İnsan Metilentetrahidrofolat Redüktaz Enziminin Kristal Yapısı İçin Bir Model

Amaç: Ökaryotik metilentetrahidrofolat redüktaz enzimi (MTHFR) olarak bilinen ve total olarak 656 aminoasitten oluşan bu enzim homodimer yapıdadır. Her ünitesi katalitik ve düzenleyici bölgelerden oluşmaktadır. MTHFR enzminin katalitik olarak aktivite gösterebilmesi için flavin-adenin dinükleotid (FAD)'in MTHFR'ye nonkovalent olarak bağlanması gerekmektedir. İnsan MTHFR enziminin geni kromozom 1p36.3'te lokalizedir. Genin dördüncü ekzonunda yerleşmiş olan MTHFR 677 C>T polimorfizmi, proteinin 222. kodonundaki alaninin valine (Ala222Val) dönüşümüne neden olmaktadır. İnsan MTHFR proteini için, proteinin kristal yapısının ortaya koyulması ile ilgili bir çalışma olmaması nedeniyle, bu çalışma ile MTHFR proteininin kristal yapısı hakkında bir model oluşturmayı amaçladık. Ayrıca MTHFR677 C>T polimorfizmi neticesinde ortaya çıkan Ala222Val değişikliğinin insan MTHFR enziminin kristal yapısında oluşturduğu değişiklikleri ortaya koymayı hedefledik. Metod: Bu amaçla, moleküler modelleme teknikleri olarak MOE bilgisayar programı (versiyon 2013.0801, Chemical Computing Group Inc., Montreal, Kanada) kullandık. Bulgular: İnsandaki MTHFR enzimi ile FAD arasındaki bağların Tyr50, Gly108, Asp109, Tyr149, Arg107, Ala127, Lys169 Tyr126, His153 ve His165 aminoasitleri üzerinden olduğunu, Tyr126 ve His165 arasındaki çift bağın FAD'ı sıkıştırma özelliği olabileceğini gördük. Sonuç: Sonuç olarak, insan MTHFR enziminin kristal yapısı hakkında bir model ortaya koyuldu ve Ala222Val değişikliğinin FAD bağlanma durumunu etkilemesi yüzünden, enzim aktivitesine etki ettiği tespit edildi

A model for the crystal structure of the human methylenetetrahydrofolate reductase enzyme

Amaç: Ökaryotik metilentetrahidrofolat redüktaz enzimi (MTHFR) olarak bilinen ve total olarak 656 aminoasitten oluşan bu enzim homodimer yapıdadır. Her ünitesi katalitik ve düzenleyici bölgelerden oluşmaktadır. MTHFR enzminin katalitik olarak aktivite gösterebilmesi için flavin-adenin dinükleotid (FAD)'in MTHFR'ye nonkovalent olarak bağlanması gerekmektedir. İnsan MTHFR enziminin geni kromozom 1p36.3'te lokalizedir. Genin dördüncü ekzonunda yerleşmiş olan MTHFR 677 C>T polimorfizmi, proteinin 222. kodonundaki alaninin valine (Ala222Val) dönüşümüne neden olmaktadır. İnsan MTHFR proteini için, proteinin kristal yapısının ortaya koyulması ile ilgili bir çalışma olmaması nedeniyle, bu çalışma ile MTHFR proteininin kristal yapısı hakkında bir model oluşturmayı amaçladık. Ayrıca MTHFR677 C>T polimorfizmi neticesinde ortaya çıkan Ala222Val değişikliğinin insan MTHFR enziminin kristal yapısında oluşturduğu değişiklikleri ortaya koymayı hedefledik. Metod: Bu amaçla, moleküler modelleme teknikleri olarak MOE bilgisayar programı (versiyon 2013.0801, Chemical Computing Group Inc., Montreal, Kanada) kullandık. Bulgular: İnsandaki MTHFR enzimi ile FAD arasındaki bağların Tyr50, Gly108, Asp109, Tyr149, Arg107, Ala127, Lys169 Tyr126, His153 ve His165 aminoasitleri üzerinden olduğunu, Tyr126 ve His165 arasındaki çift bağın FAD'ı sıkıştırma özelliği olabileceğini gördük. Sonuç: Sonuç olarak, insan MTHFR enziminin kristal yapısı hakkında bir model ortaya koyuldu ve Ala222Val değişikliğinin FAD bağlanma durumunu etkilemesi yüzünden, enzim aktivitesine etki ettiği tespit edildiBackgrounds: The enzyme known as eukaryotic methylenetetrahydrofolate reductase (MTHFR) and consists of 656 amino acids, has a homodimer structure. Each units of this enzyme consists of catalytic and regulator areas. For the catalytic activity of this enzyme, FAD must be connected with MTHFR by noncovalent bonds. The gene of human MTHFR enzyme is localized at chromosome 1p36.3. A C>T transition at nucleotide position 677 is located in the fourth exon of the MTHFR gene which results the conversion of alanine to valine at codon 222 of the protein. We aimed to form a model about the crystal structure of MTHFR because of there is no study about the crystal structure of the protein that put forth. In addition, we aimed to put forth the changes in the crystal structure of MTHFR by Ala222Val change as a result of MTHFR 677C>T polymorphism. Methods: To this end, we used MOE computer programme as molecular modeling techniques (version 013.0801, Chemical Computing Group Inc., Montreal, Canada).Results: We saw that the bonds between MTHFR enzyme in human and FAD are over the amino acids Tyr50, Gly108, Asp109, Tyr149, Arg107, Ala127, Lys169 Tyr126, His153 and His165 and the double bond between Tyr126 and His165 may be because of the compression feature.Conclusions: Consequently, a model has set forth about the crystal structure of MTHFR in human and because of the Ala222val changes affect the status of the FAD binding, to influence the enzyme activity was determine

HATAY İLİ’NDE MTHFR C677T TEK NÜKLEOTİT POLİMORFİZMİ VE PROSTAT KANSERİ ARASINDAKİ İLİŞKİNİN DEĞERLENDİRİLMESİ

MTHFR (Methylenetatrahydrofolate reductase) is one of the most important enzymes because of its function about folate metabolism and DNA synthesis nucleotide polymorphism in the gene encoding the enzyme, have been associated with many diseases including prostate cancer. We aimed to evaluate the association between the polymorphism and prostate cancer by comparing the results between patients and control

Osteoporozda antirezorptif tedavinin osteopontin değerleri üzerine etkisi

Amaç: Yüksek osteopontin (OPN) seviyelerinin kemik rezorpsiyonu ile ilişkili olduğu bildirilmiştir. Osteoporozda (OP) anabolik etki amacıyla uygulanan parathormonun, OPN düzeylerinde düşmeye neden olduğu tespit edilmiştir. Bu çalışmanın amacı OP tedavisi için antirezorptif tedavi alan hastalarda OPN düzeylerinin değerlendirilmesidir. Materyal ve metot: Çalışmamıza, 45-70 yaş arası, en az bir yıldır menopoza girmiş, OP tanısı alan 90 kadın hasta ve 80 sağlıklı kadın gönüllü dahil edildi. OP hastaları antirezorptif kullanan (60 hasta;15 bifosfonat, 15 kalsitonin, 15 raloksifen, 15 strontium ranelate kullanan hasta) ve kullanmayanlar (30 hasta) olmak üzere iki gruba ayrıldı. Hastalara KMY ölçümü, DEXA (Dual Enerji X-Ray Absorbsiyometri) yöntemi ile yapıldı. Plazma OPN konsantrasyonu enzyme-link immunosorbent assay (ELISA) methodu kullanılarak hesaplandı. Bulgular: Antirezorptif kullanan OP grubunda OPN düzeyleri, antirezorptif almayan OP grubuna ve OP olmayan sağlıklı kontrol grubuna göre istatistiksel olarak anlamlı düzeyde daha düşüktü (sırasıyla p0.05). Sonuç: Sonuçlarımızın, antirezorptif tedavinin OPN seviyelerinde düşmeye neden olduğunu göstermesi, bize OPN'nin, antirezorptif tedavinin takibinde bir biomarker olarak kullanılabileceğini düşündürdü.Background: An association between increased OPN levels and lowered bone mineral density (BMD) with increased bone turnover markers was established. The aim of this study is to evaluate the levels of OPN in OP patients who receive antiresorptive treatment (ART). Methods: Ninety female OP patients in the post-menopausal period for at least a year in the age range of 45 - 70 years and 80 healthy female volunteers were included in the study. OP patients were divided into 2 subgroups as ART-receiving (60 patients; bisphosphonate (15), calcitonin (15), raloxifene (15), strontium ranelate (15) and ART non-receiving (30 patients). Bone mineral density was analyzed using the dual energy X-ray absorptiometry method. The plasma OPN concentration was calculated using the enzyme-link immunosorbent assay method. Result s : OPN levels were significantly lower in antiresorptive-receiving OP patients compared to OP patients who did not receive ART and compared to the control group (p<0.001 and p=0.008 respectively). There was no meaningful difference in terms of the OPN values between the controls and OP patients who did not receive ART (p>0.05). Conclusions: Lowered OPN levels in ART-receiving OP patients suggest that OPN could be used as a biomarker in ART follow-up in OP

The comparison of early and late effectiveness of systemic and high dose inhaled glucocorticoids in the management of acute asthma attacks in children

Amaç: Bu çalışmada akut astım atağı ile başvuran ço- cuklarda sistemik steroidler ile yüksek doz inhale steroid- lerin etkinliğinin karşılaştırılması amaçlandı. Gereç ve yöntem: Akut astım atağı ile gelen çocuklar randomize olarak iki gruba ayrıldı. Hastalara 1 mg/kg oral yoldan metilprednisolon (Sistemik Steroid Grubu, Grup 1, n=27) veya bir kez 4000 ?g inhale flutikazon (İnhale Steroid Grubu, Grup 2, n=35) verildi. Tedaviyi izleyen birer saat aralıklarla dört saat boyunca astım skoru, birinci saniyede üflenen zorlu ekspiratuar hacim (FEV1) ve zirve ekspiratuar akım (PEF) değerleri ölçüldü. Birincil sonuç hastaneye yatış oranı, ikincil sonuçlar ise astım skoru, FEV1 ve PEF sonuçları ve oksijen saturasyonu ile değerlendirildi. Bulgular: Hastaların geliş anı ile tedavinin dördüncü saati ve hastaların rahat olduğu dönemde PEF değerleri Grup 1’de sırasıyla, 173, 223, 220 L/dk (p0,05).Sonuç: Çocuklarda akut astım atağı tedavisinde, erken ve geç etkinlikleri açısından yüksek doz inhale flutikazon ile sistemik metilprednizolon tedavileri arasında astım skoru, FEV1 ve PEF parametreleri bakımından anlamlı farklılık saptanmadı.Objective: In this study it was aimed to compare effec- tiveness of systemic steroids and inhaled corticosteroids in children who applied with acute asthmatic attack. Materials and methods: Children with acute asthmatic at- tack were randomly allocated to two groups; 1 mg/kg per oral methylprednisolone was given to Group 1 (Systemic steroid group, n=27), and 4000 μg inhaled fluticasone to Group 2 (Inhaled steroid group, n=35). Following treat- ment patients were evaluated for four hours, at one-hour intervals by asthma score, forced expiratory volume in first-second (FEV1) and peak expiratory flow (PEF). Pri- mary outcome of this study was the rate of hospital admis- sions and secondary outcome were asthma score, FEV1, PEF and oxygen saturation. Results: Significant improvements were obtained in mea- sured parameters in both Group 1 and Group 2. Values of measured parameters at hospital admission, 4th hour of treatment and while patients were in comfort were as fol- low: PEF values (Group 1: 173, 223, 220 L/min, p <0.001): Group 2 113, 141 , 192 L/min, p <0.001); FEV 1 (Group 1: 74.9%, 89.5%, 85.6%, p <0.0001; Group 2: 96, 89.8, 93.2 %, p <0.0001); O2 saturation (Group 1:93.2%, 95.6%, 96.8%, p <0.0001, Group 2: 93%, 95.2%, 96.6%, p<0.001); and asthma score (Group 1: 9.4, 6.6, 5.7, p<0.001, Group 2: 9.3, 6.8, 6.5, p<0.001). In all measured parameters significant improvements were observed with treatment modalities within both groups. No significant differences were found in all parameters between Group 1 and Group 2 (p>0.05). Conclusion: No significant differences were found in asth- ma score, FEV 1 and PEF parameters between systemic high-dose methylprednisolone and inhaled fluticasone treatment modalities in acute asthmatic attacks of children

Sahte İsmini Haketmeyen Genler; Psödogenler

Psödogenler, gen benzeri olan fakat genlerden farklı olarak fonksiyonel ürününü kodlayamayan, sahte gen bölgeleridir.  Promotör bölgelerindeki delesyon, insersiyon, çerçeve kayması gibi mutasyon veya zamanından önce stop kodonu bulundurma sonucu meydana gelirler. İnsan genomu, yaklaşık olarak 20.000 psödogen içermektedir. Psödogenler üretildikleri mekanizmalara göre tek kopya, tekrarlayan ve işlenmiş olmak üzere üç gruba ayrılmaktadır. Son yıllarda yapılan moleküler çalışmalara göre, herhangi bir görevi olmadığı zannedilen psödogenlerin bazı görevlerinin olduğu, hatta bazılarınında kısa peptid ve protein üretebildiği gösterilmiştir. mRNA stabilitesini, gen ekspresyonunu düzenlediği ve genomun evriminde rol oynadığı bildirilmiştir. Bu raporlardan biri de psödogenlerin mikroRNA tuzakları ile tümör süpresör genler ve onkogenlerin düzenlenmesi yeteneğine sahip olduğunu göstermektedir. Şu ana kadar psödogenlerin oluşum mekanizmaları ve görevleri, hatta psödogenin yapısı ile ilgili hiç Türkçe bir kaynak bulunmamaktadır. Bu nedenle, biz bu derlemede psödogenler hakkında okuyucuyu bilgilendirmeyi amaçladık.Sonuç olarak ise bu genlerin ‘sahte’ ismini hak etmediğini, moleküler çalışmalar ile bu genlerin hücrede gen ekspresyonunda önemli rol oynadığı tespit edilmiştir. Bu yüzden bilim camiasında bu genlerin fonksiyonları doğrultusunda yeniden isimlendirilmeleri gerektiği düşünülmektedir.Anahtar Kelimeler: Psödogen, Sahte gen, Gen, mikroRN

NADPH oxidase P22PHOX gene expression in ulcerative colitis

Background/Aims: Nicotinamide adenine dinucleotide phosphate (NADPH) oxidase, which catalyzes the formation of reactive oxygen species (ROS) in phagocytic cells, has five subunits: p67phox ("phox"refers to "phagocyte oxidase"), p47phox, p40phox, p22phox, and gp91phox (catalytic subunit). Oxidative stress resulting from the accumulation of ROS and/or defective removal of ROS by antioxidants has detrimental effects on cellular functions and may contribute to chronic inflammation. Disruption of the colonic mucosa due to the dysregulation of antioxidants or transformation enzymes may play a role in the pathogenesis of ulcerative colitis (UC) and influence the clinical features of this disease. In this study, we examined the expression of the gene encoding NADPH oxidase subunit p22phox cytochrome b-245, alphapolypeptidein the colonic mucosa to test its possible contribution in the pathogenesis of UC.Materials and Methods: Expression levels of mRNA in the inflamed and non-inflamed colonic mucosa (determined using colonoscopy)of 22 patients with UC and in the normal mucosa of 22 healthy controls were analyzed using real-time polymerase chain reaction.Results: Expression levels of mRNA were not significantly different between patients with inflamed and non-inflamed colonic mucosa (p>0.05) and betweenpatients with inflamed colonicmucosa and healthy controls (p>0.05). Conclusion: Although our data suggest that expression of the gene encoding p22phox is not associated with chronic inflammation in patients with UC, other mechanisms can affect oxidative stress in these patients.Background/Aims: Nicotinamide adenine dinucleotide phosphate (NADPH) oxidase, which catalyzes the formation of reactive oxygen species (ROS) in phagocytic cells, has five subunits: p67phox ("phox"refers to "phagocyte oxidase"), p47phox, p40phox, p22phox, and gp91phox (catalytic subunit). Oxidative stress resulting from the accumulation of ROS and/or defective removal of ROS by antioxidants has detrimental effects on cellular functions and may contribute to chronic inflammation. Disruption of the colonic mucosa due to the dysregulation of antioxidants or transformation enzymes may play a role in the pathogenesis of ulcerative colitis (UC) and influence the clinical features of this disease. In this study, we examined the expression of the gene encoding NADPH oxidase subunit p22phox cytochrome b-245, alphapolypeptidein the colonic mucosa to test its possible contribution in the pathogenesis of UC.Materials and Methods: Expression levels of mRNA in the inflamed and non-inflamed colonic mucosa (determined using colonoscopy)of 22 patients with UC and in the normal mucosa of 22 healthy controls were analyzed using real-time polymerase chain reaction.Results: Expression levels of mRNA were not significantly different between patients with inflamed and non-inflamed colonic mucosa (p>0.05) and betweenpatients with inflamed colonicmucosa and healthy controls (p>0.05). Conclusion: Although our data suggest that expression of the gene encoding p22phox is not associated with chronic inflammation in patients with UC, other mechanisms can affect oxidative stress in these patients

Meme kanserli hastalarda PARP1 gen ekspresyonu

Poli (ADP riboz) polimeraz (PARP), DNA onarım mekanizmasında yer alan bir enzim ailesidir. Bu enzimlerden PARP1, baz kesip- çıkarma onarım (BER) mekanizmasına öncülük eden tek zincir DNA kırıklarının saptanmasında rol alır. BRCA1 ve BRCA2 genlerinden yoksun meme kanseri tümörleri, DNA çift zincir kırıklarının onarımında yetersizdirler. PARP enzimlerinin bu tümörlerdeki aktivitesi ilgi konusudur çünkü PARP aktivitesinin kaybı, tek zincir DNA kırıklarının birikimine, biriken tek zincir DNA kırıklarının çift zincir DNA kırıklarına dönüşmesine ve takiben tamir edilemeyen DNA hasarı ve hücre ölümüne yol açmaktadır. Bu yüzden PARP inhibisyonunun, kanser hücrelerini öldürmede etkili olabileceği düşünülmekte ve PARP inhibitörlerinin seçici olarak meme kanseri tümörlerini öldürmedeki etkinliği araştırılmaktadır. Bu çalışmada, PARP inhibitörlerinin meme kanserine karşı kullanılma potansiyelinin değerlendirilmesi için bir grup meme kanserli hastada, PARP-1 gen ifade düzeyi ve kanser markırlarından östrojen reseptörü (ER), progesteron reseptörü (PR) ve insan epidermal büyüme faktör reseptörü 2 (HER2)’nin gen ifade düzeyleri belirlenmiştir. Hastalarda PARP-1 gen ifade düzeyinin meme kanseri oluşumu ile ilişkili olmadığı gösterilmiştir.Poly (ADP-ribose) polymerase (PARP) family of enzymes is part of the DNA repair mechanism. One of these enzymes, PARP-1 is involved in detection of signal single-strand DNA breaks (SSBs) that leads to base excision repair (BER) mechanism. Breast cancer tumors that lack Breast cancer susceptibility gene 1 (BRCA1) and Breast cancer susceptibility gene 2 (BRCA2) are ineffective in DNA double-strand breaks (DSB) repair. Activity of the poly (ADP-ribose) polymerase (PARP) enzymes in these tumors is of interest as a lack of PARP activity leads to accumulation of SSBs that are converted to DSBs and accumulation of DSBs lead to irreparable DNA damage and cell death. Therefore inhibition of PARP in tumor cells might be effective in killing cancer tumors and activity of PARP inhibitors in selectively killing breast cancer tumors is currently being evaluated. In this study, expression of PARP-1 and cancer markers estrogen receptor (ER), progesterone receptor (PR) and human epidermal growth factor receptor 2 (HER2) were determined in a group of breast cancer patients to assess the potential for using PARP inhibitors against this form of cancer. Expression of PARP- 1 was found not to correlate with the onset of breast cancer in the patients