Hybrid modelling of biological systems: current progress and future prospects

Copyright © 2022 The Author(s). Integrated modelling of biological systems is becoming a necessity for constructing models containing the major biochemical processes of such systems in order to obtain a holistic understanding of their dynamics and to elucidate emergent behaviours. Hybrid modelling methods are crucial to achieve integrated modelling of biological systems. This paper reviews currently popular hybrid modelling methods, developed for systems biology, mainly revealing why they are proposed, how they are formed from single modelling formalisms and how to simulate them. By doing this, we identify future research requirements regarding hybrid approaches for further promoting integrated modelling of biological systems.National Natural Science Foundation of China (61873094)

Modelling Early Transitions Toward Autonomous Protocells

This thesis broadly concerns the origins of life problem, pursuing a joint approach that combines general philosophical/conceptual reflection on the problem along with more detailed and formal scientific modelling work oriented in the conceptual perspective developed. The central subject matter addressed is the emergence and maintenance of compartmentalised chemistries as precursors of more complex systems with a proper cellular organization. Whereas an evolutionary conception of life dominates prebiotic chemistry research and overflows into the protocells field, this thesis defends that the 'autonomous systems perspective' of living phenomena is a suitable - arguably the most suitable - conceptual framework to serve as a backdrop for protocell research. The autonomy approach allows a careful and thorough reformulation of the origins of cellular life problem as the problem of how integrated autopoietic chemical organisation, present in all full-fledged cells, originated and developed from more simple far-from-equilibrium chemical aggregate systems.Comment: 205 Pages, 27 Figures, PhD Thesis Defended Feb 201

Towards Executable Biology

Heringa, J. [Promotor]Fokkink, W.J. [Promotor]Feenstra, K.A. [Copromotor

Toward Accessible Multilevel Modeling in Systems Biology: A Rule-based Language Concept

Promoted by advanced experimental techniques for obtaining high-quality data and the steadily accumulating knowledge about the complexity of life, modeling biological systems at multiple interrelated levels of organization attracts more and more attention recently. Current approaches for modeling multilevel systems typically lack an accessible formal modeling language or have major limitations with respect to expressiveness. The aim of this thesis is to provide a comprehensive discussion on associated problems and needs and to propose a concrete solution addressing them

Computational aspects of cellular intelligence and their role in artificial intelligence.

The work presented in this thesis is concerned with an exploration of the computational aspects of the primitive intelligence associated with single-celled organisms. The main aim is to explore this Cellular Intelligence and its role within Artificial Intelligence. The findings of an extensive literature search into the biological characteristics, properties and mechanisms associated with Cellular Intelligence, its underlying machinery - Cell Signalling Networks and the existing computational methods used to capture it are reported. The results of this search are then used to fashion the development of a versatile new connectionist representation, termed the Artificial Reaction Network (ARN). The ARN belongs to the branch of Artificial Life known as Artificial Chemistry and has properties in common with both Artificial Intelligence and Systems Biology techniques, including: Artificial Neural Networks, Artificial Biochemical Networks, Gene Regulatory Networks, Random Boolean Networks, Petri Nets, and S-Systems. The thesis outlines the following original work: The ARN is used to model the chemotaxis pathway of Escherichia coli and is shown to capture emergent characteristics associated with this organism and Cellular Intelligence more generally. The computational properties of the ARN and its applications in robotic control are explored by combining functional motifs found in biochemical network to create temporal changing waveforms which control the gaits of limbed robots. This system is then extended into a complete control system by combining pattern recognition with limb control in a single ARN. The results show that the ARN can offer increased flexibility over existing methods. Multiple distributed cell-like ARN based agents termed Cytobots are created. These are first used to simulate aggregating cells based on the slime mould Dictyostelium discoideum. The Cytobots are shown to capture emergent behaviour arising from multiple stigmergic interactions. Applications of Cytobots within swarm robotics are investigated by applying them to benchmark search problems and to the task of cleaning up a simulated oil spill. The results are compared to those of established optimization algorithms using similar cell inspired strategies, and to other robotic agent strategies. Consideration is given to the advantages and disadvantages of the technique and suggestions are made for future work in the area. The report concludes that the Artificial Reaction Network is a versatile and powerful technique which has application in both simulation of chemical systems, and in robotic control, where it can offer a higher degree of flexibility and computational efficiency than benchmark alternatives. Furthermore, it provides a tool which may possibly throw further light on the origins and limitations of the primitive intelligence associated with cells

Modelling early transitions toward autonomous protocells.

252 p.La transición entre materia inerte y viviente sigue constituyendo un problema abierto en ciencia. Las líneas de investigación actuales en el campo del origen de la vida, ya sean basadas en moléculas replicativas individuales o en la nueva visión protocelular del problema, están típicamente orientadas hacia una concepción evolutiva de lo vivo. De acuerdo a esta concepción, el interés fundamental se centra en descubrir cómo moléculas o ensamblados químicos prebióticamente plausibles comenzaron a replicarse, a engarzarse en dinámicas selectivas y a aumentar en complejidad -- en último término, hacia la complejidad bioquímica de las células vivas. Esta tesis doctoral se enfrenta al problema del origen de vida celular desde una plataforma conceptual alternativa, la perspectiva de los sistemas autónomos, la cual pivota sobre la teoría de la Autonomía Biológica. Desde dicha perspectiva sistémica de la organización celular, las transiciones clave en el origen de la vida deben ser reformuladas en términos de cómo determinados sistemas químicos compartimentados (es decir, protocélulas) comenzaron a desarrollar infraestructuras químicas integradas para poder mantenerse en condiciones alejadas del equilibrio; y, a continuación, cómo estas infraestructuras integradas pasaron a constituir la organización autopoiética que despliegan las células propiamente biológicas. La autonomía define un marco global cualitativamente distinto --y también más amplio y apropiado, se argumenta-- para conducir y dar sentido a la investigación científica sobre protocélulas.El trabajo presentado en esta tesis resulta de un bucle en el que se entrelazan la reflexión filosófica sobre el problema del origen de la vida y la modelización científica en torno a los sistemas proto-celulares. Podríamos decir que constituye una demostración práctica de cómo la interacción directa entre ciencia y filosofía es capaz de dar lugar a intuiciones nuevas y fructíferos resultados en torno a un problema complejo, como lo es la transición desde la física y la química hacia la biología. A nivel conceptual, este trabajo de tesis doctoral se adentra en la concepción de vida como autonomía y analiza las implicaciones (radicales) que esta visión organizativa y sistémica de lo vivo tiene en el planteamiento sobre las transiciones principales de la evolución proto-celular. A nivel científico, la tesis se ha construido en torno a la elaboración de modelos proto-celulares realistas, ¿semi-empíricos¿, mediante los cuales se ha pretendido iluminar los primeros pasos que deben darse, desde un escenario físico-químico generalista, hacia los sistemas autónomos más primitivos o mínimos. A lo largo de todo el trabajo, ambos niveles de análisis, conceptual y científico, se retroalimentan, quedando profundamente imbricados y mutuamentereforzados: los aspectos conceptuales resultan esenciales para definir y destacar el valor de las cuestiones científicas abordadas, mientras que la labor de carácter propiamente científico hace posible una mayor especificación de algunas problemáticas que tienden a ser desdeñadas en el campo de investigación de la química prebiótica, incluyendo los enfoques proto-celulares.Objetivos principalesLos objetivos principales de esta tesis doctoral son los siguientes:1. Explicar de qué manera(s) la perspectiva de la autonomía biológica condiciona el programa de investigación sobre el origen de la vida, detallando el conjunto de cuestiones científicas que dicha perspectiva lleva a tratar, así como las transiciones prebióticas que plantea como fundamentales -- en contraste con el paradigma evolutivo establecido en el campo.2. Explorar las raíces físico-químicas de la autonomía biológica, identificando y poniendo en relieve un área ciega en la investigación actual sobre proto-células: a saber, la modelización teórica rigurosa de sistemas químicos elementales en interacción con compartimentos lipídicos dinámicos. Argumentar en qué sentido este escenario prebiótico constituye una transición necesaria hacia formas de autonomía protocelular básica o mínima.3. Desarrollar modelos protocelulares semi-empíricos que aporten nuevas claves sobre la cuestión del acoplamiento temprano entre reacciones químicas y compartimentos lipídicos dinámicos, previo a la aparición de células metabólicas -- es decir, propiamente auto-productivas.4. Examinar pormenorizadamente las implicaciones de dicho trabajo de modelización sobre el marco conceptual general de la autonomía y, más específicamente, en lo que se refiere a su aplicación al contexto del origen de la vida.5. Identificar y explicar los retos futuros a los que se enfrenta la modelización semi-empírica de sistemas proto-celulares, proponiendo estrategias para avanzar en la comprensión sobre cómo dichos sistemas fueron desarrollando comportamiento autónomo.A continuación se ofrece un compendio de los contenidos de este trabajo de tesis doctoral, destacando las ideas principales y la línea conceptual básica que se ha seguido. Los capítulos 1-3 consisten en una introducción extendida al trabajo, incluyendo una revisión detallada de la bibliografía previa relevante. Esta parte inicial establece el marcoteórico general desde el cual se enfoca el problema del origen de la vida en la tesis, examinando cuidadosamente las implicaciones que la perspectiva de la autonomía tiene sobre el programa de investigación en sistemas proto-celulares, antes de acometer la identificación y especificación de los problemas concretos que se someterán a modelización en la misma, como contribución de naturaleza más estrictamente científica.Sumario de contenidosEsta tesis comienza en el Capítulo 1 con un repaso general introductorio sobre la investigación en sistemas proto-celulares. Dentro del campo del origen de la vida, las proto-células (sistemas físico-químicos compartimentados que se asemejan de un modo más o menos distante a las células vivas) se perciben cada día más como un puente fundamental hacia los sistemas biológicos. Pueden citarse muchas razones por las que la presencia de compartimentos auto-ensamblados desde fases muy tempranas en el origen de la vida es beneficiosa, al tiempo que altamente plausible. Los argumentos a favor de su relevancia prebiótica abarcan desde el papel que pudieron jugar como `localizadores¿ o `segregadores¿ de poblaciones moleculares (permitiendo su evolución) hasta el de establecer el andamiaje y las condiciones químicas adecuadas para acoger y potenciar complejas secuencias de reacciones químicas interconectadas.No obstante, aunque constituyan un vehículo útil para explicar el proceso de abiogénesis, las protocélulas son más bien neutrales desde un punto de vista conceptual y, tomadas en un sentido amplio, no definen un programa de investigación específico sobre el origen de vida -- sobre todo bajo la asunción de que ésta debe convertirse en celular en algún momento. De hecho, en la práctica, las proto-células son empleadas en programas de investigación científica que se adhieren a visiones generales notablemente divergentes sobre lo que el fenómeno `vida¿ lleva consigo. Distintos autores mantienen (implícita o explícitamente) concepciones muy diferentes sobre lo que es la vida y estas concepciones se filtran y sesgan el tipo de experimentos y de modelos protocelulares que impulsan, así como la manera en que interpretan los resultados de dichos experimentos.Por tanto, una labor de reflexión teórica y filosófica más profunda sobre lo que constituye `vida¿ es de central importancia para la investigación proto-celular y, más en general, para el estudio del origen de los sistemas biológicos. A pesar de que persisten las dificultades a la hora de establecer una clara ¿línea divisoria¿, universalmente aceptada, entre el mundo inerte y el viviente, los investigadores de campos como el origen de la vida, la vida artificial o la biología sintética se siguen demarcando según dos amplias corrientes conceptuales. El objetivo del Capítulo 2 es explicar, en detalle, los principios básicos sobre los que se articulan dichas corrientes conceptuales. La corriente dominante en la actualidad, que mantiene una visión evolutiva de la vida, pivota sobre una perspectivadiacrónica de los sistemas biológicos, analizados a través de sucesivas generaciones o linajes, de acuerdo a la cual lo vivo se manifestaría por primera vez en sistemas químicos capaces de reproducción, proliferación, e incremento de complejidad por procesos de competición y selección. Esta perspectiva se apoya en la extensión de los principios evolutivos (como por ejemplo, el mecanismo de la selección natural) a unidades mucho más simples que los organismos vivos, y subyace a hipótesis de trabajo como la del `mundo ARN¿ o al proyecto de la `ribo-célula¿. La corriente alternativa, menos extendida en el campo de los orígenes hasta la fecha, se apoya sobre una visión de la vida como autonomía (o `autopoiesis¿), interpretando los sistemas biológicos desde una perspectiva sincrónica, que se centra en el estudio del tipo de organización de componentes y procesos que los caracteriza, aquí y ahora, como sistemas alejados del equilibrio pero de gran robustez dinámica. Esta concepción defiende enfoques como los de la `química de sistemas¿ (acoplamiento de redes auto-catalíticas) o el `mundo de los lípidos¿.A pesar de que las líneas de investigación prebiótica más importantes en la actualidad se encuadran dentro la concepción evolutiva de la vida, en esta tesis doctoral se argumenta que la perspectiva de la autonomía, si bien aún minoritaria, es de hecho el marco conceptual más adecuado y abarcador a la hora de encarar el problema del origen de la vida -- en particular, la emergencia de la celularidad. Un punto ciego muy importante de los enfoques evolutivos es que, al percibir que la vida se manifiesta, por encima de todo, `a través del tiempo¿, adolecen de una falta de rigurosidad en cuanto a la descripción de la organización material, físico-química, que subyace a un sistema celular con metabolismo propio. Los planteamientos evolutivos asumen implícitamente que las células vivas son redes químicas instruidas genéticamente e individualizadas en `bolsas lipídicas¿. Esta noción tan débil de celularidad se traduce en programas de investigación principalmente enfocados al estudio de conjuntos o poblaciones de especies químicas de relevancia biológica que tengan potencial de incrementar por sí mismas en complejidad a lo largo del tiempo (típicamente aplicando técnicas de evolución artificial, in vitro o in silico). Así, se lleva a cabo un uso meramente instrumental de los compartimentos protocelulares, incluyéndolos como `contenedores químicos¿ del sistema tan sólo en la medida en que se compruebe o se intuya que puedan facilitar la consecución de dicho objetivo evolutivo primario.La perspectiva de la autonomía, en cambio, inculca un profundo reconocimiento del complejo entramado organizativo en el que se disponen las moléculas biológicas, coordinadas tanto espacialmente como temporalmente, para lograr constituir una célula funcional que mantenga su dinámica alejada del equilibrio. Esta visión sistémica y organizativa de la celularidad se refleja en un empeño mucho más pronunciado por comprender, en el contexto del origen de la vida, cómo es posible que surjan y se establezcan sistemas químicos acoplados con los compartimentos en los que son espontáneamente encapsulados, de manera que progresen hacia formas de integracióncada vez más similares a la complementariedad autopoiética, auto-productiva, que caracteriza a las células vivas. Por tanto, la clave que distingue a la perspectiva de la autonomía es su pretensión de hacer tan explícito y preciso como sea posible el problema del acoplamiento y la integración funcional de componentes y procesos químicos diversos, como un requisito necesario para constituir --en condiciones alejadas del equilibrio termodinámico-- entidades con identidad y frontera propias. Esto conduce de manera natural, como se muestra en esta tesis, al tratamiento de aspectos específicos relacionados con el auto-ensamblaje de compartimentos supramoleculares, su permeabilidad selectiva a distintos componentes moleculares, posibles desequilibrios osmóticos (y trasvases acuosos compensatorios a través de la membrana), canalización y distribución de recursos energéticos¿ aspectos todos ellos en los que la perspectiva evolutiva no suele mostrar mayor interés.El Capítulo 3 explica el modo en que puede implementarse un programa de investigación sobre autonomía protocelular, construyendo un puente entre los enfoques científicos y conceptuales descritos los dos primeros capítulos. El capítulo comienza analizando las razones por las cuales la teoría de la autonomía biológica, a pesar de su relevancia y centralidad, conduce a retos o problemáticas que no son fáciles de traducir en modelos simplificados, cuantitativos y precisos. A continuación se revisan las aproximaciones, experimentales y computacionales, que se han venido realizando en el pasado para implementar sistemas autopoiéticos mínimos, in vitro e in silico, descritos como intentos preliminares para la modelización de sistemas autónomos, mostrando asimismo sus correspondientes limitaciones. Una vez completada la revisión, se introduce el planteamiento ¿semi-empírico¿ híbrido que será defendido en la tesis como vía teórica, bien apoyada en resultados experimentales realistas, que permite enfrentarse de un modo más sólido y coherente al origen de la autonomía protocelular.En la última parte del Capítulo 3 se identifica y delimita de manera más precisa el área concreta en el que este trabajo de tesis doctoral ha llevado a cabo sus contribuciones científicas: la modelización realista de químicas alejadas del equilibrio que tienen lugar en compartimentos lipídicos dinámicos. Esta área implica la elaboración de modelos de reactores proto-celulares tempranos, los cuales precedieron a las primeras proto-células estrictamente auto-productivas. Este tipo de reactor compartimentado inicial no tendría aún la capacidad de fabricar componentes orgánicos relativamente complejos (como lípidos o péptidos), pero habrían comenzado a desplegar comportamientos no-lineares y emergentes de relevancia biológica.El Capítulo 4 proporciona una síntesis, sin entrar en mucho detalle técnico, de las aportaciones científicas llevadas a cabo. Cuatro modelos diferentes, elaborados durante la realización de esta tesis, son revisados en secuencia. Entre ellos destaca el trabajo de modelización de la cinética de intercambio de lípidos de membrana (con su entornoacuoso), validado de manera rigurosa frente a resultados experimentales, como parte fundamental del modelo semi-empírico proto-celular introducido en el Capítulo 3. También se pone de especial relieve otro modelo, planteado a un nivel de complejidad protocelular superior, en el cual ya hay presencia de una cierta química interna. Con este modelo queda demostrado que el flujo acuoso a través de la membrana de vesículas relativamente simples (aunque, eso sí, de volumen variable) puede contribuir a crear una mayor riqueza de comportamientos dinámicos reactivos, asociados a dicha química interna. Este tipo de acoplamiento entre reactor y frontera encapsuladora se daría en un amplio espectro de condiciones, siempre y cuando el flujo de agua ocurra en respuesta a efectos osmóticos generados por la propia química interna. Así pues, en ese punto se introduce y explica pormenorizadamente la idea del `acoplamiento osmótico¿, como un principio sistémico general que sería de aplicación a toda clase de metabolismo compartimentado, independientemente de su complejidad, siempre que el compartimento sea dinámico, de volumen variable.Finalmente, en el Capítulo 5 se aborda una recapitulación general del trabajo y un debate acerca de las limitaciones del planteamiento semi-empírico defendido, así como una serie de indicaciones sobre líneas de trabajo de posible interés para el futuro. Se vuelve a poner en valor la perspectiva organizativa-sistémica que propugna la teoría de la autonomía, argumentando a favor de la necesidad de una caracterización adecuada, bien articulada, de las entidades individuales básicas que en definitiva son capaces de evolución biológica: las células vivas. Desde ese punto de vista, alternativo al establecido mayoritariamente en el campo del origen de la vida, se sugiere un conjunto de transiciones prebióticas fundamentales que reflejan, en esencia, el hipotético desarrollo de poblaciones de sistemas proto-celulares de complejidad creciente.ConclusionesEn definitiva, como resultado de este trabajo de tesis doctoral, podemos extraer las siguientes conclusiones generales:1. La investigación científica sobre el origen de la vida requiere un importante trabajo de análisis y clarificación conceptual. El campo de la química prebiótica es un área de investigación que se beneficia claramente de la combinación de planteamientos científicos y filosófico-conceptuales. Cualquier intento de sintetizar sistemas biológicos a partir de sus ingredientes o precursores físico-químicos elementales se lleva a cabo desde una determinada concepción sobre lo que es `vida¿. Y según la interpretación que se haga de este término, incluso las agendas o programas de investigación enfocados sobre sistemas proto-celulares pueden llegar a ser divergentes, o sorprendentemente diferentes. Portanto, es muy aconsejable que los investigadores reconozcan y hagan lo más explícita posible su postura sobre esta cuestión en sus contribuciones científicas.2. La perspectiva de la autonomía, aplicada al problema del origen de la vida, promueve retos de carácter sistémico, de gran calado para la química, asociados a la emergencia de la organización celular. La aceptación y el despliegue de este tipo de planteamiento lleva emparejado una reformulación radical de las transiciones prebióticas y la investigación en sistemas proto-celulares. En particular, preguntarse por la cuestión de la autonomía mínima conduce a programas de investigación que buscan con ahínco descubrir los principios y mecanismos moleculares que subyacen a los distintos tipos/grados de acoplamiento funcional (entre componentes y procesos de transformación de dichos componentes) que debieron darse a lo largo del desarrollo de la protocelularidad. Los enfoques sobre proto-células puramente evolutivos pasan por alto este requerimiento del acoplamiento y la integración funcional, que no obstante es clave para desentrañar el modo en que diversas estructuras materiales consiguen constituirse como organizaciones celulares. El desarrollo riguroso de una teoría sobre la organización celular y su emergencia en condiciones prebióticas pasa por comprender mejor de qué manera distintos compartimentos proto-celulares y químicas proto-metabólicas pueden engarzarse funcionalmente e iniciar un proceso de co-evolución que lleve hacia un comportamiento autónomo básico lo suficientemente robusto.3. La autonomía es un concepto multidimensional y heurístico que puede transformarse en un conjunto de cuestiones concretas a investigar científicamente mediante la modelización semi-empírica de sistemas proto-celulares. Más específicamente, este tipo de labor de modelización teórica se puede aplicar con éxito al estudio de la co-evolución entre membrana y red proto-metabólica en un contexto protocelular. Los resultados obtenidos, si el modelo está bien construido y justificado empíricamente, pueden efectivamente abrir nuevas vías de exploración experimental y proporcionar argumentos explicativos complementarios a los enfoques proto-celulares in vitro.4. La síntesis de la membrana por parte del metabolismo, como defiende clásicamente la teoría de la autopoiesis, no es estrictamente necesaria para que los sistemas protocelulares comiencen a exhibir comportamientos emergentes, no lineales, de profundo interés biológico. Redes compartimentadas de reacciones químicas con capacidad de fabricar internamente sus propios componentes (como lípidos, catalizadores o péptidos) pueden considerarse como una etapa intermedia, o relativamente tardía, en la evolución de la organización proto-celular. Previamente deben desarrollarse, con alta probabilidad, otro tipo de proto-células que presenten acoplamientos más débiles o indirectos entre sus componentes y los procesos transformativos en los que estos están involucrados. La especificación rigurosa de este tipo de acoplamientos entre química ycompartimentos debería pasar a ser uno de los objetivos fundamentales a abordar por la investigación sobre proto-células que se realice en el futuro5. El acoplamiento osmótico constituye un nuevo principio o constricción general, de carácter sistémico, que debe aplicarse sobre proto-células metabólicas de distinto tipo. Aunque se trata de un aspecto que ha recibido muy poca atención hasta la fecha en el campo del origen de la vida, tiene importantes implicaciones ya que prácticamente todos los modelos proto-celulares empíricos en la actualidad están basados en vesículas que son muy susceptibles a desequilibrios osmóticos pero, al mismo tiempo, incapaces de regular de manera efectiva su volumen acuoso interno. Así, las variaciones en volumen que se produjeran en las protocélulas tempranas tendrían efectos muy significativos en las dinámicas internas de reacción, como se demuestra en este trabajo de tesis doctoral. En particular, una de las publicaciones científicas asociadas a esta tesis explica detalladamente los efectos que el volumen variable de una proto-célula puede tener sobre reacciones que, siendo en principio independientes químicamente, por el mero hecho de compartir un mismo espacio reactivo (el definido por el micro-compartimento lipídico), se acoplarían de manera indirecta pero efectiva, dando lugar a procesos intera

Computational modelling of mycobacterium infection and innate immune response in zebrafish

In this thesis we provided a comprehensive overview on the steps that are involved in the modeling process and simulation of biological phenomena; from the choice of the method to the validation of the results. We gradually implemented a model with which we would be able to study the complex interplay of the components involved in the Mycobacterium marinum infection process and innate immune response in zebrafish embryos. In itself this process is a model for deeper understanding of tuberculosis infection in humans using zebrafish as model organism. Each chapter is a building block in the modeling process, which gradually forms a model that can represent cause-and-effect among these components involved in the biological behavior.Computer Systems, Imagery and Medi

Biomodelkit - a framework for modular biomodel-engineering

Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg, Fakultät für Naturwissenschaften, Dissertation, 2017von Dipl.-Ing. Mary-Ann BlätkeLiteraturverzeichnis: Seite [177]-18

Algorithms and Software for Biological MP Modeling by Statistical and Optimization Techniques

I sistemi biologici sono gruppi di entit\ue0 biologiche (es. molecole ed organismi), che interagiscono producendo specifiche dinamiche. Questi sistemi sono solitamente caratterizzati da una elevata complessit\ue0 perch\ue8 coinvolgono un elevato numero di componenti con molte interconnessioni. La comprensione dei meccanismi che governano i sistemi biologici e la previsione dei loro comportamenti in condizioni normali e patologiche \ue8 una sfida cruciale della biologia dei sistemi (in inglese detta systems biology), un'area di ricerca al confine tra biologia, medicina, matematica ed informatica. In questa tesi i P sistemi metabolici, detti brevemente sistemi MP, sono stati utilizzati come modello discreto per l'analisi di dinamiche biologiche. Essi sono una classe deterministica dei P sistemi classici, che utilizzano regole di riscrittura per rappresentare le reazioni chimiche e "funzioni di regolazioni di flusso" per regolare la reattivit\ue0 di ciascuna reazione rispetto alla quantita' di sostanze presenti istantaneamente nel sistema. Dopo un excursus sulla letteratura relativa ad alcuni modelli convenzionali (come le equazioni differenziali ed i modelli stocastici proposti da Gillespie) e non-convenzionali (come i P sistemi ed i P sistemi metabolici), saranno presentati i risultati della mia ricerca. Essi riguardano tre argomenti principali: i) l'equivalenza tra sistemi MP e reti di Petri ibride funzionali, ii) le prospettive statistiche e di ottimizzazione nella generazione di sistemi MP a partire da dati sperimentali, iii) lo sviluppo di un laboratorio virtuale chiamato MetaPlab, un software Java basato sui sistemi MP. L'equivalenza tra i sistemi MP e le reti di Petri ibride funzionali \ue8 stata dimostrata per mezzo di due teoremi ed alcuni esperimenti al computer per il caso di studio del meccanismo regolativo del gene operone lac nella pathway glicolitica. Il secondo argomento di ricerca concerne nuovi approcci per la sintesi delle funzioni di regolazione di flusso. La regressione stepwise e le reti neurali sono state impiegate come approssimatori di funzioni, mentre algoritmi di ottimizzazione classici ed evolutivi (es. backpropagation, algoritmi genetici, particle swarm optimization ed algoritmi memetici) sono stati impiegati per l'addestramento dei modelli. Una completo workflow per l'analisi dei dati sperimentali \ue8 stato presentato. Esso gestisce ed indirizza l'intero processo di sintesi delle funzioni di regolazione, dalla preparazione dei dati alla selezione delle variabili, fino alla generazione dei modelli ed alla loro validazione. Le metodologie proposte sono state testate con successo tramite esperimenti al computer sui casi di studio dell'oscillatore mitotico negli embrioni anfibi e del non photochemical quenching (NPQ). L'ultimo tema di ricerca \ue8 infine piu' applicativo e riguarda la progettazione e lo sviluppo di una architettura Java basata su plugin e di una serie di plugin che consentono di automatizzare varie fasi del processo di modellazione con sistemi MP, come la simulazione di dinamiche, la determinazione dei flussi e la generazione delle funzioni di regolazione.Biological systems are groups of biological entities, (e.g., molecules and organisms), that interact together producing specific dynamics. These systems are usually characterized by a high complexity, since they involve a large number of components having many interconnections. Understanding biological system mechanisms, and predicting their behaviors in normal and pathological conditions is a crucial challenge in systems biology, which is a central research area on the border among biology, medicine, mathematics and computer science. In this thesis metabolic P systems, also called MP systems, have been employed as discrete modeling framework for the analysis of biological system dynamics. They are a deterministic class of P systems employing rewriting rules to represent chemical reactions and "flux regulation functions" to tune reactions reactivity according to the amount of substances present in the system. After an excursus on the literature about some conventional (i.e., differential equations, Gillespie's models) and unconventional (i.e., P systems and metabolic P systems) modeling frameworks, the results of my research are presented. They concern three research topics: i) equivalences between MP systems and hybrid functional Petri nets, ii) statistical and optimization perspectives in the generation of MP models from experimental data, iii) development of the virtual laboratory MetaPlab, a Java software based on MP systems. The equivalence between MP systems and hybrid functional Petri nets is proved by two theorems and some in silico experiments for the case study of the lac operon gene regulatory mechanism and glycolytic pathway. The second topic concerns new approaches to the synthesis of flux regulation functions. Stepwise linear regression and neural networks are employed as function approximators, and classical/evolutionary optimization algorithms (e.g., backpropagation, genetic algorithms, particle swarm optimization, memetic algorithms) as learning techniques. A complete pipeline for data analysis is also presented, which addresses the entire process of flux regulation function synthesis, from data preparation to feature selection, model generation and statistical validation. The proposed methodologies have been successfully tested by means of in silico experiments on the mitotic oscillator in early amphibian embryos and the non photochemical quenching (NPQ). The last research topic is more applicative, and pertains the design and development of a Java plugin architecture and several plugins which enable to automatize many tasks related to MP modeling, such as, dynamics computation, flux discovery, and regulation function synthesis