Lévy patterns in seabirds are multifaceted describing both spatial and temporal patterning

BACKGROUND: The flight patterns of albatrosses and shearwaters have become a touchstone for much of Lévy flight research, spawning an extensive field of enquiry. There is now compelling evidence that the flight patterns of these seabirds would have been appreciated by Paul Lévy, the mathematician after whom Lévy flights are named. Here we show that Lévy patterns (here taken to mean spatial or temporal patterns characterized by distributions with power-law tails) are, in fact, multifaceted in shearwaters being evident in both spatial and temporal patterns of activity. RESULTS: We tested for Lévy patterns in the at-sea behaviours of two species of shearwater breeding in the North Atlantic Ocean (Calonectris borealis) and the Mediterranean sea (C. diomedea) during their incubating and chick-provisioning periods. We found that distributions of flight durations, on/in water durations and inter-dive time-intervals have power-law tails and so bear the hallmarks of Lévy patterns. CONCLUSIONS: The occurrence of these statistical laws is remarkable given that bird behaviours are strongly shaped by an individual’s motivational state and by complex environmental interactions. Our observations could take Lévy patterns as models of animal behaviour to a new level by going beyond the characterisation of spatial movements to characterise how different behaviours are interwoven throughout daily animal life

Fine-Mapping the Genetic Association of the Major Histocompatibility Complex in Multiple Sclerosis: HLA and Non-HLA Effects

Janna Saarela on työryhmien jäsen.Peer reviewe

A systems biology approach uncovers cell-specific gene regulatory effects of genetic associations in multiple sclerosis

Genome-wide association studies (GWAS) have identified more than 50,000 unique associations with common human traits. While this represents a substantial step forward, establishing the biology underlying these associations has proven extremely difficult. Even determining which cell types and which particular gene(s) are relevant continues to be a challenge. Here, we conduct a cell-specific pathway analysis of the latest GWAS in multiple sclerosis (MS), which had analyzed a total of 47,351 cases and 68,284 healthy controls and found more than 200 non-MHC genome-wide associations. Our analysis identifies pan immune cell as well as cell-specific susceptibility genes in T cells, B cells and monocytes. Finally, genotype-level data from 2,370 patients and 412 controls is used to compute intra-individual and cell-specific susceptibility pathways that offer a biological interpretation of the individual genetic risk to MS. This approach could be adopted in any other complex trait for which genome-wide data is available

A histone acetylome-wide association study of Alzheimer’s disease identifies disease-associated H3K27ac differences in the entorhinal cortex

We quantified genome-wide patterns of lysine H3K27 acetylation (H3K27ac) in entorhinal cortex samples from Alzheimer’s disease (AD) cases and matched controls using chromatin immunoprecipitation and highly parallel sequencing. We observed widespread acetylomic variation associated with AD neuropathology, identifying 4,162 differential peaks (false discovery rate < 0.05) between AD cases and controls. Differentially acetylated peaks were enriched in disease-related biological pathways and included regions annotated to genes involved in the progression of amyloid-β and tau pathology (for example, APP, PSEN1, PSEN2, and MAPT), as well as regions containing variants associated with sporadic late-onset AD. Partitioned heritability analysis highlighted a highly significant enrichment of AD risk variants in entorhinal cortex H3K27ac peak regions. AD-associated variable H3K27ac was associated with transcriptional variation at proximal genes including CR1, GPR22, KMO, PIM3, PSEN1, and RGCC. In addition to identifying molecular pathways associated with AD neuropathology, we present a framework for genome-wide studies of histone modifications in complex disease

Meta-analysis of shared genetic architecture across ten pediatric autoimmune diseases

Genome-wide association studies (GWASs) have identified hundreds of susceptibility genes, including shared associations across clinically distinct autoimmune diseases. We performed an inverse χ(2) meta-analysis across ten pediatric-age-of-onset autoimmune diseases (pAIDs) in a case-control study including more than 6,035 cases and 10,718 shared population-based controls. We identified 27 genome-wide significant loci associated with one or more pAIDs, mapping to in silico-replicated autoimmune-associated genes (including IL2RA) and new candidate loci with established immunoregulatory functions such as ADGRL2, TENM3, ANKRD30A, ADCY7 and CD40LG. The pAID-associated single-nucleotide polymorphisms (SNPs) were functionally enriched for deoxyribonuclease (DNase)-hypersensitivity sites, expression quantitative trait loci (eQTLs), microRNA (miRNA)-binding sites and coding variants. We also identified biologically correlated, pAID-associated candidate gene sets on the basis of immune cell expression profiling and found evidence of genetic sharing. Network and protein-interaction analyses demonstrated converging roles for the signaling pathways of type 1, 2 and 17 helper T cells (TH1, TH2 and TH17), JAK-STAT, interferon and interleukin in multiple autoimmune diseases

Genetic variants linked to education predict longevity

Educational attainment is associated with many health outcomes, including longevity. It is also known to be substantially heritable. Here, we used data from three large genetic epidemiology cohort studies (Generation Scotland, n = ∼17,000; UK Biobank, n = ∼115,000; and the Estonian Biobank, n = ∼6,000) to test whether education-linked genetic variants can predict lifespan length. We did so by using cohort members’ polygenic profile score for education to predict their parents’ longevity. Across the three cohorts, meta-analysis showed that a 1 SD higher polygenic education score was associated with ∼2.7% lower mortality risk for both mothers (total ndeaths = 79,702) and ∼2.4% lower risk for fathers (total ndeaths = 97,630). On average, the parents of offspring in the upper third of the polygenic score distribution lived 0.55 y longer compared with those of offspring in the lower third. Overall, these results indicate that the genetic contributions to educational attainment are useful in the prediction of human longevity.</p

BAAC rapport 05.237

Het onderzoeks- en adviesbureau voor Bouwhistorie, Archeologie, Architectuurhistorie en Cultuurhistorie (BAAC bv) heeft een inventariserend veldonderzoek (karterende fase) uitgevoerd op een circa 1.5 hectare groot terrein ten zuidwesten van het centrum van Lith, op de hoek van de Kesselsegraaf en de Tiendweg. Op basis van de resultaten van het onderzoek is de verwaciiting voor het aantreffen van arcineologisclie sporen en of vondsten voor het hele onderzoeksterrein laag

Rapportage Standaard Archeologische Inventarisatie Tuincentrum Coppelmans Marialaan 8, Ommel

Op 8 februari 2002 is in opdracht van de DvL Milieu & Techniek door Synthegra b.v. een verkennend archeologisch bodemonderzoek verricht. De onderzoekslocatie is onderzocht in het kader van het project tuincentrum Coppelmans ter plaatse van de boerderij met erf Marialaan 8 te Ommel (gem. Asten). Het verkennend onderzoek bestaat uit een bureaustudie (historisch onderzoek) aangevuld met een veldverkenning en een verkennend bodemonderzoek. Op basis van de boringen, de stratigrafie en het aangetroffen vondstmateriaal is het noordelijke deel van de onderzoekslocatie (randzone van een bolle akker oftewel een esdek) te kwalificeren als een gebied met een lage archeologische verwachting, ondanks het feit dat hier blijkens de uitgevoerde boringen daadwerkelijk sprake is van een opgehoogd oud bouwland. Dit komt niet overeen met de waardering van de Rijksdienst voor het Oudheidkundig Bodemonderzoek voor dit terreindeel. Deze verwerping van het verwachtingsmodel is gebaseerd op het vrijwel ontbreken van een duidelijke cultuurlaag met bijbehorend vondstmateriaal. Het steilrandje dat de bolle akker morfologisch duidelijk scheidt van het lager gelegen beekdal markeert een voormalige houtwal die moest voorkomen dat vee in de weilanden langs de beek het bouwland kon betreden. Het zuidelijke deel van de onderzoekslocatie kan vanwege zijn lage ligging in het natte deel van een dekzandvlakte aan de rand van een beekloop eveneens gekwalificeerd worden als een terrein met een lage verwachting. Het ontbreken van vondsten en/of een cultuurlaag bevestigd deze hypothese. De boorwaarnemingen bevestigen wel dat het zich hier waarschijnlijk om fluvio-periglaciale zandafzettingen handelt waarin zich gedurende het Holoceen een humusrijke zwarte beekeerdgrond heeft ontwikkeld. Op basis van de resultaten van het uitgevoerde onderzoek wordt aanbevolen de locatie vrij te geven voor het realiseren van het bouwplan. Verdergaand archeologisch onderzoek achten wij niet noodzakelijk. Vanuit historisch-landschappelijk oogpunt leidt de aanleg van het tuincentrum en een bijbehorende terreinegalisatie tot een verdere degradatie van het historisch landschapsbeeld; de bolle akker met houtwaltalud zal verdwijnen of worden aangetast. Behoud van dit typisch kleinschalige door de mens in het verleden gecreëerde reliëf wordt daar waar dit mogelijk is aanbevolen

BAAC rapport 06.030

In opdracht van Gemeente Tilburg heeft het onderzoeks- en adviesbureau voor Bouwhistorie, Archeologie, Architectuurhistorie en Cultuurhistorie (BAAC bv) een tweedelig verkennend veldonderzoek in de verkennende fase uitgevoerd in het toekomstige plangebied Loven-Noord I in de gemeente Tilburg. Door de oppervlaktekartering konden drie vondstconcentraties worden vastgesteld: Eén concentratie is gelegen op de centrale dekzandrug. De andere 2 concentraties zijn gelegen op de dekzandrug in de zuidoosthoek. Deze dekzandruggen houden daarom hun hoge verwachting voor het aantreffen van archeologische sporen en/of vondsten uit de perioden Laat-Paleolithicum tot heden. De specifieke verwachting voor de perioden Mesolithicum, Neolithicum, Bronstijd en Vroege-IJzertijd is vooral hoog op deze twee dekzandruggen binnen en rondom de drie concentraties en op het deel dat eerder door RAAP is onderzocht

Rapportage Verkennend Archeologisch Bodemonderzoek Oudestraat 103 Gemeente Kampen

Op 4-4-2002 IS in opdracht van de gemeente Kampen door Synthegra b.v. een verkennend archeologisch bodemonderzoek verncht. De onderzoeksiocatie is onderzocht in het kader van het project 172027 ter plaatse van Oudestraat 103 te Kampen en droeg het karakter van een Aanvullende Archeologische Inventansatie (AAI). Het verkennend onderzoek bestond uit een bureau-studie (historisch onderzoek) aangevuld met een verkennend bodemonderzoek. De verwachting dat de ondergrond van Oudestraat 103 archeologische sporen en objecten zou bevatten is bewaarheid gebleken. Aanwezig is een bijzonder fors ophogingspakket dat rijk is aan gelaagdheden en voorwerpen. De archeologische waarde hiervan is zeer hoog. Dankzij het onderzoek konden ophogingslagen vastgesteld worden, maar een datering van de afzonderlijke lagen is niet mogelijk door afwezigheid van representatief dateerbaar archeologisch materiaal. Wél kon worden vastgesteld dat de lagen die behoren tot de ophoging van de IJsseioever in een later stadium werden afgewisseld door lagen met restanten van bebouwing. Over de datering van de lagen kan slechts worden verondersteld dat de aanplempingslagen relatief snel en de lagen met bewoningsresten relatief langzaam tot stand zijn gekomen. Het begin van de ophoging is globaal te stellen aan het eind van de 12de eeuw of het begin van de 13de eeuw en het einde daarvan viel samen met de bouw van het stenen huis ter plaatse van Oudestraat 103, zo rond 1300. De datering van het eerste stenen huis ter plaatse is echter een veronderstelling