Population genomics of picophytoplankton unveils novel chromosome hypervariability

Tiny photosynthetic microorganisms that form the picoplankton (between 0.3 and 3 mm in diameter) are at the base of the food web in many marine ecosystems, and their adaptability to environmental change hinges on standing genetic variation. Although the genomic and phenotypic diversity of the bacterial component of the oceans has been intensively studied, little is known about the genomic and phenotypic diversity within each of the diverse eukaryotic species present. We report the level of genomic diversity in a natural population of Ostreococcus tauri (Chlorophyta, Mamiellophyceae), the smallest photosynthetic eukaryote. Contrary to the expec- tations of clonal evolution or cryptic species, the spectrum of genomic polymorphism observed suggests a large panmictic population (an effective population size of 1.2 × 107) with pervasive evidence of sexual reproduction. De novo assemblies of low-coverage chromosomes reveal two large candidate mating-type loci with suppressed recom- bination, whose origin may pre-date the speciation events in the class Mamiellophyceae. This high genetic diversity is associated with large phenotypic differences between strains. Strikingly, resistance of isolates to large double- stranded DNA viruses, which abound in their natural environment, is positively correlated with the size of a single hypervariable chromosome, which contains 44 to 156 kb of strain-specific sequences. Our findings highlight the role of viruses in shaping genome diversity in marine picoeukaryotes

Viral to metazoan marine plankton nucleotide sequences from the Tara Oceans expedition

A unique collection of oceanic samples was gathered by the Tara Oceans expeditions (2009–2013), targeting plankton organisms ranging from viruses to metazoans, and providing rich environmental context measurements. Thanks to recent advances in the field of genomics, extensive sequencing has been performed for a deep genomic analysis of this huge collection of samples. A strategy based on different approaches, such as metabarcoding, metagenomics, single-cell genomics and metatranscriptomics, has been chosen for analysis of size-fractionated plankton communities. Here, we provide detailed procedures applied for genomic data generation, from nucleic acids extraction to sequence production, and we describe registries of genomics datasets available at the European Nucleotide Archive (ENA, www.ebi.ac.uk/ena). The association of these metadata to the experimental procedures applied for their generation will help the scientific community to access these data and facilitate their analysis. This paper complements other efforts to provide a full description of experiments and open science resources generated from the Tara Oceans project, further extending their value for the study of the world’s planktonic ecosystems

Virtualia 2016. La réalité virtuelle au service de la recherche: Actes du séminaire organisé par le CIREVE à Caen (19 octobre 2016),

International audienceLe séminaire Virtualia est né en 2006 en même temps que le Centre Interdisciplinaire de Réalité Virtuelle (CIREVE) de l’Université de Caen Normandie. Son objectif est de permettre aux équipes associées au CIREVE d’exposer leurs méthodologies et les résultats de leurs travaux dans le domaine de la Réalité Virtuelle, tout en s’ouvrant à des communications extérieures. Il a connu quatre éditions de 2006 à 2009.2016 fut l’occasion de relancer VIRTUALIA et de concrétiser le partenariat avec les Universités de Rouen et du Havre dans le cadre de la COMUE. Une Structure Fédérative de Recherche « CIREVE » est en effet en cours de labellisation au sein de Normandie Université. 2016 est également une année importante car elle marque à la fois le dixième anniversaire du CIREVE et la finalisation d’une plate-forme de réalité virtuelle normande, unique en son genre sur le territoire français. Elle est composée d’une salle immersive quatre faces de 45 m2, équipée d’un tapis roulant particulièrement adapté pour l’analyse de la marche en temps réel (GRAIL de Motek Medical). Les calculateurs de cette salle immersive sont mutualisés avec un amphithéâtre attenant de 150 places, de manière que les expérimentations effectuées avec un sujet unique dans la salle immersive puissent être suivies par un auditoire nombreux (besoins de formation notamment). Les équipes utilisent le matériel au fur et à mesure des développements informatiques et de nouveaux protocoles d’expérimentation germent dans l’esprit des chercheurs qui voient dans la réalité virtuelle des possibilités de tests jamais atteintes.Une centaine de chercheurs utilise régulièrement le plateau technique CIREVE, dans des visées de recherche qui leur sont propres. Il est toutefois apparu qu’un certain nombre de problématiques concernaient toutes les disciplines et qu’une partie de la réflexion sur les mondes virtuels pouvait être mutualisée. Le séminaire VIRTUALIA permet d’offrir un espace de rencontre à ces chercheurs, issus d’horizons différents, pour discuter de l’utilisation de l’outil d’un point de vue épistémologique. Il est par exemple capital de s’interroger sur la notion de présence. Le sujet se comporte-il de la même façon dans l’environnement virtuel et dans le monde réel ? Les chemins de circulation choisis dans le modèle virtuel sont-ils les mêmes que ceux qui seraient empruntés en réalité ? Les conclusions établies dans le modèle virtuel sont-elles directement transposables à la réalité ? Un des enjeux du travail est d’évaluer la pertinence subjective des modèles virtuels, ce qui est capital avant de généraliser leur utilisation dans des actions de formation par exemple. L’utilisation d’une technologie n’est jamais complètement neutre. Dans le cadre des mondes virtuels, l’interaction de l’homme avec le monde de synthèse n’est possible qu’au travers de logiciels et d’interfaces matérielles. Il faut s’assurer que les processus cognitifs soient adéquats avant de s’interroger sur le résultat des simulations. Naturellement, le séminaire permet également à chaque discipline d’exposer les résultats des dernières recherches réalisées grâce à la réalité virtuelle.Les domaines scientifiques concernés par la réalité virtuelle sont multiples : les civilisations et les patrimoines culturels, la médecine, les neurosciences, la psychologie, les sciences du mouvement et du sport, l’ingénierie, l’informatique. L’Université de Caen Normandie étant pluridisciplinaire, le spectre des utilisations est très large. Elles se répartissent en trois axes principaux et un axe en émergence :LA REPRÉSENTATION : la réalité virtuelle permet de représenter et de visualiser, interactivement et en trois dimensions, des environnements disparus, dégradés, inaccessibles, ou des environnements futurs.Domaines concernés : civilisations, patrimoine, linguistique...L'EXPÉRIMENTATION : en permettant d'interagir en temps réel avec un monde numérique 3D, la réalité virtuelle offre de nouvelles perspectives d'expérimentations dans des environnements de plus en plus proches du réel et en même temps parfaitement contrôlables.Domaines concernés : santé, neuropsychologie, psychologie, activités physiques et sportives...LA CREATION ET LE DEVELOPPEMENT D’OUTILS : les informaticiens créent et testent des applications concernant les méthodes de navigation en monde virtuel, de restitution de la réalité.Domaine concerné : informatique.LA FORMATION (axe en émergence) : par la représentation de la connaissance, par les diverses possibilités d'expérimentation, la réalité virtuelle est un formidable outil de formation.Domaines concernés : sciences du langage, médecine, informatique (serious game, simulation...).Une partie importante de la réflexion développée lors du séminaire Virtualia 2016 a été consacrée aux enjeux sociétaux liés à la réalité virtuelle : notions de mémoire, d’apprentissage des gestes techniques, d’être humain « augmenté » etc. Les articles publiés attestent du savoir-faire, bien réel cette fois, que le CIREVE a acquis en termes de création de mondes virtuels pour représenter, expérimenter et former. La publication des actes du séminaire Virtualia vise à mettre en lumière des recherches particulièrement innovantes qui s’effectuent dans un cadre technologique exceptionnel.- S. Madeleine, Virtualia 2016. Introduction (et direction de l'édition)- J. Grieu, F. Lecroq, Th. Galinho, H. Boukachour, Environnements industriels virtualisés et processus d’apprentissage- Ph. Brunet, J. Dehut, Images 3D et humanités numériques : modélisation et restitution du geste théâtral- G. Lecouvey, J. Gonneaud, N. Legrand, G. Rauchs, F. Eustache, B. Desgranges, Réalité virtuelle et mémoire- N. Benguigui, C. Mandil, M. Mallek, L. Lejeune, R. Thouvarecq, Étude des liens entre perception et action dans des environnements virtuels- E.-G. Dupuy, A. Maneuvrier, E. Vlamynck, S. Besnard, B. Bienvenu, L.-M. Decker, Le syndrome d’Ehlers-Danlos type hypermobile : évolution des stratégies posturales en réponse à un programme de rééducation à visée somesthésique- C. Weismann-Arcache, Réalité virtuelle et humain augmenté : subjectivation, désubjectivation ?- L. Haddouk, Réalité psychique en visioconsultatio

Viral to metazoan marine plankton nucleotide sequences from the Tara Oceans expedition

A unique collection of oceanic samples was gathered by the Tara Oceans expeditions (2009-2013), targeting plankton organisms ranging from viruses to metazoans, and providing rich environmental context measurements. Thanks to recent advances in the field of genomics, extensive sequencing has been performed for a deep genomic analysis of this huge collection of samples. A strategy based on different approaches, such as metabarcoding, metagenomics, single-cell genomics and metatranscriptomics, has been chosen for analysis of size-fractionated plankton communities. Here, we provide detailed procedures applied for genomic data generation, from nucleic acids extraction to sequence production, and we describe registries of genomics datasets available at the European Nucleotide Archive (ENA, www.ebi.ac.uk/ena). The association of these metadata to the experimental procedures applied for their generation will help the scientific community to access these data and facilitate their analysis. This paper complements other efforts to provide a full description of experiments and open science resources generated from the Tara Oceans project, further extending their value for the study of the world's planktonic ecosystems

Viral to metazoan marine plankton nucleotide sequences from the Tara Oceans expedition

A unique collection of oceanic samples was gathered by the Tara Oceans expeditions (2009-2013), targeting plankton organisms ranging from viruses to metazoans, and providing rich environmental context measurements. Thanks to recent advances in the field of genomics, extensive sequencing has been performed for a deep genomic analysis of this huge collection of samples. A strategy based on different approaches, such as metabarcoding, metagenomics, single-cell genomics and metatranscriptomics, has been chosen for analysis of size-fractionated plankton communities. Here, we provide detailed procedures applied for genomic data generation, from nucleic acids extraction to sequence production, and we describe registries of genomics datasets available at the European Nucleotide Archive (ENA, www.ebi.ac.uk/ena). The association of these metadata to the experimental procedures applied for their generation will help the scientific community to access these data and facilitate their analysis. This paper complements other efforts to provide a full description of experiments and open science resources generated from the Tara Oceans project, further extending their value for the study of the world's planktonic ecosystems.status: publishe

Viral to metazoan marine plankton nucleotide sequences from the Tara Oceans expedition

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