QuASeR -- Quantum Accelerated De Novo DNA Sequence Reconstruction

In this article, we present QuASeR, a reference-free DNA sequence reconstruction implementation via de novo assembly on both gate-based and quantum annealing platforms. Each one of the four steps of the implementation (TSP, QUBO, Hamiltonians and QAOA) is explained with simple proof-of-concept examples to target both the genomics research community and quantum application developers in a self-contained manner. The details of the implementation are discussed for the various layers of the quantum full-stack accelerator design. We also highlight the limitations of current classical simulation and available quantum hardware systems. The implementation is open-source and can be found on https://github.com/prince-ph0en1x/QuASeR.Comment: 24 page

Multistart Methods for Quantum Approximate Optimization

Hybrid quantum-classical algorithms such as the quantum approximate optimization algorithm (QAOA) are considered one of the most promising approaches for leveraging near-term quantum computers for practical applications. Such algorithms are often implemented in a variational form, combining classical optimization methods with a quantum machine to find parameters to maximize performance. The quality of the QAOA solution depends heavily on quality of the parameters produced by the classical optimizer. Moreover, the presence of multiple local optima in the space of parameters makes it harder for the classical optimizer. In this paper we study the use of a multistart optimization approach within a QAOA framework to improve the performance of quantum machines on important graph clustering problems. We also demonstrate that reusing the optimal parameters from similar problems can improve the performance of classical optimization methods, expanding on similar results for MAXCUT

Multilevel Combinatorial Optimization Across Quantum Architectures

Emerging quantum processors provide an opportunity to explore new approaches for solving traditional problems in the post Moore's law supercomputing era. However, the limited number of qubits makes it infeasible to tackle massive real-world datasets directly in the near future, leading to new challenges in utilizing these quantum processors for practical purposes. Hybrid quantum-classical algorithms that leverage both quantum and classical types of devices are considered as one of the main strategies to apply quantum computing to large-scale problems. In this paper, we advocate the use of multilevel frameworks for combinatorial optimization as a promising general paradigm for designing hybrid quantum-classical algorithms. In order to demonstrate this approach, we apply this method to two well-known combinatorial optimization problems, namely, the Graph Partitioning Problem, and the Community Detection Problem. We develop hybrid multilevel solvers with quantum local search on D-Wave's quantum annealer and IBM's gate-model based quantum processor. We carry out experiments on graphs that are orders of magnitudes larger than the current quantum hardware size, and we observe results comparable to state-of-the-art solvers in terms of quality of the solution

Network Community Detection On Small Quantum Computers

In recent years a number of quantum computing devices with small numbers of qubits became available. We present a hybrid quantum local search (QLS) approach that combines a classical machine and a small quantum device to solve problems of practical size. The proposed approach is applied to the network community detection problem. QLS is hardware-agnostic and easily extendable to new quantum computing devices as they become available. We demonstrate it to solve the 2-community detection problem on graphs of size up to 410 vertices using the 16-qubit IBM quantum computer and D-Wave 2000Q, and compare their performance with the optimal solutions. Our results demonstrate that QLS perform similarly in terms of quality of the solution and the number of iterations to convergence on both types of quantum computers and it is capable of achieving results comparable to state-of-the-art solvers in terms of quality of the solution including reaching the optimal solutions

Quantum Algorithms for Solving Hard Constrained Optimization Problems

En aquesta investigació, s'han examinat tècniques d'optimització per resoldre problemes de restriccions i s'ha fet un estudi de l'era quàntica i de les empreses líders del mercat, com ara IBM, D-Wave, Google, Xanadu, AWS-Braket i Microsoft. S'ha après sobre la comunitat, les plataformes, l'estat de les investigacions i s'han estudiat els postulats de la mecànica quàntica que serveixen per crear els sistemes i algorismes quàntics més eficients. Per tal de saber si és possible resoldre problemes de Problema de cerca de restriccions (CSP) de manera més eficient amb la computació quàntica, es va definir un escenari perquè tant la computació clàssica com la quàntica tinguessin un bon punt de referència. En primer lloc, la prova de concepte es centra en el problema de programació dels treballadors socials i més tard en el tema de la preparació per lots i la selecció de comandes com a generalització del Problema dels treballadors socials (SWP). El problema de programació dels treballadors socials és una mena de problema d'optimització combinatòria que, en el millor dels casos, es pot resoldre en temps exponencial; veient que el SWP és NP-Hard, proposa fer servir un altre enfoc més enllà de la computació clàssica per a la seva resolució. Avui dia, el focus a la computació quàntica ja no és només per la seva enorme capacitat informàtica sinó també, per l'ús de la seva imperfecció en aquesta era Noisy Intermediate-Scale Quantum (NISQ) per crear un poderós dispositiu d'aprenentatge automàtic que utilitza el principi variacional per resoldre problemes d'optimització en reduir la classe de complexitat. A la tesi es proposa una formulació (quadràtica) per resoldre el problema de l'horari dels treballadors socials de manera eficient utilitzant Variational Quantum Eigensolver (VQE), Quantum Approximate Optimization Algorithm (QAOA), Minimal Eigen Optimizer i ADMM optimizer. La viabilitat quàntica de l'algorisme s'ha modelat en forma QUBO, amb Docplex simulat Cirq, Or-Tools i provat a ordinadors IBMQ. Després d'analitzar els resultats de l'enfocament anterior, es va dissenyar un escenari per resoldre el SWP com a raonament basat en casos (qCBR), tant quànticament com clàssicament. I així poder contribuir amb un algorisme quàntic centrat en la intel·ligència artificial i l'aprenentatge automàtic. El qCBR és una tècnica d’aprenentatge automàtic basada en la resolució de nous problemes que utilitza l’experiència, com ho fan els humans. L'experiència es representa com una memòria de casos que conté qüestions prèviament resoltes i utilitza una tècnica de síntesi per adaptar millor l'experiència al problema nou. A la definició de SWP, si en lloc de pacients es tenen lots de comandes i en lloc de treballadors socials robots mòbils, es generalitza la funció objectiu i les restriccions. Per això, s'ha proposat una prova de concepte i una nova formulació per resoldre els problemes de picking i batching anomenat qRobot. Es va fer una prova de concepte en aquesta part del projecte mitjançant una Raspberry Pi 4 i es va provar la capacitat d'integració de la computació quàntica dins de la robòtica mòbil, amb un dels problemes més demandats en aquest sector industrial: problemes de picking i batching. Es va provar en diferents tecnologies i els resultats van ser prometedors. A més, en cas de necessitat computacional, el robot paral·lelitza part de les operacions en computació híbrida (quàntica + clàssica), accedint a CPU i QPU distribuïts en un núvol públic o privat. A més, s’ha desenvolupat un entorn estable (ARM64) dins del robot (Raspberry) per executar operacions de gradient i altres algorismes quàntics a IBMQ, Amazon Braket (D-Wave) i Pennylane de forma local o remota. Per millorar el temps d’execució dels algorismes variacionals en aquesta era NISQ i la següent, s’ha proposat EVA: un algorisme d’aproximació de Valor Exponencial quàntic. Fins ara, el VQE és el vaixell insígnia de la computació quàntica. Avui dia, a les plataformes líders del mercat de computació quàntica al núvol, el cost de l'experimentació dels circuits quàntics és proporcional al nombre de circuits que s'executen en aquestes plataformes. És a dir, amb més circuits més cost. Una de les coses que aconsegueix el VQE, el vaixell insígnia d'aquesta era de pocs qubits, és la poca profunditat en dividir el Hamiltonià en una llista de molts petits circuits (matrius de Pauli). Però aquest mateix fet, fa que simular amb el VQE sigui molt car al núvol. Per aquesta mateixa raó, es va dissenyar EVA per poder calcular el valor esperat amb un únic circuit. Tot i haver respost a la hipòtesi d'aquesta tesis amb tots els estudis realitzats, encara es pot continuar investigant per proposar nous algorismes quàntics per millorar problemes d'optimització.En esta investigación, se han examinado técnicas de optimización para resolver problemas de restricciones y se ha realizado un estudio de la era cuántica y de las empresas lideres del mercado, como IBM, D-Wave, Google, Xanadu, AWS-Braket y Microsoft. Se ha aprendido sobre su comunidad, sus plataformas, el estado de sus investigaciones y se han estudiado los postulados de la mecánica cuántica que sirven para crear los sistemas y algoritmos cuánticos más eficientes. Por tal de saber si es posible resolver problemas de Problema de búsqueda de restricciones (CSP) de manera más eficiente con la computación cuántica, se definió un escenario para que tanto la computación clásica como la cuántica tuvieran un buen punto de referencia. En primer lugar, la prueba de concepto se centra en el problema de programación de los trabajadores sociales y más tarde en el tema de la preparación por lotes y la selección de pedidos como una generalización del Problema de los trabajadores sociales (SWP). El problema de programación de los trabajadores sociales es una clase de problema de optimización combinatoria que, en el mejor de los casos, puede resolverse en tiempo exponencial; viendo que el SWP es NP-Hard, propone usar otro enfoque mas allá de la computación clásica para su resolución. Hoy en día, el foco en la computación cuántica ya no es sólo por su enorme capacidad informática sino también, por el uso de su imperfección en esta era Noisy Intermediate-Scale Quantum (NISQ) para crear un poderoso dispositivo de aprendizaje automático que usa el principio variacional para resolver problemas de optimización al reducir su clase de complejidad. En la tesis se propone una formulación (cuadrática) para resolver el problema del horario de los trabajadores sociales de manera eficiente usando Variational Quantum Eigensolver (VQE), Quantum Approximate Optimization Algorithm (QAOA), Minimal Eigen Optimizer y ADMM optimizer. La viabilidad cuántica del algoritmo se ha modelado en forma QUBO, con Docplex simulado Cirq, Or-Tools y probado en computadoras IBMQ. Después de analizar los resultados del enfoque anterior, se diseñó un escenario para resolver el SWP como razonamiento basado en casos (qCBR), tanto cuántica como clásicamente. Y así, poder contribuir con un algoritmo cuántico centrado en la inteligencia artificial y el aprendizaje automático. El qCBR es una técnica de aprendizaje automático basada en la resolución de nuevos problemas que utiliza la experiencia, como lo hacen los humanos. La experiencia se representa como una memoria de casos que contiene cuestiones previamente resueltas y usa una técnica de síntesis para adaptar mejor la experiencia al nuevo problema. En la definición de SWP, si en lugar de pacientes se tienen lotes de pedidos y en lugar de trabajadores sociales robots móviles, se generaliza la función objetivo y las restricciones. Para ello, se ha propuesto una prueba de concepto y una nueva formulación para resolver los problemas de picking y batching llamado qRobot. Se hizo una prueba de concepto en esta parte del proyecto a través de una Raspberry Pi 4 y se probó la capacidad de integración de la computación cuántica dentro de la robótica móvil, con uno de los problemas más demandados en este sector industrial: problemas de picking y batching. Se probó en distintas tecnologías y los resultados fueron prometedores. Además, en caso de necesidad computacional, el robot paraleliza parte de las operaciones en computación híbrida (cuántica + clásica), accediendo a CPU y QPU distribuidos en una nube pública o privada. Además, desarrollamos un entorno estable (ARM64) dentro del robot (Raspberry) para ejecutar operaciones de gradiente y otros algoritmos cuánticos en IBMQ, Amazon Braket (D-Wave) y Pennylane de forma local o remota. Para mejorar el tiempo de ejecución de los algoritmos variacionales en esta era NISQ y la siguiente, se ha propuesto EVA: un algoritmo de Aproximación de Valor Exponencial cuántico. Hasta la fecha, el VQE es el buque insignia de la computación cuántica. Hoy en día, en las plataformas de computación cuántica en la nube líderes de mercado, el coste de la experimentación de los circuitos cuánticos es proporcional al número de circuitos que se ejecutan en dichas plataformas. Es decir, con más circuitos mayor coste. Una de las cosas que consigue el VQE, el buque insignia de esta era de pocos qubits, es la poca profundidad al dividir el Hamiltoniano en una lista de muchos pequeños circuitos (matrices de Pauli). Pero este mismo hecho, hace que simular con el VQE sea muy caro en la nube. Por esta misma razón, se diseñó EVA para poder calcular el valor esperado con un único circuito. Aún habiendo respuesto a la hipótesis de este trabajo con todos los estudios realizados, todavía se puede seguir investigando para proponer nuevos algoritmos cuánticos para mejorar problemas de optimización combinatoria.In this research, Combinatorial optimization techniques to solve constraint problems have been examined. A study of the quantum era and market leaders such as IBM, D-Wave, Google, Xanadu, AWS-Braket and Microsoft has been carried out. We have learned about their community, their platforms, the status of their research, and the postulates of quantum mechanics that create the most efficient quantum systems and algorithms. To know if it is possible to solve Constraint Search Problem (CSP) problems more efficiently with quantum computing, a scenario was defined so that both classical and quantum computing would have a good point of reference. First, the proof of concept focuses on the social worker scheduling problem and later on the issue of batch picking and order picking as a generalization of the Social Workers Problem (SWP). The social workers programming problem is a combinatorial optimization problem that can be solved exponentially at best; seeing that the SWP is NP-Hard, it claims using another approach beyond classical computation for its resolution. Today, the focus on quantum computing is no longer only on its enormous computing power but also on the use of its imperfection in this era Noisy Intermediate-Scale Quantum (NISQ) to create a powerful machine learning device that uses the variational principle to solve optimization problems by reducing their complexity class. In the thesis, a (quadratic) formulation is proposed to solve the problem of social workers' schedules efficiently using Variational Quantum Eigensolver (VQE), Quantum Approximate Optimization Algorithm (QAOA), Minimal Eigen Optimizer and ADMM optimizer. The quantum feasibility of the algorithm has been modelled in QUBO form, with Cirq simulated, Or-Tools and tested on IBMQ computers. After analyzing the results of the above approach, a scenario was designed to solve the SWP as quantum case-based reasoning (qCBR), both quantum and classically. And thus, to be able to contribute with a quantum algorithm focused on artificial intelligence and machine learning. The qCBR is a machine learning technique based on solving new problems that use experience, as humans do. The experience is represented as a memory of cases containing previously resolved questions and uses a synthesis technique to adapt the background to the new problem better. In the definition of SWP, if instead of patients there are batches of orders and instead of social workers mobile robots, the objective function and the restrictions are generalized. To do this, a proof of concept and a new formulation has been proposed to solve the problems of picking and batching called qRobot. A proof of concept was carried out in this part of the project through a Raspberry Pi 4 and the integration capacity of quantum computing within mobile robotics was tested, with one of the most demanded problems in this industrial sector: picking and batching problems. It was tested on different technologies, and the results were promising. Furthermore, in case of computational need, the robot parallelizes part of the operations in hybrid computing (quantum + classical), accessing CPU and QPU distributed in a public or private cloud. Furthermore, we developed a stable environment (ARM64) inside the robot (Raspberry) to run gradient operations and other quantum algorithms on IBMQ, Amazon Braket (D-Wave) and Pennylane locally or remotely. To improve the execution time of variational algorithms in this NISQ era and the next, EVA has been proposed: A quantum Exponential Value Approximation algorithm. To date, the VQE is the flagship of quantum computing. Today, in the market-leading quantum cloud computing platforms, the cost of experimenting with quantum circuits is proportional to the number of circuits running on those platforms. That is, with more circuits, higher cost. One of the things that the VQE, the flagship of this low-qubit era, achieves is shallow depth by dividing the Hamiltonian into a list of many small circuits (Pauli matrices). But this very fact makes simulating with VQE very expensive in the cloud. For this same reason, EVA was designed to calculate the expected value with a single circuit. Even having answered the hypothesis of this work with all the studies carried out, it is still possible to continue research to propose new quantum algorithms to improve combinatorial optimization