Hybrid origin of European commercial pigs examined by an in-depth haplotype analysis on chromosome 1

This work was financially supported by the European Research Council under the European Community's Seventh Framework Programme (FP7/2007-2013)/ERC grant agreement number 24989

Prospects and challenges for the conservation of farm animal genomic resources, 2015-2025

Livestock conservation practice is changing rapidly in light of policy developments, climate change and diversifying market demands. The last decade has seen a step change in technology and analytical approaches available to define, manage and conserve Farm Animal Genomic Resources (FAnGR). However, these rapid changes pose challenges for FAnGR conservation in terms of technological continuity, analytical capacity and integrative methodologies needed to fully exploit new, multidimensional data. The final conference of the ESF Genomic Resources program aimed to address these interdisciplinary problems in an attempt to contribute to the agenda for research and policy development directions during the coming decade. By 2020, according to the Convention on Biodiversity’s Aichi Target 13, signatories should ensure that “… the genetic diversity of … farmed and domesticated animals and of wild relatives … is maintained, and strategies have been developed and implemented for minimizing genetic erosion and safeguarding their genetic diversity.” However, the real extent of genetic erosion is very difficult to measure using current data. Therefore, this challenging target demands better coverage, understanding and utilization of genomic and environmental data, the development of optimized ways to integrate these data with social and other sciences and policy analysis to enable more flexible, evidence-based models to underpin FAnGR conservation. At the conference, we attempted to identify the most important problems for effective livestock genomic resource conservation during the next decade. Twenty priority questions were identified that could be broadly categorised into challenges related to methodology, analytical approaches, data management and conservation. It should be acknowledged here that while the focus of our meeting was predominantly around genetics, genomics and animal science, many of the practical challenges facing conservation of genomic resources are societal in origin and are predicated on the value (e.g. socio-economic and cultural) of these resources to farmers, rural communities and society as a whole. The overall conclusion is that despite the fact that the livestock sector has been relatively well-organised in the application of genetic methodologies to date, there is still a large gap between the current state-of-the-art in the use of tools to characterise genomic resources and its application to many non commercial and local breeds, hampering the consistent utilisation of genetic and genomic data as indicators of genetic erosion and diversity. The livestock genomic sector therefore needs to make a concerted effort in the coming decade to enable to the democratisation of the powerful tools that are now at its disposal, and to ensure that they are applied in the context of breed conservation as well as development

The Translational Medicine Ontology and Knowledge Base: driving personalized medicine by bridging the gap between bench and bedside

Background: Translational medicine requires the integration of knowledge using heterogeneous data from health care to the life sciences. Here, we describe a collaborative effort to produce a prototype Translational Medicine Knowledge Base (TMKB) capable of answering questions relating to clinical practice and pharmaceutical drug discovery. Results: We developed the Translational Medicine Ontology (TMO) as a unifying ontology to integrate chemical, genomic and proteomic data with disease, treatment, and electronic health records. We demonstrate the use of Semantic Web technologies in the integration of patient and biomedical data, and reveal how such a knowledge base can aid physicians in providing tailored patient care and facilitate the recruitment of patients into active clinical trials. Thus, patients, physicians and researchers may explore the knowledge base to better understand therapeutic options, efficacy, and mechanisms of action. Conclusions: This work takes an important step in using Semantic Web technologies to facilitate integration of relevant, distributed, external sources and progress towards a computational platform to support personalized medicine. Availability: TMO can be downloaded from http://code.google.com/p/translationalmedicineontology and TMKB can be accessed at http://tm.semanticscience.org/sparql

Förutsättningar för ett statligt engagemang i busstrafiken på linje 45 från december 2016

En av Trafikverkets uppgifter är att verka för en grundläggande tillgänglighet i den interregionala kollektiva persontrafiken (Förordning (2010:185) med instruktion för Trafikverket, 1§). Trafikverket har möjlighet att teckna avtal om transportpolitisk motiverad interregional kollektivtrafik, förutsatt att trafiken inte upprätthålls i annan regi och att den saknar förutsättningar för att bedrivas kommersiellt (12§ a-c ). Busstrafiken på linje 45 är en trafik som ansetts vara transportpolitiskt motiverad. Trafiken är idag upphandlad av RKM i Jämtlands, Västerbottens och Norrbottens län, men anknyter även till Gävleborgs och Dalarnas län. Dagens statliga ersättning baseras på den utredning som utfördes av Rikstrafiken 2010. Idag utgår en ersättning från staten genom Trafikverket på totalt ca 7,8 Mkr. Syftet med denna utredning är att studera förutsättningarna för ett fortsatt statligt engagemang i linje 45 från december 2016 och framåt. Om utredningen kommer fram till att ett fortsatt engagemang är motiverat ska den även ge underlag för beslut om hur ett eventuellt fortsatt statligt engagemang i busstrafiken bör se ut i framtiden.Rapporten publicerades ursprungligen 2016-12-01. I denna nya utgåva har publikationsnummer och ISBN tillkommit, innhållet i rapporten är oförändrat.</p

Anslutningstrafik från Luleå Airport : Flygbil från 2019

Ett försök har bedrivits i två års tid med anslutningstrafik till flygplats i Norrbottens län. Försöket, som kallas Flygbilen, har utförts i samverkan med Regionala kollektivtrafikmyndigheten (RKM) i Norrbottens län, och Trafikverket har stått för del av finansieringen. Försöket gäller kommuner där tillgängligheten har stora brister och direktanslutning till relativt närliggande flygplatser kan skapa stora förbättringar.Rapporten publicerades ursprungligen 2018-03-27. I denna nya utgåva har publikationsnummer och ISBN tillkommit, innhållet i rapporten är oförändrat.</p

Förutsättningar för ett statligt engagemang i tågtrafiken på Stångdahls- och Tjustbanan från den 15 juni 2014

En av Trafikverkets uppgifter är att verka för en grundläggande tillgänglighet i den interregionala kollektiva persontrafiken (Förordning (2010:185) med instruktion för Trafikverket, 1§). Trafikverket har möjlighet att teckna avtal om transportpolitisk motiverad interregional kollektivtrafik, förutsatt att trafiken inte upprätthålls i annan regi och att den saknar förutsättningar för att bedrivas kommersiellt (12§ a-c ). Tågtrafiken på Stångådalsbanan (sträckan Linköping-Kalmar) samt Tjustbanan (sträckan Linköping- Västervik) är en trafik som ansetts vara transportpolitiskt motiverad. Idag bedrivs trafiken av Veolia Transport Sverige AB med ersättning från så väl staten (Trafikverket) som regionala kollektivtrafikmyndigheter. Innevarande avtal reglerar den trafik som bedrivs på sträckorna till och med den 14 juni 2014. Denna utredning utgör underlag för beslut om samt hur ett eventuellt fortsatt statligt engagemang i tågtrafiken bör se ut i framtiden.Rapporten publicerades ursprungligen 2012-05-08. I denna nya utgåva har publikationsnummer och ISBN tillkommit, innhållet i rapporten är oförändrat.</p

Nationell behovsanalys

Ett av Trafikverkets uppdrag är att för statens räkning avtala om interregional kollektivtrafik som är transportpolitiskt motiverad men inte kan bedrivas kommersiellt. Det transportpolitiska motivet är att skapa tillgänglighet i hela landet. Trafikverket har haft uppdraget sedan 2011, men prioriteringarna bygger på tidigare fattade beslut. En utredning har därför gjorts med syfte att gå igenom alla tillgänglighetsbrister och alla befintliga åtaganden i detalj för att överväga om dagens prioriteringar är de rätta och vilka ytterligare åtgärder som kan krävas. Syftet med arbetet är att skapa ett underlag för långsiktig bedömning av och beslut om verksamhetens inriktning.Rapporten publicerades ursprungligen 2016-01-21. I denna nya utgåva har publikationsnummer och ISBN tillkommit, innhållet i rapporten är oförändrat.</p