Prospecting environmental mycobacteria: combined molecular approaches reveal unprecedented diversity

Background: Environmental mycobacteria (EM) include species commonly found in various terrestrial and aquatic environments, encompassing animal and human pathogens in addition to saprophytes. Approximately 150 EM species can be separated into fast and slow growers based on sequence and copy number differences of their 16S rRNA genes. Cultivation methods are not appropriate for diversity studies; few studies have investigated EM diversity in soil despite their importance as potential reservoirs of pathogens and their hypothesized role in masking or blocking M. bovis BCG vaccine. Methods: We report here the development, optimization and validation of molecular assays targeting the 16S rRNA gene to assess diversity and prevalence of fast and slow growing EM in representative soils from semi tropical and temperate areas. New primer sets were designed also to target uniquely slow growing mycobacteria and used with PCR-DGGE, tag-encoded Titanium amplicon pyrosequencing and quantitative PCR. Results: PCR-DGGE and pyrosequencing provided a consensus of EM diversity; for example, a high abundance of pyrosequencing reads and DGGE bands corresponded to M. moriokaense, M. colombiense and M. riyadhense. As expected pyrosequencing provided more comprehensive information; additional prevalent species included M. chlorophenolicum, M. neglectum, M. gordonae, M. aemonae. Prevalence of the total Mycobacterium genus in the soil samples ranged from 2.3×107 to 2.7×108 gene targets g−1; slow growers prevalence from 2.9×105 to 1.2×107 cells g−1. Conclusions: This combined molecular approach enabled an unprecedented qualitative and quantitative assessment of EM across soil samples. Good concordance was found between methods and the bioinformatics analysis was validated by random resampling. Sequences from most pathogenic groups associated with slow growth were identified in extenso in all soils tested with a specific assay, allowing to unmask them from the Mycobacterium whole genus, in which, as minority members, they would have remained undetected

Para que servem os inventários de fauna?

Inventários de fauna acessam diretamente a diversidade de uma localidade, em um determinado espaço e tempo. Os dados primários gerados pelos inventários compõem uma das ferramentas mais importantes na tomada de decisões a respeito do manejo de áreas naturais. Entretanto, vários problemas têm sido observados em diversos níveis relacionados aos inventários de fauna no Brasil e vão desde a formação de recursos humanos até a ausência de padronização, de desenho experimental e de seleção de métodos inadequados. São apresentados estudos de caso com mamíferos, répteis, anfíbios e peixes, nos quais são discutidos problemas como variabilidade temporal e métodos para detecção de fauna terrestre, sugerindo que tanto os inventários quanto os programas de monitoramento devam se estender por prazos maiores e que os inventários devem incluir diferentes metodologias para que os seus objetivos sejam plenamente alcançados.Inventories of fauna directly access the diversity of a locality in a certain period of time. The primary data generated by these inventories comprise one of the most important steps in decisions making regarding the management of natural areas. However, several problems have been observed at different levels related to inventories of fauna in Brazil, and range from the training of humans to the lack of standardization of experimental design and selection of inappropriate methods. We present case studies of mammals, reptiles, amphibians and fishes, where they discussed issues such temporal variability and methods for detection of terrestrial fauna, suggesting that both inventories and monitoring programs should be extended for longer terms and that inventories should include different methodologies to ensure that their goals are fully achieved

Densidade populacional de raposa-do-campo Lycalopex vetulus (Carnivora, Canidae) em \ue1reas de pastagem e campo sujo, Campin\ue1polis, Mato Grosso, Brasil

Diante da crescente descaracterização do Bioma Cerrado em função da expansão da fronteira agropecuária na região central do Brasil, torna-se importante avaliar a capacidade de adaptação das espécies ao ambiente antropizado. Neste sentido, este trabalho foi desenvolvido com o objetivo de estimar e comparar a densidade populacional da raposa-do-campo Lycalopex vetulus (Lund, 1842) em duas áreas com diferentes graus de alteração, pastagem e campo sujo, em Campinápolis, Mato Grosso. Para tanto, no período entre agosto a novembro de 2005, foram efetuados censos noturnos ao longo de transectos lineares, totalizando percursos de 129,8 km na área de campo sujo e 62,08 km na área de pastagem. Estimativas de densidade populacional foram geradas utilizando o programa Distance 5.0, sendo que o modelo e ajuste mais adequados aos dados foram half-normal + hermite. Foram obtidas 23 e 52 detecções de raposas-do-campo nas áreas de campo sujo e pastagem, respectivamente. A densidade populacional de raposa-do-campo na área de pastagem (D=4,28 indivíduos/km²; IC=2,69 - 6,82) foi maior que na área de campo sujo (D=1,21 indivíduos/km²; IC=0,73 - 2,01), fato que deve estar relacionado, principalmente, com a disponibilidade de alimento e redução de potenciais predadores. Por apresentar uma dieta composta principalmente de cupins, especialmente os dos gêneros Syntermes e Cornitermes, a raposa-do-campo encontra na área de pastagem uma base alimentar abundante e estável. Além disto, a simplificação ambiental, em função da implantação de pastagens acaba por reduzir, ou até mesmo eliminar, animais que são potenciais predadores de raposas-do-campo, como Chrysocyon brachyurus (Illiger, 1815), favorecendo o aumento da densidade populacional da espécie neste tipo de ambiente. Por fim, características adaptativas apresentadas pela raposa-do-campo têm permitido que esta espécie sobreviva, inclusive apresentando elevada densidade populacional, em áreas de pastagem utilizadas para a criação de gado, em Campinápolis, Mato Grosso, onde a vegetação original era Cerrado

Theranostic applications of phage display to control leishmaniasis: selection of biomarkers for serodiagnostics, vaccination, and immunotherapy

AbstractPhage display is a high-throughput subtractive proteomic technology used for the generation and screening of large peptide and antibody libraries. It is based on the selection of phage-fused surface-exposed peptides that recognize specific ligands and demonstrate desired functionality for diagnostic and therapeutic purposes. Phage display has provided unmatched tools for controlling viral, bacterial, fungal, and parasitic infections, and allowed identification of new therapeutic targets to treat cancer, metabolic diseases, and other chronic conditions. This review presents recent advancements in serodiagnostics and prevention of leishmaniasis -an important tropical parasitic disease- achieved using phage display for the identification of novel antigens with improved sensitivity and specificity. Our focus is on theranostics of visceral leishmaniasis with the aim to develop biomarker candidates exhibiting both diagnostic and therapeutic potential to fight this important, yet neglected, tropical disease