Hibridização genômica in situ em triticeae: um enfoque metodológico.

bitstream/CNPT-2010/40760/1/p-co270.pd

Distribuição de microssatélites no genoma de leguminosas mediante hibridização in situ fluorescente.

Os microssatélites consistem em unidades de repetição (1 a 5pb) distribuídas em tandem, que podem estar dispersas ao longo dos genomas ou associadas a regiões heterocromáticas. Tais características têm permitido sua utilização na construção de mapas cromossômicos mediante hibridização in situ fluorescente (FISH), auxiliando no entendimento da organização genômica entre espécies proximamente relacionadas. O presente trabalho caracterizou a distribuição de oligonucleotídeos sintéticos (AG)8, (AAG)5, (ACC)5, (CTC)5 e (TGA)6 em Phaseolus vulgaris, P. lunatus, Vigna unguiculata, V. radiata e Glycine max, identificando marcas cromossômicas para a comparação destas leguminosas. Lâminas foram hibridizadas com sondas de oligonucleotídeos e rehibridizadas com DNAr 5S e 45S, provenientes de Lotus japonicus e Arabidopsis thaliana, respectivamente. Em soja, esta análise estendeu-se a uma investigação genômica, a partir de sequências disponibilizadas no banco de dados SoyBase (http://www.soybase.org/), usando o programa BLASTN com os seguintes parâmetros: formato de saída de alinhamentos sem lacunas, matriz de comparação blossum62, valor W padrão, e-value 0.1 ou menor e filtro de baixa complexidade desligado. Os oligonucleotídeos [(AAG)5]10, [(AAC)5]10, [(AG)8]15, [(CTC)5]10 e [(TGA)6]10 foram utilizados como sondas, adotando como ponto de corte valores de identidade de pareamento inferiores a 77%, objetivando caracterizar número, tamanho e localização destas unidades de repetições no genoma. A FISH com oligonucleotídeos evidenciaram marcações pericentroméricas e proximais, embora um padrão de distribuição disperso tenha prevalecido ao longo dos cromossomos das espécies analisadas, com exceção de (AG)8 em soja que não revelou marcações visíveis. O oligonucleotídeo (AAG)5 revelou uma marcação pericentromérica evidente em P. lunatus, tratando-se de um marcador cromossômico para tal espécie. Na hibridização com (ACC)5 notou-se a presença de seis marcações fortes em V. unguiculata, estando uma delas localizada no par cromossômico 10, portador do sítio de DNAr 45S. O microssatélite (TGA)6 revelou uma marcação bem evidente no cromossomo 10 de P. lunatus, identificado pela presença de DNAr 5S. Algumas divergências observadas no padrão de distribuição e na intensidade dos sinais entre os genomas das espécies confirmam a hipótese de que as sequências de DNA repetitivo apresentam uma composição heterogênea. Na análise genômica de soja, foram observados 92, 84, 83, 142 e 103 sítios de repetições para os oligonucleotídeos (AG)8, (AAG)5, (ACC)5, (CTC)5 e (TGA)6, respectivamente, de tamanhos variáveis entre 30 a 454 pb, localizados, principalmente, em regiões de alta a moderada densidade gênica, por vezes associados a genes e elementos transponíveis. Considerando o pequeno tamanho, fica evidente que estas sequências não correspondem aos sítios observados pela FISH, uma vez que esta técnica evidencia apenas sequências com comprimentos acima de 1-3kb. Sugere-se que as marcações localizadas por FISH estejam associadas a regiões de heterocromatina e que sejam constituintes dos mais de 1.000 scaffolds existentes no sequenciamento da soja, não sendo, por essa razão, detectadas pela análise in silico

Crown gall caused by Agrobacterium tumefaciens species complex: a novel nursery disease of Tectona grandis in Brazil.

Made available in DSpace on 2019-04-25T00:44:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Borges2018ArticleCrownGallCausedByAgrobacterium.pdf: 303222 bytes, checksum: 1be290babaac18e7abcd1ed3c612bdc5 (MD5) Previous issue date: 2018bitstream/item/196212/1/Borges2018-Article-CrownGallCausedByAgrobacterium.pd

Plant-pathogen interactions: what is proteomics telling us?

Review article - In this review, we highlight the proteins expressed during plant-virus, plant-bacterium, plant-fungus and plant-nematode interactions reported in proteomic studies, and discuss these findings considering the advantages and limitations of current proteomic tools

Infecção congênita pelo citomegalovírus em unidade neonatal de alto risco de um hospital universitário no Brasil: prevalência avaliada pela PCR e associação com alguns aspectos perinatais

Cytomegalovirus (CMV) infection is the most common congenital infection, affecting 0.4% to 2.3% newborns. Most of them are asymptomatic at birth, but later 10% develop handicaps, mainly neurological disturbances. Our aim was to determine the prevalence of CMV shed in urine of newborns from a neonatal intensive care unit using the polymerase chain reaction (PCR) and correlate positive cases to some perinatal aspects. Urine samples obtained at first week of life were processed according to a PCR protocol. Perinatal data were collected retrospectively from medical records. Twenty of the 292 cases (6.8%) were CMV-DNA positive. There was no statistical difference between newborns with and without CMV congenital infection concerning birth weight (p=0.11), gestational age (p=0.11), Apgar scores in the first and fifth minutes of life (p=0.99 and 0.16), mother's age (p=0.67) and gestational history. Moreover, CMV congenital infection was neither related to gender (p=0.55) nor to low weight (A citomegalovirose é das infecções congênitas mais prevalentes, acometendo de 0,4% a 2,3% dos nascidos vivos. A maioria dos recém-nascidos (RN) infectados é assintomática, mas até 10% desenvolvem seqüelas variadas, principalmente neurossensoriais. Objetivamos determinar a prevalência do CMV na urina de RN através da PCR, correlacionando-a a alguns achados perinatais. Analisamos amostras de urina colhidas na 1ª semana de vida de 292 RN do HC-UFMG, todos internados na unidade neonatal de alto risco. DNA viral foi amplificado segundo protocolo de PCR. Os dados perinatais foram colhidos retrospectivamente de registros médicos. Na população estudada, 20 dos 292 casos (6,8%) mostraram positividade para o DNA-CMV. Não houve diferença estatisticamente significante entre os RN com e os sem infecção congênita pelo CMV quanto a peso ao nascer (p=0,11), idade gestacional (p=0,11), índice de Apgar no 1º e 5º minutos (p=0,99 e 0,16), idade da mãe (p=0,67) e história gestacional materna. Também não se observou associação da infecção congênita pelo CMV com baixo peso ao nascer (p=0,13) ou sexo do RN (p=0,55). A alta prevalência da infecção congênita neste estudo (6,8%) pode ser devida à elevada sensibilidade da PCR, ao baixo nível sócio-econômico da população estudada ou às características clínicas mais graves desses RN