Improved modelling of helium and tritium production for spallation targets

Reliable predictions of light charged particle production in spallation reactions are important to correctly assess gas production in spallation targets. In particular, the helium production yield is important for assessing damage in the window separating the accelerator vacuum from a spallation target, and tritium is a major contributor to the target radioactivity. Up to now, the models available in the MCNPX transport code, including the widely used default option Bertini-Dresner and the INCL4.2-ABLA combination of models, were not able to correctly predict light charged particle yields. The work done recently on both the intranuclear cascade model INCL4, in which cluster emission through a coalescence process has been introduced, and on the de-excitation model ABLA allows correcting these deficiencies. This paper shows that the coalescence emission plays an important role in the tritium and $^3He$ production and that the combination of the newly developed versions of the codes, INCL4.5-ABLA07, now lead to good predictions of both helium and tritium cross sections over a wide incident energy range. Comparisons with other available models are also presented.Comment: 6 pages, 9 figure

Registro de leucismo em Sturnira lilium (E. Geoffroy, 1810) (Chiroptera: Mammalia) no Sul do Brasil

Leucism is the condition in which an individual loses either a particular pigment or all of its pigments. During a study conducted in a semideciduous forest fragment at Herval D’Oeste municipality (southern Brazil), we captured an individual of Sturnira lilium with disproportionate pigmentation. The overall color of the specimen was yellowish with black spots on the wing membranes, black eyes and pink skin. This is the first case of leucism formally reported to the species in Santa Catarina state and the second such report to Brazil.Registro de leucismo em Sturnira lilium (E. Geoffroy, 1810) (Chiroptera: Mammalia) no Sul do Brasil. O leucismo é uma anomalia na qual o indivíduo apresenta a perda de um pigmento em particular, ou de todos os pigmentos. Durante um estudo realizado num fragmento de Mata Estacional Semidecidual no município de Herval D’Oeste (Brasil) foi capturado um indivíduo de Sturnira lilium, com pigmentação desproporcional. A coloração geral do espécime é amarelada, com manchas negras nas membranas das asas, olhos negros e pele rosada. Este é o primeiro caso de leucismo, formalmente relatado, para o estado de Santa Catarina e o segundo registro para o Brasil.

INVENTÁRIO DE MORCEGOS (MAMMALIA, CHIROPTERA) EM REMANESCENTE DE MATA DO MUNICÍPIO DE HEVAL D’ OESTE – SANTA CATARINA, BRASIL

Um fator preocupante no que se diz respeito à fauna de chirópteros no Brasil e no mundo é a preocupação sobre a taxonomia mal elaborada de algumas das mais de 1.100 especies de morcegos que existem no mundo. Este estudo tem como objetivo realizar um inventário das espécies de morcegos que ocorrem num remanescente de mata localizado no município de Herval D’ Oeste, no estado de Santa Catarina. As coletas estão sendo realizadas desde o período de novembro de 2014 e seguirão até novembro de 2015, foram realizadas até o momento sete campanhas totalizando 66 horas amostral sendo o esforço amostral de seis horas por noite, sendo capturados 52 morcegos pertencentes a duas famílias sendo Phyllostomidae e Vespertilionidae, sendo 83% (n = 43) pertencentes à família Phyllostomidae e 17% (n = 9) pertencentes à família Vespertilionidae. Phyllostomidae apresentou maior número de captura em relação aos espécimes, sendo representada por duas espécies, Sturnira lilium 65,38% (n = 34) e Artibeus lituratus 17,3% (n = 9). A família Vespertilionidae foi representada até o momento pelas espécies Eptesicus furinalis com 5,8% (n = 3), Myotis nigricans com 7,7% (n = 4) Myotis riparius com 1,92% (n = 1) e Eptesicus taddei com 1,92% (n = 1)

DÍPTEROS ECTOPARASITAS DE MORCEGOS LOCALIZADOS EM UM FRAGMENTO URBANO DE MATA NO MUNICÍPIO DE JOAÇABA, SC

Os dípteros das famílias Streblidae e Nycteribiidae são ectoparasitas encontrados exclusivamente em morcegos. Neste trabalho teve-se como objetivo identificar espécies de dípteros que ocorrem em morcegos coletados em um fragmento de mata no Município de Joaçaba, Santa Catarina, Brasil. As capturas dos morcegos foram realizadas durante o período de março a maio de 2014, sendo utilizada a metodologia de captura com redes de neblina. Foram capturados 32 espécimes de morcegos, sendo eles pertencentes a seis espécies Sturnira lilium, Artibeus lituratus, Esptesicus furinalis, Myotis riparius, Myotis nigricans e Eptesicus brasiliensis, dos quais 22 apresentaram, pelo menos, uma espécie de dípteros ectoparasitas. Em relação aos dípteros, foram representados por duas famílias, Streblidaee (68%) e Nycteribiidae (32%), todos localizados na região do dorso e/ou ventre do corpo dos morcegos. Megistopoda proxima foi a espécie mais representativa, com 79,41% (N=27), seguida de Trichobius dugesioides dugesioides 5,88% (N=2) e Aspidoptera falcata 5,88% (N=2), todas encontradas exclusivamente em S. lillium. Basilia hughscotti 18,75% (N=3) foi encontrada nas espécies E. furinalis e M. nigricans, porém, até o momento, foram identificadas somente as fêmeas. Paratrichobius longicrus 6,25% (N=1) foi registrado nas espécies de S. lillium e A. lituratus e Praeuctenodes longipes 6,25% (N=1) exclusivamente em A. lituratus. No presente estudo mostrou-se um alto nível de parasitismo de dípteros em morcegos. Os resultados aqui apresentados ressaltam a extrema necessidade de um trabalho em longo prazo na região Oeste do Estado de Santa Catarina, uma vez que pouco se sabe a respeito dessa interação na região.Palavras-chave: Streblidae. Nycteribiidae. Chiroptera.

INCIDÊNCIA DE BACTÉRIAS ENTEROPATOGÊNICAS EM FEZES DE MORCEGOS NO MUNICÍPIO DE JOAÇABA, SC

Morcegos são animais que se adaptam facilmente aos ambientes urbanos. A interação de animais silvestres com humanos é responsável pela crescente incidência de zoonoses, bem como permite a disseminação de patógenos típicos dos humanos e animais domésticos na fauna silvestre. O fluxo de contaminação ocorre pelo contato direto com animais contaminados ou pela transmissão indireta, por meio de vetores invertebrados ou resíduos de fezes. O estudo avaliou a incidência de enterobactérias patogênicas ao homem, isoladas a partir das fezes de morcegos capturados em um fragmento florestal antropizado, no Município de Joaçaba, SC. O período de coleta foi de agosto de 2013 a maio de 2014, totalizando oito meses de esforço amostral. Foram analisadas 23 amostras fecais provenientes de 29 espécimes diferentes de morcegos: Sturnira lilium, Nyctinomops laticaudatus, Molossus molossus, Arthibeus lituratus, Eptesicus brasiliensis, Eptesicus furinalis e Histiotus velatus. As coproculturas foram realizadas empregando três protocolos de isolamento. O primeiro consistiu no isolamento direto a partir das fezes. Estas foram diluídas em 10 mL de água peptonada tamponada e, posteriormente, semeadas em ágar MacConckey. O segundo protocolo consistiu no pré-enriquecimento das fezes em água peptonada tamponada seguido de enriquecimento seletivo em Caldo Muller Kaufmann Tetrationato e isolamento em ágar MacConckey. No terceiro protocolo buscou-se o isolamento de salmonelas móveis empregando o meio semissólido Rappaport Vassiliadis como meio seletivo após o pré-enriquecimento em água peptonada tamponada. A identificação bioquímica foi realizada com kits de identificação bioquímica (EMP/MIO/Lisina/Citrato de Simmons/Rhamnose). De um total de 359 culturas isoladas, 25,35% pertencem ao gênero Citrobacter, sendo este o mais frequente, seguido de Serratia sp. 22,01%, Escherichia coli 13,09%, Klebsiella sp. 11,98%, Providencia sp. 11,98%, Morganella morganii 6,41%, Proteus sp. 4,46%, Enterobacter sp. 2,79%, Yersinia sp. 0,84%, Shigella sp. 0,56%, Salmonella arizonae 0,28%, Salmonella spp. 0,28%. As enterobactérias identificadas no estudo atuam como parte da microbiota intestinal comum de mamíferos, porém são potencialmente patogênicas ao homem, podendo atuar como oportunistas causadoras de infecção, de interesse para a saúde pública.Palavras-chave: Zoonoses. Urbanização. Animais silvestres. Doença Bacter

INCIDÊNCIA DE BACTÉRIAS ENTEROPATOGÊNICAS EM FEZES DE MORCEGOS NO MUNICÍPIO DE JOAÇABA, SC.

Morcegos são animais que se adaptam facilmente em ambientes urbanos. A interação de animais silvestres com humanos é responsável pela crescente incidência de zoonoses, bem como afeta a propagação de patógenos na fauna silvestre. A contaminação ocorre pelo contato direto com animais contaminados ou pela transmissão indireta, através de vetores invertebrados ou animais domésticos. O estudo avalia a incidência de bactérias consideradas patogênicas ao homem, isoladas a partir das fezes de morcegos capturados em um fragmento florestal antropizado, localizado no município de Joaçaba, Santa Catarina. O período de coleta foi de agosto de 2013 a maio de 2014, totalizando oito meses de esforço amostral. Foram analisadas 15 amostras fecais provenientes de 15 espécimes diferentes de morcegos, sendo estas Sturnira lilium, Nyctinomos platicaudatus, Molossus molossus, Arthibeus lituratus, Eptesicus brasiliensis e Histiotus velatus. O método utilizado para o isolamento de enterobactérias foi o de Coprocultura, com a utilização de Ágar MacConckey, sendo identificados seis gêneros e duas espécies da família Enterobacteriaceae por meio de 10 provas bioquímicas. De um total de 171 cepas isoladas, 23,39% pertencem ao gênero Citrobacter, sendo este o mais frequente, seguido de Klebsiella (19,88%), Serratia (19,29%), Escherichia coli (13,45%), Providencia (11,11%), Morganella morganii (8,77%), Proteus (2,33%) e Enterobacter (1,75%). As Enterobactérias identificadas no estudo atuam como parte da microbiota intestinal comum de mamíferos, porém, são potencialmente patogênicas ao homem, podendo atuar como oportunistas causadores de infecção, de interesse para a saúde pública.Palavras-chave: Zoonoses. Urbanização. Animais Silvestres. Doença Bacteriana

Prospective functional classification of all possible missense variants in PPARG.

Clinical exome sequencing routinely identifies missense variants in disease-related genes, but functional characterization is rarely undertaken, leading to diagnostic uncertainty. For example, mutations in PPARG cause Mendelian lipodystrophy and increase risk of type 2 diabetes (T2D). Although approximately 1 in 500 people harbor missense variants in PPARG, most are of unknown consequence. To prospectively characterize PPARγ variants, we used highly parallel oligonucleotide synthesis to construct a library encoding all 9,595 possible single-amino acid substitutions. We developed a pooled functional assay in human macrophages, experimentally evaluated all protein variants, and used the experimental data to train a variant classifier by supervised machine learning. When applied to 55 new missense variants identified in population-based and clinical sequencing, the classifier annotated 6 variants as pathogenic; these were subsequently validated by single-variant assays. Saturation mutagenesis and prospective experimental characterization can support immediate diagnostic interpretation of newly discovered missense variants in disease-related genes.This work was supported by grants from the National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Diseases (1K08DK102877-01, to A.R.M.; 1R01DK097768-01, to D.A.), NIH/Harvard Catalyst (1KL2TR001100-01, to A.R.M.), the Broad Institute (SPARC award, to A.R.M. and T.M.), and the Wellcome Trust (095564, to K.C.; 107064, to D.B.S.).This is the author accepted manuscript. The final version is available from Nature Publishing Group via http://dx.doi.org/10.1038/ng.370

Effects of management objectives and rules on marine conservation outcomes

Understanding the relative effectiveness and enabling conditions of different area-based management tools is essential for supporting efforts that achieve positive biodiversity outcomes as area-based conservation coverage increases to meet newly set international targets. We used data from a coastal social–ecological monitoring program in 6 Indo-Pacific countries to analyze whether social, ecological, and economic objectives and specific management rules (temporal closures, fishing gear-specific, species-specific restrictions) were associated with coral reef fish biomass above sustainable yield levels across different types of area-based management tools (i.e., comparing those designated as marine protected areas [MPAs] with other types of area-based management). All categories of objectives, multiple combinations of rules, and all types of area-based management had some sites that were able to sustain high levels of reef fish biomass—a key measure for coral reef functioning—compared with reference sites with no area-based management. Yet, the same management types also had sites with low biomass. As governments advance their commitments to the Kunming–Montreal Global Biodiversity Framework and the target to conserve 30% of the planet's land and oceans by 2030, we found that although different types of management can be effective, most of the managed areas in our study regions did not meet criteria for effectiveness. These findings underscore the importance of strong management and governance of managed areas and the need to measure the ecological impact of area-based management rather than counting areas because of their designation

Dicer and miRNA in relation to clinicopathological variables in colorectal cancer patients

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Dicer is aberrantly expressed in several types of cancers. Applying real-time PCR, we detected the expression of Dicer mRNA in normal mucosa (n = 162), primary colorectal cancer (CRC) (n = 162) and liver metastasis (n = 37), and analysed the relationship between Dicer expression and clinicopathological features. We also correlated the expression of Dicer mRNA to the miRNA expression of miR-141, miR-200a, miR-200b, mir-200c and miR-429 in liver metastases.</p> <p>Methods</p> <p>RT-PCR and qPCR were used to analyse the Dicer expression in normal mucosa, primary tumour and liver metastasis by using the High Capacity cDNA Reverse Transcription Kit and TaqMan™^®Gene Expression assays for <it>Dicer </it>and <it>GAPDH</it>. RT-PCR and qPCR were used to detect miRNA expression in liver metastases by utilizing TaqMan^®MicroRNA Reverse Transcription Kit and TaqMan^®miRNA Assays. Statistical analyses were performed with STATISTICA.</p> <p>Results</p> <p>Dicer expression in rectal cancer (3.146 ± 0.953) was higher than in colon cancer (2.703 ± 1.204, P = 0.018). Furthermore the Dicer expression was increased in primary tumours (3.146 ± 0.952) in comparison to that in normal mucosa from rectal cancer patients (2.816 ± 1.009, P = 0.034) but this is not evident in colon cancer patients. Dicer expression in liver metastases was decreased in comparison to that of either normal mucosa or primary tumour in both colon and rectal cancers (P < 0.05). Patients with a high Dicer expression in normal mucosa had a worse prognosis compared to those with a low Dicer expression, independently of gender, age, tumour site, stage and differentiation (P < 0.001, RR 3.682, 95% CI 1.749 - 7.750). In liver metastases, Dicer was positively related to miR-141 (R = 0.419, P = 0.015).</p> <p>Conclusion</p> <p>Dicer is up-regulated in the early development of rectal cancers. An increased expression of Dicer mRNA in normal mucosa from CRC patients is significantly related to poor survival independently of gender, age, tumour site, stage and differentiation.</p