Tests hidrodinàmics amb el codi multidimensional FLASH

El FLASH és un codi estable i flexible, desenvolupat a la Universitat de Chicago, que permet estudiar diferents fenòmens hidrodinàmics. L'objectiu futur és desenvolupar models multidimensionals centrats en el camp de les noves per a caracteritzar algunes fases complexes del fenomen, però degut a la complexitat del codi (més de 500000 línies de programació en C++ i Fortran90), la realització d'una simulació estel.lar necessita tenir un coneixement bàsic del FLASH. Per tant, l'objectiu d'aquest treball és la realització d'alguns tests numèrics per aprendre'n el funcionament. Però a la vegada, l'objectiu és doble, ja que per utilitzar una eina de treball com el FLASH, necessitem testejar el propi codi i comprovar que és capaç de resoldre correctament diferents problemes hidrodinàmics que ja s'han simulat prèviament. Així, s'han treballat els diferents tests i hem observat que el codi FLASH és eficaç per simular-los correctament i, per tant, podem esperar que serà un bon codi per a les futures simulacions estel.lars. D'altra banda, aquest primer contacte amb el codi ens ha permès familiaritzar-nos amb l'estructura, adquirir destresa en el seu ús i començar a entendre'l, tot deixant per a més endavant l'estudi detallat dels diferents models numèrics implementats en el codi i eines auxiliars de representació gràfica

Tests hidrodinàmics amb el codi multidimensional FLASH

El FLASH és un codi estable i flexible, desenvolupat a la Universitat de Chicago, que permet estudiar diferents fenòmens hidrodinàmics. L'objectiu futur és desenvolupar models multidimensionals centrats en el camp de les noves per a caracteritzar algunes fases complexes del fenomen, però degut a la complexitat del codi (més de 500000 línies de programació en C++ i Fortran90), la realització d'una simulació estel.lar necessita tenir un coneixement bàsic del FLASH. Per tant, l'objectiu d'aquest treball és la realització d'alguns tests numèrics per aprendre'n el funcionament. Però a la vegada, l'objectiu és doble, ja que per utilitzar una eina de treball com el FLASH, necessitem testejar el propi codi i comprovar que és capaç de resoldre correctament diferents problemes hidrodinàmics que ja s'han simulat prèviament. Així, s'han treballat els diferents tests i hem observat que el codi FLASH és eficaç per simular-los correctament i, per tant, podem esperar que serà un bon codi per a les futures simulacions estel.lars. D'altra banda, aquest primer contacte amb el codi ens ha permès familiaritzar-nos amb l'estructura, adquirir destresa en el seu ús i començar a entendre'l, tot deixant per a més endavant l'estudi detallat dels diferents models numèrics implementats en el codi i eines auxiliars de representació gràfica

Rare predicted loss-of-function variants of type I IFN immunity genes are associated with life-threatening COVID-19

BackgroundWe previously reported that impaired type I IFN activity, due to inborn errors of TLR3- and TLR7-dependent type I interferon (IFN) immunity or to autoantibodies against type I IFN, account for 15-20% of cases of life-threatening COVID-19 in unvaccinated patients. Therefore, the determinants of life-threatening COVID-19 remain to be identified in similar to 80% of cases.MethodsWe report here a genome-wide rare variant burden association analysis in 3269 unvaccinated patients with life-threatening COVID-19, and 1373 unvaccinated SARS-CoV-2-infected individuals without pneumonia. Among the 928 patients tested for autoantibodies against type I IFN, a quarter (234) were positive and were excluded.ResultsNo gene reached genome-wide significance. Under a recessive model, the most significant gene with at-risk variants was TLR7, with an OR of 27.68 (95%CI 1.5-528.7, P=1.1x10(-4)) for biochemically loss-of-function (bLOF) variants. We replicated the enrichment in rare predicted LOF (pLOF) variants at 13 influenza susceptibility loci involved in TLR3-dependent type I IFN immunity (OR=3.70[95%CI 1.3-8.2], P=2.1x10(-4)). This enrichment was further strengthened by (1) adding the recently reported TYK2 and TLR7 COVID-19 loci, particularly under a recessive model (OR=19.65[95%CI 2.1-2635.4], P=3.4x10(-3)), and (2) considering as pLOF branchpoint variants with potentially strong impacts on splicing among the 15 loci (OR=4.40[9%CI 2.3-8.4], P=7.7x10(-8)). Finally, the patients with pLOF/bLOF variants at these 15 loci were significantly younger (mean age [SD]=43.3 [20.3] years) than the other patients (56.0 [17.3] years; P=1.68x10(-5)).ConclusionsRare variants of TLR3- and TLR7-dependent type I IFN immunity genes can underlie life-threatening COVID-19, particularly with recessive inheritance, in patients under 60 years old