar o momento ótimo de aplicação e a concentração a usar. A aplicação de potássio por via foliar também tem um efeito positivo sobre o calibre do fruto, mas a sua eficácia depende do número de aplicações, do(s) momento(s) de aplicação e da concentração usada. Neste estudo foi testada a aplicação de 2,4-D a duas concentrações (10 e 30 mg L-1) e a aplicação foliar de óxido de potássio (uma e três aplicações), num desenho experimental em parcelas divididas (split-plot), com subparcelas de pelo menos 10 árvores. Os resultados obtidos até agora permitem concluir que a aplicação de 2,4-D provocou um aumento significativo do calibre do fruto, sobretudo quando aplicado a uma concentração de 30 mg L-1. A aplicação de potássio não provocou um aumento significativo do calibre do fruto, relativamente à testemunha.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Estudo da maquinabilidade da liga WCu25 para uso em eléctrodos (EDM)

Mestrado em Engenharia MecânicaA presente investigação contempla o estudo da maquinabilidade da liga WCu25 para aplicação em eléctrodos para electroerosão na indústria dos moldes. Foi desenvolvido o modelo físico de corte e apresentada uma equação específica para a determinação do ângulo de corte. Foram também efectuados ensaios de maquinabilidade com o objectivo de observar a influência dos parâmetros de corte do material da ferramenta na força e potência da maquinagem, na rugosidade da peça e no desgaste da ferramenta. Verificouse que as ferramentas cerâmicas de alumina constituem uma alternativa viável às tradicionais ferramentas de carboneto sinterizado (K10). ABSTRACT: The present research includes the study of machinability WCu25 alloy for application on EDM electrodes in mould industry. It was developed the physical model cutting and presented a specific equation for determining the shear angle. Several machining tests were conducted in order with the aim of observing the influence of the cutting parameters and the tool material in the force and power machining, the roughness of work piece and the tool wear. It appeared that the alumina ceramic tools are a viable alternative to the traditional cemented carbide (K10)

Rare autosomal dominant hereditary hemochromatosis associated with SLC40A1 gene: ferroportin disease or type 4 hereditary hemochromatosis?

Ferroportin (FPN1), encoded by the SLC40A1 gene, is the unique cellular iron exporter identified in mammals. FPN1 transfers iron from the intestine and macrophages into the bloodstream. This function is negatively regulated by hepcidin. Mutations in SLC40A1 may affect FPN1 function, originating distinct autosomal dominant diseases: (i) the Ferroportin Disease (FD), due to loss-of-function mutations, is characterized by decreased iron export from enterocytes and severely affected iron transfer in macrophages, giving rise to a marked iron accumulation in spleen and liver; and (ii) the Type 4 Hereditary Hemochromatosis (HH), resulting from gain-of-function mutations conferring resistance to hepcidin-mediated FPN1 degradation and consequently high cellular iron export. In this study, 335 individuals suspected of having non-classic HH were enrolled. Six genes related with iron metabolism were analysed by SSCP, dHPLC or NGS. The latter used TruSeq or Nextera XT libraries and a MiSeq platform (Illumina). Genetic variants found were validated by Sanger sequencing. Predictive consequences at protein level were evaluated using Polyphen-2 and SIFT softwares. From all patients analysed, three SLC40A1 pathogenic variants were detected in heterozygosity in three women: two missense, c.238G>A, p.Gly80Ser and c.610G>A, p.Gly204Ser; and one deletion, c.485_487delTTG; p.Val162del. These variants had been reported in public databases, but they were not known to be present in the Portuguese population. The p.Gly80Ser and the p.Val162del are FPN1 loss-of-function mutations and were found associated with hyperferritinemia and low transferrin saturation (FD). In contrast, the p.Gly204Ser induced a gain of FPN1 function with a full iron export capacity giving the patient a type 4-HH phenotype, which includes iron overload, hyperferritinemia and high transferrin saturation. Detailed clinical evaluation of the suspected patients are useful to unravel the effect of different mutations in FPN1 function, expression and regulation.This work was partially supported by INSA_2013DGH910 and GenomePT (POCI-01-0145-FEDER-022184).info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Influence of initial power stabilization over PV modules maximum power

Measurements that suppliers offer in flash lists, unfortunately do not always fit the actual power measured in independent laboratories like CIEMAT. In fact, independent measurements usually appear lower than those printed in the label and sometimes a value beyond the allowed tolerance pointed by the manufacturer in the same label. In addition, a valuable power reduction has been reported when Standard IEC - EN 50380 is applied (according to this, PV module must be exposed to sunlight more than 20kWh/m2 previously to performing the measurement), crystalline PV modules usually decrease its power around 1%, but descends greater than 4 % have also been reported. These power losses are only detected after the mentioned power stabilization

Productivity Gains of DevOps Adoption in an IT Team: A Case Study

The main purpose of this research is to determine the productivity gains from the merge of two traditional IT teams: Development and Operations into a single DevOps team implementing 6 DevOps capabilities. In this research the authors go through the existing DevOps literature to better frame this research to the reader. To answer the formulated research questions the authors analyzed the team capacity divided by tasks before and after a DevOps transition and interviewed 5 senior team members to collect their opinion about this transition. The main object objective is to analyze if there were productivity gains of that team after making the transition to a DevOps approach

Arginase activity and CD3ζ expression after major surgery

Letter.-- et al.The studies from our laboratory were supported by grants from Spanish Ministerio de Economia y Competitividad (SAF2011-30518; and RD12/0036/0065 from Red Temática de Investigación Cooperativa en Cáncer, Instituto de Salud Carlos III, cofunded by the Fondo Europeo de Desarrollo Regional of the European Union), the European Community’s Seventh Framework Programme FP7-2007-2013 (grant HEALTH-F2-2011-256986, PANACREAS), and Junta de Castilla y León (CSI052A11-2 and CSI221A12-2).Peer Reviewe