Étude d’un Dispositif Pédagogique Instrumenté Complexe et de ses propriétés. Une approche épistémique et méthodologique, le cas d’une université brésilienne.

In this thesis, we are working to solve an enigma by implementing a “research in action”: how has complex instrumented educational dispositif – CIED – become complex instrumented educational service – CIES? And more specifically: what are the ingredients that have participated in the effectiveness of the coupling of a university and a learning management system and how can we study the modes of emergence and existence in a meso organizational and decisional register and at the mesosystem class?This enigma is solved by mobilizing the CIED as a boundary object and epistemological and methodological tools such as: the dispositive approach, the ecological / systemic approach and activity theory. The analysis involves achieving a holistic reading of history. This methodological approach highlights the propensity of a dispositif to generate objects defined as related objects. The exploration of the properties of these related objects shows that it is possible to define a historical continuum and undo the discontinuities of the activity inherent in the computer traces.Dans cette thèse, nous œuvrons à résoudre une énigme en implémentant une recherche en cours d’action : comment un dispositif pédagogique instrumenté complexe – DPIC – est devenu un service pédagogique instrumenté complexe – SPIC ? Et plus précisément : quels sont les ingrédients qui ont participé à l’effectivité du couplage d’une université et d’un environnement numérique de formation et comment étudier ces modes d’émergence et d’existence dans un registre méso organisationnel et décisionnel au niveau du mésosystème ? Cette énigme est résolue en mobilisant le DPIC comme un objet frontière et des outils épistémiques et méthodologiques tels que l’approche dispositive, l’approche écologique/systémique et la théorie de l’activité. L’analyse consiste à réaliser une lecture holistique de l’histoire. Cette approche méthodologique met en évidence la propension d’un dispositif à générer des objets définis comme connexes. L’exploration des propriétés de ces objets connexes démontre qu’il est possible de définir un continuum historique et de défaire les discontinuités inhérentes aux traces informatiques laissées par l’activité

Cohérentisme historique et pratiques classificatoires : la phylogénétique contemporaine comme cas d'étude

L’objectif de cette thèse est de fournir un cadre théorique pour l’analyse philosophique des pratiques classificatoires en sciences. La classification, définie comme étant un geste épistémique dont l’objectif est de fournir une description du monde par découpage et discrimination, et par mise en relation des catégories ainsi formées, est un point de rencontre naturel entre philosophie et sciences. La tradition des espèces naturelles, considérée en philosophie des sciences comme la principale approche disponible pour l’analyse des pratiques classificatoires, est toutefois lacunaire. Dans le cadre de cette thèse, je démontre les faiblesses de cette approche et le besoin de mobiliser d’autres ressources épistémologiques pour penser la classification. À cet effet, je m’inspire de travaux en philosophie de la mesure s’inscrivant dans un courant de pensée que j’appelle le cohérentisme historique. Ces approches mettent l’accent sur les pratiques inférentielles et sur la charge théorique des observations en plus d’insister sur le dynamisme scientifique et la multitude de facteurs qui l’influencent (principe de respect, impératif de progrès, développements théoriques, nouveaux outils [mathématiques ou matériels], nouvelles données, histoire du champ disciplinaire, structure sociale de la recherche, etc.). Une fois ce cadre d’analyse épistémologique présenté en détail, je le mobilise pour étudier un ensemble de pratiques classificatoires en sciences, soit les pratiques phylogénétiques contemporaines. La phylogénétique est la discipline biologique qui vise à retracer les liens généalogiques qui unissent les êtres vivants. Les gènes et organismes sont ainsi regroupés au sein d’unités taxonomiques qui sont par la suite mises en relation. Ce champ disciplinaire a longtemps été associé de façon intime et exclusive au modèle arborescent, lui-même associé à la théorie de l’évolution par voie de sélection naturelle : les liens phylogénétiques entre organismes sont généralement représentés sous la forme d’un arbre, soit l’Arbre du vivant. Or, les dernières décennies ont vu émerger, au sein de la discipline, un compétiteur : le modèle réticulé. En analysant les différences et similarités qui lient ces deux types de modèles (modèles arborescents et modèles réseaux), je démontre que la transition d’un modèle à l’autre n’influence que superficiellement la pratique puisque la majorité de ses déterminants demeure inchangée. En bref, cette thèse présente un cadre d’analyse philosophique pour appréhender les pratiques classificatoires en sciences. J’importe des principes et des outils issus de travaux de la philosophie de la mesure afin de développer une philosophie de la classification qui comble les lacunes de la tradition des espèces naturelles. En s’ancrant dans ce que j’appelle le cohérentisme historique, cette thèse contribue non seulement à la bonne compréhension des pratiques classificatoires d’un point de vue épistémologique, mais aussi à la bonne compréhension des pratiques phylogénétiques contemporaines et de l’importante transition qui éloigne cette discipline de son modèle classique, soit l’Arbre du vivant.The main objective of this dissertation is to offer a philosophical framework for the analysis of scientific classificatory practices. Classification, here defined as an epistemic action that describes the world by breaking down phenomena into categories and by establishing relevant relationships between these categories, is a natural bridge between philosophy and science. The tradition of natural kinds, which is currently the main approach in philosophy of science for analysing classificatory practices, has important shortcomings when it comes to epistemologically analyzing scientific classification. In this dissertation, I highlight these weaknesses and the consequent need to develop a novel framework for tackling classificatory practices. To achieve this, I draw on an existing trend in philosophy of measurement, which I coined historical coherentism. This approach is centered on the analysis of inferential practices and stresses the importance of the theoretical charge of observations. It also focuses on the dynamic nature of scientific fields and on the variety of factors that determine scientific progress (principle of respect, imperative of progress, theoretical developments, mathematical and material innovations, new data, the history of a field of research, the social structure of the scientific community, etc.). After the detailed presentation and exploration of this epistemological framework, I use it to tackle a set of scientific classificatory practices, namely contemporary phylogenetic practices. Phylogenetics is the biological discipline that aims to reconstruct the genealogical relationships uniting living beings. Genes and organisms are grouped into operative taxonomic units, and these units are then connected within a system. Since its inception, phylogenetics has been intimately tied to tree-based models, with these tree-based models themselves tied to the theory of evolution by means of natural selection: the phylogenetic system connecting all living organisms takes the form of a tree, the Tree of Life. In the last few decades, however, an alternative type of models has gained more attention and support within the field: network-based models. Using historical coherentism, I analyze the differences and similarities between the two competing types of models (tree-based models and network-based models) and show that the transition from one to the other only superficially changes phylogenetic practices. Indeed, many factors that constrain these practices remain unchanged whether researchers use tree-based or network-based models. In short, this thesis presents a philosophical framework for the analysis of classificatory practices in sciences. I use various principles and tools imported from the philosophy of measurement to develop a philosophy of classification that covers the weaknesses of the tradition of natural kinds. By anchoring my work in historical coherentism, I contribute not only to our understanding of classificatory practices, from an epistemological perspective, but also to a better understanding of contemporary phylogenetic practices and of the significant transition that leads this discipline away from its classical model, the Tree of Life

Emergence et entropie : une analyse critique des stratégies explicatives émergentistes basées sur le concept d'entropie

Entropy is generally considered as an emergent property, while the emergence of certain organized structures is supposed tobe the result of entropy dissipation. Thus, emergence is sometimes seen as explaining entropy, whereas sometimes the explanation is the other way around, as entropy would explain emergence. As such both statements cannot be true. Faced with the daunting polysemy of these concepts of emergence, entropy and explanation, I argue that this apparent paradox can be formally solved as follows: the emergence (in a sense A) explains (in a sense B ) entropy (in a sense, C ) and entropy (in a sense D ) explains (in a sense E ) emergence (in a sense F ). The solution is therefore to specify A, B, C, D, E, and F. To do this, I suggest a (restricted) pluralistic model of explanation and a critical examination of the concept of entropy. In the case of entropy as explanandum of emergence (A, B and C), what is emerging is irreversibility as an essential property of thermodynamic entropy, but it cannot be emergence of synonymous of non-explicability. I then show three possibilities that can explain the emergence of thermodynamic entropy : (i) in a strong sense,as an ontological modality, (ii) in an intermediate sense, from what I call ‘methodological emergence’(where there is a possibility of reductive explanation but no derivational reduction), or (iii) in a weak sense, as its designation as a member of an emergence class.In the case of entropy as explanans of emergence (D, E, and F), one must distinguish the substantive approach from the analogical approach. In the first case, entropy refers to a robust and autonomous macroscopic property that can be mobilized in an explanans of the emergence of new complex structures. In the second case, the entropy exemplifies multiple realizability and can be mobilized, with a proper justification, within an explanans of the emergence of properties at higher levels. Ultimately, the polysemy of these concepts can be fruitful in this explanatory framework for various complex phenomena, from physics to biology.L'émergence est parfois présentée comme ce qui expliquerait l'entropie alors que l'entropie expliquerait l'émergence. Tels quels ces deux énoncés ne peuvent être tous deux vrais. Face à la polysémie déconcertante des concepts 'émergence, d'entropie et d'explication, je soutiens que cet apparent paradoxe peut être résolu formellement ainsi: l'émergence (en un sens A) explique (en un sens B) l'entropie (en un sens C) et l'entropie (en un sens D) explique (en un sens E) l'émergence (en un sens F). La solution revient donc à préciser A, B, C, D, E, et F. Pour ce faire, je propose un modèle pluraliste (restreint) de l'explication et un examen critique du concept d'entropie.Dans le cas de l'entropie comme explanandum de l'émergence (A, B et C), ce qui émerge est l'irréversibilité comme propriété essentielle de l'entropie thermodynamique, mais l'émergence ne peut être synonyme de non-explicabilité. Je montre alors trois possibilités où l'émergence peut expliquer l'entropie thermodynamique: selon (i) un sens fort, comme une modalité ontologique, (ii) selon un sens intermédiaire d'après ce que j'appelle l'émergence méthodologique, ou (iii) un sens faible, comme sa désignation comme membre d'une classe d'émergents. Dans le cas de l'entropie comme explanans de l'émergence (D, E, et F), il faut distinguer l'approche substantielle de l'approche analogique. Dans le premier cas, l'entropie renvoie à une propriété macroscopique robuste et autonome pouvant être mobilisée au sein d'un explanans de l'émergence de nouvelles structures complexes. Dans le second cas, l'entropie exemplifie la réalisabilité multiple et peut être mobilisée, nonobstant une justification, au sein d'un explanans de l'émergence de propriétés à des niveaux supérieurs. En définitive, la polysémie de ces concepts peut être fructueuse au sein de ce cadre explicatif de phénomènes divers et complexes, de la physique à la biologie

Émergence et entropie

Thèse effectuée en cotutelle avec l’Université de Montréal et l’Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne (IHPST)L’entropie est généralement considérée comme une propriété émergente, tandis que l’émergence de certaines structures organisées serait le résultat d’une dissipation d’entropie. Ainsi, l’émergence est parfois présentée comme ce qui expliquerait l’entropie alors que l’entropie expliquerait l’émergence. Tels quels, ces deux énoncés ne peuvent être tous deux vrais. Face à la polysémie déconcertante des concepts d’émergence, d’entropie et d’explication, je soutiens que cet apparent paradoxe peut être résolu formellement ainsi : l’émergence (en un sens A) explique (en un sens B) l’entropie (en un sens C) et l’entropie (en un sens D) explique (en un sens E) l’émergence (en un sens F). La solution revient donc à préciser A, B, C, D, E, et F. Pour ce faire, je propose un modèle pluraliste (restreint) de l’explication et un examen critique du concept d’entropie. Dans le cas de l’entropie comme explanandum de l’émergence (A, B et C), ce qui émerge est l’irréversibilité comme propriété essentielle de l’entropie thermodynamique, mais l’émergence ne peut être synonyme de non-explicabilité. Je montre alors trois possibilités où l’émergence peut expliquer l’entropie thermodynamique : selon (i) un sens fort, comme une modalité ontologique, (ii) selon un sens intermédiaire d’après ce que j’appelle l’émergence méthodologique (où il y a possibilité d’explication réductive sans réduction dérivationnelle), et (iii) selon un sens faible, comme sa désignation comme membre d’une classe d’émergents. Dans le cas de l’entropie comme explanans de l’émergence (D, E, et F), il faut distinguer l’approche substantielle de l’approche analogique. Dans le premier cas, l’entropie renvoie à une propriété macroscopique robuste et autonome pouvant être mobilisée au sein d’un explanans de l’émergence de nouvelles structures complexes. Dans le second cas, l’entropie exemplifie la réalisabilité multiple et peut être mobilisée, modulo une justification, au sein d’un explanans de l’émergence de propriétés à des niveaux supérieurs. En définitive, la polysémie de ces concepts peut être fructueuse au sein de ce cadre explicatif de phénomènes divers et complexes, de la physique à la biologie.Entropy is generally considered as an emergent property, while the emergence of certain organized structures is supposed to be the result of entropy dissipation. Thus, emergence is sometimes seen as explaining entropy, whereas sometimes the explanation is the other way around, as entropy would explain emergence. As such both statements cannot be true. Faced with the daunting polysemy of these concepts of emergence, entropy and explanation, I argue that this apparent paradox can be formally solved as follows: the emergence (in a sense A) explains (in a sense B) entropy (in a sense, C) and entropy (in a sense D) explains (in a sense E) emergence (in a sense F). The solution is therefore to specify A, B, C, D, E, and F. To do this, I suggest a (restricted) pluralistic model of explanation and a critical examination of the concept of entropy. In the case of entropy as explanandum of emergence (A, B and C), what is emerging is irreversibility as an essential property of thermodynamic entropy, but it cannot be emergence of synonymous of non-explicability. I then show three possibilities that can explain the emergence of thermodynamic entropy: (i) in a strong sense, as an ontological modality, (ii) in an intermediate sense, from what I call ‘methodological emergence’ (where there is a possibility of reductive explanation but no derivational reduction), or (iii) in a weak sense, as its designation as a member of an emergence class. In the case of entropy as explanans of emergence (D, E, and F), one must distinguish the substantive approach from the analogical approach. In the first case, entropy refers to a robust and autonomous macroscopic property that can be mobilized in an explanans of the emergence of new complex structures. In the second case, the entropy exemplifies multiple realizability and can be mobilized, with a proper justification, within an explanans of the emergence of properties at higher levels. Ultimately, the polysemy of these concepts can be fruitful in this explanatory framework for various complex phenomena, from physics to biology

Qu’est-ce que le travail scientifique des données ?

Puisant ses analyses et ses exemples dans des champs scientifiques variés, cet ouvrage (dont l’original est paru en 2015 chez MIT Press) offre une étude inédite des utilisations des données au sein des infrastructures de la connaissance – utilisations qui varient largement d’une discipline à l’autre. Bien que le big data ait régulièrement les honneurs de la presse des deux côtés de l’Atlantique, Christine L. Borgman met en évidence qu’il vaut mieux disposer des bonnes données qu’en avoir beaucoup. Elle montre également que les little data peuvent s’avérer aussi précieuses que les big data, et, que, dans bien des cas, il n’y a aucune donnée, parce que les informations pertinentes n’existent pas, sont introuvables ou sont indisponibles… Au travers d’études de cas pratiques issus d’horizons divers, Christine L. Borgman met aussi en lumière que les données n’ont ni valeur ni signification isolément : elles s’inscrivent au sein d’une infrastructure de la connaissance, c’est-à-dire d’un écosystème de personnes, de pratiques, de technologies, d’institutions, d’objets matériels et de relations. Pour l’autrice, gérer les données et les exploiter sur le long terme requiert ainsi des investissements massifs dans ces infrastructures de la connaissance. L’avenir de la recherche, dans un monde en réseau, en dépend

Qu’est-ce que le travail scientifique des données ?

Puisant ses analyses et ses exemples dans des champs scientifiques variés, cet ouvrage (dont l’original est paru en 2015 chez MIT Press) offre une étude inédite des utilisations des données au sein des infrastructures de la connaissance – utilisations qui varient largement d’une discipline à l’autre. Bien que le big data ait régulièrement les honneurs de la presse des deux côtés de l’Atlantique, Christine L. Borgman met en évidence qu’il vaut mieux disposer des bonnes données qu’en avoir beaucoup. Elle montre également que les little data peuvent s’avérer aussi précieuses que les big data, et, que, dans bien des cas, il n’y a aucune donnée, parce que les informations pertinentes n’existent pas, sont introuvables ou sont indisponibles… Au travers d’études de cas pratiques issus d’horizons divers, Christine L. Borgman met aussi en lumière que les données n’ont ni valeur ni signification isolément : elles s’inscrivent au sein d’une infrastructure de la connaissance, c’est-à-dire d’un écosystème de personnes, de pratiques, de technologies, d’institutions, d’objets matériels et de relations. Pour l’autrice, gérer les données et les exploiter sur le long terme requiert ainsi des investissements massifs dans ces infrastructures de la connaissance. L’avenir de la recherche, dans un monde en réseau, en dépend

Une histoire de la chimie atmosphérique globale: Enjeux disciplinaires et d'expertise de la Couche d'ozone et du Changement climatique

Until now, the history of environmental sciences has not extensively documented the input of atmospheric chemists, who formalize the chemical reactions that take place in the atmosphere. This PhD dissertation focuses on chemistry of the global atmosphere. Atmospheric chemistry has been in the heart of the expertise on the anthropogenic destruction of the ozone layer from 1970 on. Since the end of the 1980s, atmospheric chemists have also taken part in the writing of the IPCC reports. They have also contributed to the more holistic works on the “Earth system”. Combining different approaches for studying sciences and techniques, this PhD dissertation writes a "social" history of the academic field on chemistry of the global atmosphere since the 1920s. Our narrative is mainly focused on the evolution of the scientific practices of chemistry of the global atmosphere, on social and disciplinary changes, and on the new types of expertise that have emerged within the field. The author mainly concentrates on three "moments": the first two decades of the Coldwar; the “environmental(ist) turn” of atmospheric sciences in the 1970s and 80s; the climate change governance.L’histoire des sciences de l’environnement a, jusqu’à présent, peu documenté l’apport des chimistes de l’atmosphère, qui formalisent les réactions chimiques se produisant au sein de l’atmosphère. Cette thèse porte spécifiquement sur la chimie atmosphérique globale. La chimie de l’atmosphère a été au centre de l’expertise sur la destruction anthropique de la couche d’ozone à partir de 1970. Les chimistes de l’atmosphère ont également participé à l’élaboration des rapports du GIEC (Groupe d’experts intergouvernemental sur l'évolution du climat) à partir de la fin des années 1980, ainsi qu’à des travaux au sein de la science dite « du système Terre ». En combinant différentes approches de l’étude des sciences et des techniques, ce mémoire de thèse fait une histoire "sociale" du champ d’étude sur la chimie atmosphérique globale depuis les années 1920. Le cœur du récit porte sur l’évolution des pratiques scientifiques de la chimie atmosphérique globale, les reconfigurations disciplinaires et sociales, et l’apparition de nouvelles formes d’expertise et de figures d’expert propres à ce champ d’étude. L’auteur examine dans le détail trois "moments": les deux premières décennies de la Guerre froide ; le "tournant environnemental(iste)" des sciences de l’atmosphère dans les années 1970- 80 ; la gouvernance du changement climatique

Evaluation de l'impact bioclinique et social, individuel et collectif, du traitement ARV chez des patients VIH-1 pris en charge depuis 10 ans dans le cadre de l'ISAARV : cohorte ANRS 1215 : rapport final

This report presents the results from studies conducted between 2009 and 2011 in Senegal in the framework of the ANRS 1215 research program aimed at documenting the long-term impact of therapeutic treatment with antiretroviral drugs. The 400 participants from ANRS cohort 1215 began treatment between 1998 and 2002; they were among the first people living with HIV in Africa to receive ARV therapies. These studies were conducted using a multidisciplinary approach. The main themes are: - Medical science: immune restoration among patients who were the most immunocompromised, virologic failure and resistance mutations, changes in treatment efficacy and mortality, a description of comorbidities, an investigation of the effects of aging, and sexual health. - Public health and epidemiology: changes in treatment adherence, socioeconomic outcomes for patients, sociomedical conditions and determinants for treatment failure, and mental health. - Social sciences: patient's experience of the disease and treatment over the long term, social aspects of childbearing for HIV-positive women on ARVs, perceptions and practices related to prevention of sexual transmission of HIV for patients on ARVs, perceptions of lipodystrophy, vulnerability among widows and the aged, critical analysis of the degree of stigmatization, cost analysis of treatment and drugs, and systems for ethical research. Each of these themes led to specific, often overlapping, studies that used a complementary approach. This report is organized into five sections, with a standardized format for writing conventions, presentation, and bylines, according to the uses in the dominant disciplinary field for each part.Ce rapport rassemble les résultats des études réalisées entre 2009 et 2011 au Sénégal dans le cadre du programme de recherche ANRS 1215 qui avait pour objectif de documenter l'impact à long terme de la prise en charge thérapeutique par les médicaments antirétroviraux. Les 400 participants de la cohorte ANRS 1215 ont débuté leur traitement entre 1998 et 2002, ils font partie des premières personnes vivant avec le VIH en Afrique à avoir reçu des traitements ARV. Ces études ont été menées dans une perspective pluridisciplinaire. Les principales thématiques sont : - en sciences médicales : la restauration immunologique chez les patients les plus immunodéprimés, les échecs virologiques et les mutations de résistances, l'évolution de l'efficacité thérapeutique et de la mortalité, la description des co-morbidités, l'étude des effets du vieillissement, et la santé sexuelle. - en santé publique et épidémiologie : l'évolution de l'observance thérapeutique, le devenir socio-économique des patients, les conditions et déterminants socio-médicaux des échecs thérapeutiques, la santé mentale. - en sciences sociales : l'expérience de la maladie et du traitement à long terme, les aspects sociaux de la procréation chez les femmes vivant avec le VIH traitées par ARV, les perceptions et pratiques relatives à la prévention de la transmission sexuelle du VIH chez les patients traités par ARV, la perception des lipodystrophies, la vulnérabilité des veuves et des personnes âgées, l'analyse critique de la mesure de la stigmatisation, l'étude des coûts de prise en charge et des médicaments, les dispositifs éthiques de la recherche. Chacun de ces thèmes a conduit à des investigations spécifiques, le plus souvent associées, dans des approches visant la complémentarité. Ce rapport est organisé en cinq parties, ayant une cohérence interne au plan des conventions de rédaction, de présentation et de signatures, suivant les usages des champs disciplinaires dominants dans chaque partie