Component-based software engineering: a quantitative approach

Dissertação apresentada para a obtenção do Grau de Doutor em Informática pela Universidade Nova de Lisboa, Faculdade de Ciências e TecnologiaBackground: Often, claims in Component-Based Development (CBD) are only supported by qualitative expert opinion, rather than by quantitative data. This contrasts with the normal practice in other sciences, where a sound experimental validation of claims is standard practice. Experimental Software Engineering (ESE) aims to bridge this gap. Unfortunately, it is common to find experimental validation efforts that are hard to replicate and compare, to build up the body of knowledge in CBD. Objectives: In this dissertation our goals are (i) to contribute to evolution of ESE, in what concerns the replicability and comparability of experimental work, and (ii) to apply our proposals to CBD, thus contributing to its deeper and sounder understanding. Techniques: We propose a process model for ESE, aligned with current experimental best practices, and combine this model with a measurement technique called Ontology-Driven Measurement (ODM). ODM is aimed at improving the state of practice in metrics definition and collection, by making metrics definitions formal and executable,without sacrificing their usability. ODM uses standard technologies that can be well adapted to current integrated development environments. Results: Our contributions include the definition and preliminary validation of a process model for ESE and the proposal of ODM for supporting metrics definition and collection in the context of CBD. We use both the process model and ODM to perform a series experimental works in CBD, including the cross-validation of a component metrics set for JavaBeans, a case study on the influence of practitioners expertise in a sub-process of component development (component code inspections), and an observational study on reusability patterns of pluggable components (Eclipse plug-ins). These experimental works implied proposing, adapting, or selecting adequate ontologies, as well as the formal definition of metrics upon each of those ontologies. Limitations: Although our experimental work covers a variety of component models and, orthogonally, both process and product, the plethora of opportunities for using our quantitative approach to CBD is far from exhausted. Conclusions: The main contribution of this dissertation is the illustration, through practical examples, of how we can combine our experimental process model with ODM to support the experimental validation of claims in the context of CBD, in a repeatable and comparable way. In addition, the techniques proposed in this dissertation are generic and can be applied to other software development paradigms.Departamento de Informática of the Faculdade de Ciências e Tecnologia, Universidade Nova de Lisboa (FCT/UNL); Centro de Informática e Tecnologias da Informação of the FCT/UNL; Fundação para a Ciência e Tecnologia through the STACOS project(POSI/CHS/48875/2002); The Experimental Software Engineering Network (ESERNET);Association Internationale pour les Technologies Objets (AITO); Association forComputing Machinery (ACM

Workload-aware systems and interfaces for cognitive augmentation

In today's society, our cognition is constantly influenced by information intake, attention switching, and task interruptions. This increases the difficulty of a given task, adding to the existing workload and leading to compromised cognitive performances. The human body expresses the use of cognitive resources through physiological responses when confronted with a plethora of cognitive workload. This temporarily mobilizes additional resources to deal with the workload at the cost of accelerated mental exhaustion. We predict that recent developments in physiological sensing will increasingly create user interfaces that are aware of the user’s cognitive capacities, hence able to intervene when high or low states of cognitive workload are detected. In this thesis, we initially focus on determining opportune moments for cognitive assistance. Subsequently, we investigate suitable feedback modalities in a user-centric design process which are desirable for cognitive assistance. We present design requirements for how cognitive augmentation can be achieved using interfaces that sense cognitive workload. We then investigate different physiological sensing modalities to enable suitable real-time assessments of cognitive workload. We provide empirical evidence that the human brain is sensitive to fluctuations in cognitive resting states, hence making cognitive effort measurable. Firstly, we show that electroencephalography is a reliable modality to assess the mental workload generated during the user interface operation. Secondly, we use eye tracking to evaluate changes in eye movements and pupil dilation to quantify different workload states. The combination of machine learning and physiological sensing resulted in suitable real-time assessments of cognitive workload. The use of physiological sensing enables us to derive when cognitive augmentation is suitable. Based on our inquiries, we present applications that regulate cognitive workload in home and work settings. We deployed an assistive system in a field study to investigate the validity of our derived design requirements. Finding that workload is mitigated, we investigated how cognitive workload can be visualized to the user. We present an implementation of a biofeedback visualization that helps to improve the understanding of brain activity. A final study shows how cognitive workload measurements can be used to predict the efficiency of information intake through reading interfaces. Here, we conclude with use cases and applications which benefit from cognitive augmentation. This thesis investigates how assistive systems can be designed to implicitly sense and utilize cognitive workload for input and output. To do so, we measure cognitive workload in real-time by collecting behavioral and physiological data from users and analyze this data to support users through assistive systems that adapt their interface according to the currently measured workload. Our overall goal is to extend new and existing context-aware applications by the factor cognitive workload. We envision Workload-Aware Systems and Workload-Aware Interfaces as an extension in the context-aware paradigm. To this end, we conducted eight research inquiries during this thesis to investigate how to design and create workload-aware systems. Finally, we present our vision of future workload-aware systems and workload-aware interfaces. Due to the scarce availability of open physiological data sets, reference implementations, and methods, previous context-aware systems were limited in their ability to utilize cognitive workload for user interaction. Together with the collected data sets, we expect this thesis to pave the way for methodical and technical tools that integrate workload-awareness as a factor for context-aware systems.Tagtäglich werden unsere kognitiven Fähigkeiten durch die Verarbeitung von unzähligen Informationen in Anspruch genommen. Dies kann die Schwierigkeit einer Aufgabe durch mehr oder weniger Arbeitslast beeinflussen. Der menschliche Körper drückt die Nutzung kognitiver Ressourcen durch physiologische Reaktionen aus, wenn dieser mit kognitiver Arbeitsbelastung konfrontiert oder überfordert wird. Dadurch werden weitere Ressourcen mobilisiert, um die Arbeitsbelastung vorübergehend zu bewältigen. Wir prognostizieren, dass die derzeitige Entwicklung physiologischer Messverfahren kognitive Leistungsmessungen stets möglich machen wird, um die kognitive Arbeitslast des Nutzers jederzeit zu messen. Diese sind in der Lage, einzugreifen wenn eine zu hohe oder zu niedrige kognitive Belastung erkannt wird. Wir konzentrieren uns zunächst auf die Erkennung passender Momente für kognitive Unterstützung welche sich der gegenwärtigen kognitiven Arbeitslast bewusst sind. Anschließend untersuchen wir in einem nutzerzentrierten Designprozess geeignete Feedbackmechanismen, die zur kognitiven Assistenz beitragen. Wir präsentieren Designanforderungen, welche zeigen wie Schnittstellen eine kognitive Augmentierung durch die Messung kognitiver Arbeitslast erreichen können. Anschließend untersuchen wir verschiedene physiologische Messmodalitäten, welche Bewertungen der kognitiven Arbeitsbelastung in Realzeit ermöglichen. Zunächst validieren wir empirisch, dass das menschliche Gehirn auf kognitive Arbeitslast reagiert. Es zeigt sich, dass die Ableitung der kognitiven Arbeitsbelastung über Elektroenzephalographie eine geeignete Methode ist, um den kognitiven Anspruch neuartiger Assistenzsysteme zu evaluieren. Anschließend verwenden wir Eye-Tracking, um Veränderungen in den Augenbewegungen und dem Durchmesser der Pupille unter verschiedenen Intensitäten kognitiver Arbeitslast zu bewerten. Das Anwenden von maschinellem Lernen führt zu zuverlässigen Echtzeit-Bewertungen kognitiver Arbeitsbelastung. Auf der Grundlage der bisherigen Forschungsarbeiten stellen wir Anwendungen vor, welche die Kognition im häuslichen und beruflichen Umfeld unterstützen. Die physiologischen Messungen stellen fest, wann eine kognitive Augmentierung sich als günstig erweist. In einer Feldstudie setzen wir ein Assistenzsystem ein, um die erhobenen Designanforderungen zur Reduktion kognitiver Arbeitslast zu validieren. Unsere Ergebnisse zeigen, dass die Arbeitsbelastung durch den Einsatz von Assistenzsystemen reduziert wird. Im Anschluss untersuchen wir, wie kognitive Arbeitsbelastung visualisiert werden kann. Wir stellen eine Implementierung einer Biofeedback-Visualisierung vor, die das Nutzerverständnis zum Verlauf und zur Entstehung von kognitiver Arbeitslast unterstützt. Eine abschließende Studie zeigt, wie Messungen kognitiver Arbeitslast zur Vorhersage der aktuellen Leseeffizienz benutzt werden können. Wir schließen hierbei mit einer Reihe von Applikationen ab, welche sich kognitive Arbeitslast als Eingabe zunutze machen. Die vorliegende wissenschaftliche Arbeit befasst sich mit dem Design von Assistenzsystemen, welche die kognitive Arbeitslast der Nutzer implizit erfasst und diese bei der Durchführung alltäglicher Aufgaben unterstützt. Dabei werden physiologische Daten erfasst, um Rückschlüsse in Realzeit auf die derzeitige kognitive Arbeitsbelastung zu erlauben. Anschließend werden diese Daten analysiert, um dem Nutzer strategisch zu assistieren. Das Ziel dieser Arbeit ist die Erweiterung neuartiger und bestehender kontextbewusster Benutzerschnittstellen um den Faktor kognitive Arbeitslast. Daher werden in dieser Arbeit arbeitslastbewusste Systeme und arbeitslastbewusste Benutzerschnittstellen als eine zusätzliche Dimension innerhalb des Paradigmas kontextbewusster Systeme präsentiert. Wir stellen acht Forschungsstudien vor, um die Designanforderungen und die Implementierung von kognitiv arbeitslastbewussten Systemen zu untersuchen. Schließlich stellen wir unsere Vision von zukünftigen kognitiven arbeitslastbewussten Systemen und Benutzerschnittstellen vor. Durch die knappe Verfügbarkeit öffentlich zugänglicher Datensätze, Referenzimplementierungen, und Methoden, waren Kontextbewusste Systeme in der Auswertung kognitiver Arbeitslast bezüglich der Nutzerinteraktion limitiert. Ergänzt durch die in dieser Arbeit gesammelten Datensätze erwarten wir, dass diese Arbeit den Weg für methodische und technische Werkzeuge ebnet, welche kognitive Arbeitslast als Faktor in das Kontextbewusstsein von Computersystemen integriert

Mass & secondary structure propensity of amino acids explain their mutability and evolutionary replacements

Why is an amino acid replacement in a protein accepted during evolution? The answer given by bioinformatics relies on the frequency of change of each amino acid by another one and the propensity of each to remain unchanged. We propose that these replacement rules are recoverable from the secondary structural trends of amino acids. A distance measure between high-resolution Ramachandran distributions reveals that structurally similar residues coincide with those found in substitution matrices such as BLOSUM: Asn Asp, Phe Tyr, Lys Arg, Gln Glu, Ile Val, Met → Leu; with Ala, Cys, His, Gly, Ser, Pro, and Thr, as structurally idiosyncratic residues. We also found a high average correlation (\overline{R} R = 0.85) between thirty amino acid mutability scales and the mutational inertia (I X ), which measures the energetic cost weighted by the number of observations at the most probable amino acid conformation. These results indicate that amino acid substitutions follow two optimally-efficient principles: (a) amino acids interchangeability privileges their secondary structural similarity, and (b) the amino acid mutability depends directly on its biosynthetic energy cost, and inversely with its frequency. These two principles are the underlying rules governing the observed amino acid substitutions. © 2017 The Author(s)