Studies of the Relationship Between mRNA Stability and Gene Function in Saccharomyces cerevisiae

Twelve S. cerevisiae cDNAs, characterised by Santiago (1986) on the basis of the half-lifes of the respective mRNAs, have been partially or completely sequenced. To four have been assigned a definite function. cDNA10, which generates a long half-life mRNA, encodes the glucose-inducible form of the glycolytic enzyme, enolase. cDNAs 90, 39 and 13, each of which generates a short half-life mRNA, encode ribosomal proteins L3, L29 and YL6 respectively. cDNA46, which generates a long half-life mRNA, is related to a mouse gene of unknown function, MER5. In addition, there is circumstantial evidence that among the unidentified cDNAs that generate short half-life mRNAs are several that encode ribosomal proteins

Reversal of a Neurospora Translocation by Crossing over Involving Displaced Rdna, and Methylation of the Rdna Segments That Result from Recombination

In translocation OY321 of Neurospora crassa, the nucleolus organizer is divided into two segments, a proximal portion located interstitially in one interchange chromosome, and a distal portion now located terminally on another chromosome, linkage group I. In crosses of Translocation x Translocation, exceptional progeny are recovered nonselectively in which the chromosome sequence has apparently reverted to Normal. Genetic, cytological, and molecular evidence indicates that reversion is the result of meiotic crossing over between homologous displaced rDNA repeats. Marker linkages are wild type in these exceptional progeny. They differ from wild type, however, in retaining an interstitial block of rRNA genes which can be demonstrated cytologically by the presence of a second, small interstitial nucleolus and genetically by linkage of an rDNA restriction site polymorphism to the mating-type locus in linkage group I. The interstitial rDNA is more highly methylated than the terminal rDNA. The mechanism by which methylation enzymes distinguish between interstitial rDNA and terminal rDNA is unknown. Some hypotheses are considered

Comparative mitochondrial genomics toward understanding genetics and evolution of arbuscular mycorrhizal fungi

Les champignons mycorhiziens arbusculaires (CMA) sont très répandus dans le sol où ils forment des associations symbiotiques avec la majorité des plantes appelées mycorhizes arbusculaires. Le développement des CMA dépend fortement de la plante hôte, de telle sorte qu'ils ne peuvent vivre à l'état saprotrophique, par conséquent ils sont considérés comme des biotrophes obligatoires. Les CMA forment une lignée évolutive basale des champignons et ils appartiennent au phylum Glomeromycota. Leurs mycélia sont formés d’un réseau d’hyphes cénocytiques dans lesquelles les noyaux et les organites cellulaires peuvent se déplacer librement d’un compartiment à l’autre. Les CMA permettent à la plante hôte de bénéficier d'une meilleure nutrition minérale, grâce au réseau d'hyphes extraradiculaires, qui s'étend au-delà de la zone du sol explorée par les racines. Ces hyphes possèdent une grande capacité d'absorption d’éléments nutritifs qui vont être transportés par ceux-ci jusqu’aux racines. De ce fait, les CMA améliorent la croissance des plantes tout en les protégeant des stresses biotiques et abiotiques. Malgré l’importance des CMA, leurs génétique et évolution demeurent peu connues. Leurs études sont ardues à cause de leur mode de vie qui empêche leur culture en absence des plantes hôtes. En plus leur diversité génétique intra-isolat des génomes nucléaires, complique d’avantage ces études, en particulier le développement des marqueurs moléculaires pour des études biologiques, écologiques ainsi que les fonctions des CMA. C’est pour ces raisons que les génomes mitochondriaux offrent des opportunités et alternatives intéressantes pour étudier les CMA. En effet, les génomes mitochondriaux (mt) publiés à date, ne montrent pas de polymorphismes génétique intra-isolats. Cependant, des exceptions peuvent exister. Pour aller de l’avant avec la génomique mitochondriale, nous avons besoin de générer beaucoup de données de séquençages de l’ADN mitochondrial (ADNmt) afin d’étudier les méchanismes évolutifs, la génétique des population, l’écologie des communautés et la fonction des CMA. Dans ce contexte, l’objectif de mon projet de doctorat consiste à: 1) étudier l’évolution des génomes mt en utilisant l’approche de la génomique comparative au niveau des espèces proches, des isolats ainsi que des espèces phylogénétiquement éloignées chez les CMA; 2) étudier l’hérédité génétique des génomes mt au sein des isolats de l’espèce modèle Rhizophagus irregularis par le biais des anastomoses ; 3) étudier l’organisation des ADNmt et les gènes mt pour le développement des marqueurs moléculaires pour des études phylogénétiques. Nous avons utilisé l’approche dite ‘whole genome shotgun’ en pyroséquençage 454 et Illumina HiSeq pour séquencer plusieurs taxons de CMA sélectionnés selon leur importance et leur disponibilité. Les assemblages de novo, le séquençage conventionnel Sanger, l’annotation et la génomique comparative ont été réalisés pour caractériser des ADNmt complets. Nous avons découvert plusieurs mécanismes évolutifs intéressant chez l’espèce Gigaspora rosea dans laquelle le génome mt est complètement remanié en comparaison avec Rhizophagus irregularis isolat DAOM 197198. En plus nous avons mis en évidence que deux gènes cox1 et rns sont fragmentés en deux morceaux. Nous avons démontré que les ARN transcrits les deux fragments de cox1 se relient entre eux par épissage en trans ‘Trans-splicing’ à l’aide de l’ARN du gene nad5 I3 qui met ensemble les deux ARN cox1.1 et cox1.2 en formant un ARN complet et fonctionnel. Nous avons aussi trouvé une organisation de l’ADNmt très particulière chez l’espèce Rhizophagus sp. Isolat DAOM 213198 dont le génome mt est constitué par deux chromosomes circulaires. En plus nous avons trouvé une quantité considérable des séquences apparentées aux plasmides ‘plasmid-related sequences’ chez les Glomeraceae par rapport aux Gigasporaceae, contribuant ainsi à une évolution rapide des ADNmt chez les Glomeromycota. Nous avons aussi séquencé plusieurs isolats de l’espèces R. irregularis et Rhizophagus sp. pour décortiquer leur position phylogénéque et inférer des relations évolutives entre celles-ci. La comparaison génomique mt nous montré l’existence de plusieurs éléments mobiles comme : des cadres de lecture ‘open reading frames (mORFs)’, des séquences courtes inversées ‘short inverted repeats (SIRs)’, et des séquences apparentées aux plasimdes ‘plasmid-related sequences (dpo)’ qui impactent l’ordre des gènes mt et permettent le remaniement chromosomiques des ADNmt. Tous ces divers mécanismes évolutifs observés au niveau des isolats, nous permettent de développer des marqueurs moléculaires spécifiques à chaque isolat ou espèce de CMA. Les données générées dans mon projet de doctorat ont permis d’avancer les connaissances fondamentales des génomes mitochondriaux non seulement chez les Glomeromycètes, mais aussi de chez le règne des Fungi et les eucaryotes en général. Les trousses moléculaires développées dans ce projet peuvent servir à des études de la génétique des populations, des échanges génétiques et l’écologie des CMA ce qui va contribuer à la compréhension du rôle primorial des CMA en agriculture et environnement.Arbuscular mycorrhizal fungi (AMF) are the most widespread eukaryotic symbionts, forming mutualistic associations known as Arbuscular Mycorrhizae with the majority of plantroots. AMF are obligate biotrophs belonging to an ancient fungal lineage of phylum Glomeromycota. Their mycelia are formed by a complex network made up of coenocytic hyphae, where nuclei and cell organelles can freely move from one compartment to another. AMF are commonly acknowledged to improve plant growth by enhancing mineral nutrient uptake, in particular phosphate and nitrate, and they confer tolerance to abiotic and biotic stressors for plants. Despite their significant roles in ecosystems, their genetics and evolution are not well understood. Studying AMF is challenging due to their obligate biotrophy, their slow growth, and their limited morphological criteria. In addition, intra-isolate genetic polymorphism of nuclear DNA brings another level of complexity to the investigation of the biology, ecology and function of AMF. Genetic polymorphism of nuclear DNA within a single isolate limits the development of efficient molecular markers mainly at lower taxonomic levels (i.e. the inter-isolate level). Instead, mitochondrial (mt) genomics have been used as an attractive alternative to study AMF. In AMF, mt genomes have been shown to be homogeneous, or at least much less polymorphic than nuclear DNA. However, by generating large mt sequence datasets we can investigate the efficiency and usefulness of developing molecular marker toolkits in order to study the dynamic and evolutionary mechanisms of AMF. This approach also elucidates the population genetics, community ecology and functions of Glomeromycota. Therefore, the objectives of my Ph.D. project were: 1) To investigate mitochondrial genome evolution using comparative mitogenomic analyses of closely related species and isolates as well as phylogenetically distant taxa of AMF; 2) To explore mt genome inheritance among compatible isolates of the model AMF Rhizophagus irregularis through anastomosis formation; and 3) To assess mtDNA and mt genes for marker development and phylogenetic analyses. We used whole genome shotgun, 454 pyrosequencing and HiSeq Illimina to sequence AMF taxa selected according to their importance and availability in our lab collections. De novo assemblies, Sanger sequencing, annotation and comparative genomics were then performed to characterize complete mtDNAs. We discovered interesting evolutionary mechanisms in Gigaspora rosea: 1) we found a fully reshuffled mt genome synteny compared to Rhizaphagus irregularis DAOM 197198; and 2) we discovered the presence of fragmented cox1 and rns genes. We demonstrated that two cox1 transcripts are joined by trans-splicing. We also reported an unusual mtDNA organization in Rhizophagus sp. DAOM 213198, whose mt genome consisted of two circular mtDNAs. In addition, we observed a considerably higher number of mt plasmidrelated sequences in Glomeraceae compared with Gigasporaceae, contributing a mechanism for faster evolution of mtDNA in Glomeromycota. We also sequenced other isolates of R. irregularis and Rhizophagus sp. in order to unravel their evolutionary relationships and to develop molecular toolkits for their discrimination. Comparative mitogenomic analyses of these mtDNAs revealed the occurrence of many mobile elements such as mobile open reading frames (mORFs), short inverted repeats (SIRs), and plasmid-related sequences (dpo) that impact mt genome synteny and mtDNA alteration. All together, these evolutionary mechanisms among closely related AMF isolates give us clues for designing reliable and efficient intra- and inter-specific markers to discriminate closely related AMF taxa and isolates. Data generated in my Ph.D. project advances our knowledge of mitochondrial genomes evolution not only in Glomeromycota, but also in the larger framework of the Fungal kingdom and Eukaryotes in general. Molecular toolkits developed in this project will offer new opportunities to study population genetics, genetic exchanges and ecology of AMF. In turn, this work will contribute to understanding the role of these fungi in nature, with potential applications in both agriculture and environmental protection

Application of molecular biology in the evaluation of Lactobacillus plantarum strains as silage inoculants

Methods to distinguish between strains of Lactobacillus plantarum were investigated with the aim of analysing strain heterogeneity in grass silage. Chromosomal restriction endonuclease patterns, rDNA fingerprints and plasmid profiling were applied to isolates from five different well preserved grass silages and a number of dominant strains were identified. Ribotyping proved to be a most useful technique for strain differentiation using restriction enzymes EcoRl and BarriHl to achieve optimum results. Plasmid profiling complemented the information obtained from ribotyping while chromosomal restriction endonuclease analysis proved to be too cumbersome for routine use. Having demonstrated that L. plantarum effected improved forage preservation when applied at an inoculation rate of lxlO6 cfu/g grass, a number of L. plantarum strains were investigated for their suitability as grass silage inoculants. A novel assay was designed to assess the competitiveness of each L. plantarum strain when co-inoculated individually with the internal standard strain, L. plantarum DCU101. The plasmid based strain specific DNA probe, pGBlOO, was used to enumerate the proportion of L. plantarum DCU101 in each treatment over the fourteen day ensilage period. The results demonstrated that competitiveness and dominance do occur within the silo and the most competitive strain, L. plantarum B2, was used in further silo trials to establish its usefulness as a bacterial silage inoculant. The PCR amplification of the VI and V6 variable regions of 16S rRNA genes from L. plantarum was investigated for its usefulness in obtaining species and genus specific probes. Direct sequencing from PCR was investigated but failed due to the small size of the PCR fragment (about lOObp) which resulted in its rapid renaturation. The cloned PCR amplified VI and V6 regions from three strains of L. plantarum were sequenced and analysed using hybridisation experiments and computer assisted alignments with sequences extracted from the GenBank and EMBL databases. On alignment of the VI and V6 regions of thirty species of Lactobacillus and a variety of Gram-negative and Gram-positive genera, three L. plantarum specific oligonucleotide sequences were identified. The specificity of these selected oligonucleotides was confirmed using the BLAST alignment programme

Population genetic analysis and characterization of nuclear gene regions and mitogenomes in four European "Donax" species

Programa Oficial de Doutoramento en Bioloxía Celular e Molecular . 5004V01[Abstract] The wedge clam Donax trunculus is an important shellfish resource in Europe that is in regression in Galician natural beds (Northwest of Spain). Nowadays in Galicia, only two markets located in Arousa and Cedeira sell this species, demonstrating the decline of this resource. In order to conserve, manage and recover this resource effectively, the following genetic analyses have been carried out: First, mitochondrial DNA markers (16S and Cytb) were used to analyse the population diversity and population structure of natural beds from Iberian Peninsula. Furthermore, the existence of Donax vittatus in the Atlantic coast of Iberian Peninsula, as another species to be conserved and/or managed, the development of molecular markers was needed to characterize its natural beds and to carry out studies similar to those conducted for D. trunculus. Likewise, given the existence of other Donax species (Donax semistriatus and Donax variegatus) in this region, the 5S rDNA, the internal transcribed spacers (ITS1 and ITS2) and the mitogenomes were characterized in these four species, in order to describe species-specific molecular markers for their identification and to construct the phylogenetic relationships within the order Veneroida.[Resumen] La coquina Donax trunculus es un importante recurso marisquero en Europa que se encuentra en regresión en los bancos naturales gallegos (noroeste de España). Actualmente, en Galicia, sólo las cofradías de Arousa y Cedeira comercializan esta especie, poniendo de manifiesto su declive. Con el propósito de conservar, gestionar y recuperar este recurso de manera eficaz, se han realizado los siguientes análisis genéticos: En primer lugar, la evaluación genético-poblacional de bancos naturales de la Península Ibérica mediante marcadores de ADN mitocondrial (16S y Citb) para conocer la diversidad genética y la estructura poblacional. Además, ante la presencia de Donax vittatus en la costa atlántica de la Península Ibérica, como otra especie a conservar y/o gestionar, fue necesario el desarrollo de marcadores moleculares para caracterizar sus bancos naturales y llevar a cabo estudios similares a los realizados para D. trunculus. Así mismo, dada la existencia de otras especies del género Donax (Donax semistriatus y Donax variegatus) en el área de distribución a analizar, se caracterizaron el ADNr 5S, los espaciadores transcritos internos (ITS1 e ITS2), y los genomas mitocondriales en las cuatro especies objeto de estudio con el fin de obtener marcadores especie-específicos para su identificación y construir las relaciones filogenéticas dentro del orden Veneroida.[Resumo] A cadelucha Donax trunculus é un importante recurso marisqueiro en Europa que se atopa en regresión nos bancos naturais galegos (noroeste de España). Actualmente, en Galicia, só as cofrarías de Arousa e Cedeira comercializan esta especie, poñendo de manifesto o seu declive. Co propósito de conservar, xestionar e recuperar este recurso de maneira eficaz, realizáronse as seguintes análises xenéticas: En primeiro lugar, a avaliación xenético-poboacional de bancos naturais da Península Ibérica mediante marcadores de ADN mitocondrial (16S e Citb) para coñecer a diversidade xenética e a estrutura poboacional. Ademais, ante a presenza de Donax vittatus na costa atlántica da Península Ibérica, como outra especie para conservar e/ou xestionar, foi necesario o desenvolvemento de marcadores moleculares para caracterizar os seus bancos naturais e levar a cabo estudos similares aos realizados para D. trunculus. Así mesmo, dada a existencia doutras especies do xénero Donax (Donax semistriatus e Donax variegatus) na área de distribución a analizar, caracterizáronse o ADNr 5S, os espaciadores transcritos internos (ITS1 e ITS2), e os xenomas mitocondriales nas catro especies obxecto de estudo co fin de obter marcadores especieespecíficos para súa identificación e construír as relacións filoxenéticas dentro da orde Veneroida

La génomique évolutive mitochondriale révèle des échanges génétiques et la ségrégation chez les Gloméromycètes

Les champignons mycorhiziens à arbuscules (CMA) sont des organismes microscopiques du sol qui jouent un rôle crucial dans les écosystèmes naturels et que l’on retrouve dans tous les habitats de la planète. Ils vivent en relation symbiotique avec la vaste majorité des plantes terrestres. Ils sont des biotrophes obligatoires, c'est-à-dire qu'ils ne peuvent croître qu'en présence d'une plante hôte. Cette symbiose permet entre autres à la plante d'acquérir des nutriments supplémentaires, en particulier du phosphore et du nitrate. Malgré le fait que cette symbiose apporte des services importants aux écosystèmes, la richesse des espèces, la structure des communautés, ainsi que la diversité fonctionnelle des CMA sont mal connues et l'approfondissement des connaissances dans ces domaines dépend d’outils de diagnostic moléculaire. Cependant, la présence de polymorphisme nucléaire intra-isolat combiné à un manque de données génomiques dans différents groupes phylogénétique de ces champignons complique le développement de marqueurs moléculaires et la détermination de l'affiliation évolutive à hauts niveaux de résolution (c.a.d. entre espèces génétiquement similaires et/ou isolats de la même espèce). . Pour ces raisons, il semble une bonne alternative d’utiliser un système génétique différent en ciblant le génome mitochondrial, qui a été démontré homogène au sein d'un même isolat de CMA. Cependant, étant donné le mode de vie particulier de ces organismes, une meilleure compréhension des processus évolutifs mitochondriaux est nécessaire afin de valoriser l'utilisation de tels marqueurs dans des études de diversité et en génétique des populations. En ce sens, mon projet de doctorat consistait à investiguerétudier: i) les vecteurs de divergences inter-isolats et -espèces génétiquement rapprochéesphylogénétiquement apparentées, ii) la plasticité des génomes mitochondriaux, iii) l'héritabilité mitochondriale et les mécanismes potentiels de ségrégation, ainsi que iv) la diversité mitochondriale intra-isolat in situ. À l'aide de la génomique mitochondriale comparative, en utilisant le séquençage nouvelle génération, on a démontré la présence de variation génétique substantielle inter-isolats et -espèces, engendrées par l'invasion d'éléments mobiles dans les génomes mitochondriaux des CMA, donnant lieu à une évolution moléculaire rapide des régions intergéniques. Cette variation permettait de développer des marqueurs spécifiques à des isolats de la même espèce. Ensuite, à l'aide d'une approche analytique par réseaux de gènes sur des éléments mobiles, on a été en mesure de démontrer des évènements de recombinaisons homologues entre des haplotypes mitochondriaux distincts, menant à des réarrangements génomiques. Cela a permis d'ouvrir les perspectives sur la dynamique mitochondriale et l'hétéroplasmie dans un même isolatsuggère une coexistence de différents haplotypes mitochondriaux dans les populations naturelles et que les cultures monosporales pourraient induirent une sous-estimation de la diversité allélique mitochondriale. Cette apparente contradiction avec l'homogénéité mitochondriale intra-isolat généralement observée, a amené à investiguer étudier les échanges génétiques à l'aide de croisements d'isolats génétiquement distincts. Malgré l'observation de quelques spores filles hétéroplasmiques, l'homoplasmie était le statut par défaut dans toutes les cultures monosporales, avec un biais en faveur de l'un des haplotypes parentaux. Ces résultats suggèrent que la ségrégation opère durant la formation de la spore et/ou le développement de la coloniedu mycélium. De plus, ils supportent la présence d'une machinerie protéique de ségrégation mitochondriale chez les CMAAMF, où l'ensemble des gènes impliqués dans ce mécanisme ont été retrouvé et sont orthologues aux autres champignons. Finalement, on est revenue aux sources avecon a étudié le polymorphisme mitochondrial intra-isolat à l'aide d'une approche conventionnelle de PCR en utilisant une Taq polymérase de haute fidélité, suivie de clonage et de séquençage Sanger, sur deux isolats de R. irregularis. Cela a permis l'observation d'hétéroplasmie in situ, ainsi que la co-expression de variantes de variantes de protéines'ARNm dans une souche in vitro. Les résultats suggèrent que d'autres études basées sur le séquençage nouvelle génération aurait potentiellement ignorée cette variation, offrant ainsi plusieurs nouveaux arguments permettant de considérer les CMA comme des organismes possédant une population de génomes mitochondriaux et nucléaires distincts.The association between arbuscular mycorrhizal fungi (AMF) and plant roots is one of the most widespread symbioses involving plants, and thus has an important role in terrestrial ecosystems. In exchange for carbohydrates, AMF improve plant fitness by enhancing mineral nutrient uptake, especially in particular phosphate and nitrate. Although this symbiosisDespite the fact that these symbioses contribute provides to important services toin ecosystems, the species richness, community structure and functional diversity of AMF is not well understood due to a lack of reliable molecular tools. The intra-isolate genetic polymorphism of nuclear DNA observed in AMF, combined with a lack of genomic data in a broad range of phylogenetic groups, has made it difficult to develop molecular markers and to determine evolutionary relatedness at high levels of resolution (i.e. between genetically-similar species and/or isolates). For these reasons, it seems a good alternative to use a different genetic system by targeting the mitochondrial genome, which have been shown to be homogeneous within AMF isolates. However, given the peculiar lifestyle of these organisms, a better understanding of the mitochondrial evolutionary processes and dynamics were is necessary in order to validate the usefulness of such markers in diversity and population genetics studies. In that regard, the objectives of my PhD project were to investigate: i) the divergence between closely related species and isolates, ii) mitochondrial genomes plasticity, iii) mitochondrial heritability and potential segregation mechanisms and iv) in situ mitochondrial intra-isolate allelic diversity. With Using comparative mitochondrial genomics using and next generation sequencing (NGS) sequencing, we found substantial sequence variation in intergenic regions caused by the invasion of mobile genetic elements. This variation gives risecontributes to rapid mitochondrial genome evolution among closely related isolates and species, which makes it possible to design reliable intra- and inter-specific markers. Also, an extensive gene similarity network-based approach allowed us to provide strong evidence of inter-haplotype recombination in AMF, leading to a reshuffled mitochondrial genome. These findings suggest the coexistence of distinct mtDNA haplotypes in natural populations and raise questions as to whether AMF single spore cultivations artificially underestimates mitochondrial genetic diversity in natural population.. This apparent contradiction with the intra-isolate mtDNA homogeneity usually observed in these fungi, led to the investigation of mitochondrial heritability in the spore progeny resulting from crossed-cultures. Although an heteroplasmic state was observed in some daughter spores, we found that homoplasmy was the dominant state in all monosporal cultures, with an apparent bias towards one of the parental haplotypes. These results strongly support the presence of a putative mitochondrial segregation proteic machinery in AMF, whose complete set of genes were orthologous with those found in other fungi. Our findings suggest that segregation takes place either during spore formation or colony mycelium development. Finally, we performed a conventional PCR based approach with a high fidelity Taq polymerase, followed by downstream cloning and Sanger sequencing using the model organism Rhizophagus irregularis. We found in situ heteroplasmy along with substantial intra-isolate allelic variation within the mtDNA that persists in the transcriptome. Our study also suggest that genetic variation in Glomeromycota is higher than meets the eye and might be critically underestimated in most NGS based-AMF studies both in nuclei and mitochondria

Plant growth-promoting bacteria from Western Australian soils

Harnessing the abilities of soil microbes to improve plant health and productivity may be an important factor in obtaining food security for the future. In this study, 179 potential plant growth-promoting bacteria (PGPB) were isolated from the rhizosphere of five types of plants from three Western Australian soils. On the basis of in vitro plant growth promotion assays, seven isolates were selected for testing in field trials in Western Australia. Two of the PGPB, Burkholderia caledonica NCH45 and Enterobacter soli ANMK1, improved the yield of wheat by 23% and 9% respectively. The isolate, Pseudomonas granadensis PMK4, improved nodulation when co-inoculated with rhizobia on peas by up to 71% and grain yields by 35%. P. granadensis PMK4 was shown to inhabit the nodules of the field grown peas using strain specific primers developed in this study from the 16S-23S rRNA ITS1 region of this isolate. P. granadensis PMK4 was also tested in field trials on Christmas Island on several legume species at three different fertilizer levels (nil, low and high). Significant increases in nodulation and/or plant yields were observed for soybean and mungbean co-inoculated with PMK4 and rhizobia at a low level of applied fertilizer compared with rhizobia only controls. Co-inoculation with PMK4 also significantly increased the copper and phosphorus concentration in the shoots of lablab and soybean at the nil (lablab) and low (lablab and soybean) fertilizer levels. Glasshouse trials using a full phosphorus response curve demonstrated that phosphorus solubilisation is not the mechanism of action by NCH45 and PMK4 in wheat. However, growth pouch assays using the auxin transport inhibitor, 2,3,5-triiodobenzoic acid, indicate that production of indole-3-acetic acid may be at least partly responsible for increasing wheat seedling root lengths. These results support the further testing of the three promising isolates in field trials to determine optimal conditions for improving plant productivity