31 research outputs found
A fast indirect method to compute functions of genomic relationships concerning genotyped and ungenotyped individuals, for diversity management
Effet de la somatotropine bovine (BST) sur l'efficacite des programmes de selection laitiere
Chantier qualitĂ© spĂ©cifique "Auteurs Externes" dĂ©partement de GĂ©nĂ©tique animale : uniquement liaison auteur au rĂ©fĂ©rentiel HR-AccessNational audienceA free access to bovine somatotropin (BST) in recorded dairy herds would bring some disturbances into dairy breeding schemes. The existing numeric simulation results show that cow selection as well as bull selection would be affected. The overall effect would be a reduction of annual genetic gains and most of all, a misevaluation of the true efficacy of breeding schemes. Optimistic or pessimistic views of the selection scheme would result according to the screening policy for BST treatment. Consequently, correcting the data for a possible treatment is of the utmost importance. Simulations show that to keep some reliability in any circumstance, these corrections should proceed from within animal comparisons between treated and untreated monthly records. Since the relevant methodology does not exist yet and since the accuracy of such corrections is not yet known, the only immediate possibility would be for treated cows to extend part lactations preceding the first BST injection. On the long run, if corrections are not implemented for reasons described within the text, selection work should be concentrated within contracted herds, using intensive reproduction techniques.Lâutilisation libre de lâhormone de croissance bovine (BST) dans les troupeaux au contrĂŽle laitier entraĂźnerait des perturbations dans les programmes de sĂ©lection laitiĂšre. GrĂące aux travaux de simulation numĂ©rique dĂ©jĂ rĂ©alisĂ©s, français et autres, il est montrĂ© que ces perturbations atteindraient non seulement la sĂ©lection des vaches mais aussi la sĂ©lection des taureaux sur descendance. Lâeffet global de ces perturbations serait de diminuer les rythmes de progrĂšs gĂ©nĂ©tique et surtout de fausser lâĂ©valuation de lâefficacitĂ© rĂ©elle du programme de sĂ©lection qui pourrait ĂȘtre optimiste ou pessimiste suivant le systĂšme de choix des vaches traitĂ©es. En consĂ©quence, il serait impĂ©ratif de corriger les donnĂ©es en fonction de lâexistence possible dâun traitement. Les simulations montrent que, pour ĂȘtre fiables, ces corrections devraient ĂȘtre effectuĂ©es par comparaison intra animal des contrĂŽles mensuels traitĂ©s et non traitĂ©s. La mĂ©thodologie correspondante Ă©tant encore Ă mettre au point et la prĂ©cision finale de telles corrections Ă©tant encore inconnue, il est proposĂ© dans un premier temps dâextrapoler Ă une durĂ©e normale les lactations partielles prĂ©cĂ©dant le premier traitement Ă la BST. A long terme, si les corrections nâĂ©taient pas possibles pour les diverses raisons Ă©voquĂ©es dans le texte, il est proposĂ© que la sĂ©lection se fasse sous contrat avec des mĂ©thodes de reproduction intensives
Evaluation génétique des animaux d'élevage
Chantier qualité spécifique "Auteurs Externes" département de Génétique animale : uniquement liaison auteur au référentiel HR-AccessNational audienc
La gestion des populations. IntĂ©rĂȘt possible des biotechnologies de lâembryon pour la sĂ©lection des bovins laitiers
Chantier qualitĂ© spĂ©cifique "Auteurs Externes" dĂ©partement de GĂ©nĂ©tique animale : uniquement liaison auteur au rĂ©fĂ©rentiel HR-AccessNational audienceLes effets possibles dâune utilisation de la transplantation embryonnaire dans les schĂ©mas de sĂ©lection des bovins laitiers sont dĂ©crits. La perspective est Ă©tendue au cas de lâutilisation dâembryons sexĂ©s ou sexĂ©s et clonĂ©s bien que les techniques correspondantes soient encore en cours de dĂ©veloppement. Ces effets sont dĂ©crits en termes de gĂ©nĂ©tique des populations oĂč plusieurs paramĂštres trĂšs diffĂ©rents contribuent Ă lâefficacitĂ© globale des programmes de sĂ©lection. Leur rĂ©sultat net est que la transplantation embryonnaire permet dâaugmenter les progrĂšs gĂ©nĂ©tiques annuels dans une proportion non nĂ©gligeable (de lâordre de 20 %), essentiellement parce quâelle permet dâaccĂ©lĂ©rer la reproduction dans une espĂšce handicapĂ©e Ă cet Ă©gard. Les perspectives offertes par le sexage et clonage apparaissent nettement plus positives que pour le sexage seul, puisque les progrĂšs gĂ©nĂ©tiques augmenteraient encore et parce que lâaccĂšs Ă des embryons femelles trĂšs bien connus dâaprĂšs la performance de leurs clones deviendrait possible Ă l Ă©leveur
L'amélioration génétique en France : le contexte et les acteurs. Les bovins laitiers
National audienceCet article nâa pas pour but de faire une prĂ©sentation exhaustive du secteur bovins laitiers dans lâĂ©conomie nationale, son historique et ses perspectives, mais de tenter de dĂ©gager les points essentiels permettant de mieux comprendre les motivations et prioritĂ©s des recherches effectuĂ©es par les gĂ©nĂ©ticiens quantitatifs concernĂ©s
Gestion optimisée de la parenté et de la consanguinité dans les programmes de sélection des bovins laitiers
National audienceThis paper describes the methodological approach followed for managing genetic variability in selected dairy cattle populations, whenprocreating young bulls (upward step), using service bulls (downward step) and selecting recently progeny-tested bulls (approval step).The objective was to minimize the average pairwise kinship coefficient in the existing population augmented by the individuals to be bornfrom the planned matings, while setting their average genetic level to a pre-defined value. A posteriori full scale tests are carried out onthe Holstein, MontbĂ©liard, Norman breeds. In comparison with the most recent actual matings, the optimization method reduced the averagekinship coefficients by about 20 to 30 % (upward and downward steps), while maintaining the average genetic level to its observedvalue. Optimized approval rejects an important proportion of the bulls already approved and accepts some new bulls, previously dismissed.The potential of using an overall EBV penalized for coancestry was investigated.On dĂ©crit lâapproche adoptĂ©e pour gĂ©rer la variabilitĂ© gĂ©nĂ©tique au moment de la procrĂ©ation des jeunes taureaux, (phase amont), la mise en testage, de lâutilisation des taureaux de service (phase aval) et du choix des taureaux Ă lâissue du testage (phase agrĂ©ment). Lâobjectif est de minimiser la parentĂ© moyenne deux Ă deux dans la population existante augmentĂ©e des produits Ă naĂźtre des accouplements programmĂ©s, tout en fixant le niveau gĂ©nĂ©tique moyen de ceux-ci Ă une valeur souhaitĂ©e. Des tests a posteriori en vraie grandeur sont effectuĂ©s sur les races Holstein, MontbĂ©liarde, Normande. Par rapport aux accouplements effectivement rĂ©alisĂ©s, lâoptimisation permet de rĂ©duire les parentĂ©s moyennes de lâordre de 20 Ă 30 % (phases amont et aval), en gardant le niveau gĂ©nĂ©tique moyen observĂ©. LâagrĂ©ment optimisĂ© rejette une fraction importante des taureaux dĂ©jĂ agrĂ©Ă©s et par contre admet des taureaux qui nâont pas reçu lâagrĂ©ment. On analyse Ă©galement les possibilitĂ©s offertes par lâutilisation dâun index de synthĂšse pĂ©nalisĂ© pour la parentĂ©
Gestion optimisée de la variabilité génétique dans les populations porcines sélectionnées
National audienceTempering the increase of coancestry and inbreeding coefficients in selected populations is made possible through calculation of the optimal contributions allowed for breeding animals, given the current situation with regards to genetic diversity, and furthermore, through optimal distribution of matings. The potential of such an approach was tested by retrospective optimisation on the French Landrace po-pulation in reference to the matings actually carried out during a 21-week test period. The major constraint was that the average overall EBV (Estimated Breeding Value) should be the same as the observed one, in order to not damage short-term genetic gain. Optimising breeding allocations to boars would have led one to decrease coancestry and inbreeding coefficients by about 20 %. This decrease would have even climbed to about 30 %, if replacements and disposals had been optimised after accounting for genetic variability while keeping the same constraint of genetic level identical to the observed one. This last optimisation gave the appropriate information for defining a penalized overall EBV for each individual, combining the current EBV and a penalty proportional to this coancestry with the rest of the population. Weight of coancestry was found to be very high, despite the strong requirement of maintaining the same genetic level for the current overall EBV. These results show the potential value, in the future, of completing each periodical calculation of EBV by optimisations considering genetic variability and of releasing the corresponding information to breeders, in order to enhance maintenance of genetic variability.Il est possible de modĂ©rer lâaccroissement des coefficients de parentĂ© et de consanguinitĂ© dans les populations sĂ©lectionnĂ©es en calculant les taux optimaux dâutilisation des reproducteurs, compte tenu de la diversitĂ© gĂ©nĂ©tique existante, et en optimisant ensuite les accouplements. Les potentialitĂ©s dâune telle approche ont Ă©tĂ© testĂ©es rĂ©trospectivement sur la population Landrace Français en sĂ©lection en comparaison aux saillies rĂ©ellement effectuĂ©es au cours dâune pĂ©riode test de 21 semaines. La contrainte majeure a Ă©tĂ© la conservation du niveau gĂ©nĂ©tique moyen pour lâobjectif global de sĂ©lection de la population, pour ne pas pĂ©naliser le progrĂšs gĂ©nĂ©tique Ă court terme. En optimisant lâutilisation des verrats disponibles durant cette pĂ©riode, il aurait Ă©tĂ© possible de diminuer les coefficients de parentĂ© et de consanguinitĂ© dâenviron 20 %. Cette diminution aurait pu ĂȘtre portĂ©e Ă environ 30 % si en plus on avait optimisĂ© le renouvellement et les rĂ©formes en considĂ©rant la variabilitĂ© gĂ©nĂ©tique, toujours avec la mĂȘme contrainte de niveau gĂ©nĂ©tique inchangĂ© par rapport au rĂ©el. A partir des rĂ©sultats de cette derniĂšre optimisation, il est possible de dĂ©finir pour chaque individu un index synthĂ©tique pĂ©nalisĂ© qui combine lâindex synthĂ©tique actuel et une pĂ©nalitĂ© proportionnelle Ă sa parentĂ© moyenne avec le reste de la population. Le coefficient de pondĂ©ration de la parentĂ© a Ă©tĂ© trouvĂ© trĂšs Ă©levĂ© en dĂ©pit de la clause de conservation des niveaux gĂ©nĂ©tiques pour lâindex synthĂ©tique actuel. Ces rĂ©sultats montrent lâintĂ©rĂȘt quâil y aurait Ă fournir Ă lâavenir, au moment de chaque Ă©valuation gĂ©nĂ©tique, les rĂ©sultats de ces optimisations effectuĂ©es en continu, de maniĂšre Ă promouvoir la prĂ©servation de la variabilitĂ© gĂ©nĂ©tique par les acteurs de la sĂ©lection
Gestion optimisée de la variabilité génétique dans les populations porcines sélectionnées : exemple d'application sur la population collective Landrace français.
National audienc