Diversidad de cianobacterias, clorofitas y euglenofitas en humedales de altura (Jujuy, Argentina)

Mirande, V. & B. C. Tracanna. 2007. “Diversidad de cianobacterias, clorofitas y euglenofitas de humedales de altura (Jujuy, Argentina)”. Lilloa 44 (1-2). El objetivo de este trabajo fue aportar al conocimiento de la biodiversidad de humedales de altura del Noroeste Argentino, pertenecientes especialmente a la provincia de Jujuy, mediante el estudio cualitativo de la comunidad fitoplanctónica. Se realizó un muestreo estival interdisciplinario del 21 de enero al 01 de febrero de 2005 que abarcó el censo de trece lagunas del sistema Vilama y la de Pozuelos, Los Enamorados, Pastos Grandes y Runtuyoc. Las muestras cualitativas se obtuvieron mediante el filtrado de 25 litros de agua a través de una red de plancton de 20 µm de poro. Las mismas fueron fijadas “in situ” con formaldehído al 4% y observadas bajo microscopio binocular, con dispositivo para dibujo. De acuerdo a los resultados obtenidos la comunidad algal, exceptuando las diatomeas, estuvo integrada por 40 taxones especialmente cosmopolitas y de medios salobres pertenecientes a cianofitas (16), clorofitas (20) y euglenofitas (4). Se hace referencia por primera vez para el Noroeste Argentino de nueve especies y una variedad y para Jujuy, además de las entidades taxonómicas recientemente comentadas, se incorporan otras dieciséis especies y una variedad

Physical, chemical and biological variability in the Dr. C. Gelsi reservoir(NW Argentine) : a temporal and spatial approach

With the purpose of understanding the phytoplankton dynamics in two vertical profiles of the Dr. C. Gelsi reservoir (Tucumán, Argentina, monthly samplings were conducted from October 1997 to March 1999 in the limnetic zone and at the intersection of the Salí and Tapia tributary. The reservoir was characterized as warm monomictic, with bicarbonate, chloride, sodium, calcium and/or magnesium waters. In both sites total nitrogen concentration was higher than 1 mg/l, whereas that of orthophosphate reached 0.2 mg/l. Out of the eleven organochlorine pesticides analyzed, the presence mainly of lindane and methoxychlor, with higher concentrations in the warm months was confirmed. Bacterial load values were compatible with water quality standards, and variations in the number of actinomycetes colonies in the sediments were correlated, among other parameters, with dissolved oxygen. In the two zones studied a total of 57 phytoplankton taxa, 49 % green algae, 37 % diatoms, 9 % Cyanobacteria and 5 % dinoflagelates, were identified. Central diatoms (Aulacoseira granulata and Cyclotella meneghiniana) prevailed in the phytoplankton and, in a lesser degree, the other groups, low values of specific diversity being obtained. A principal components analysis based on the absolute abundance of species and on some physico-chemical parameters ordinated the samples of the various levels, this abundance being more evident in the limnetic zone. There was also a tendency to the separation of stratifications from the two consecutive years and homogeneity in the samples from the mixing period was noticed. On the basis of the saprobic index, water quality was from β − α-mesosaprobic to α-mesosaprobic.Con el objeto de interpretar la dinámica del fitoplancton en dos perfiles verticales del embalse Dr. C. Gelsi (Tucumán, Argentina), se realizaron muestreos mensuales desde octubre de 1997 a marzo de 1999, en la zona limnética y en la intersección de los tributarios, ríos Salí y Tapia. El embalse fue caracterizado como monomíctico cálido, con aguas bicarbonatadas, cloruradas, sódicas, cálcicas y/o magnésicas. En ambos sitios, la concentración media de nitrógeno total fue superior a 1 mg/l, mientras que la de ortofosfato llegó a 0.2 mg/l. De los once plaguicidas organoclorados analizados se comprobó, principalmente, la presencia de lindano y metoxicloro, con concentraciones más elevadas en los meses cálidos. Los valores de carga bacteriana fueron compatibles con las normas de calidad de agua y las variaciones del número de colonias de actinomycetes en los sedimentos estuvieron correlacionadas entre otros parámetros con el oxígeno disuelto. En las dos zonas estudiadas se identificaron un total de 57 taxones: 49 % algas verdes, 37 % diatomeas, 9 % Cyanobacteria y 5 % dinoflagelados. Las diatomeas centrales (Aulacoseira granulata y Cyclotella meneghiniana) predominaron en el fitoplancton y en menor orden, los otros grupos, obteniéndose bajos valores de diversidad específica. Los análisis de componentes principales basados en la abundancia absoluta de las especies y en algunos parámetros fisicoquímicos, ordenaron las muestras de los distintos niveles, siendo ésta más evidente en la zona limnética. Asimismo, hubo una tendencia a la separación de las estratificaciones de los dos años consecutivos y se observó homogeneidad en las muestras provenientes del período de mezcla. Sobre la base del índice sapróbico, la calidad del agua fue β − α-mesosapróbicas a α-mesosapróbicas

Dissecting Disease-Suppressive Rhizosphere Microbiomes by Functional Amplicon Sequencing and 10x Metagenomics

Disease-suppressive soils protect plants against soilborne fungal pathogens that would otherwise cause root infections. Soil suppressiveness is, in most cases, mediated by the antagonistic activity of the microbial community associated with the plant roots. Considering the enormous taxonomic and functional diversity of the root-associated microbiome, identification of the microbial genera and mechanisms underlying this phenotype is challenging. One approach to unravel the underlying mechanisms is to identify metabolic pathways enriched in the disease-suppressive microbial community, in particular, pathways that harbor natural products with antifungal properties. An important class of these natural products includes peptides produced by nonribosomal peptide synthetases (NRPSs). Here, we applied functional amplicon sequencing of NRPS-associated adenylation domains (A domains) to a collection of eight soils that are suppressive or nonsuppressive (i.e., conducive) to Fusarium culmorum, a fungal root pathogen of wheat. To identify functional elements in the root-associated bacterial community, we developed an open-source pipeline, referred to as dom2BGC, for amplicon annotation and putative gene cluster reconstruction through analyzing A domain co-occurrence across samples. We applied this pipeline to rhizosphere communities from four disease-suppressive and four conducive soils and found significant similarities in NRPS repertoires between suppressive soils. Specifically, several siderophore biosynthetic gene clusters were consistently associated with suppressive soils, hinting at competition for iron as a potential mechanism of suppression. Finally, to validate dom2BGC and to allow more unbiased functional metagenomics, we performed 10× metagenomic sequencing of one suppressive soil, leading to the identification of multiple gene clusters potentially associated with the disease-suppressive phenotyp

MIBiG 2.0: a repository for biosynthetic gene clusters of known function

Fueled by the explosion of (meta)genomic data, genome mining of specialized metabolites has become a major technology for drug discovery and studying microbiome ecology. In these efforts, computational tools like antiSMASH have played a central role through the analysis of Biosynthetic Gene Clusters (BGCs). Thousands of candidate BGCs from microbial genomes have been identified and stored in public databases. Interpreting the function and novelty of these predicted BGCs requires comparison with a well-documented set of BGCs of known function. The MIBiG (Minimum Information about a Biosynthetic Gene Cluster) Data Standard and Repository was established in 2015 to enable curation and storage of known BGCs. Here, we present MIBiG 2.0, which encompasses major updates to the schema, the data, and the online repository itself. Over the past five years, 851 new BGCs have been added. Additionally, we performed extensive manual data curation of all entries to improve the annotation quality of our repository. We also redesigned the data schema to ensure the compliance of future annotations. Finally, we improved the user experience by adding new features such as query searches and a statistics page, and enabled direct link-outs to chemical structure databases. The repository is accessible online at https://mibig.secondarymetabolites.org/

Estudio cualitativo del fitoplancton del embalse Río Hondo (Argentina). II

Como resultado del estudio del fitoplancton superficial de la zona limnética y de las desembocaduras de los ríos Salí y Gastona del embalse Río Hondo (Argentina), para pre-zafra y zafra azucarera de los años 1994-1995, se determinaron un total de 112 especies, variedades y formas. Las mismas pertenecieron a las Cyanophyceae (13), Chlorophyceae (28), Zygophyceae (13), Bacillariophyceae (43), Euglenophyceae (14) y Dinophyceae (1). Asimismo, se efectuaron las descripciones de 53 taxa encontrados por primera vez en el embalse. La riqueza específica fue afectada por la actividad azucarera provocando una disminución del número de especies en las desembocaduras de los ríos en los meses de zafra. La zona limnética no mostró fluctuaciones importantes lo que podría atribuirse a su capacidad atenuadora del impacto industrial. Se menciona por primera vez para Tucumán al género Uva, además de 13 especies, 5 variedades y 1 forma

Biodiversidad del Parque Nacional Pre-Delta (Entre Ríos, Argentina): II. Estudio cuantitativo del fitoplancton Biodiversity of Pre-Delta National Park (Entre Ríos, Argentina): II. Phytoplankton quantitative study

La falta de antecedentes ficológicos vinculados al Parque Nacional Pre-Delta nos condujo a realizar este estudio. El objetivo fue conocer la abundancia del fitoplancton en ambientes leníticos y lóticos de dicha área protegida, la cual está situada en la ciudad de Diamante (Entre Ríos). Se estudiaron siete zonas (tres lagunas, un arroyo y dos riachos) y las variables abundancia absoluta algal, biomasa y diversidad, empleándose para la ordenación de los sitios el análisis de componentes principales (ACP). Los resultados obtenidos evidenciaron a las diatomeas como el grupo dominante a través de las pennadas. Si se consideran a nivel de individuos aportados por las especies, Aulacoseira granulata fue dominante en líneas generales en los sistemas lóticos estudiados, no así en los sistemas lénticos. El empleo de variables específicamente vinculadas al fitoplancton como densidad absoluta, biomasa y diversidad posibilitó la separación de los sitios a través del ACP.This paper was realized because of lack of phycologic dates from Pre-Delta National Park. The aim of this paper was to know abundance phytoplankton in lentic and lotic environments from this area, which is located in Diamante City (Entre Ríos). Seven sampling sites (three lakes, one stream and two rivers) and absolute algal abundance, biomass and diversity of phytoplankton were studied, employing the Principal Component Analyse (PCA) in the ordination of the sites. Our results have showed to diatoms as dominant across pennate group. The PCA separated the lotic and lentic water bodies in base of considered variables. If we consider to individual level given by species, Aulacoseira granulata was generally dominant in lotic systems but not in lentic systems. The absolute algal abundance, biomass and diversity variables permitted to separate the lentic and lotic sampling sites by means of the PCA utilization

Limmologia del embalse el Cadillal (Tucuman, Argentina) : 1 : variables morfométricas y fisico-quimicas

L'étude a été entreprise pour étudier les relations entre l'environnement et les peuplements. Les conditions climatiques, thermiques et optiques, de même que la sédimentation sont présentées. Les caractéristiques chimiques de l'eau ont été étudiées pendant 26 mois (janvier 1987 à février 1989), par la mesure des variables suivantes : salinité et conductivité, pH, ions majeurs, oxygène dissous et éléments nutritifs. La retenue est sub-rectangulaire, orientée nord-sud, monomictique chaude. Les dominances ioniques ont évolué de bicarbonaté-sulfaté-sodique-calcique, en 1987 à sulfaté-bicarbonaté-sodique-calcique en 1988. Les eaux sont hautes de février à mars, avec un étiage d'octobre à décembre; les solides en suspension dépendent fortement des apports par les rivières. (Résumé d'auteur

Limmologia del embalse el Cadillal (Tucuman, Argentina) : 1 : variables morfométricas y fisico-quimicas

L'étude a été entreprise pour étudier les relations entre l'environnement et les peuplements. Les conditions climatiques, thermiques et optiques, de même que la sédimentation sont présentées. Les caractéristiques chimiques de l'eau ont été étudiées pendant 26 mois (janvier 1987 à février 1989), par la mesure des variables suivantes : salinité et conductivité, pH, ions majeurs, oxygène dissous et éléments nutritifs. La retenue est sub-rectangulaire, orientée nord-sud, monomictique chaude. Les dominances ioniques ont évolué de bicarbonaté-sulfaté-sodique-calcique, en 1987 à sulfaté-bicarbonaté-sodique-calcique en 1988. Les eaux sont hautes de février à mars, avec un étiage d'octobre à décembre; les solides en suspension dépendent fortement des apports par les rivières. (Résumé d'auteur