19 research outputs found

    Une approche logicielle du traitement de la dyslexie : Ă©tude de modĂšles et applications

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    Neuropsychological disorders are widespread and generate real public health problems. In particular in our modern society, where written communication is ubiquitous, dyslexia can be extremely disabling. Nevertheless we can note that the diagnosis and remediation of this pathology are fastidious and lack of standardization. Unfortunately it seems inherent to the clinical characterization of dyslexia by exclusion, to the multitude of different practitioners involved in such treatment and to the lack of objectivity of some existing methods. In this respect, we decided to investigate the possibilities offered by modern computing to overcome these barriers. Indeed we have assumed that the democratization of computer systems and their computing power could make of them a perfect tool to alleviate the difficulties encountered in the treatment of dyslexia. This research has led us to study the techniques software as well as hardware, which can conduct to the development of an inexpensive and scalable system able to attend a beneficial and progressive changing of practices in this pathology field. With this project we put ourselves definitely in an innovative stream serving quality of care and aid provided to people with disabilities. Our work has been identifying different improvement areas that the use of computers enables. Then each of these areas could then be the subject of extensive research, modeling and prototype developments. We also considered the methodology for designing this kind of system as a whole. In particular our thoughts and these accomplishments have allowed us to define a software framework suitable for implementing a software platform that we called the PAMMA. This platform should theoretically have access to all the tools required for the flexible and efficient development of medical applications integrating business processes. In this way it is expected that this system allows the development of applications for caring dyslexic patients thus leading to a faster and more accurate diagnosis and a more appropriate and effective remediation. Of our innovation efforts emerge encouraging perspectives. However such initiatives can only be achieved within multidisciplinary collaborations with many functional, technical and financial means. Creating such a consortium seems to be the next required step to get a funding necessary for realizing a first functional prototype of the PAMMA, as well as its first applications. Some clinical studies may be conducted to prove undoubtedly the effectiveness of such an approach for treating dyslexia and eventually other neuropsychological disorders.Les troubles neuropsychologiques sont trĂšs rĂ©pandus et posent de rĂ©els problĂšmes de santĂ© publique. En particulier, dans notre sociĂ©tĂ© moderne oĂč la communication Ă©crite est omniprĂ©sente, la dyslexie peut s’avĂ©rer excessivement handicapante. On remarque nĂ©anmoins que le diagnostic et la remĂ©diation de cette pathologie restent dĂ©licats et manquent d’uniformisation. Ceci semble malheureusement inhĂ©rent Ă  la caractĂ©risation clinique par exclusion de la dyslexie, Ă  la multitude de praticiens diffĂ©rents impliquĂ©s dans une telle prise en charge ainsi qu’au manque d’objectivitĂ© de certaines mĂ©thodes existantes. A ce titre, nous avons dĂ©cidĂ© d’investiguer les possibilitĂ©s offertes par l’informatique actuelle pour surmonter ces barriĂšres. Effectivement, nous avons supposĂ© que la dĂ©mocratisation des systĂšmes informatiques et leur puissance de calcul pourraient en faire un outil de choix pour pallier les difficultĂ©s rencontrĂ©es lors de la prise en charge de la dyslexie. Cette recherche nous a ainsi menĂ© Ă  Ă©tudier les techniques, aussi bien logicielles que matĂ©rielles, pouvant conduire au dĂ©veloppement d’un systĂšme bon marchĂ© et Ă©volutif qui serait capable d’assister un changement bĂ©nĂ©fique et progressif des pratiques qui entourent cette pathologie. Avec ce projet, nous nous plaçons dĂ©finitivement dans un courant innovant au service de la qualitĂ© des soins et des aides apportĂ©es aux personnes souffrant d’un handicap. Notre travail a ainsi consistĂ© Ă  identifier diffĂ©rents axes d’amĂ©lioration que l’utilisation de l’outil informatique rend possible. Chacun de ces axes a alors pu faire l’objet de recherches exhaustives, de modĂ©lisations et de dĂ©veloppements de prototypes. Nous avons Ă©galement rĂ©flĂ©chi Ă  la mĂ©thodologie Ă  mettre en Ɠuvre pour concevoir un tel systĂšme dans sa globalitĂ©. En particulier, nos rĂ©flexions et ces diffĂ©rents accomplissements nous ont permis de dĂ©finir un framework logiciel propice Ă  l’implĂ©mentation d’une plate-forme logicielle que nous avons appelĂ©e la PAMMA. Cette plate-forme devrait thĂ©oriquement pouvoir disposer de tous les outils permettant le dĂ©veloppement souple et efficace d’applications mĂ©dicales intĂ©grant des processus mĂ©tiers. Il est ainsi attendu de ce systĂšme qu’il permette le dĂ©veloppement d’applications, pour la prise en charges des patients dyslexiques, conduisant Ă  un diagnostic plus rapide et plus prĂ©cis ainsi qu’à une remĂ©diation plus adaptĂ©e et plus efficace. De notre effort d’innovation ressortent des perspectives encourageantes. Cependant, ce type d’initiative ne peut se concrĂ©tiser qu’autour de collaborations pluridisciplinaires disposant de nombreux moyens fonctionnels, techniques et financiers. La constitution d’un tel consortium semble donc ĂȘtre la prochaine Ă©tape nĂ©cessaire Ă  l’obtention des financements pour rĂ©aliser un premier prototype fonctionnel de la PAMMA, ainsi que de premiĂšres applications. Des Ă©tudes cliniques pourront ĂȘtre alors menĂ©es pour prouver indubitablement l’efficacitĂ© d’une telle approche dans le cadre de la prise en charge de la dyslexie, ainsi qu’éventuellement d’autres troubles neuropsychologiques

    Multidisciplinary and collaborative ecodesign in architecture: an interface for visualising the interconnections between ecodesign practices, from programming to project completion.

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    L’état de l’environnement planĂ©taire n’est plus Ă  dĂ©montrer. D’un cĂŽtĂ©, si l’écologie a acquis la force de l’évidence, elle est encore aujourd’hui insaisissable et protĂ©iforme. De l’autre cĂŽtĂ©, le dĂ©veloppement durable, par son institutionnalisation et son caractĂšre empreint de scientificitĂ© et d’expertise, compromet son accessibilitĂ© par tou·te·s. Face Ă  l’emballement du changement climatique, le rĂŽle de l’architecture est essentiel puisque par essence, elle questionne l’habitabilitĂ© du monde, la façon dont nous habitons et dont nous voulons habiter le monde dĂšs aujourd’hui. À l’échelle europĂ©enne, le secteur de la construction est aujourd’hui responsable d’environ 35% des Ă©missions CO2, il utilise prĂšs de la moitiĂ© des ressources extraites et produit plus de 35% des dĂ©chets. Pour rĂ©duire cet impact environnemental, l’on assiste Ă  l’élaboration de nombreux rĂšglements et certifications abordant des critĂšres environnementaux plus ou moins similaires, soutenus par un panel d’outils grandissant chaque jour. Toutefois, il n’y a pas de consensus sur ce qu’est une architecture Ă©coresponsable aujourd’hui, bien que la question soit ancienne : au fil des enjeux sociĂ©taux et environnementaux, l’architecture est tour Ă  tour vernaculaire, vertueuse, bioclimatique, basse Ă©nergie, passive, circulaire et neutre en carbone. Face aux enjeux environnementaux et sociĂ©taux, l’objet architectural se complexifie autant que l’acte de concevoir : le processus de conception n’a jamais Ă©tĂ© Ă  ce point multidisciplinaire dans l’histoire de l’architecture qu’aujourd’hui, encouragĂ© par l’émergence et le dĂ©veloppement du processus BIM depuis plus d’une dĂ©cennie. Toutefois, les pratiques BIM ont dĂ©laissĂ© le rĂŽle clĂ© de la collaboration en tant que changement culturel et humain, au profit de l’optimisation technologique des outils, imposĂ©e par les dĂ©veloppeurs de logiciels Ă  l’origine du dĂ©veloppement. D’un point de vue environnemental, la conception reprĂ©sente une Ă©tape dĂ©cisive dans les choix architecturaux construits : c’est Ă  ce moment, dĂšs la programmation et l’idĂ©ation du projet, que se dĂ©cide la portĂ©e des intentions Ă©cologiques et durables qui conduiront Ă  l’écoconception du projet. La prĂ©sente thĂšse Ă©tudie le rĂŽle des pratiques numĂ©riques au sein d’une collaboration multidisciplinaire dont le projet est une Ă©coconception systĂ©mique. Cet objectif gĂ©nĂ©ral sous-tend plusieurs questionnements : * Quelle est l’écoconception architecturale visĂ©e ? quels sont les rĂ©fĂ©rentiels ? comment et quand les parties prenantes collaborent-elles ? * Les pratiques BIM permettent-elles une Ă©coconception systĂ©mique depuis l’idĂ©ation ? Pour y rĂ©pondre, la thĂšse s’articule autour de 3 types de collectes de donnĂ©es * De diagnostic : un Ă©tat des lieux des pratiques BIM et des pratiques durables par enquĂȘte, auprĂšs de plusieurs profils d’acteur·ice·s europĂ©en·ne·s; * D’exploration : d’une part, des entrevues individuelles rĂ©alisĂ©es auprĂšs d’architectes wallon·ne·s concernant l’impact des transitions numĂ©riques et durables dans leurs pratiques, et d’autre part, un focus group en agence concernant les premiers rĂ©cits narratifs de durabilitĂ©; * D’expĂ©rimentation : une recherche-action rĂ©alisĂ©e au sein de l’agence partenaire de la thĂšse, avec pour objectif la co-construction d’une Ă©coconception systĂ©mique multidisciplinaire. Sur base des rĂ©sultats des 3 mĂ©thodes suscitĂ©es, la thĂšse propose un ensemble de pratiques Ă©coconceptuelles. Parmi ces propositions, nous distinguons les changements sociĂ©taux (liĂ©s au contexte externe des entreprises et des agences) des changements de pratiques (liĂ©s au processus d’écoconception). Trois niveaux d’actions sont prĂ©sentĂ©s (i) les dĂ©veloppements d’ordre rĂ©glementaire et technique, (ii) le dĂ©veloppement d’une nouvelle reprĂ©sentation des processus d’écoconception multidisciplinaire et collaborative, et (iii) le dĂ©veloppement d’un mĂ©dia d’accompagnement Ă  l’écoconception, assurant le suivi depuis les intentions durables du projet jusqu’à sa rĂ©alisation.11. Sustainable cities and communitie

    SystÚme informatique d'aide à la modélisation mathématique basé sur un langage de programmation dédié pour les systÚmes dynamiques discrets stochastiques.Application aux modÚles de croissance de plantes.

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    In agriculture, in order to predict crop yield or to reduce inputs, mathematical models of plant growth open new perspectives by simulating crop growth in interaction with the environment. In this thesis we will particularly focus on ”mechanistic” models based on the description of ecophysiological and archictectural processes in plants.Since the first attempts, in the seventies, the scientific community has created a large number of models with va- rious objectives : for instance, CERES, STICS, APSIM, LNAS as crop models and LIGNUM, ADEL, GreenLab, MAppleT as functional-structural models.These models have to be designed and evaluated with a rigourous process in several steps, according to what is usually described as ”good modelling practices”. The methods involved in the different steps are : sensitivity and uncertainty analysis, parameter estimation, model selection, data assimilation, optimal control ... According to the configuration of the study case, various algorithms can be used at each of these steps. The state-of-the-art software systems generally focus on one aspect of the global workflow, but very few focus on the workflow itself and propose the whole chain of mathematical methodologies adapted to the type of models and configurations faced in plant growth modelling : stochastic and nonlinear dynamical models involving a lot of processes and parameters, heterogeneous and irregular system observations.This thesis considers the formalization of stochastic dynamical models, of statistical methods and algorithms dedicated to their study and of the interface between models and algorithms to generate the analysis workflow. We deduce the conception of a software platform which allows modelers (or more exactly modelling teams, since the activity is quite complex) to create and validate crop/plant models by using a single language and dedicated statistical tools. Our system facilitates model design, sensitivity and uncertainty analysis, parameter estimation and evaluation from experimental data and optimization.Our research is at the heart of ”quantitative agronomy” which combines agronomy, modeling, statistics and computer science. We describe and formalize the type of models faced in agronomy and plant sciences and how we simulate them. We detail the good modelling practices workflow and which algorithms are available at all steps. Thanks to this formalization and tools, model studies can be conducted in an easier and more efficient way. It is illustrated on several test cases, particularly for the LNAS and STICS models. Based on this conception and results, we also discuss the possibility to deduce an ontology and a domain-specific language in order to improve the communication between experts. Finally, we conclude about the perspectives in terms of community platforms, first generally for modellers, and second more specifically in quantitative agronomy.Afin de prévoir les rendements ou réduire la consommation d’intrants nous pouvons, en exploitant les données expérimentales, créer des modèles mathématiques afin de simuler la croissance des cultures en fonction des caractéristiques de l’environnement. Dans cette optique, cette thèse s’intéresse particulièrement aux modèles dits ”mécanistes”.Des premières tentatives, dans les années 70, à nos jours, il y a eu pléthore de nouveaux modèles créés, à différentes échelles, afin d’étudier certains phénomènes dans les cultures ou au sein des plantes. On peut par exemple citer : CERES, STICS, APSIM, LNAS pour les modèles dits de culture ou LIGNUM, ADEL, GreenLab, MAppleT, pour les modèles dits structure-fonction.Ces modèles nécessitent d’être créés et évalués en conduisant une analyse rigoureuse possédant de nombreuses étapes et dont chacune est composée de plusieurs algorithmes complexes. Cette étude devrait s’inscrire dans une démarche dite de bonnes pratiques de modélisation, ”Good Modelling Practices”. On peut citer comme fonctionnalités : l’analyse de sensibilité, l’estimation paramétrique, l’analyse d’incertitude, l’assimilation de données, la sélection de modèles, le contrôle optimal ... En fonction de la configuration du cas, chacune de ces fonctionnalités peut faire appel à un grand nombre d’algorithmes avec chacun des caractéristiques propres. On retrouve dans l’état de l’art des plateformes qui s’occupent souvent d’une fonctionnalité mais très rarement qui s’attaquent à l’ensemble de la chaîne de travail.Cette thèse propose une formalisation des modèles dynamiques stochastiques (cadre adapté à la modélisation des plantes), de méthodes et algorithmes statistiques dédiés à leur étude et de l’interfaçage entre les modèles et les algorithmes dans cette chaîne de travail. Nous en déduisons la conception d’un système informatique (ou plateforme logicielle) permettant d’aider les modélisateurs, ou plutôt les équipes de modélisation tant l’activité est complexe et transverse, afin de créer et valider des modèles agronomiques par le truchement d’un langage dédié et d’outils statistiques associés. Le système facilite ainsi l’écriture des modèles, leur analyse de sensibilité, leur identification paramétrique et leur évaluation à partir de données expérimentales, leur optimisation. Notre domaine d’étude est au coeur de ”l’agronomie quantitative”, qui combine à la fois agronomie, modélisation, statistiques et informatique. Nous décrirons les types de modèles mathématiques pris en compte et comment nous les traduisons sur machine afin de permettre des simulations. Puis nous passerons en revue le flux de travail général ainsi que les algorithmes utilisés afin de montrer la conduite générale des études qui sont désormais plus facilement et rapidement faisables. Ce flux sera testé sur plusieurs cas d’étude, en particulier pour les modèles LNAS et STICS. Finalement, nous ouvrirons sur la possibilité d’injecter ces études dans une base de connaissance générale, ou ontologie, avec un langage dédié avant de conclure sur les perspectives du travail développé pour la communauté et notamment celles en termes de plateformes à destination des modélisateurs en général et des utilisateurs des modèles agronomiques en particulier

    Rendre opérationnel le développement durable : de la stratégie à la concrétisation des projets chez un prestataire de services logistiques

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    Even though sustainable development continues to grow, it is difficult to implement in a company’s everyday operations. Particularly, the sector of transportation and logistics is struggling to reduce its environmental and social impacts. This research aims to compare the theoretical foundations of sustainable development to the practices of a Third Party Logistics Provider "3PL". It helps to understand the process of the emergence of a sustainable development policy in a business: Corporate Social Responsibility "CSR" and to participate in the development of projects that highlight the tensions between environmental or social impacts and the economic imperative. The result is a new approach to put into practice sustainable development through improvement and optimization projects related to the business at different levels (strategic, tactical and operational) and in several areas (transportation, handling and storage). Mix integer programming optimization model for platform location and flows assignment, vehicle routing and data analysis of eco-driving have been developed and applied in the company for this purpose. The cases studied in this thesis show that for some types of projects, economic interest and response to the requirements of CSR evolve in the same direction. For others, a compromise between the economic, social and environmental factors could be a good solution pending new technologies that would ensure sustainable solutions.Si le dĂ©veloppement durable continue Ă  connaitre un vĂ©ritable essor, sa dĂ©clinaison dans les opĂ©rations reste une mission complexe pour les entreprises. En particulier dans le secteur du transport et de la logistique qui peine Ă  rĂ©duire ses impacts environnementaux et sociaux. Cette recherche se propose de confronter les fondements thĂ©oriques du dĂ©veloppement durable aux pratiques d’un prestataire de services logistiques « PSL ». Il s’agit de comprendre le processus d’émergence d’une politique de dĂ©veloppement durable dans une entreprise : la ResponsabilitĂ© Sociale de l’Entreprise « RSE » et de participer au dĂ©veloppement de certains projets qui mettent en lumiĂšre les tensions entre impacts environnementaux ou sociaux et impĂ©ratif Ă©conomique. Il en rĂ©sulte une nouvelle approche pour rendre opĂ©rationnel le dĂ©veloppement durable Ă  l’aide des projets de conception, d’amĂ©lioration et d’optimisation liĂ©s au mĂ©tier, Ă  diffĂ©rents niveaux (stratĂ©gique, tactique et opĂ©rationnel) et sur des pĂ©rimĂštres variables (transport, prĂ©paration et entreposage). Des modĂšles d’optimisation de type PLNE de localisation affectation des flux, de tournĂ©es de vĂ©hicule et d’analyse de donnĂ©es sur l’éco conduite ont Ă©tĂ© dĂ©veloppĂ©s et appliquĂ©s dans l’entreprise Ă  cette fin. Les diffĂ©rents cas Ă©tudiĂ©s dans cette thĂšse dĂ©montrent que pour certains types de projets, l’intĂ©rĂȘt Ă©conomique et la rĂ©ponse aux exigences de la RSE Ă©voluent dans le mĂȘme sens. Pour d’autres, un compromis entre les axes Ă©conomique, social et environnemental pourrait ĂȘtre une solution viable en attendant les progrĂšs technologiques qui permettraient d’assurer des solutions durables

    L'AIS : une donnée pour l'analyse des activités en mer

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    4 pages, session "Mer et littoral"International audienceCette contribution présente des éléments méthodologiques pour la description des activités humaines en mer dans une perspective d'aide à la gestion. Différentes procédures, combinant l'exploitation de bases de données spatio-temporelles issue de données AIS archivées à des analyses spatiales au sein d'un SIG, sont testées afin de caractériser le transport maritime en Mer d'Iroise (Bretagne, France) sur les plans spatiaux, temporels et quantitatifs au cours d'une année

    TOTh 2010, Terminology & Ontology: Theories and applications

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    International audienceAvant proposCette annĂ©e la confĂ©rence a Ă©tĂ© prĂ©cĂ©dĂ©e d’une journĂ©e de formation consacrĂ©e Ă  la terminologie et l’ontologie, Ă  leurs liens et leurs apports mutuels. L’intĂ©rĂȘt qu’a suscitĂ© cette journĂ©e nous amĂšnera certainement Ă  rĂ©itĂ©rer l’opĂ©ration les annĂ©es suivantes.Le succĂšs de la confĂ©rence d’ouverture de notre collĂšgue FrĂ©dĂ©ric Nef, portant sur l’ontologie prise dans sa dimension philosophique, a montrĂ©, s’il en Ă©tait encore besoin, la richesse d’une approche pluridisciplinaire.AnimĂ©es par diffĂ©rents prĂ©sidents, les sessions ont alternĂ© prĂ©sentations thĂ©oriques et dĂ©monstrations de systĂšmes, offrant ainsi l’opportunitĂ© Ă  plusieurs industriels de nous parler de leurs projets. L’éventail des sujets abordĂ©s, Ă  travers les quatorze prĂ©sentations retenues (incluant la confĂ©rence d’ouverture) rĂ©parties sur deux jours, illustre la richesse mais aussi la vitalitĂ© de notre communautĂ© : aide Ă  la traduction, thĂ©saurus multilingue, phrasĂ©ologie, entitĂ© nommĂ©, recherche d’information, etc. L’ « actualitĂ© » n’était pas oubliĂ©e Ă  travers une ontologie des risques financiers.Enfin, les ConfĂ©rences TOTh sont devenues internationales Ă  partir de cette annĂ©e avec le français et l’anglais comme langues officielles. Le comitĂ© de programme s’est ouvert Ă  de nouveaux membres portant Ă  dix le nombre de pays reprĂ©sentĂ©s et Ă  plus de 40% le nombre de personnalitĂ©s Ă©trangĂšres. Gageons que cette ouverture sera prometteuse.Christophe RochePrĂ©sident du ComitĂ© Scientifiqu

    Étude d'un modĂšle simplifiĂ© pour l'analyse de cycle de vie des bĂątiments

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    Co-encadrement de la thĂšse : Jacques CHEVALIEREnergy and environmental aspects are more and more integrated in the design process of buildings. Life Cycle Assessment (LCA) is generally used to assess the environmental performance of buildings. This method uses to date a high number of data which can be a limiting aspect for its application. For instance, it can be difficult for some manufacturers to give life cycle inventory (LCI) gathering several hundreds of flows. In addition, the interpretation of the results with about ten environmental indicators can be complex for the building practitioners. In this context, the aim of this research is to study a simplified model for the LCA of buildings. A simplified life cycle inventory (LCI) database gathering building materials, products and processes is first developed. It is composed of data from the Ecoinvent and INIES database with the help of a homogeneous nomenclature. The use of statistical methods then enables to assess the relevance of simplification of the LCA model. Simplified life cycle impact assessment (LCIA) model are built between the LCI flows and the LCIA indicators. They enable previously to the applications using the database to identify the flows that are the most significant in the environmental impact of a building. The understanding of the consequences of the simplification of the LCA model and the statistical methods used in this work enable to better appreciate the reliability of simplified LCA applied to building products and buildings as a whole.Les prĂ©occupations Ă©nergĂ©tiques et environnementales sont de plus en plus au cƓur du processus de conception des bĂątiments. L'approche couramment retenue pour Ă©valuer la performance environnementale d'un bĂątiment est la mĂ©thode d'Analyse de Cycle de Vie (ACV). Cette mĂ©thode utilise, Ă  ce jour, un nombre de donnĂ©es trĂšs important pouvant parfois ĂȘtre une limite pour son application. Par exemple, il est difficile pour certains fabricants de fournir des inventaires sous la forme de plusieurs centaines de flux. De mĂȘme, l'interprĂ©tation des rĂ©sultats Ă  l'aide d'une dizaine d'indicateurs environnementaux peut paraĂźtre complexe pour les professionnels du bĂątiment. Dans ce contexte, l'objectif de cette recherche est d'Ă©tudier un modĂšle simplifiĂ© pour l'ACV des bĂątiments. Pour cela, une base de donnĂ©es simplifiĂ©e de flux d'inventaire de cycle de vie sur les matĂ©riaux, produits de construction et procĂ©dĂ©s est dans un premier temps dĂ©veloppĂ©e. Elle est composĂ©e de donnĂ©es des bases Ecoinvent et INIES Ă  l'aide d'une nomenclature homogĂ©nĂ©isĂ©e. L'utilisation de mĂ©thodes statistiques permet ensuite de mettre en Ă©vidence les limites et potentialitĂ©s de la simplification du modĂšle ACV. Des modĂšles simplifiĂ©s d'Ă©valuation des impacts reliant les flux et les indicateurs de l'ACV sont notamment mis au point. Ils permettent prĂ©alablement aux applications utilisant la base de donnĂ©es, d'identifier les flux qui sont les plus dĂ©terminants dans l'impact environnemental d'un bĂątiment. La comprĂ©hension des consĂ©quences de la simplification du modĂšle et les mĂ©thodes statistiques utilisĂ©es dans ce travail permettent alors de mieux cerner la fiabilitĂ© des ACV simplifiĂ©es appliquĂ©es aux produits de construction et aux bĂątiments

    Vers l’élaboration d’un systĂšme d’organisation des connaissances en allergologie : l’analyse des documents et des pratiques informationnelles des acteurs

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    The aim of the present thesis, funded by the Occitanie Region (2019-2023), is to construct a knowledge organization system (KOS) for the Allergy Unit of the Montpellier University Hospital (France), to represent and organize the complexity of allergy knowledge. Currently, there is no KOS that might be used by allergy professionals and researchers for their information processing and seeking activities. Allergy knowledge, produced by different actors, is abundant and heterogeneous, and keeps developing in parallel with the massification of health data. To allow and provide access to this knowledge, it is crucial to identify and characterize it, first by focusing on what might be useful for professionals’ daily activities and then by structuring it in a system of organization and documentary representation possibly linking the different ways of representing knowledge by different actors in this domain. Therefore, we propose a KOS in allergy, reached through a contextualized approach that relies, on one hand, on the analysis of the context of use of specialized knowledge, by the study of the informational practices of professionals who seek, produce, and mobilize knowledge in the domain; and on the other hand, on the analysis of a corpus of documents that professionals use in their daily activities. Through our work, we perform an epistemological reflection within the Information & Communication Sciences, by showing how the analysis of informational practices contributes to the construction of a KOS for a medical domain. Moreover, we try to answer a methodological question, linked with the development of a KOS in allergy, and evaluate if our conception method, oriented by a contextualized approach, allows to propose a useful KOS for the practices of the actors in this domain

    Variabilité naturelle des mucilages des graines de Brassicaceae : étude comparative inter et intra espÚces

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    La myxospermie et la myxocarpie (regroupĂ©es sous le terme myxodiasporie) dĂ©signent respectivement la capacitĂ© d'une graine ou d'un fruit Ă  extruder du mucilage polysaccharidique lors de l'imbibition. Les espĂšces myxodiasporiques sont largement rĂ©pandues parmi les plantes Ă  fleurs, mais sont souvent Ă©troitement apparentĂ©es aux espĂšces non myxodiasporiques. Cette rĂ©partition rend mystĂ©rieuse l'histoire Ă©volutive de la myxodiasporie : Est-ce un trait ancestral qui s'est perdu plusieurs fois chez les espĂšces non myxodiasporiques? Ou est-ce une fonctionnalitĂ© qui est apparue plusieurs fois indĂ©pendamment chez les espĂšces myxodiasporiques? De plus, les rĂŽles Ă©cologiques de la myxodiasporie sont trĂšs divers et semblent dĂ©pendre de l'espĂšce. La gĂ©nĂ©tique contrĂŽlant cette caractĂ©ristique est encore inĂ©galement connue, en dehors de l'espĂšce modĂšle Arabidopsis thaliana. En effet, cette plante modĂšle est une Brassicaceae myxospermique qui a Ă©tĂ© bien caractĂ©risĂ©e pour la morphologie, le dĂ©veloppement, la composition et la gĂ©nĂ©tique de son mucilage de graine et de ses cellules sĂ©crĂ©trices de mucilage (CSM). Cette thĂšse met en lumiĂšre l'Ă©volution, la gĂ©nĂ©tique et l'Ă©cologie de la myxospermie dans la famille des Brassicaceae au niveau inter- et intra-espĂšce. Au niveau inter-espĂšces, les graines et leurs cellules Ă©pidermiques d'une trentaine d'espĂšces de Brassicaceae ont Ă©tĂ© comparĂ©es Ă  celles d'A. thaliana pour Ă©tudier l'Ă©volution de la myxospermie dans cette famille. Chaque espĂšce de Brassicaceae a Ă©tĂ© soigneusement phĂ©notypĂ©e Ă  l'Ă©chelle macroscopique (graine entiĂšre) et microscopique (CSM) avant et aprĂšs imbibition. De plus, les orthologues de chaque gĂšne d'A. thaliana connus pour ĂȘtre impliquĂ©s dans la myxospermie ont Ă©tĂ© recherchĂ©s dans les gĂ©nomes disponibles des espĂšces Ă©tudiĂ©es. La disponibilitĂ© de donnĂ©es transcriptomiques pour quelques espĂšces ont permis d'approfondir l'Ă©tude de ces gĂšnes orthologues. Dans la famille des Brassicaceae, une grande diversitĂ© de structures de mucilages a Ă©tĂ© observĂ©e Ă  des niveaux macro et mĂȘme microscopiques. D'aprĂšs les donnĂ©es morphologiques, il semble y avoir une origine ancestrale du mucilage chez les Brassicaceae, mais elle est trĂšs diffĂ©rente de celle d'A. thaliana. MalgrĂ© les morphologies contrastĂ©es observĂ©es, les acteurs gĂ©nĂ©tiques candidats n'Ă©taient pas corrĂ©lĂ©s avec le phĂ©notype. Une grande majoritĂ© des gĂšnes orthologues de ceux impliquĂ©s dans la myxospermie d'A. thaliana Ă©taient prĂ©sents et partiellement exprimĂ©s mĂȘme pour les espĂšces non myxospermiques. Au niveau intra-espĂšce, 166 populations naturelles d'A. thaliana ont Ă©tĂ© analysĂ©es pour leur taille de mucilage adhĂ©rent et non adhĂ©rent. Ces populations sont originaires d'une rĂ©gion du sud de la France et possĂšdent des donnĂ©es gĂ©nĂ©tiques (frĂ©quences des polymorphismes mono-nuclĂ©otidiques (SNP)) et environnementales associĂ©es. L'association de leur phĂ©notype de mucilage aux frĂ©quences des SNP a permis de mettre en Ă©vidence de nouveaux gĂšnes candidats prometteurs impliquĂ©s dans les deux couches du mucilage d'A. thaliana. De plus, des corrĂ©lations intĂ©ressantes avec les donnĂ©es environnementales orientent vers de nouveaux rĂŽles Ă©cologiques putatifs Ă  dĂ©couvrir pour le mucilage d'A. thaliana.The myxospermy and myxocarpy (grouped under the term myxodiaspory) designates the ability of a seed or a fruit to extrude mucilage upon imbibition, respectively. Myxodiasporous species are widely spread among flowering plants but are often closely related to non-myxodiasporous species. This repartition makes mysterious the evolutionary scenario of myxosdiaspory: Is it an ancestral trait which was lost several times in non-myxodiasporous species? Or is it a feature that appeared several times independently in myxodiasporous species? Additionally, the ecological roles of myxodiaspory are very diverse and seem to be species-dependent. Also, the genetics controlling this feature is still inequally known except for the model plant Arabidopsis thaliana. Indeed, this myxospermous Brassicaceae species has been well characterized for the morphology, development, composition, and genetics of its seed mucilage and mucilage secretory cells (MSCs). This thesis sheds light on the evolution, genetics, and ecology of myxospermy in the Brassicaceae family at both the inter- and intra- species level. At the inter-species level, the seeds and their epidermal cells from about thirty Brassicaceae species were compared to those of A. thaliana to investigate the myxospermy evolution in this family. Every Brassicaceae species was thoroughly phenotyped at the macroscopic (whole seed) and microscopic (MSCs) scale before and after imbibition. Additionally, ortholog from every A. thaliana gene known to be implicated in myxospermy was tracked in the available genomes of the studied species. The availability of transcriptomic data for few species allowed further investigation of these orthologous genes. Among the Brassicaceae family, a wide diversity of mucilage structures was observed at the macro- and microscopic level. Based on morphological data, the origin of myxospermy in Brassicaceae appears ancestral, but the trait is very different from that of A. thaliana. Despite the observed contrasted morphologies, the putative genetic actors were not correlated with the phenotype. A large majority of orthologous genes to those related to myxospermy in A. thaliana were present and partially expressed even in non-myxospermous species. At the intra-species level, 166 natural populations of A. thaliana were analysed for their adherent and non-adherent mucilage size. These populations come from a South France region and have available associated genetic (single nucleotide polymorphisms (SNPs) frequencies) and environmental data. The association of their mucilage phenotype with the SNPs frequencies highlights promising new candidate genes putatively implicated in both mucilage layers of A. thaliana. In addition, interesting correlations with environmental data point to new putative ecological roles to be discovered for the mucilage of A. thaliana
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