Biogenesis of protein bodies during vicilin accumulation in Medicago truncatula immature seeds

BACKGROUND: Grain legumes play a worldwide role as a source of plant proteins for feed and food. In the model legume Medicago truncatula, the organisation of protein storage vacuoles (PSV) in maturing seeds remains unknown. FINDINGS: The sub-cellular events accompanying the accumulation of vicilin (globulin7S) were analysed during seed mid-maturation. Immuno-detection of vicilin in light microscopy, allowed a semi-quantitative assessment of the protein body complement. The identified populations of vicilin-containing protein bodies are distinguished by their number and size which allowed to propose a model of their biogenesis. Two distributions were detected, enabling a separation of their processing at early and mid maturation stages. The largest protein bodies, at 16 and 20 days after pollination (DAP), were formed by the fusion of small bodies. They have probably attained their final size and correspond to mature vicilin aggregations. Electron microscopic observations revealed the association of the dense protein bodies with rough endoplasmic reticulum. The presence of a ribosome layer surrounding protein bodies, would support an endoplasmic reticulum–vacuole trafficking pathway. CONCLUSIONS: The stastistic analysis may be useful for screening mutations of candidate genes governing protein content. The definitive evidence for an ER-storage vacuole pathway corresponds to a challenge, for the storage of post-translationally unstable proteins. It was proposed for the accumulation of one class of storage protein, the vicilins. This alternative pathway is a matter of controversy in dicotyledonous seeds

Créer des documents avec le package R.rsp

Le package R.rsp utilise un langage de balises. Il permet la construction automatique de documents contenant du texte et des résultats/figures issus de l’exécution de blocs de code R. Par rapport aux autres packages du même type (Sweave, knitr par exemple), il présente l’avantage, de gérer la répétition au travers de boucles, de blocs de texte et de code R. Il est aussi utilisable avec un plus grand nombre de formats de fichiers ayant une structure simple comme les formats XML, TXT, HTML, etc

Le package plyr (1)

Le package plyr est proposé par Hadley Wickham. Il offre de nombreuses fonctions permettant de manipuler et de traiter des objets R et plus particulièrement des tableaux (data.frame), des listes (list) et des matrices (array). Parmi toutes les fonctions proposées, on trouve un grand nombre de fonctions construites sur le modèle des fonctions apply(). Ces fonctions de type **ply() seront traitées dans une autre fiche technique. Ici, nous allons nous intéresser à des fonctions moins connues mais tout aussi utiles

XML : un moyen simple d'utiliser les données structurées sous Internet Explorer

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Le package manipulate, installé en même temps que RStudio, propose une fonction permettant de construire des graphiques interactifs. Relativement simple à mettre en place, la fonction propose 3 contrôles permettant de modifier la valeur de certains objets contenus dans le code produisant les graphiques

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