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Automated extension of biomedical ontologies
Developing and extending a biomedical ontology is a very demanding
process, particularly because biomedical knowledge is diverse, complex
and continuously changing and growing. Existing automated
and semi-automated techniques are not tailored to handling the issues
in extending biomedical ontologies.
This thesis advances the state of the art in semi-automated ontology
extension by presenting a framework as well as methods and
methodologies for automating ontology extension specifically designed
to address the features of biomedical ontologies.The overall strategy is
based on first predicting the areas of the ontology that are in need of
extension and then applying ontology learning and ontology matching
techniques to extend them. A novel machine learning approach for
predicting these areas based on features of past ontology versions was
developed and successfully applied to the Gene Ontology. Methods
and techniques were also specifically designed for matching biomedical
ontologies and retrieving relevant biomedical concepts from text,
which were shown to be successful in several applications.O desenvolvimento e extensão de uma ontologia biomédica é um processo
muito exigente, dada a diversidade, complexidade e crescimento
contínuo do conhecimento biomédico. As técnicas existentes nesta
área não estão preparadas para lidar com os desafios da extensão de
uma ontologia biomédica.
Esta tese avança o estado da arte na extensão semi-automática de ontologias,
apresentando uma framework assim como métodos e metodologias
para a automação da extensão de ontologias especificamente desenhados
tendo em conta as características das ontologias biomédicas.
A estratégia global é baseada em primeiro prever quais as áreas da ontologia
que necessitam extensão, e depois usá-las como enfoque para
técnicas de alinhamento e aprendizagem de ontologias, com o objectivo
de as estender. Uma nova estratégia de aprendizagem automática
para prever estas áreas baseada em atributos de antigas versões de
ontologias foi desenvolvida e testada com sucesso na Gene Ontology.
Foram também especificamente desenvolvidos métodos e técnicas para
o alinhamento de ontologias biomédicas e extracção de conceitos relevantes
de texto, cujo sucesso foi demonstrado em várias aplicações.Fundação para a Ciência e a Tecnologi