A kernelized genetic algorithm decision tree with information criteria

Decision trees are one of the most widely used data mining models with a long history in machine learning, statistics, and pattern recognition. A main advantage of the decision trees is that the resulting data partitioning model can be easily understood by both the data analyst and customer. This is in comparison to some more powerful kernel related models such as Radial Basis Function (RBF) Networks and Support Vector Machines. In recent literature, the decision tree has been used as part of a two-step training algorithm for RBF networks. However, the primary function of the decision tree is not model visualization but dividing the input data into initial potential radial basis spaces. In this dissertation, the kernel trick using Mercer\u27s condition is applied during the splitting of the input data through the guidance of a decision tree. This allows the algorithm to search for the best split using the projected feature space information while remaining in the current data space. The decision tree will capture the information of the linear split in the projected feature space and present the corresponding non-linear split of the input data space. Using a genetic search algorithm, Bozdogan\u27s Information Complexity criterion (ICOMP) performs as a fitness function to determine the best splits, control model complexity, subset input variables, and decide the optimal choice of kernel function. The decision tree is then applied to radial basis function networks in the areas of regression, nominal classification, and ordinal prediction

Anisotropic Radial Layout for Visualizing Centrality and Structure in Graphs

This paper presents a novel method for layout of undirected graphs, where nodes (vertices) are constrained to lie on a set of nested, simple, closed curves. Such a layout is useful to simultaneously display the structural centrality and vertex distance information for graphs in many domains, including social networks. Closed curves are a more general constraint than the previously proposed circles, and afford our method more flexibility to preserve vertex relationships compared to existing radial layout methods. The proposed approach modifies the multidimensional scaling (MDS) stress to include the estimation of a vertex depth or centrality field as well as a term that penalizes discord between structural centrality of vertices and their alignment with this carefully estimated field. We also propose a visualization strategy for the proposed layout and demonstrate its effectiveness using three social network datasets.Comment: Appears in the Proceedings of the 25th International Symposium on Graph Drawing and Network Visualization (GD 2017

Digital system of quarry management as a SAAS solution: mineral deposit module

Purpose. Improving the efficiency of functioning the mining enterprises and aggregation of earlier obtained results into a unified digital system of designing and operative management by quarry operation. Methods. Both the traditional (analysis of scientific and patent literature, analytical methods of deposit parameters research, analysis of experience and exploitation of quarries, conducting the passive experiment and processing the statistical data) and new forms of scientific research - deposit modeling on the basis of classical and neural network methods of approximation – are used in the work. For the purpose of the software product realization on the basis of cloud technologies, there were used: for back-end implementation – server-based scripting language php; for the front-end – multi-paradigm programming language javascript, javascript framework jQuery and asynchronous data exchange technology Ajax. Findings. The target audience of the system has been identified, SWOT-analysis has been carried out, conceptual directions of 3D-quarry system development have been defined. The strategies of development and promotion of the software product, as well as the strategies of safety and reliability of the application both for the client and the owner of the system have been formulated. The modular structure of the application has been developed, and the system functions have been divided to implement both back-end and front-end applications. The Mineral Deposit Module has been developed: the geological structure of the deposit has been simulated and its block model has been constructed. It has been proved that the use of neural network algorithms does not give an essential increase in the accuracy of the block model for the deposits of 1 and 2 groups in terms of the geological structure complexity. The possibility and prospects of constructing the systems for subsoil users on the basis of cloud technologies and the concept of SaaS have been substantiated. Originality. For the first time, the modern software products for solving the problems of designing and operational management of mining operations have been successfully developed on the basis of the SaaS concept. Practical implications. The results are applicable for enterprises-subsoil users, working with deposits of 1 and 2 groups in terms of the geological structure complexity: design organizations, as well as mining and processing plants.Мета. Підвищення ефективності функціонування гірничорудних підприємств та агрегація раніше отриманих результатів в єдину цифрову систему проектування і оперативного управління роботою кар’єрів. Методика. У роботі використані як традиційні (аналіз науково-патентної літератури, аналітичні методи дослідження параметрів родовища, аналіз досвіду й експлуатації кар’єрів, проведення пасивного експерименту та статистичної обробки даних), так і нові форми наукового дослідження – моделювання родовища на основі класичних і нейромережевих методів апроксимації. Для реалізації програмного продукту на основі хмарних технологій використані: для реалізації back-end – серверна скриптова мова програмування php; для front-end – мультипарадігменна мова програмування javascript, javascript framework jQuery і технологія асинхронного обміну даними Ajax. Результати. Виявлено цільову аудиторію системи, проведено SWOT-аналіз, визначено концептуальні напрями розвитку системи 3D-кар’єр, розроблені стратегії розвитку та просування програмного продукту, розроблені стратегії безпеки й надійності додатки як для клієнта, так і власника системи. Розроблено модульну структуру програми, вироблено розподіл функцій системи для реалізації як back-end і front-end додатки. Розроблено модуль “Родовище”: проведено моделювання геологічної структури родовища та побудована його блокова модель. Доведено, що використання нейромережевих алгоритмів не дає принципового підвищення точності блокової моделі для родовищ 1 і 2 груп за складністю геологічної будови. Виявлено недоліки нейромережевих алгоритмів, такі як високі витрати обчислювальних ресурсів сервера і проблеми візуалізації великих масивів геоданих при використанні web-рішень, знайдені шляхи їх вирішення. Доведено можливість і перспективність побудови систем для надрокористувачів на основі хмарних технологій і концепції SaaS. Наукова новизна. Вперше на основі концепції ASP успішно побудовані сучасні програмні продукти для вирішення завдань проектування та оперативного керування гірничими роботами. Практична значимість. Результати корисні для підприємств-надрокористувачів, які працюють з родовищами 1 і 2 груп за складністю геологічної будови – проектних організацій і ГЗК.Цель. Повышение эффективности функционирования горнорудных предприятий и агрегация ранее полученных результатов в единую цифровую систему проектирования и оперативного управления работой карьеров. Методика. В работе использованы как традиционные (анализ научно-патентной литературы, аналитические методы исследования параметров месторождения, анализ опыта и эксплуатации карьеров, проведение пассивного эксперимента и статистической обработкой данных), так и новые формы научного исследования – моделирование месторождения на основе классических и нейросетевых методов аппроксимации. Для реализации программного продукта на основе облачных технологий использованы: для реализации back-end – серверный скриптовый язык программирования php; для front-end – мультипарадигменный язык программирования javascript, javascript framework jQuery и технология асинхронного обмена данными Ajax. Результаты. Выявлена целевая аудитория системы, проведен SWOT-анализ, определены концептуальные направления развития системы 3D-карьер, разработаны стратегии развития и продвижения программного продукта, разработаны стратегии безопасности и надежности приложения как для клиента, так и владельца системы. Разработана модульная структура приложения, произведено деление функций системы для реализации как back-end и front-end приложения. Разработан модуль “Месторождение”: проведено моделирование геологической структуры месторождения и построена его блочная модель. Доказано, что использование нейросетевых алгоритмов не дает принципиального повышения точности блочной модели для месторождений 1 и 2 групп по сложности геологического строения. Выявлены недостатки нейросетевых алгоритмов, такие как высокие затраты вычислительных ресурсов сервера и проблемы визуализации больших массивов геоданных при использовании web-решений, найдены пути их решения. Доказана возможность и перспективность построения систем для недропользователей на основе облачных технологий и концепции SaaS. Научная новизна. Впервые на основе концепции ASP успешно построены современные программные продукты для решения задач проектирования и оперативного управления горными работами. Практическая значимость. Результаты применимы для предприятий-недропользователей, работающих с месторождениями 1 и 2 групп по сложности геологического строения – проектных организаций и ГОКов.We express our profound gratitude to A.B. Naizabekov for his assistance in scientific research, to A.F. Tsekhovoy, P.A. Tsekhovoy, D.Sh. Akhmedov, V. V. Yankovenko and D.V. Nikitas for scientific advice in implementation of the program code. The research was carried out within the framework of the initiative research theme “Improving the Efficiency of Mining Enterprises” on the basis of the RSE at the Rudny Industrial Institute of the Ministry of Education and Science of the Republic of Kazakhstan

Information visualization for DNA microarray data analysis: A critical review

Graphical representation may provide effective means of making sense of the complexity and sheer volume of data produced by DNA microarray experiments that monitor the expression patterns of thousands of genes simultaneously. The ability to use ldquoabstractrdquo graphical representation to draw attention to areas of interest, and more in-depth visualizations to answer focused questions, would enable biologists to move from a large amount of data to particular records they are interested in, and therefore, gain deeper insights in understanding the microarray experiment results. This paper starts by providing some background knowledge of microarray experiments, and then, explains how graphical representation can be applied in general to this problem domain, followed by exploring the role of visualization in gene expression data analysis. Having set the problem scene, the paper then examines various multivariate data visualization techniques that have been applied to microarray data analysis. These techniques are critically reviewed so that the strengths and weaknesses of each technique can be tabulated. Finally, several key problem areas as well as possible solutions to them are discussed as being a source for future work