Mapping Networks via Parallel kth-Hop Traceroute Queries

?(v,w), which return the name of the kth vertex on a shortest path from v to w, where ?(v,w) is the distance between v and w, that is, the number of edges in a shortest-path from v to w. The traceroute command is often used for network mapping applications, the study of the connectivity of networks, and it has been studied theoretically with respect to biases it introduces for network mapping when only a subset of nodes in the network can be the source of traceroute queries. In this paper, we provide efficient network mapping algorithms, that are based on kth-hop traceroute queries. Our results include an algorithm that runs in a constant number of parallel rounds with a subquadratic number of queries under reasonable assumptions about the sampling coverage of the nodes that may issue kth-hop traceroute queries. In addition, we introduce a number of new algorithmic techniques, including a high-probability parametric parallelization of a graph clustering technique of Thorup and Zwick, which may be of independent interest

Détection des transferts horizontaux de gènes : modèles et algorithmes appliqués à l'évolution des espèces et des langues

Le transfert horizontal de gènes (THG, ou transfert latéral de gènes) est un mécanisme d'évolution naturel qui consiste en le transfert direct du matériel génétique d'une espèce à une autre. La possibilité que le transfert horizontal de gènes puisse jouer un rôle clé dans l'évolution biologique est un changement fondamental dans notre perception des aspects généraux de la biologie évolutive survenu ces dernières années. Par exemple, les bactéries et les virus possèdent des mécanismes sophistiqués d'acquisition de nouveaux gènes par transfert horizontal leur permettant de s'adapter et d'évoluer adéquatement dans leur environnement. Jusqu'à tout récemment, les méthodes de détection de ce mécanisme reposaient essentiellement sur l'analyse de séquences et étaient très rarement automatisées. Il est impossible de représenter l'évolution d'organismes ayant subi des THG à l'aide d'arbres phylogénétiques acycliques. La présentation adéquate est celle d'un réseau. Dans cette thèse, nous décrivons un nouveau modèle de ce mécanisme d'évolution, en se basant sur l'étude de différences topologiques et métriques entre un arbre d'espèces et un arbre du gène inférés pour le même ensemble d'espèces. Les méthodes qui en découlent ont été appliquées à des jeux de données réelles où des hypothèses de transferts latéraux de gènes étaient plausibles. Des simulations Monté-Carlo ont été menées afin d'évaluer la qualité des résultats par rapport à des méthodes existantes. Nous présentons également une généralisation du modèle de transferts horizontaux complets qui est applicable pour détecter des transferts partiels et identifier des gènes mosaïques. Dans ce dernier modèle, on suppose qu'une partie seulement du gène a été transférée. Enfin, nous présentons une application de ces nouvelles méthodes servant à modéliser des emprunts de mots survenus durant l'évolution des langues indo-européennes. \ud ______________________________________________________________________________ \ud MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : arbre phylogénétique, réseau réticulé, transfert horizontal de gènes, critère des moindres carrés, distance de Robinson et Foulds, dissimilarité de bipartitions, biolinguistique

New Fundamental Technologies in Data Mining

The progress of data mining technology and large public popularity establish a need for a comprehensive text on the subject. The series of books entitled by "Data Mining" address the need by presenting in-depth description of novel mining algorithms and many useful applications. In addition to understanding each section deeply, the two books present useful hints and strategies to solving problems in the following chapters. The contributing authors have highlighted many future research directions that will foster multi-disciplinary collaborations and hence will lead to significant development in the field of data mining

LIPIcs, Volume 244, ESA 2022, Complete Volume

LIPIcs, Volume 244, ESA 2022, Complete Volum

Une approche basée sur l'analyse des séquences pour la reconnaissance des activités et comportements dans les environnements intelligents

Cette thèse vise à étudier deux problématiques différentes: 1) la reconnaissance des activités de la vie quotidienne des personnes dans un habitat intelligent, et 2) la construction du profil comportemental de la personne. Nos contributions sont présentées dans deux chapitres illustrant les solutions proposées. La première contribution de cette thèse est liée à l'introduction d'une nouvelle approche non supervisée de reconnaissance d'activités nommée ADR-SPLDA (Activity Discovery and Recognition using Sequential Patterns and Latent Dirichlet Allocation). Contrairement aux approches existantes, ADR-SPLDA permet la découverte et la reconnaissance des activités de façon non supervisée sans faire nécessairement recours à l'annotation des données. En outre, ADR-SPLDA est basée sur l'analyse de patrons fréquents, ce qui permet de réduire significativement la quantité du bruit dans les données. La fiabilité de ADR-SPLDA est illustrée à travers une série de tests et de comparaisons avec les approches existantes sur une variété de données réelles. Le deuxième travail vise la construction du profil comportemental de la personne en se basant sur ses activités. Nous avons développé une approche qui permet de découvrir les différents comportements dans les séquences, et d'extraire les relations causales entre les différents comportements. Notre contribution inclut l'introduction de l'analyse causale dans la construction du profil, ce qui nous a permis aussi de découvrir les relations causales entre les différentes activités. Une série de tests a été également effectuée pour illustrer la fiabilité de notre approche sur une variété de données. Le travail de recherche entrepris dans cette thèse constitue l'une des nombreuses étapes importantes dans l'accomplissement d'un système d'assistance efficace dans l'objectif d'assurer le bien-être des personnes

LIPIcs, Volume 261, ICALP 2023, Complete Volume

LIPIcs, Volume 261, ICALP 2023, Complete Volum