HERC6 is the main E3 ligase for global ISG15 conjugation in mouse cells

Type I interferon (IFN) stimulates expression and conjugation of the ubiquitin-like modifier IFN-stimulated gene 15 (ISG15), thereby restricting replication of a wide variety of viruses. Conjugation of ISG15 is critical for its antiviral activity in mice. HECT domain and RCC1-like domain containing protein 5 (HerC5) mediates global ISGylation in human cells, whereas its closest relative, HerC6, does not. So far, the requirement of HerC5 for ISG15-mediated antiviral activity has remained unclear. One of the main obstacles to address this issue has been that no HerC5 homologue exists in mice, hampering the generation of a good knock-out model. However, mice do express a homologue of HerC6 that, in contrast to human HerC6, can mediate ISGylation. Here we report that the mouse HerC6 N-terminal RCC1-like domain (RLD) allows ISG15 conjugation when replacing the corresponding domain in the human HerC6 homologue. In addition, sequences in the C-terminal HECT domain of mouse HerC6 also appear to facilitate efficient ISGylation. Mouse HerC6 paralleled human HerC5 in localization and IFN-inducibility. Moreover, HerC6 knock-down in mouse cells abolished global ISGylation, whereas its over expression enhanced the IFNβ promoter and conferred antiviral activity against vesicular stomatitis virus and Newcastle disease virus. Together these data indicate that HerC6 is likely the functional counterpart of human HerC5 in mouse cells, suggesting that HerC6-/-mice may provide a feasible model to study the role of human HerC5 in antiviral responses

A collaboratively derived international research agenda on legislative science advice

© 2019, The Author(s). The quantity and complexity of scientific and technological information provided to policymakers have been on the rise for decades. Yet little is known about how to provide science advice to legislatures, even though scientific information is widely acknowledged as valuable for decision-making in many policy domains. We asked academics, science advisers, and policymakers from both developed and developing nations to identify, review and refine, and then rank the most pressing research questions on legislative science advice (LSA). Experts generally agree that the state of evidence is poor, especially regarding developing and lower-middle income countries. Many fundamental questions about science advice processes remain unanswered and are of great interest: whether legislative use of scientific evidence improves the implementation and outcome of social programs and policies; under what conditions legislators and staff seek out scientific information or use what is presented to them; and how different communication channels affect informational trust and use. Environment and health are the highest priority policy domains for the field. The context-specific nature of many of the submitted questions—whether to policy issues, institutions, or locations—suggests one of the significant challenges is aggregating generalizable evidence on LSA practices. Understanding these research needs represents a first step in advancing a global agenda for LSA research

Reservoirs and vectors of emerging viruses

Wildlife, especially mammals and birds, are hosts to an enormous number of viruses, most of which we have absolutely no knowledge about even though we know these viruses circulate readily in their specific niches. More often than not, these viruses are silent or asymptomatic in their natural hosts. In some instances, they can infect other species, and in rare cases, this cross-species transmission might lead to human infection. There are also instances where we know the reservoir hosts of zoonotic viruses that can and do infect humans. Studies of these animal hosts, the reservoirs of the viruses, provide us with the knowledge of the types of virus circulating in wildlife species, their incidence, pathogenicity for their host, and in some instances, the potential for transmission to other hosts. This paper describes examples of some of the viruses that have been detected in wildlife, and the reservoir hosts from which they have been detected. It also briefly explores the spread of arthropod-borne viruses and their diseases through the movement and establishment of vectors in new habitats

Op naar precisielandbouw 2.0 : eindrapport PPS PL2.0 2015-2019 topsectorproject AF-14275

De publiek private samenwerking (PPS) ‘Op naar precisielandbouw 2.0’ (PL2.0) is een R&D project van de topsector AgriFood. Het project is gestart in 2015 met doorlooptijd van 4 jaar. Voor u ligt het eindrapport. In deze PPS werkten ruim 20 private bedrijven en organisaties, publieke kennisinstellingen en overheden samen aan strategische onderwerpen binnen precisielandbouw. Het project omvatte 13 deelprojecten verdeeld over vijf specifieke R&D thema’s, te weten slim satellietbeeldengebruik, sensorontwikkeling (ziektedetectie), slimme integratie van technologieën in toepassingen, perceelkarakteristieken voor schatten van opbrengstpotentie en ondersteunende ICT, en een generiek thema communicatie en kennisverspreiding.Met betrekking tot het thema satellietbeeldengebruik is uitgezocht hoe optische satellietbeelden in combinatie met radarbeelden of beelden verkregen via drone-camera’s beter gebruikt kunnen worden om de variatie en status van de bovengrondse hoeveelheid biomassa van gewassen in kaart te brengen en opbrengsten te voorspellen. Op het gebied van ziektedetectie is door middel van sensor fusion en artificial intelligence de detectie van virus- en bacterieziekten in aardappelplanten verbeterd. En werd een prototype sensorsysteem voor veldonderzoek ontwikkeld. Door slimme integratie van data, adviesmodellen en mechanisatie zijn er enkele variabel-doseertoepassingen ontwikkeld en gevalideerd. Het gaat hier om variabel doseren van Stikstof en herbiciden binnen teelten d.m.v. taakkaarten. In het verlengde hiervan is ook een ontwerp geleverd en als prototype gevalideerd voor een innovatieve beddenspuit in bloembollenteelt. Op grond van perceelkarakteristieken en ondersteunende ICT zijn inzichten en tools voor het inschatten van opbrengst(potentie) geleverd en wordt een doorkijk gegeven naar software voor verbeterde rijpadenplanning en perceelinformatie. De inzet op communicatie en kennisdeling heeft ca. 100 publicaties en presentaties in 4 jaar tijd opgeleverd. Voor meer details over resultaten wordt naar de rapportage met samenvatting per deelproject verwezen in de hoofdstukken 2 tot en met 7.Het grote succes van PL2.0 ligt vooral bij ruime aandacht voor integratie van componenten van precisielandbouwtoepassingen en de doorstroming daarvan naar de praktijk en onderwijs.Geconcludeerd mag worden dat PL2.0 een bijdrage leverde aan gewasmonitoringtoepassingen en diverse variabel-doseertoepassingen (variable rate applications, VRA). Die VRA-toepassingen zien we nu op de agenda in het in 2018 gestarte precisielandbouw-adoptie project ‘Nationale Proeftuin Precisielandbouw’ (NPPL). Meerdere bedrijven passen taakkaarten variabel doseren op een resolutie van 30-50 m2 op praktijkschaal toe en besparen zo’n 20 -30% op gewasbeschermingsmiddelen met behoud van goede werking. De basis hiervoor is een bodem- of gewaskaart die de relevante variatie binnen de bodem of gewas in kaart brengt. Ook zijn er via PL2.0 mooie resultaten met optimalisatie van plantdichtheid en vermindering van meststoffengebruik via deze kaarten. Doorstroming van kennis naar het groene onderwijs werd gerealiseerd via PL2.0 en een versterkend WURKS-traject. Negen lesmodules over gebruik software en inzet taakkaarten in precisielandbouw werden opgeleverd. Precisielandbouw is geen doel op zich, maar een manier om de duurzaamheid van landbouw te vergroten. Met PL2.0 toepassingen kan meer met minder en beter geproduceerd worden. De trend van precisielandbouw c.q. data-gedreven landbouw of smart farming, zal zich alleen maar doorzetten. Er zal gewerkt gaan worden met meer en hoog-resolutie data, complexere adviesmodellen en meer robotisering. Daarmee zullen de doelen van kringlooplandbouw beter en sneller gerealiseerd kunnen worden

Op naar precisielandbouw 2.0 : eindrapport PPS PL2.0 2015-2019 topsectorproject AF-14275

De publiek private samenwerking (PPS) ‘Op naar precisielandbouw 2.0’ (PL2.0) is een R&D project van de topsector AgriFood. Het project is gestart in 2015 met doorlooptijd van 4 jaar. Voor u ligt het eindrapport. In deze PPS werkten ruim 20 private bedrijven en organisaties, publieke kennisinstellingen en overheden samen aan strategische onderwerpen binnen precisielandbouw. Het project omvatte 13 deelprojecten verdeeld over vijf specifieke R&D thema’s, te weten slim satellietbeeldengebruik, sensorontwikkeling (ziektedetectie), slimme integratie van technologieën in toepassingen, perceelkarakteristieken voor schatten van opbrengstpotentie en ondersteunende ICT, en een generiek thema communicatie en kennisverspreiding.Met betrekking tot het thema satellietbeeldengebruik is uitgezocht hoe optische satellietbeelden in combinatie met radarbeelden of beelden verkregen via drone-camera’s beter gebruikt kunnen worden om de variatie en status van de bovengrondse hoeveelheid biomassa van gewassen in kaart te brengen en opbrengsten te voorspellen. Op het gebied van ziektedetectie is door middel van sensor fusion en artificial intelligence de detectie van virus- en bacterieziekten in aardappelplanten verbeterd. En werd een prototype sensorsysteem voor veldonderzoek ontwikkeld. Door slimme integratie van data, adviesmodellen en mechanisatie zijn er enkele variabel-doseertoepassingen ontwikkeld en gevalideerd. Het gaat hier om variabel doseren van Stikstof en herbiciden binnen teelten d.m.v. taakkaarten. In het verlengde hiervan is ook een ontwerp geleverd en als prototype gevalideerd voor een innovatieve beddenspuit in bloembollenteelt. Op grond van perceelkarakteristieken en ondersteunende ICT zijn inzichten en tools voor het inschatten van opbrengst(potentie) geleverd en wordt een doorkijk gegeven naar software voor verbeterde rijpadenplanning en perceelinformatie. De inzet op communicatie en kennisdeling heeft ca. 100 publicaties en presentaties in 4 jaar tijd opgeleverd. Voor meer details over resultaten wordt naar de rapportage met samenvatting per deelproject verwezen in de hoofdstukken 2 tot en met 7.Het grote succes van PL2.0 ligt vooral bij ruime aandacht voor integratie van componenten van precisielandbouwtoepassingen en de doorstroming daarvan naar de praktijk en onderwijs.Geconcludeerd mag worden dat PL2.0 een bijdrage leverde aan gewasmonitoringtoepassingen en diverse variabel-doseertoepassingen (variable rate applications, VRA). Die VRA-toepassingen zien we nu op de agenda in het in 2018 gestarte precisielandbouw-adoptie project ‘Nationale Proeftuin Precisielandbouw’ (NPPL). Meerdere bedrijven passen taakkaarten variabel doseren op een resolutie van 30-50 m2 op praktijkschaal toe en besparen zo’n 20 -30% op gewasbeschermingsmiddelen met behoud van goede werking. De basis hiervoor is een bodem- of gewaskaart die de relevante variatie binnen de bodem of gewas in kaart brengt. Ook zijn er via PL2.0 mooie resultaten met optimalisatie van plantdichtheid en vermindering van meststoffengebruik via deze kaarten. Doorstroming van kennis naar het groene onderwijs werd gerealiseerd via PL2.0 en een versterkend WURKS-traject. Negen lesmodules over gebruik software en inzet taakkaarten in precisielandbouw werden opgeleverd. Precisielandbouw is geen doel op zich, maar een manier om de duurzaamheid van landbouw te vergroten. Met PL2.0 toepassingen kan meer met minder en beter geproduceerd worden. De trend van precisielandbouw c.q. data-gedreven landbouw of smart farming, zal zich alleen maar doorzetten. Er zal gewerkt gaan worden met meer en hoog-resolutie data, complexere adviesmodellen en meer robotisering. Daarmee zullen de doelen van kringlooplandbouw beter en sneller gerealiseerd kunnen worden

Genomics and outbreak investigation: from sequence to consequence

Outbreaks of infection can be devastating for individuals and societies. In this review, we examine the applications of new high-throughput sequencing approaches to the identification and characterization of outbreaks, focusing on the application of whole-genome sequencing (WGS) to outbreaks of bacterial infection. We describe traditional epidemiological analysis and show how WGS can be informative at multiple steps in outbreak investigation, as evidenced by many recent studies. We conclude that high-throughput sequencing approaches can make a significant contribution to the investigation of outbreaks of bacterial infection and that the integration of WGS with epidemiological investigation, diagnostic assays and antimicrobial susceptibility testing will precipitate radical changes in clinical microbiology and infectious disease epidemiology in the near future. However, several challenges remain before WGS can be routinely used in outbreak investigation and clinical practice