Etudes des assemblages biomoléculaires par RMN

L’étude des assemblages biomoléculaires de grande taille a été initiée au cours de la thèse de R. Sounier (bourse ministère de la recherche) dont j’ai assuré la formation et la co-direction depuis octobre 2004 avec Dr. Jean-Pierre Simorre (IBS, Grenoble). Deux premiers articles issusde ce travail ont déjà été publiés (Sounier et al. 2007; Schanda et al. 2007) et deux autres, avec R. Sounier en premier auteur, sont actuellement en préparation. Ces travaux ont débouché sur l’étude RMN hors d’équilibre de NanoMachines hyperthermophiles de plusieurs centaines de kDa. Ce dernier projet a été confié au Dr. C Amero qui a rejoint l’équipe en juin 2008, pour être formé sous ma direction à la RMN des assemblages supramoléculaires.J’ai également encadré, plusieurs étudiants en Master de Biologie de l’UJF. Ils ont été impliqués dans la mise au point de protocoles de protonation spécifique des méthyles des isoleucines pour K. Treche (2005) et des alanines pour N. Usé (2007). Deux étudiants en Masters de Physique ont été impliqués dans les développements pour l’attribution des ponts disulfures pour A. Sollier (1999) et M Falges (2006) pour la mesure rapide de RDC 1H-1H. Plus récemment, j’ai également formé J. Retel, un étudiant hollandais effectuant son stage de Master Life Science & Technology (programme commun des universités de Leiden et de Delft, NL 2007). Son travail de stage consiste à généraliser les outils développés lors de la thèse de Remy Sounier. Cette implication dans la formation des étudiants de Master a été validée par quatre articles dans lesquels les étudiants de Master sont co-auteurs (Boisbouvier et al. 2000; Scanda et al. 2007; Ayala et al., in press; Sounier et al., en préparation) et vient compléter l’expérienced’enseignement en Licence et Agrégation que j’ai acquise pendant deux ans de monitorat

Mazières-en-Mauges – Le Bourg

En octobre 1992, un projet d’enfouissement du réseau électrique aérien de 20 kw, dans le bourg, a nécessité une opération de surveillance et d’étude archéologique. Cette opération a été financée par EDF-GDF, Service Anjou. De nombreuses observations et découvertes ont été réalisées à cette occasion, notamment des dépôts archéologiques denses et très variés, principalement aux abords de l’église. Il s’agit de : structures de bâtiments (mur et sol de chaux) liées probablement à l’un des édifice..

Villevêque – Zac de l’Océane (phase 1)

À la suite de l’étude d’impact, un diagnostic archéologique a été réalisé afin d’évaluer les contraintes de la zone. Une première opération s’est déroulée sur 12 ha. Elle n’a livré que quelques structures (fosses), dont le remplissage contenait du mobilier céramique médiéval et quelques restes osseux d’animaux. En surface, quelques objets gallo-romains (tegulae) pourraient indiquer la présence d’un site à proximité, ce qui amène à rester vigilants pour la réalisation de la seconde phase du di..

Vernoil-le-Fourrier – Le Bourg

La restructuration d’une zone d’habitats délabrés dans le centre bourg de Vernoil-le-Fourrier, a conduit le Service régional de l’archéologie à demander à la Commune de réaliser un diagnostic archéologique préventif, après la phase de démolition et avant toute élaboration précise d’un projet de lotissement. Les services départementaux de l’Inventaire et ceux de Géologie et des Cavités souterraines ont, sur sollicitation de la Commune, réalisé, en collaboration avec le Service régional de l’ar..

Induced folding in RNA recognition by Arabidopsis thaliana DCL1

DCL1 is the ribonuclease that carries out miRNA biogenesis in plants. The enzyme has two tandem double stranded RNA binding domains (dsRBDs) in its C-terminus. Here we show that the first of these domains binds precursor RNA fragments when isolated and cooperates with the second domain in the recognition of substrate RNA. Remarkably, despite showing RNA binding activity, this domain is intrinsically disordered. We found that it acquires a folded conformation when bound to its substrate, being the first report of a complete dsRBD folding upon binding. The free unfolded form shows tendency to adopt folded conformations, and goes through an unfolded bound state prior to the folding event. The significance of these results is discussed by comparison with the behavior of other dsRBDs.Fil: Suarez, Irina Paula. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario; ArgentinaFil: Burdisso, Paula. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario; ArgentinaFil: Benoit Matthieu P. M. H.. Institut de Biologie Structurale Jean Pierre Ebel; FranciaFil: Boisbouvier, Jerome. Institut de Biologie Structurale Jean Pierre Ebel; FranciaFil: Rasia, Rodolfo Maximiliano. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario; Argentin

Chênehutte-Trèves-Cunault – L’Île Gauthier, La Loire

G. Boisbouvier a profité des basses eaux de la Loire pour effectuer des relevés d’une structure immergée, reliant l’île Gauthier à la rive gauche de la Loire. Les dégagements ponctuels ont permis de préciser l’appartenance de ces vestiges à un ouvrage de franchissement, dont la datation n’est pas encore connue

Saint-Sylvain-d’Anjou – La Haie Joulain

Des travaux de curage de la douve de l’ancienne maison forte à la Haie-Joulain (xive-xve s.) ont permis de réaliser une coupe stratigraphique dans laquelle s’observaient les vestiges d’un mur. L’inorganisation de cette structure laisse plutôt penser à une zone d’épandage de matériaux de démolition, en association avec la destruction de la maison forte, déjà entièrement ruinée au début du xixe s

Upright patient positioning for gantry-free breast radiotherapy: feasibility tests using a robotic chair and specialised bras

For external beam radiotherapy using photons or particles, upright patient positioning on a rotating, robotic chair (a gantry-less system) could offer substantial cost savings. In this study, we considered the feasibility of upright breast radiotherapy using a robotic radiotherapy chair, for (i) a cohort of 9 patients who received conventional supine radiotherapy using photons for a diagnosis of primary breast cancer, plus (ii) 7 healthy volunteers, selected to have relatively large bra cup sizes. We studied: overall body positioning, arm positioning, beam access, breast reproducibility, and comfort. Amongst the healthy volunteer cohort, the impact of specialised radiotherapy bras upon inframammary skinfolds (ISF) was also determined, for upright treatment positions. In conclusion, upright body positioning for breast radiotherapy appears to be comfortable and feasible. Of the 9 patients who received conventional, supine radiotherapy (mean age 63.5 years, maximum age 90 years), 7 reported that they preferred upright positioning. Radiotherapy bras were effective in reducing/eliminating ISF for upright body positions, including for very large breasted volunteers. For upright proton radiotherapy to the breast, beam access should be straightforward, even for arms-down treatments, as en-face field directions are typically used. For photon radiotherapy, additional research is now required to investigate beam paths and whether, for certain patients, additional immobilisation will be required to keep the contralateral breast free from exposure. Future research should also investigate arm supports custom-designed for upright radiotherapy

Etudes biophysiques de l'interaction entre la protéine humaine TRBP et un précurseur de microARN oncogène

Les microARNs sont une classe de petits ARNs non codants qui régulent l'expression des gènes via un mecanisme d'interference par ARN. Les microARNs humains sont produits par une série de réactions enzymatiques. En particulier, dans le cytoplasme le precurseur de miRNA (pre-miRNA) est reconnu et clivé par un complexe contenant l'enzyme RNAse III Dicer et plusieurs cofacteurs protéiques. La proteine TRBP (HIV TAR RNA binding protein) est l'un de ces cofacteurs et augmente la stabilité du complexe, influe sur la cinétique, la position du clivage et a role potentiel dans la reconnaissance du substrat et dans le transfet du produit vers le complexe RISC (RNA-induced silencing complex) effecteur de l'interference par ARN. TRBP est composé de 3 domaines de liaison aux ARN doubles brin (dsRBDs). La région d'interaction de TRBP avec les ARNs est composé des deux premiers dsRBDs liés par une région interdomaine non charactérizée. La présente étude rapporte la caractérisation biophysique in vitro de la région d'interaction avec les ARNs de TRBP dans l'état apo de TRBP ou dans l'état lié avec les deux precurseurs cytoplasmique successifs du microARN oncogène miR-155 comprenant la tige boucle pre-miR-155 et le duplex miR-155/miR-155* résultat du clivage de pre-miR-155 par Dicer. L'étude montre que la région d'intéraction de TRBP avec les ARNs est monomerique, est composée de deux dsRBDs independants en solution et que la région interdomaine de 60 résidus est flexible. Le premier dsRBD, non caractérisé précédement en solution est le siège d'un equilibre plié/déplié integral dans une grande gamme de conditions physico-chimiques. Les deux premiers dsRBDs de TRBP peuvent interagir avec un même precurseur de microARN et deux régions d'interaction de TRBP avec les ARNs peuvent interagir avec un même precuseur. La région d'interaction de TRBP avec les ARNs interagit avec pre-miR-155 et le duplex miR-155/miR-155* avec des affinités très similaires. Dans le complexe avec une région d'interaction de TRBP avec les ARN liée à pre-miR-155 ou au duplexe miR-155/miR-155*, aucune indice de contact entre les deux dsRBDs n'a été detecté et la protéine interagit avec les deux precurseurs par la même surface d'interaction. Les informations récoltées suggèrent que TRBP peut jouer un rôle avant et après le clivage des pre-miARN par Dicer, notamment dans le complexe de chargement de RISC.MicroRNAs (miRNA) are a class of small non-coding RNAs that regulate gene expression through RNA interference (RNAi). Human miRNAs are generated via a series of enzymatic processing steps. In particular, in the cytoplasm, the precursor miRNA (pre-miRNA) is recognized and cleaved by a complex containing the RNase III enzyme Dicer and several non-catalytic accessory proteins. HIV TAR element-binding protein (TRBP) is a constituent of the Dicer complex, which augments complex stability, has effect on the cleavage kinetics and on the cleavage site and potentially functions in substrate recognition and product transfer to the RNA-induced silencing complex (RISC). TRBP is composed of three double stranded RNA binding domains (dsRBDs). The RNA binding region of TRBP is composed of the first two dsRBDs and an uncharacterized interdomain region. The present study reports the in vitro biophysical characterization of the RNA binding region of TRBP in the apo state and in the RNA bound state with the two successive cytoplasmic precursors of the oncogenic human microRNA miR-155, the hairpin pre-miR-155 and the related Dicer product miR-155/miR-155* duplex. The study shows that the RNA binding region of TRBP is monomeric and comprises two independent double-stranded RNA-binding domains connected by a 60 residues flexible linker. The first dsRBD, uncharacterized previously in solution, undergoes a full folding/unfolding equilibrium in a wide range of physico-chemical conditions. The two first dsRBDs of TRBP can interact with one microRNA precursor and two RNA binding regions can interact with one precursor molecule. The RNA-binding region of TRBP interacts with both pre-miR-155 and miR-155/miR-155* duplex with similar affinities. In the complex with one RNA binding region of TRBP bound to either pre-miR-155 or miR-155/miR-155* duplex, no evidence of contact between the two dsRBDs were observed and the protein interacts with both precursors via the same protein binding surface. The data presented here suggest that the RNA binding region of TRBP can play a role before and after processing of pre-miRNAs by Dicer, including in the RISC loading complex.SAVOIE-SCD - Bib.électronique (730659901) / SudocGRENOBLE1/INP-Bib.électronique (384210012) / SudocGRENOBLE2/3-Bib.électronique (384219901) / SudocSudocFranceF

Sensitive proton-detected solid-state NMR spectroscopy of large proteins with selective CH3 labelling: application to the 50S ribosome subunit

International audienceSolid-state NMR spectroscopy allows the characterization of structure, interactions and dynamics of insoluble and/or very large proteins. Sensitivity and resolution are often major challenges for obtaining atomic-resolution information, in particular for very large protein complexes. Here we show that the use of deuterated, specifically CH3-labelled proteins result in significant sensitivity gains compared to previously employed CHD2 labelling, while line widths only marginally increase. We apply this labelling strategy to a 468 kDa-large dodecameric aminopeptidase, TET2, and the 1.6 MDa-large 50S ribosome subunit of Thermus thermophilus