Utilisation de données SPOT5 pour la cartographie des habitats benthiques littoraux. Application à l’archipel des îles Chausey (golfe normand-breton, France)

Cette étude présente l’intérêt et les limites des données de télédétection à Haute Résolution Spatiale issues du capteur SPOT5 pour la cartographie des habitats benthiques médiolittoraux. Le site d’étude, l’archipel des îles Chausey (golfe normand-breton, France) se caractérise par un très vaste estran parsemé d’une multitude d’îlots. Par ses contraintes physiques, il constitue un site de recherche privilégié pour répondre aux problèmes actuels de cartographies des habitats littoraux, par ailleurs en cours de réalisation (programme REBENT-IFREMER) et initiées par les instances publiques (services délocalisés de l’État) suite aux nombreuses pollutions côtières. Des méthodes de traitement d’images traditionnelles et couramment utilisées ont été testées et validées à l’échelle de l’archipel par des photographies aériennes récentes et des campagnes d’échantillonnages faites sur le terrain. La classification retenue est très proche de celle de la nomenclature NATURA 2000 en ce qui concerne les habitats naturels de l’estran. Les traitements apportés permettent d’explorer quelques potentialités de SPOT5 et d’afficher ainsi une première évaluation de ces données pour la caractérisation, l’inventaire et le suivi des habitats naturels littoraux.Recent coastal pollutions have induced local and national authorities (research institutes – IFREMER, CNES, IFEN –, decentralised state agencies) to evaluate present mapping techniques and to assess their ability to map coastal benthic habitats. Within these research programs a test site has been choosen to evaluate data from the High Spatial Resolution Satelite SPOT5. It is the Chausey archipelago, in the English Channel which is characterized by a very wide macro tidal shore line with many skerries and very small islands. Such a rugged inter-and sub-tidal topography makes it a very demanding site for cartography. SPOT5 data has been classified (using usual routines of image processing), compared to photos, cross checked with field evidences. This has allowed to point out SPOT5 potential : the classification is very similar to the Natura 2000 check list and shows a good ability to map this type of shore. This preliminary test is a begining to a wider program of coastal monitoring by SPOT5

Genome analysis of the necrotrophic fungal pathogens Sclerotinia sclerotiorum and Botrytis cinerea

Sclerotinia sclerotiorum and Botrytis cinerea are closely related necrotrophic plant pathogenic fungi notable for their wide host ranges and environmental persistence. These attributes have made these species models for understanding the complexity of necrotrophic, broad host-range pathogenicity. Despite their similarities, the two species differ in mating behaviour and the ability to produce asexual spores. We have sequenced the genomes of one strain of S. sclerotiorum and two strains of B. cinerea. The comparative analysis of these genomes relative to one another and to other sequenced fungal genomes is provided here. Their 38–39 Mb genomes include 11,860–14,270 predicted genes, which share 83% amino acid identity on average between the two species. We have mapped the S. sclerotiorum assembly to 16 chromosomes and found large-scale co-linearity with the B. cinerea genomes. Seven percent of the S. sclerotiorum genome comprises transposable elements compared t

Genomic analysis of the necrotrophic fungal pathogens Sclerotinia sclerotiorum and Botrytis cinerea

Sclerotinia sclerotiorum and Botrytis cinerea are closely related necrotrophic plant pathogenic fungi notable for their wide host ranges and environmental persistence. These attributes have made these species models for understanding the complexity of necrotrophic, broad host-range pathogenicity. Despite their similarities, the two species differ in mating behaviour and the ability to produce asexual spores. We have sequenced the genomes of one strain of S. sclerotiorum and two strains of B. cinerea. The comparative analysis of these genomes relative to one another and to other sequenced fungal genomes is provided here. Their 38–39 Mb genomes include 11,860–14,270 predicted genes, which share 83% amino acid identity on average between the two species. We have mapped the S. sclerotiorum assembly to 16 chromosomes and found large-scale co-linearity with the B. cinerea genomes. Seven percent of the S. sclerotiorum genome comprises transposable elements compared to <1% of B. cinerea. The arsenal of genes associated with necrotrophic processes is similar between the species, including genes involved in plant cell wall degradation and oxalic acid production. Analysis of secondary metabolism gene clusters revealed an expansion in number and diversity of B. cinerea–specific secondary metabolites relative to S. sclerotiorum. The potential diversity in secondary metabolism might be involved in adaptation to specific ecological niches. Comparative genome analysis revealed the basis of differing sexual mating compatibility systems between S. sclerotiorum and B. cinerea. The organization of the mating-type loci differs, and their structures provide evidence for the evolution of heterothallism from homothallism. These data shed light on the evolutionary and mechanistic bases of the genetically complex traits of necrotrophic pathogenicity and sexual mating. This resource should facilitate the functional studies designed to better understand what makes these fungi such successful and persistent pathogens of agronomic crops.Fil: Ten Have, Arjen. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Mar del Plata. Instituto de Investigaciones Biológicas; Argentina. Universidad Nacional de Mar del Plata. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Investigaciones Biológicas; ArgentinaFil: Amselem, Joelle. Institut National de la Recherche Agronomique; FranciaFil: Cuomo, Christina A.. Broad Institute of MIT and Harvard; Estados UnidosFil: Jan, A. L. van Kan. Wageningen University; Países BajosFil: Viaud, Muriel. Institut National de la Recherche Agronomique; FranciaFil: Benito, Ernesto P.. Universidad de Salamanca; EspañaFil: Couloux, Arnaud. Centre National de Séquençage. Genoscope; FranciaFil: Coutinho, Pedro M.. Centre National de la Recherche Scientifique; FranciaFil: Vries, Ronald P. de. Microbiology and Kluyver Centre for Genomics of Industrial Fermentations; Países Bajos. Fungal Biodiversity Centre; Países BajosFil: Dyer, Paul S.. The University Of Nottingham; Reino UnidoFil: Fillinger, Sabine. Institut National de la Recherche Agronomique; FranciaFil: Fournier, Elisabeth. Institut National de la Recherche Agronomique; Francia. Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement; FranciaFil: Gout, Lilian. Institut National de la Recherche Agronomique; FranciaFil: Hahn, Matthias. University Of Kaiserlautern; AlemaniaFil: Kohn, Linda. University Of Toronto; CanadáFil: Lapalu, Nicolas. Institut National de la Recherche Agronomique; FranciaFil: Plummer, Kim M.. la Trobe University; AustraliaFil: Pradier, Jean-Marc. Institut National de la Recherche Agronomique; FranciaFil: Quévillon, Emmanuel. Institut National de la Recherche Agronomique; Francia. Centre National de la Recherche Scientifique; FranciaFil: Sharon, Amir. Tel Aviv University. Department of Molecular Biology and Ecology of Plants; IsraelFil: Simon, Adeline. Institut National de la Recherche Agronomique; FranciaFil: Tudzynski, Bettina. Institut für Biologie und Biotechnologie der Pflanzen; AlemaniaFil: Tudzynski, Paul. Institut für Biologie und Biotechnologie der Pflanzen; AlemaniaFil: Wincker, Patrick. Centre National de Séquençage. Genoscope; FranciaFil: Andrew, Marion. University Of Toronto; CanadáFil: Anthouard, Véronique. Centre National de Séquençage. Genoscope; FranciaFil: Beever, Ross E.. Landcare Research; Nueva ZelandaFil: Beffa, Rolland. Centre National de la Recherche Scientifique; FranciaFil: Benoit, Isabelle . Microbiology and Kluyver Centre for Genomics of Industrial Fermentations; Países BajosFil: Bouzid, Ourdia. Microbiology and Kluyver Centre for Genomics of Industrial Fermentations; Países Bajo

Genomic Analysis of the Necrotrophic Fungal Pathogens Sclerotinia sclerotiorum and Botrytis cinerea

Sclerotinia sclerotiorum and Botrytis cinerea are closely related necrotrophic plant pathogenic fungi notable for their wide host ranges and environmental persistence. These attributes have made these species models for understanding the complexity of necrotrophic, broad host-range pathogenicity. Despite their similarities, the two species differ in mating behaviour and the ability to produce asexual spores. We have sequenced the genomes of one strain of S. sclerotiorum and two strains of B. cinerea. The comparative analysis of these genomes relative to one another and to other sequenced fungal genomes is provided here. Their 38–39 Mb genomes include 11,860–14,270 predicted genes, which share 83% amino acid identity on average between the two species. We have mapped the S. sclerotiorum assembly to 16 chromosomes and found large-scale co-linearity with the B. cinerea genomes. Seven percent of the S. sclerotiorum genome comprises transposable elements compared to <1% of B. cinerea. The arsenal of genes associated with necrotrophic processes is similar between the species, including genes involved in plant cell wall degradation and oxalic acid production. Analysis of secondary metabolism gene clusters revealed an expansion in number and diversity of B. cinerea–specific secondary metabolites relative to S. sclerotiorum. The potential diversity in secondary metabolism might be involved in adaptation to specific ecological niches. Comparative genome analysis revealed the basis of differing sexual mating compatibility systems between S. sclerotiorum and B. cinerea. The organization of the mating-type loci differs, and their structures provide evidence for the evolution of heterothallism from homothallism. These data shed light on the evolutionary and mechanistic bases of the genetically complex traits of necrotrophic pathogenicity and sexual mating. This resource should facilitate the functional studies designed to better understand what makes these fungi such successful and persistent pathogens of agronomic crops

A targeted next-generation sequencing assay for the molecular diagnosis of genetic disorders with orodental involvement.

BACKGROUND: Orodental diseases include several clinically and genetically heterogeneous disorders that can present in isolation or as part of a genetic syndrome. Due to the vast number of genes implicated in these disorders, establishing a molecular diagnosis can be challenging. We aimed to develop a targeted next-generation sequencing (NGS) assay to diagnose mutations and potentially identify novel genes mutated in this group of disorders. METHODS: We designed an NGS gene panel that targets 585 known and candidate genes in orodental disease. We screened a cohort of 101 unrelated patients without a molecular diagnosis referred to the Reference Centre for Oro-Dental Manifestations of Rare Diseases, Strasbourg, France, for a variety of orodental disorders including isolated and syndromic amelogenesis imperfecta (AI), isolated and syndromic selective tooth agenesis (STHAG), isolated and syndromic dentinogenesis imperfecta, isolated dentin dysplasia, otodental dysplasia and primary failure of tooth eruption. RESULTS: We discovered 21 novel pathogenic variants and identified the causative mutation in 39 unrelated patients in known genes (overall diagnostic rate: 39%). Among the largest subcohorts of patients with isolated AI (50 unrelated patients) and isolated STHAG (21 unrelated patients), we had a definitive diagnosis in 14 (27%) and 15 cases (71%), respectively. Surprisingly, COL17A1 mutations accounted for the majority of autosomal-dominant AI cases. CONCLUSIONS: We have developed a novel targeted NGS assay for the efficient molecular diagnosis of a wide variety of orodental diseases. Furthermore, our panel will contribute to better understanding the contribution of these genes to orodental disease. TRIAL REGISTRATION NUMBERS: NCT01746121 and NCT02397824.journal articleresearch support, non-u.s. gov't2016 Feb2015 10 26importe

Étude qualitative de l’argumentaire à la non vaccination contre la grippe saisonnière auprès des personnes de l'environnement immédiat de patients

La grippe saisonnière tuerait chaque année entre 290 000 et 650 000 personnes dans le monde. Cette pathologie bénéficie pourtant d’une vaccination. Sa couverture vaccinale est une des plus faibles parmi les vaccins disponibles en Europe. L’objectif de ce travail était de déterminer les raisons de la non vaccination chez les soignants et les proches de patients fragiles, et de développer un argumentaire pour y faire face.Population et méthode : 26 personnes ont été interrogées dans le Finistère, 5 médecins, 6 infirmiers, 8 aides-soignants et 7 proches de patients fragiles via un entretien semi-directif ou par questionnaire manuscrit entre Mai 2017 et Juillet 2018. Le recrutement prenait fin à l’apparition d’une redondance dans les réponses au sein d’un même groupe.Résultats : les causes principales de refus étaient retrouvées l’absence de contraction d’une grippe antérieur, la peur des effets secondaires, l’absence de terrain fragile, l’inefficacité du vaccin et son manque d’accessibilité. Les arguments ont été catégorisés en 6 classes : anxiété, invincibilité, impuissance, maitrise, l’accessibilité et négligence. L’aspect endogène/exogène et le positionnement intellectuel de la réflexion étaient également analysés. Les médecins ont proposés majoritairement des arguments de négligence, contre les arguments d’invincibilité pour les infirmiers et les proches. Les aides-soignants avaient répondu des arguments de chaque catégorie.Conclusion : les arguments retrouvés dans l’étude étaient comparables à ceux de notre revue de littérature. Ils étaient multiples, multifactoriels et identiques depuis le début de la vaccination. Les médias comme Internet et les réseaux sociaux étaient déterminants dans la diffusion d’informations anti-vaccinales. La mauvaise gestion de l’épidémie HN1 en France avait aggravé le fossé entre la population et les autorités de santé. L’amélioration de la communication, des connaissances des personnels de santé et l’implication du médecin traitant dans le processus de vaccination seraient déterminant pour une couverture vaccinale optimale

Étude qualitative de l’argumentaire à la non vaccination contre la grippe saisonnière auprès des personnes de l'environnement immédiat de patients

La grippe saisonnière tuerait chaque année entre 290 000 et 650 000 personnes dans le monde. Cette pathologie bénéficie pourtant d’une vaccination. Sa couverture vaccinale est une des plus faibles parmi les vaccins disponibles en Europe. L’objectif de ce travail était de déterminer les raisons de la non vaccination chez les soignants et les proches de patients fragiles, et de développer un argumentaire pour y faire face.Population et méthode : 26 personnes ont été interrogées dans le Finistère, 5 médecins, 6 infirmiers, 8 aides-soignants et 7 proches de patients fragiles via un entretien semi-directif ou par questionnaire manuscrit entre Mai 2017 et Juillet 2018. Le recrutement prenait fin à l’apparition d’une redondance dans les réponses au sein d’un même groupe.Résultats : les causes principales de refus étaient retrouvées l’absence de contraction d’une grippe antérieur, la peur des effets secondaires, l’absence de terrain fragile, l’inefficacité du vaccin et son manque d’accessibilité. Les arguments ont été catégorisés en 6 classes : anxiété, invincibilité, impuissance, maitrise, l’accessibilité et négligence. L’aspect endogène/exogène et le positionnement intellectuel de la réflexion étaient également analysés. Les médecins ont proposés majoritairement des arguments de négligence, contre les arguments d’invincibilité pour les infirmiers et les proches. Les aides-soignants avaient répondu des arguments de chaque catégorie.Conclusion : les arguments retrouvés dans l’étude étaient comparables à ceux de notre revue de littérature. Ils étaient multiples, multifactoriels et identiques depuis le début de la vaccination. Les médias comme Internet et les réseaux sociaux étaient déterminants dans la diffusion d’informations anti-vaccinales. La mauvaise gestion de l’épidémie HN1 en France avait aggravé le fossé entre la population et les autorités de santé. L’amélioration de la communication, des connaissances des personnels de santé et l’implication du médecin traitant dans le processus de vaccination seraient déterminant pour une couverture vaccinale optimale